Name: computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture
Uploaded: 2011-03-04T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture at JoVE.com

<p class="jove_content"> Lo studio è supportato da US Public Health Service Concessione DK-081527, 072473 e DK-DK-20595 per l&#39;Università di Chicago Diabetes Centro di Ricerca e Formazione (Animal Models core), e un dono da parte della Fondazione Famiglia Kovler. </p>

<p class="jove_title"> 1. Creazione di slice virtuali di immunoistochimiche Immagini Stained </p><ol><li> StereoInvestigator aperto. Posizionare il vetrino pulito tenendo il campione nel supporto microscopio e visualizzare in Investigator Stereo cliccando su &quot;acquisizione&quot; e poi &quot;Live Image&quot; (Acquisizione → Foto Live). Determinare livelli di esposizione per ogni canale, nel nostro esempio specifico, il canale 2 è utilizzato per DAPI, Canale 3 per GFP, Channel 4 per RFP, Canale 5 per Cy5, e Canale 6 per Cy7. Utilizzare il ...

<ol>
	<li>Steiner, D. J., Kim, A., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pancreatic+islet+plasticity+-+Interspecies+comparison+of+islet+architecture+and+composition.">Pancreatic islet plasticity - Interspecies comparison of islet architecture and composition.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>2</b>, 135-145 (2010).</li><li>Kim, A., Miller, K., Jo, J., Wojcik, P. l., Kilimnik, G., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Islet+architecture+-+a+comparative+study.">Islet architecture - a comparative study.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>1</b>, 129-136 (2009).</li><li>Kilimnik, G., Kim, A., Jo, J., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+pancreatic+islet+distribution+in+situ+in+mice.">Quantification of pancreatic islet distribution in situ in mice.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>297</b>, E1331-E1338 (2009).</li><li>Hara, M., Dizon, R. F., Glick, B. S., Lee, C. S., Kaestner, K. H., Piston, D. W., Bindokas, V. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+pancreatic+beta-cells+in+the+intact+pancreas.">Imaging pancreatic beta-cells in the intact pancreas.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>290</b>, E1041-E1047 (2006).</li><li>Hara, M., Wang, X., Kawamura, T., Bindokas, V. P., Dizon, R. F., Alcoser, S. Y., Magnuson, M. A., Bell, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transgenic+mice+with+green+fluorescent+protein-labeled+pancreatic+beta+-cells.">Transgenic mice with green fluorescent protein-labeled pancreatic beta -cells.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>284</b>, E177-E183 (2003).</li></ol>

<p class="jove_content"> Il computer-assistita su larga scala di visualizzazione e quantificazione qui presentati permettersi quattro punti chiave per gli studi delle isole pancreatiche: (1) Una grande analisi di campioni del pancreas fornisce una visione completa della distribuzione complessiva dimensioni e l&#39;architettura isolotto isolotto. (2) La ricostruzione 3D e analisi matematica di composizione cellulare e architettura facilitare ulteriormente l&#39;esame della disposizione spaziale delle cellule endocrine all&#39;interno di un isolo...

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		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Fluorescent microscope</td>
<td>Microscope</td>
<td>Olympus </td>
<td>IX-81
</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Stereo Investigator</td>
<td>Program</td>
<td>MicroBrightField</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MIP-GFP mice</td>
<td>Mice</td>
<td>Jackson Laboratory</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Mathematica</td>
<td>Program</td>
<td>Wolfram</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Image J</td>
<td>Program</td>
<td>NIH</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Slidebook</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Program</td>
<td>Olympus</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture

<p class="jove_content"> Le isole pancreatiche è un unico micro-organo composto da cellule endocrine che secernono diversi ormoni come il beta-cellule (insulina), alfa-cellule (glucagone) e delta-cellule (somatostatina) che sono incorporati nel tessuto esocrino e comprendono 1 - 2% del pancreas intero. Vi è una stretta correlazione tra il corpo e il peso del pancreas. Totale delle cellule beta massa aumenta proporzionalmente anche per compensare la richiesta di insulina nel corpo. Ciò che sfugge a questa espansione proporzionale è la distribuzione delle dimensioni delle isole. Grandi animali come gli esseri umani condividono simili distribuzioni isolotto formato con i topi, suggerendo che questo micro-organo ha un certo limite dimensioni per essere funzionale. L&#39;incapacità del pancreas grande animale per generare isolotti proporzionalmente maggiore è compensata da un aumento del numero di isolotti e da un aumento della proporzione di più grandi isole nella loro distribuzione complessiva dimensioni isolotto. Inoltre, isolotti mostrano una plasticità impressionante nella composizione cellulare e architettura tra le diverse specie e anche all&#39;interno della stessa specie in diverse condizioni fisiopatologiche. Nel presente studio, si descrivono nuovi approcci per l&#39;analisi dei dati di immagine biologici al fine di facilitare l&#39;automazione dei processi analitici, che permettono l&#39;analisi di grandi raccolte di dati eterogenei e nello studio di tali processi dinamici biologici e strutture complesse. Tali studi sono stati ostacolati a causa di difficoltà tecniche di campionamento imparziale e generando grandi insiemi di dati da catturare con precisione la complessità dei processi biologici di biologia isolotto. Qui si mostrano i metodi per raccogliere imparziale &quot;rappresentante&quot; dei dati all&#39;interno della limitata disponibilità di campioni (o ridurre al minimo la raccolta del campione) e le impostazioni standard sperimentali, e di analizzare con precisione la complessa struttura tridimensionale dell&#39;isolotto. Assistita da computer di automazione consente la raccolta e l&#39;analisi di grandi set di dati e assicura anche imparziali di interpretazione dei dati. Inoltre, la quantificazione precisa della distribuzione delle dimensioni delle isole e coordinate spaziali (ad esempio X, Y, Z-posizioni) non solo porta ad una visualizzazione accurata della struttura di isole pancreatiche e la composizione, ma ci permette anche di identificare i modelli durante lo sviluppo e l&#39;adattamento alle condizioni di alterazione attraverso modelli matematici. I metodi sviluppati in questo studio sono applicabili gli studi di molti altri sistemi e organismi pure. </p>

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Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture

<p class="jove_content">Metodi computer-assistita romanzo di grandi appalti e l&#39;analisi di campioni di pancreas immunoistochimiche colorati sono descritte: (1) l&#39;acquisizione di Virtual Fetta di tutta la sezione, (2) analisi di massa di dati su larga scala, (3) Ricostruzione di sezioni 2D virtuale , (4) la mappatura delle isole 3D, e (5) Analisi Matematica.</p>

Assistita da computer su larga scala di visualizzazione e quantificazione della Messa di isole pancreatiche, distribuzione delle dimensioni e architettura

The pancreatic islet is a unique micro-organ composed of several hormone secreting endocrine cells such as beta-cells (insulin), alpha-cells (glucagon), ...

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