Name: using a pan-viral microarray assay (virochip) to screen clinical samples for viral pathogens
Uploaded: 2011-04-27T14:00:00
Duration: 13 min 45 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens at JoVE.com

אנו מודים דוד וואנג, אנטולי Urisman, איימי Kistler, קייל פישר, פטריק טאנג, ואלכסנדר Greninger לפיתוח אופטימיזציה ראשונית של פרוטוקול Virochip. עבודה זו נתמכת על ידי K08 NIH מענק פרס אבוט דיסקברי (עד CC) לבין הווארד יוז רפואי במכון (עד JLD).

השלבים של assay Virochip כוללים (1) מיצוי חומצות גרעין מ דגימות קליניות, (2) שעתוק לאחור של רנ&quot;א לחלץ 2 nd-גדיל סינתזה cDNA, (3) הגברה של cDNA PCR ערוכה באופן אקראי, (3) Cy3 שילוב צבע פלואורסצנטי , (4) הכלאה של חומר הנקרא על microarray Virochip, ו (5) סריקה וניתוח (איור 1). פרוטוקול להלן תדגים את השימוש של assay Virochip על מדגם האף ספוגית מילד עם מחלה דמוית שפעת. פריימר רצפים פריימר 5&#39;-GTTTCCCAGTCACGATA-(N 9) -3 &quot; פריימר ב 5&#39;-GTTTCCCAGTCACGATA-3 &quot; 1. חומצות גרעין Extraction <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מיצוי חומצות גרעין מ דגימות קליניות צריכה להתבצע תחת רמה biosafety 2 (BSL-2) או תנאים גבוהים יותר, כמו דגימות אלה זיהומיות פוטנציאלי. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> המדגם ספוגית האף מועבר בינוני מחזיק ויראלי. 200 Aliquot μL המדגם לתוך צינור 1.5 microcentrifuge Eppendorf מ&quot;ל. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אופציונלי: לעבור דרך פילטר מדגם 0.22 מיקרומטר (לטהר עבור חלקיקים נגיפיים) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אופציונלי: מדגם pretreat עם DNAse (לבזות DNA הגנומי מארח ולטהר עבור חומצה מוגן encapsidated, גרעין ויראלית) באמצעות טורבו DNAse Kit (Ambion) לפי הוראות היצרן </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> חלץ את המדגם באמצעות ZR Zymo נגיפי RNA ערכת חילוץ או Qiagen ערכת Ultrasens וירוס לכל הוראות היצרן. </li></ol> 2. שעתוק לאחור ו 2 nd-גדיל סינתזה cDNA (&quot;סיבוב&quot;) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 1 UL 40 pmol / μL פריימר על UL 4 חילוץ RNA. מחממים עד 65 מעלות צלזיוס למשך 5 דקות בתוך thermocycler (למשל GeneAmp PCR System 9700) ולאחר מכן אפשר לצנן את טמפ &#39;החדר 5 דקות x. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 5 μL תמהיל מאסטר המורכב של 2 חיץ μL RT 5X, 1 μL 12.5 mM dNTP, 1 מים μL, 0.5 μL 0.1M DTT, ו 0.5 μL SSIII RT (Invitrogen). לדגור על 42 ° C x 60 דקות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ב thermocycler לתכנות, חום 94 מעלות צלזיוס x 2 דקות (כדי להפיל את התגובה transcriptase הפוכה), קריר עד 10 ° C, צנטריפוגה הדופק, ולאחר מכן להוסיף 5 לערבב Sequenase μL המורכב חיץ Sequenase μL 1 5X, 3.8 מים μL, ו 0.15 Sequenase μL (USB Corporation). לסינתזה גדיל 2 nd, כבש למעלה מ 10 ° C עד 37 ° C במשך 8 דקות, להחזיק 8 דקות, אז חום 94 מעלות צלזיוס x 2 דקות (כדי להשבית Sequenase) ומצננים עד 10 ° C (להחזיק). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אופציונלי: Rd מדגם cDNA יכול להיות מאוחסן בשלב זה ב -20 ° C. </li></ol> 3. PCR הגברה של cDNA שהוכשרנו אקראי (&quot;Round B&quot;) <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 5 UL של Rd מדגם μL 45 תמהיל מאסטר המורכב 5 חיץ μL PCR 10X, 1 μL 12.5 mM dNTP, 1 μL 100 pmol / μL B פריימר, 1 μL KlenTaq אנג&#39;לס (Sigma), ו 37 מים μL. