Name: computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture
Uploaded: 2011-03-04T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture at JoVE.com

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> המחקר נתמך על ידי ארצות הברית השירות לבריאות הציבור של גרנט DK-081527, 072473 ו DK-DK-20595 של אוניברסיטת שיקגו סוכרת מחקר מרכז הדרכה (Core מודלים בבעלי חיים), ואת מתנת קרן משפחת קובלר. </p>

<p class="jove_title" style=";text-align:right;direction:rtl"> 1. יצירת Slices וירטואלי של תמונות Immunohistochemically ויטראז </p><ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> פתח StereoInvestigator. מניחים את השקופית נקי מחזיק את המדגם בעל מיקרוסקופ ולדמיין אותו החוקר סטריאו ידי לחיצה על &quot;רכישה&quot; ולאחר מכן &quot;תמונה חיה&quot; (→ רכישת תמונה חיה). קב?...

<ol>
	<li>Steiner, D. J., Kim, A., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pancreatic+islet+plasticity+-+Interspecies+comparison+of+islet+architecture+and+composition.">Pancreatic islet plasticity - Interspecies comparison of islet architecture and composition.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>2</b>, 135-145 (2010).</li><li>Kim, A., Miller, K., Jo, J., Wojcik, P. l., Kilimnik, G., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Islet+architecture+-+a+comparative+study.">Islet architecture - a comparative study.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>1</b>, 129-136 (2009).</li><li>Kilimnik, G., Kim, A., Jo, J., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+pancreatic+islet+distribution+in+situ+in+mice.">Quantification of pancreatic islet distribution in situ in mice.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>297</b>, E1331-E1338 (2009).</li><li>Hara, M., Dizon, R. F., Glick, B. S., Lee, C. S., Kaestner, K. H., Piston, D. W., Bindokas, V. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+pancreatic+beta-cells+in+the+intact+pancreas.">Imaging pancreatic beta-cells in the intact pancreas.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>290</b>, E1041-E1047 (2006).</li><li>Hara, M., Wang, X., Kawamura, T., Bindokas, V. P., Dizon, R. F., Alcoser, S. Y., Magnuson, M. A., Bell, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transgenic+mice+with+green+fluorescent+protein-labeled+pancreatic+beta+-cells.">Transgenic mice with green fluorescent protein-labeled pancreatic beta -cells.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>284</b>, E177-E183 (2003).</li></ol>

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> בסיוע מחשב בקנה מידה גדול להדמיה וכימות המוצגים כאן להרשות ארבע נקודות מפתח במחקרים לבלב: (1) ניתוח בקנה מידה גדול של דגימות הלבלב מספק תצוגה מקיפה של הפצה הגודל הכולל איון ואדריכלות איון. (2) שחזור 3D ו ניתוח מתמטי של הרכב ארכיטקטורה הסלולר נוספת להקל על בחינה של הסדר המ...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Fluorescent microscope</td>
<td>Microscope</td>
<td>Olympus </td>
<td>IX-81
</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Stereo Investigator</td>
<td>Program</td>
<td>MicroBrightField</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MIP-GFP mice</td>
<td>Mice</td>
<td>Jackson Laboratory</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Mathematica</td>
<td>Program</td>
<td>Wolfram</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Image J</td>
<td>Program</td>
<td>NIH</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Slidebook</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Program</td>
<td>Olympus</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> לבלב הוא איבר מיקרו ייחודית המורכבת מכמה הפרשת הורמון תאים אנדוקריניות כגון בטא תאים (אינסולין), אלפא תאים (גלוקגון), ואת דלתא תאים (somatostatin) המוטבעות הרקמות אקסוקרינית ו מהווים 1 - 2% של הלבלב כולו. קיים קשר הדוק בין משקל הגוף הלבלב. מסה סך בטא תא גם מגדילה באופן יחסי, כדי לפצות על הביקוש האינסולין בגוף. מה זה בורח הרחבה מידתית היא הפצה בגודל של איי. בעלי חיים גדולים כמו בני האדם חולקים גודל דומה איון הפצות עם עכברים, מה שמראה כי זה איבר מיקרו יש מגבלת גודל מסוים להיות פונקציונלי. חוסר היכולת של pancreata חיה גדולה ליצור איים יחסי גדול יותר מפוצה על ידי עלייה במספר איים ועל ידי עלייה בשיעור של איים גדולים יותר הכוללת תפוצתם גודל איון. יתר על כן, איים התערוכה פלסטיות בולט בהרכב ארכיטקטורה הסלולר בין מינים שונים גם בתוך אותו מין בתנאים pathophysiological שונים. במחקר הנוכחי, אנו מתארים גישות חדשות לניתוח של נתוני התמונה ביולוגיים על מנת להקל על אוטומציה של תהליכים אנליטיים, המאפשרים ניתוח של אוספי נתונים גדולים הטרוגנית בחקר תהליכים ביולוגיים כגון דינמי מבנים מורכבים. מחקרים כאלה כבר הקשו בשל קשיים טכניים של הדגימה משוחדת ויצירת בקנה מידה גדול ערכות נתונים בדיוק כדי לתפוס את המורכבות של התהליכים הביולוגיים של הביולוגיה איון. כאן אנו מציגים שיטות לאיסוף משוחדת &quot;נציג&quot; הנתונים בתוך הזמינות המוגבלת של דגימות (או למזער את אוסף לדוגמה) ואת ההגדרות ניסיוני סטנדרטי, כדי לנתח במדויק את המבנה המורכב תלת ממדי של איון. בסיוע מחשב מאפשר אוטומציה לאיסוף וניתוח של בקנה מידה גדול ערכות נתונים וגם מבטיח פרשנות מוטה של ​​הנתונים. יתר על כן, כימות מדויק של התפלגות גודל איון ו קואורדינטות מרחביות (כלומר X, Y, Z-עמדות) לא רק מוביל הדמיה מדויקת של מבנה הלבלב איון הרכב, אלא גם מאפשר לנו לזהות דפוסים במהלך פיתוח והתאמה לתנאים שינוי באמצעות מודלים מתמטיים. השיטות שפותחו במחקר זה החלות על מחקרים של מערכות אחרות ואורגניזמים רבים. </p>

