Name: computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture
Uploaded: 2011-03-04T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture at JoVE.com

<p class="jove_content"> Çalışma tarafından desteklenen ABD Kamu Sağlığı Servisi Hibe DK-081.527, DK-072.473, Chicago Diyabet Araştırma ve Eğitim Merkezi (Hayvan modeller Core) Üniversitesi ve Kovler Aile Vakfı hediye DK-20.595. </p>

<p class="jove_title"> 1. İmmünohistokimyasal Vitray Resimler Sanal Dilimleri oluşturma </p><ol><li> Açık StereoInvestigator. Örnek mikroskop sahibinin tutan temiz bir slayt yerleştirin ve &quot;Canlı Image&quot; sonra &quot;Acquisition&quot; (Toplama → Canlı Görüntü) tıklayarak ve Stereo Araştırmacı görselleştirmek. Her kanal için maruz kalma seviyeleri belirlemek; bizim belirli bir örnek, Kanal 2 Cy7 DAPI, Kanal 3 Cy5 için GFP, RFP, Kanal 5 Kanal 4 ve Kanal 6 için kullanılır. Maruz kalma düzeyini belirlemek için, f...

<ol>
	<li>Steiner, D. J., Kim, A., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pancreatic+islet+plasticity+-+Interspecies+comparison+of+islet+architecture+and+composition.">Pancreatic islet plasticity - Interspecies comparison of islet architecture and composition.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>2</b>, 135-145 (2010).</li><li>Kim, A., Miller, K., Jo, J., Wojcik, P. l., Kilimnik, G., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Islet+architecture+-+a+comparative+study.">Islet architecture - a comparative study.</a> <em style='font-style: italic'>ISLETS</em>. <b>1</b>, 129-136 (2009).</li><li>Kilimnik, G., Kim, A., Jo, J., Miller, K., Hara, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+pancreatic+islet+distribution+in+situ+in+mice.">Quantification of pancreatic islet distribution in situ in mice.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>297</b>, E1331-E1338 (2009).</li><li>Hara, M., Dizon, R. F., Glick, B. S., Lee, C. S., Kaestner, K. H., Piston, D. W., Bindokas, V. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Imaging+pancreatic+beta-cells+in+the+intact+pancreas.">Imaging pancreatic beta-cells in the intact pancreas.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>290</b>, E1041-E1047 (2006).</li><li>Hara, M., Wang, X., Kawamura, T., Bindokas, V. P., Dizon, R. F., Alcoser, S. Y., Magnuson, M. A., Bell, G. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Transgenic+mice+with+green+fluorescent+protein-labeled+pancreatic+beta+-cells.">Transgenic mice with green fluorescent protein-labeled pancreatic beta -cells.</a> <em style='font-style: italic'>Am J Physiol Endocrinol Metab</em>. <b>284</b>, E177-E183 (2003).</li></ol>

<p class="jove_content"> Büyük ölçekli bilgisayar destekli görselleştirme ve miktar burada pankreas adacık çalışmalarında dört temel nokta göze sundu: (1) büyük ölçekli pankreas örneklerin analizi, genel adacık boyut dağılımı ve adacık mimarisi kapsamlı bir bakış sağlar. (2) hücresel bileşimi ve mimarinin 3 boyutlu rekonstrüksiyon ve matematiksel analiz, bir adacık içerisinde endokrin hücreler mekansal düzenleme inceleme daha kolaylaştırır. (3) ve çeşitli patofizyolojik koşullar altında aynı türün fa...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Fluorescent microscope</td>
<td>Microscope</td>
<td>Olympus </td>
<td>IX-81
</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Stereo Investigator</td>
<td>Program</td>
<td>MicroBrightField</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>MIP-GFP mice</td>
<td>Mice</td>
<td>Jackson Laboratory</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Mathematica</td>
<td>Program</td>
<td>Wolfram</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Image J</td>
<td>Program</td>
<td>NIH</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Slidebook</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Program</td>
<td>Olympus</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

computer-assisted large-scale visualization and quantification of pancreatic islet mass, size distribution and architecture

