Name: yeast colony embedding method
Uploaded: 2011-03-22T11:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Yeast Colony Embedding Method at JoVE.com

Onderzoek werd gefinancierd door NIH 1R15GM094770.

1. Kolonie Isolatie en fixatie <ol><li> Incubeer 300 kolonies op agar medium voor de aangegeven tijd (een geïsoleerde kolonie moet 1-2 mm in diameter). </li><li> Verwijder de kolonie (naar boven) en de onderliggende medium met behulp van een smalle spatel. </li><li> Plaats een paar druppels van 2% agar 42 ° C op een objectglaasje met behulp van een mL Pipetman tip en meteen plaats kolonie op agar naar boven voordat het stolt. </li><li> Plaats een paar druppels van 2% agar 42 ° C op kolonie en laat stollen. </li><li...

<ol>
	<li>Kimmel, A. R., Firtel, R. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Breaking+symmetries:+regulation+of+Dictyostelium+development+through+chemoattractant+and+morphogen+signal-response.">Breaking symmetries: regulation of Dictyostelium development through chemoattractant and morphogen signal-response.</a> Curr Opin Genet Dev. 14, 540-540 (2004).</li><li>Palkova, Z., Vachova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Life+within+a+community:+benefit+to+yeast+long-term+survival.">Life within a community: benefit to yeast long-term survival.</a> FEMS Microbiol Rev. 30, 806-806 (2006).</li><li>Shapiro, J., Vachova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+significances+of+bacterial+colony+patterns.">The significances of bacterial colony patterns.</a> Bioessays. 17, 597-597 (1995).</li><li>Shapiro, J., Vachova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thinking+about+bacterial+populations+as+multicellular+organisms.">Thinking about bacterial populations as multicellular organisms.</a> Annu Rev Microbiol. 52, 81-81 (1998).</li><li>Engelberg, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multicellular+stalk-like+structures+in+Saccharomyces+cerevisiae.">Multicellular stalk-like structures in Saccharomyces cerevisiae.</a> J Bacteriol. 180, 3992-3992 (1998).</li><li>Scherz, R., Shinder, V., Engelberg, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Anatomical+analysis+of+Saccharomyces+cerevisiae+stalk-like+structures+reveals+spatial+organization+and+cell+specialization.">Anatomical analysis of Saccharomyces cerevisiae stalk-like structures reveals spatial organization and cell specialization.</a> J Bacteriol. 183, 5402-5402 (2001).</li><li>Piccirillo, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Rim101p/PacC+pathway+and+alkaline+pH+regulate+pattern+formation+in+yeast+colonies.">The Rim101p/PacC pathway and alkaline pH regulate pattern formation in yeast colonies.</a> Genetics. 184, 707-707 (2010).</li><li>Sniegowski, P. D., Dombrowski, P. G., Fingerman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Saccharomyces+cerevisiae+and+Saccharomyces+paradoxus+coexist+in+a+natural+woodland+site+in+North+America+and+display+different+levels+of+reproductive+isolation+from+European+conspecifics.">Saccharomyces cerevisiae and Saccharomyces paradoxus coexist in a natural woodland site in North America and display different levels of reproductive isolation from European conspecifics.</a> FEMS Yeast Res. 1, 299-299 (2002).</li><li>Piccirillo, S., Honigberg, S. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Sporulation+patterning+and+invasive+growth+in+wild+and+domesticated+yeast+colonies.">Sporulation patterning and invasive growth in wild and domesticated yeast colonies.</a> Res Microbiol. 161, 390-390 (2002).</li><li>Vachova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Architecture+of+developing+multicellular+yeast+colony:+spatio-temporal+expression+of+Ato1p+ammonium+exporter.">Architecture of developing multicellular yeast colony: spatio-temporal expression of Ato1p ammonium exporter.</a> Environ Microbiol. , (2009).</li></ol>

De gepresenteerde methode toont het interieur structuren van de kolonies. Omdat de methode effectief is bij het ​​bepalen van de patronen van celtypen in een reeks van S. cerevisiae stammen met verschillende kolonie morfologie, en ook in een verwante soorten S. paradoxus 5, de methode is ook kans om te werken op een breed scala van schimmels en andere micro-organismen. Een kritische stap voor het succes van de methode is om ervoor te zorgen dat de gehele kolonie, waar...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Osmium tetroxide</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Electron Microscopy Sciences</td>
<td>RT 19152</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Silicone embedding molds</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Fisher Scientific</td>
<td>NC 9975029</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Cycloaliphatic epoxide resin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Electron Microscopy Sciences</td>
<td>RT 15004</td>
<td>ERL 4221</td>
</tr>
<tr>
<td>Epoxy resin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Electron Microscopy Sciences</td>
<td>RT 13000</td>
<td>DER 736</td>
</tr>
<tr>
<td>Nonenyl Succinic Anhydride</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Electron Microscopy Sciences</td>
<td>RT 19050</td>
<td>NSA</td>
</tr>
<tr>
<td>2-Dimethyl aminoethanol	</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Electron Microscopy Sciences</td>
<td>RT 13300</td>
<td>DMAE</td>
</tr>
<tr>
<td>Mounting media</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>KPL</td>
<td>71-00-16</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Rotating wheel</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Ted Pella</td>
<td>Pelco 1055</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microtome</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Leica</td>
<td>Ultracut S</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