Watch this Scientific Journal Video about Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture at JoVE.com

Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture

<p class="jove_content">שיטות רומן בעזרת מחשב של רכש בקנה מידה גדול וניתוח של immunohistochemically דגימות הלבלב מוכתם מתוארים: (1) ללכוד Slice וירטואלי של הסעיף כולו; (2) ניתוח המוניים בקנה מידה גדול של נתונים, (3) שחזור וירטואלי Slices 2D ; (4) מיפוי 3D איון; ו (5) ניתוח מתמטי.</p>

בסיוע מחשב ויזואליזציה בקנה מידה גדול כימות המוניים הלבלב איילט, התפלגות גודל ואדריכלות

The pancreatic islet is a unique micro-organ composed of several hormone secreting endocrine cells such as beta-cells (insulin), alpha-cells (glucagon), ...

Research

JoVE Journal

Biology

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

בקנה מידה גדול של מסכי ספריות Metagenomic

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Murine Pancreatic Islet Isolation

הלבלב Murine איילט בידוד

Human Pancreatic Islet Isolation: Part I: Digestion and Collection of Pancreatic Tissue

בידוד האדם לבלב: אני חלק: העיכול אוסף של רקמת לבלב

Management of Type 1 diabetes is burdensome, both to the individual and society, costing over 100 billion dollars annually. Despite the widespread use of ...

Human Pancreatic Islet Isolation: Part II: Purification and Culture of Human Islets

הלבלב האנושי בידוד איילט: חלק ב: טיהור והתרבות של איי האדם

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

בידוד הרחבת בקנה מידה גדול של תאים אנושיים למבוגרים האנדותל המושבה יצירת אב

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

<em>In situ</em> Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

In situ Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

<em>ב</em> כימות <em>באתרו</em> של המיסה הלבלב בטא תא עכברים

Tracing changes of specific cell populations in health and disease is an important goal of biomedical research. The process of monitoring pancreatic ...

A Method for Mouse Pancreatic Islet Isolation and Intracellular cAMP Determination

שיטה לבידוד עכבר הלבלב איילט וקביעת תאית cAMP

Uncontrolled glycemia is a hallmark of diabetes mellitus and promotes morbidities like neuropathy, nephropathy, and retinopathy. With the increasing ...

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Infinium Assay עבור יישומי Genotyping SNP בקנה מידה גדולה

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

An Innovative Method for Exosome Quantification and Size Measurement

שיטה חדשנית לExosome כימות ומדידה גודל

Although the biological importance of exosomes has recently gained an increasing amount of scientific and clinical attention, much is still unknown about ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

אסטרטגיה בקנה מידה גדולה Metabolomics רגיש, כמותי

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...