<p class="jove_content"> Pankreas adacık beta-hücrelerinin (insülin), alfa-hücrelerinin (glukagon) ve delta-ekzokrin dokularda gömülü ve 1 oluşturan hücreleri (somatostatin) gibi birçok hormon salgılayan endokrin hücrelerde oluşan benzersiz bir mikro-organ- tüm pankreas% 2. Vücut ve pankreas ağırlığı arasında yakın bir korelasyon vardır. Toplam beta hücre kitlesinin de vücutta insülin talebi telafi etmek için orantılı olarak artar. Bu orantılı genişleme adacık boyutu dağılımı kaçar. Büyük hayvanların insanlar gibi, bu mikro-organ işlevsel olması için belirli bir boyut sınırı olduğunu düşündüren, fare ile benzer bir adacık boyutu dağılımları paylaşıyoruz. Orantılı olarak daha büyük adacıklar oluşturmak için büyük hayvan pancreata yetersizlik adacık sayısında bir artış ve genel adacık boyutu dağılımı büyük adacıklar oranında bir artış ile telafi edilmektedir. Ayrıca, adacık hücre yapısı ve mimarisi, farklı türler arasında ve aynı zamanda çeşitli patofizyolojik koşullar altında aynı türün içinde çarpıcı bir plastisite sergilerler. Bu çalışmada, geniş ve heterojen veri toplama ve analiz için dinamik biyolojik süreçlerin ve karmaşık yapılara sahip çalışmaya izin analitik süreçlerin otomasyonu kolaylaştırmak için biyolojik görüntü verilerini analiz için yeni yaklaşımlar açıklanmaktadır. Böyle çalışmalar tarafsız örnekleme teknik zorluklar nedeniyle engellendiği ve büyük ölçekli veri üreten adacık biyoloji biyolojik süreçlerinin karmaşıklığı tam olarak yakalamak için ayarlar var. Burada örneklerin sınırlı sayıda (ya da örnek toplama en aza indirmek için) ve standart deneysel ayarları içinde tarafsız &quot;temsili&quot; verileri toplamak ve adacık karmaşık üç boyutlu yapısını tam olarak analiz etmek için yöntemler göstermektedir. Bilgisayar destekli otomasyon, büyük ölçekli veri setleri toplama ve analiz sağlar ve aynı zamanda verilerin tarafsız bir yorumlama sağlar. Ayrıca, adacık boyutu dağılımı ve mekansal koordinatları (yani X, Y, Z-pozisyonlar) kesin kantifikasyon sadece pankreas adacık yapısı ve bileşimi doğru bir görselleştirme için değil, aynı zamanda bize, geliştirme ve adaptasyon sırasında desen değiştiren koşulları tanımlamanıza olanak sağlar matematiksel modelleme yoluyla. Bu çalışmada geliştirilen yöntemlerin yanı sıra birçok diğer sistemlerin ve organizmaların çalışmaları için geçerli. </p>

Watch this Scientific Journal Video about Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture at JoVE.com

Computer-assisted Large-scale Visualization and Quantification of Pancreatic Islet Mass, Size Distribution and Architecture

<p class="jove_content">Immünohistokimyasal lekeli pankreas örneklerin büyük ölçekli satın alma ve analiz Roman bilgisayar destekli yöntemler açıklanmıştır: (1) Sanal Dilim yakalama bölümün tamamını, büyük ölçekli veri (2) Kütle analiz 2D Sanal Dilimleri (3) İmar (4) 3D adacık haritalama ve (5) matematiksel analizi.</p>

Bilgisayar destekli Büyük ölçekli Görselleştirme ve Pankreas Adacık Kütle, Boyut Dağılımı ve Mimarlık Niceleme

The pancreatic islet is a unique micro-organ composed of several hormone secreting endocrine cells such as beta-cells (insulin), alpha-cells (glucagon), ...

Research

JoVE Journal

Biology

Large-Scale Screens of Metagenomic Libraries

Metagenomic Kütüphaneler Büyük Ölçekli Ekranlar

Metagenomic libraries archive large fragments of contiguous genomic sequences from microorganisms without requiring prior cultivation.  Generating a ...

Murine Pancreatic Islet Isolation

Murin Pankreas Adacık İzolasyonu

Human Pancreatic Islet Isolation: Part I: Digestion and Collection of Pancreatic Tissue

İnsan Pankreas Adacık İzolasyonu: Bölüm I: Sindirim ve Pankreas Doku Koleksiyon

Management of Type 1 diabetes is burdensome, both to the individual and society, costing over 100 billion dollars annually. Despite the widespread use of ...

Human Pancreatic Islet Isolation: Part II: Purification and Culture of Human Islets

İnsan Pankreas Adacık İzolasyonu: Bölüm II: İnsan Islets saflaştırılması ve Kültür

Isolation and Large Scale Expansion of Adult Human Endothelial Colony Forming Progenitor Cells

İzolasyon ve Büyük Ölçekli Genişleme Yetişkin İnsan Endotel Koloni Oluşturan Progenitör Hücreler

This paper introduces a novel recovery strategy for endothelial colony forming progenitor cells (ECFCs) from heparinized but otherwise unmanipulated adult ...

<em>In situ</em> Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

In situ Quantification of Pancreatic Beta-cell Mass in Mice

Farelerde, pankreatik beta-hücre <em>Kütle</em> yerinde Niceleme

Tracing changes of specific cell populations in health and disease is an important goal of biomedical research. The process of monitoring pancreatic ...

A Method for Mouse Pancreatic Islet Isolation and Intracellular cAMP Determination

Fare Pankreas Adacık İzolasyonu ve hücre içi cAMP Belirlenmesi için Bir Yöntem

Uncontrolled glycemia is a hallmark of diabetes mellitus and promotes morbidities like neuropathy, nephropathy, and retinopathy. With the increasing ...

Infinium Assay for Large-scale SNP Genotyping Applications

Büyük ölçekli SNP Genotiplendirme Uygulamaları için infinium Tahlili

Genotyping variants in the human genome has proven to be an efficient method to identify genetic associations with phenotypes. The distribution of ...

An Innovative Method for Exosome Quantification and Size Measurement

Exosome Kantifikasyon ve Boyut Ölçüm Yenilikçi Yöntem

Although the biological importance of exosomes has recently gained an increasing amount of scientific and clinical attention, much is still unknown about ...

A Strategy for Sensitive, Large Scale Quantitative Metabolomics

Hassas, Büyük Ölçekli Kantitatif metabolomik için bir strateji

Metabolite profiling has been a valuable asset in the study of metabolism in health and disease. However, current platforms have different limiting ...