yeast colony embedding method

Patroonvorming van de verschillende celtypes in embryo&#39;s is een belangrijk mechanisme in metazoïsche ontwikkeling. Gemeenschappen van micro-organismen, zoals de koloniën en biofilms ook weer patronen van celtypen. Bijvoorbeeld, in de gist S. cerevisiae, zijn gesporuleerde cellen en pseudohyfale cellen niet uniform verdeeld in kolonies. De functionele betekenis van patronen en de moleculaire mechanismen die deze patronen ten grondslag liggen zijn nog slecht begrepen. Een van de uitdagingen met betrekking tot de onderzoeken van patronen van celtypen in schimmelkolonies is dat in tegenstelling tot metazoïsche weefsel, cellen in kolonies relatief zwak aan elkaar gehecht. In het bijzonder, hebben schimmelkolonies bevat niet dezelfde uitgebreide niveau van extracellulaire matrix gevonden in de meeste weefsels. Hier doen we verslag van een methode voor het inbedden en snijden gistkolonies dat het interieur patronen van celtypes openbaart in deze kolonies. De methode kan gebruikt worden om dikke secties voor te bereiden (0,5 μ) nuttig zijn voor lichtmicroscopie en dunne secties (0,1 μ) geschikt voor transmissie elektronenmicroscopie. ASCI en pseudohyfale cellen kunnen gemakkelijk te onderscheiden van eivormige gistcellen met lichtmicroscopie, terwijl het interieur structuur van deze cellen kan worden gevisualiseerd door EM. De methode is gebaseerd op de omliggende kolonies met agar, infiltreert ze met medium Spurr, en dan snijden. Kolonies met een diameter in het bereik van 1-2 mm zijn geschikt voor dit protocol. In aanvulling op het visualiseren van het interieur van de kolonies, de methode maakt het mogelijk visualisatie van de regio van de kolonie dat de onderliggende agar binnendringt.

Watch this Scientific Journal Video about Yeast Colony Embedding Method at JoVE.com

Yeast Colony Embedding Method

Een methode voor het inbedden gistkolonies waardoor snijden voor licht-en elektronenmicroscopie. Dit protocol maakt de bepaling van de verdeling van gesporuleerde cellen en pseudohyfale cellen in kolonies die een nieuwe tool in de richting van het begrijpen van de organisatie van de celtypen in een schimmel gemeenschap.

Gist Colony integratiemethode

Patterning of  different cell types in embryos is a key mechanism in metazoan development. Communities of microorganisms, such as colonies and biofilms ...

Research

JoVE Journal

Biology

Plastic Embedding and Sectioning of Xenopus laevis Embryos

Plastic Inbedding en snijden van Xenopus laevis embryo&#39;s

Measuring Replicative Life Span in the Budding Yeast

Het meten van replicatieve levensduur in de gist

Aging is a degenerative process characterized by a progressive deterioration of cellular components and organelles resulting in mortality. The budding ...

Purification of Mitochondria from Yeast Cells

Zuivering van Mitochondriën uit gistcellen

Mitochondria are the main site of ATP production during aerobic metabolism in eukaryotic non-photosynthetic cells1. These complex organelles also play ...

High-throughput Yeast Plasmid Overexpression Screen

High-throughput gist Plasmide Overexpressie Screen

The budding yeast, Saccharomyces cerevisiae, is a powerful model system for defining fundamental mechanisms of many important cellular processes, ...

A Quantitative Assay for Insulin-expressing Colony-forming Progenitors

Een kwantitatieve test voor insuline-expressie Kolonie-vormende voorouders

The field of pancreatic stem and progenitor cell biology has been hampered by a lack of in vitro functional and quantitative assays that allow for the ...

Cryosectioning Yeast Communities for Examining Fluorescence Patterns

Cryosectioning Gist Gemeenschappen is voor de behandeling Fluorescentie Patterns

Microbes typically live  in communities. The spatial organization  of cells within a community is believed to impact the survival and function of the  ...

The Soft Agar Colony Formation Assay

De Soft Agar Kolonie Formatie Assay

Anchorage-independent growth is the ability of transformed cells to grow independently of a solid surface, and is a hallmark of carcinogenesis. The soft ...

Surface Spreading and Immunostaining of Yeast Chromosomes

Surface Het verspreiden en Immunokleuring van Gist Chromosomen

The small size of nuclei of the budding yeast Saccharomyces cerevisiae limits the utility of light microscopy for analysis of the subnuclear distribution ...

ODELAY: A Large-scale Method for Multi-parameter Quantification of Yeast Growth

ODELAY: Een grootschalige methode voor multiparameter kwantificering van gistgroei

Growth phenotypes of microorganisms are a strong indicator of their underlying genetic fitness and can be segregated into 3 growth regimes: lag-phase, ...

Pancreatic Islet Embedding for Paraffin Sections

Alvleesklier Islet insluiten voor paraffine secties

Experiments using isolated pancreatic islets are important for diabetes research, but islets are expensive and of limited abundance. Islets contain a ...