Name: computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture
Uploaded: 2011-03-04T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture at JoVE.com

<p class="jove_content"> Studien stöds av US Public Health Service Grant DK-081.527, DK-072.473 och DK-20.595 till University of Chicago Diabetes Research and Training Center (djurmodeller Core), och en gåva från Kovler Family Foundation. </p>

<p class="jove_title"> 1. Skapa Virtuella skivor immunhistokemiskt Stained bilder </p><ol><li> Öppna StereoInvestigator. Placera de rena bilden håller provet i mikroskop hållaren och visualisera det i Stereo Utredare genom att klicka på &quot;Förvärvet&quot; och sedan &quot;Live Image&quot; (Acquisition → Live Image). Bestäm exponeringsnivåer för varje kanal, i vårt specifika exempel Kanal 2 används för DAPI, Kanal 3 för GFP, Channel 4 för RFP, Kanal 5 för Cy5 och Kanal 6 för Cy7. Använd &quot;Video Histogram&quot;-fönstret,...

<ol>
	<li>Steiner, D. J., Kim, A., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pancreatic+islet+plasticity+-+Interspecies+comparison+of+islet+architecture+and+composition.">Pancreatic islet plasticity - Interspecies comparison of islet architecture and composition.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>2</b>, 135-145 (2010).</li><li>Kim, A., Miller, K., Jo, J., Wojcik, P. l., Kilimnik, G., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Islet+architecture+-+a+comparative+study.">Islet architecture - a comparative study.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>1</b>, 129-136 (2009).</li><li>Kilimnik, G., Kim, A., Jo, J., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+pancreatic+islet+distribution+in+situ+in+mice.">Quantification of pancreatic islet distribution in situ in mice.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>297</b>, E1331-E1338 (2009).</li><li>Hara, M., Dizon, R. F., Glick, B. S., Lee, C. S., Kaestner, K. H., Piston, D. W., Bindokas, V. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+pancreatic+beta-cells+in+the+intact+pancreas.">Imaging pancreatic beta-cells in the intact pancreas.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>290</b>, E1041-E1047 (2006).</li><li>Hara, M., Wang, X., Kawamura, T., Bindokas, V. P., Dizon, R. F., Alcoser, S. Y., Magnuson, M. A., Bell, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transgenic+mice+with+green+fluorescent+protein-labeled+pancreatic+beta+-cells.">Transgenic mice with green fluorescent protein-labeled pancreatic beta -cells.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>284</b>, E177-E183 (2003).</li></ol>

<p class="jove_content"> Den datorstödda storskaliga visualisering och kvantifiering som presenteras här har råd med fyra centrala punkter i studier bukspottkörtelns ö: (1) En omfattande analys av bukspottskörteln prover ger en övergripande bild av hela holmen storleksfördelning och holme arkitektur. (2) De 3D-rekonstruktion och matematisk analys av cellulära sammansättning och arkitektur ytterligare underlätta granskningen av rumsliga arrangemang av endokrina celler i en holme. (3) Striking holme plasticitet mellan olika arter och i...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Fluorescent microscope</td>
<td>Microscope</td>
<td>Olympus </td>
<td>IX-81
</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Stereo Investigator</td>
<td>Program</td>
<td>MicroBrightField</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MIP-GFP mice</td>
<td>Mice</td>
<td>Jackson Laboratory</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Mathematica</td>
<td>Program</td>
<td>Wolfram</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Image J</td>
<td>Program</td>
<td>NIH</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Slidebook</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Program</td>
<td>Olympus</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture