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הפעל PCR פרוטוקול כדלקמן: 94 ° C, 2 דקות → (25 מחזורים של 94 ° C, 30 s / 50 ° C, 45 s / 72 ° C, 1 דקות) → 72 ° C, 5 דקות → 10 ° C ( להחזיק) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בדיקת מדגם B Rd על ג&#39;ל אלקטרופורזה agarose 1.5%. למרוח מכ 200 - 1000 bp צריך להיות דמיינו (איור 2 א) </li></ol> 4. Cy3 צבע פלואורסצנטי התאגדות <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אופציונלי: דוגמה נוספת יכולה להיות מתויג עם צבע Cy5 פלורסנט הכלאה כדי microarray זהה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשלב aa-dNTP, להוסיף 5 UL מדגם B Rd ל UL 45 תמהיל מאסטר המורכב 5 חיץ UL PCR 10X, 1 ul 12.5 aa-dNTP (Invitrogen) מ&quot;מ, 1 UL 100 pmol / ul תחל ב &#39;, 1, 1 UL KlenTaq אנג&#39;לס (Sigma), ו 37 מים UL. הפעל PCR פרוטוקול כדלקמן: 94 ° C, 2 דקות → (15 מחזורים של 94 ° C, 30 s / 50 ° C, 45 s / 72 ° C, 1 דקות) → 72 ° C, 5 דקות → 10 ° C ( להחזיק) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> נקו את מדגם C Rd עם ה-DNA נקי מרוכז-5 Kit (Zymo המחקר) לפי הוראות היצרן. Elute ב μL 10. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 1 UL של ביקרבונט 1M (Sigma) ו 1 UL Cy5 (GE Healthcare) מדגם C Rd. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דגירה x 1 שעה בחושך. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> נקו את המדגם Cy3 שכותרתו עם ה-DNA נקי מרוכז-5 Kit (Zymo המחקר) לפי הוראות היצרן. Elute ב μL 12. </li></ol> 5. הכלאה כדי Virochip microarray <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> אופציונלי: שימוש 1.5 μL כדי לבדוק ריכוז cDNA ואת כמות הצבע שולב ב ספקטרופוטומטר Nanodrop (לנורמליזציה של דגימות) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> בתוך צינור רצועה PCR להוסיף 1 הפיצול μL חיץ 25X, 5 μL חיץ חסימת 5X, 9.5 μL (או כמות לנרמל) של מדגם Cy3 שכותרתו, ומים בהיקף כולל של μL 25 (Agilent) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> הוסף 25 μL של חיץ GEX 2X הכלאה (Agilent). ספין למטה בקצרה כדי להסיר בועות. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> טען 40 μL המדגם לשקופית אטם. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> המקום Agilent מודפס מערך Virochip (אוניברסיטת Californi, סן פרנסיסקו / Agilent) (הצד המסומן &quot;Agilent&quot; למטה) על גבי השקופית אטם ולהדק את הבורג בחוזקה. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> להכליא בין לילה ב 65 מעלות צלזיוס בתנור, הגדרת מהירות של 10 סל&quot;ד. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> כדי לשטוף מערכים, מחממים חוצץ 2 (Agilent) עד 37 ° C. לפרק שקופיות / מערך אטם תת כריך במאגר 1 (Agilent). לשטוף במאגר 1 x 1 דקות. לשטוף במאגר שחומם מראש 2 x 1 דקות. לאט לאט להסיר שקופיות חוצץ 2, להיות זהיר, כדי למנוע בועות (שימוש kimwipe אל הפתיל משם לחות נוספת להיות זהיר, כדי למנוע מגע ישיר הצד הפעיל של המערך) </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מקום להחליק לתוך מחזיק שקופיות להכניס לתוך מערך סורק. </li></ol> 6. Virochip סריקה וניתוח <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סריקה Cy3 שכותרתו מערך בשעה 5 מיקרומטר או 2 מיקרומטר על פי פרוטוקול סריקה רגילה של המכשיר (איור 2B). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ניתוח microarrays Virochip על ידי בדיקה חזותית, ניתוח אשכולות, או תוכנית ניתוח אוטומטי Virochip, E-11 לחזות. על ידי כל אחד מהם שלוש שיטות, נגיף השפעת זוהה בקלות במדגם האף ספוגית (מילד עם מחלה דמוית שפעת) (איור 2C) </li></ol> 7. נציג תוצאות: כאשר הפרוטוקול הוא נעשה בצורה נכונה, משטח יש לראות על ג&#39;ל אלקטרופורזה agarose לאחר השלב Rd B (איור 2 א). Microarray Virochip על פלטפורמת Agilent יהיה קשה לנתח חזותית (תרשים 2B), אבל אם קיים וירוס זה צריך להיות מזוהה בקלות על ידי בדיקה חזותית, ניתוח אשכולות, ו / או E-לחזות (תרשים 1C). דוגמאות