<p class="jove_content"> Den pankreas holme är en unik mikroorganismer består av flera endokrina hormoner celler som utsöndrar såsom beta-cellerna (insulin), alfa-celler (glukagon), och delta-celler (somatostatin) som är inbäddade i de exokrina vävnader och omfattar 1 - 2% av hela bukspottkörteln. Det finns ett nära samband mellan kropp och bukspottkörtel vikt. Totalt beta-cellmassan ökar också proportionellt för att kompensera för efterfrågan på insulin i kroppen. Vad undgår denna proportion expansionen är storleken fördelningen av holmar. Stora djur som människor har liknande distributioner holme storlek med möss, vilket tyder på att detta mikroorganismer har en viss storleksgräns att vara funktionella. Oförmågan av stora djur pancreata att generera proportionellt större holmar kompenseras av en ökning av antalet holmar och genom en ökning av andelen större holmar i deras övergripande holme storleksfördelning. Dessutom skär uppvisar en slående plasticitet i cellulär sammansättning och arkitektur mellan olika arter och även inom samma art under olika patofysiologiska förhållanden. I den aktuella studien beskriver vi nya metoder för analys av biologiska bilddata för att underlätta automatisering av analytiska processer som gör det möjligt för analys av stora och heterogena data samlingar i studien av sådana dynamiska biologiska processer och komplexa strukturer. Sådana studier har försvårats på grund av tekniska svårigheter objektiva provtagning och generera stora datamängder att exakt fånga komplexiteten i biologiska processer av holme biologi. Här visar vi metoder för att samla in objektiva &quot;representativa&quot; uppgifter inom den begränsade tillgången av prover (eller minimera provtagning) och standardavvikelsen experimentella inställningar och att exakt analysera de komplexa tredimensionella strukturen av holmen. Datorstödd automation möjliggör insamling och analys av stora datamängder och även garanterar objektiva tolkning av data. Dessutom exakt kvantifiering av holmen storleksfördelning och rumsliga koordinater (dvs X, Y, Z-positioner) inte bara leder till en korrekt visualisering av bukspottkörtelns holmen struktur och sammansättning, men också tillåter oss att identifiera mönster under utveckling och anpassning till att förändra förhållanden genom matematisk modellering. De metoder som utvecklats i denna studie kan tillämpas på studier av många andra system och organismer som väl. </p>

Watch this Scientific Journal Video about Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture at JoVE.com

Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture

<p class="jove_content">Nya datorstödda metoder för upphandling i stor skala och analys av immunhistokemiskt färgade bukspottskörteln prover beskrivs: (1) Virtual Skiva tillfångatagande av hela avsnittet, (2) Mass analys av stora mängder data, (3) Rekonstruktion av 2D Virtual Slices , (4) 3D holme kartläggning, och (5) Matematisk analys.</p>

Datorstödd Storskaliga Visualisering och kvantifiering av bukspottkörtel Islet Mass, storleksfördelning och Arkitektur

The pancreatic islet is a unique micro-organ composed of several hormone secreting endocrine cells such as beta-cells (insulin), alpha-cells (glucagon), ...

Research

JoVE Journal

Biology

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Storskaliga skärmar Metagenomic bibliotek

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Murine Pancreatic Islet Isolation

Murina Pancreatic Islet Isolation

Human Pancreatic Islet Isolation: Part I: Digestion and Collection of Pancreatic Tissue

Mänskliga Pancreatic Islet Isolering: Del I: Matsmältning och Insamling av pankreas vävnad

Management of Type 1 diabetes is burdensome, both to the individual and society, costing over 100 billion dollars annually. Despite the widespread use of ...

Human Pancreatic Islet Isolation: Part II: Purification and Culture of Human Islets

Mänskliga Pancreatic Islet Isolering: Del II: Rening och kultur för mänskliga Islets

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

Isolering och storskalig expansion av vuxen människa Endothelial kolonibildande progenitorceller

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

<em>In situ</em> Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

In situ Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

<em>In situ</em> Kvantifiering av bukspottkörteln-cellmassan hos möss

Tracing changes of specific cell populations in health and disease is an important goal of biomedical research. The process of monitoring pancreatic ...

A Method for Mouse Pancreatic Islet Isolation and Intracellular cAMP Determination

En metod för mus bukspottkörtel Islet Isolering och intracellulär cAMP Fastställande

Uncontrolled glycemia is a hallmark of diabetes mellitus and promotes morbidities like neuropathy, nephropathy, and retinopathy. With the increasing ...

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Infinium analys för Storskaliga SNP Genotyping Applications

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

An Innovative Method for Exosome Quantification and Size Measurement

En innovativ metod för Exosome Kvantifiering och storlek Measurement

Although the biological importance of exosomes has recently gained an increasing amount of scientific and clinical attention, much is still unknown about ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

En strategi för känsliga, storskaliga kvantitativa Metabolomics

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...