ניתן מתובל בכמות מדודה של חומצות גרעין של נגיף הידוע (וירוס למשל פסיפס טבק; MS2 bacteriophage) לשמש כביקורת חיובית עבור assay. <img src="/files/ftp_upload/2536/2536fig1.jpg" alt="איור 1" /> באיור 1. סכמטי של עיבוד microarray Virochip וניתוח. חולץ חומצות גרעין מ דגימות קליניות הם מוגבר באופן אקראי, שכותרתו עם צבעי ניאון, ו הכלאה של microarray Virochip. Microarrays נסרקים ברזולוציה 2 מיקרומטר ונותחו באמצעות מגוון של כלים חישוביים, כולל דואר לחזות. <img src="/files/ftp_upload/2536/2536fig2.jpg" alt="איור 2" /> איור 2. שלבים assay Virochip לאחר הגברה על ידי אקראי PCR, כתם של 200 -. 1000 bp ניתן דמיינו ידי ג&#39;ל אלקטרופורזה (א) (ב) שלושה microarrays Virochip מתוך 8 מערכים / שקופיות זכוכית מוצגים, עם אזור קטן. microarray של one מוגדל של הבלעה על בפינה הימנית התחתונה. (ג) ניתוח אוטומטי microarray ויראלי באמצעות דואר לחזות חושף את נוכחותו של וירוס שפעת במדגם קליניים. הציון דמיון גבוה (s = 0.55) מקבילה לערך-p כי הוא קרוב לאפס, ובכך זה ניבוי משמעותי ביותר.

<ol>
	<li>Wang, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray-based+detection+and+genotyping+of+viral+pathogens.">Microarray-based detection and genotyping of viral pathogens.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 99, 15687-15692 (2002).</li><li>Chiu, C. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diagnosis+of+a+critical+respiratory+illness+caused+by+human+metapneumovirus+by+use+of+a+pan-virus+microarray.">Diagnosis of a critical respiratory illness caused by human metapneumovirus by use of a pan-virus microarray.</a> J Clin Microbiol. 45, 2340-2343 (2007).</li><li>Chiu, C. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microarray+detection+of+human+parainfluenzavirus+4+infection+associated+with+respiratory+failure+in+an+immunocompetent+adult.">Microarray detection of human parainfluenzavirus 4 infection associated with respiratory failure in an immunocompetent adult.</a> Clin Infect Dis. 43, e71-e76 (2006).</li><li>Chiu, C. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Utility+of+DNA+microarrays+for+detection+of+viruses+in+acute+respiratory+tract+infections+in+children.">Utility of DNA microarrays for detection of viruses in acute respiratory tract infections in children.</a> J Pediatr. 153, 76-83 (2008).</li><li>Kistler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Pan-viral+screening+of+respiratory+tract+infections+in+adults+with+and+without+asthma+reveals+unexpected+human+coronavirus+and+human+rhinovirus+diversity.">Pan-viral screening of respiratory tract infections in adults with and without asthma reveals unexpected human coronavirus and human rhinovirus diversity.</a> J Infect Dis. 196, 817-825 (2007).</li><li>Rota, P. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+a+novel+coronavirus+associated+with+severe+acute+respiratory+syndrome.">Characterization of a novel coronavirus associated with severe acute respiratory syndrome.</a> Science. 300, 1394-1399 (2003).</li><li>Wang, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Viral+discovery+and+sequence+recovery+using+DNA+microarrays.">Viral discovery and sequence recovery using DNA microarrays.</a> PLoS Biol. 1, e2-e2 (2003).</li><li>Urisman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+a+novel+Gammaretrovirus+in+prostate+tumors+of+patients+homozygous+for+R462Q+RNASEL+variant.">Identification of a novel Gammaretrovirus in prostate tumors of patients homozygous for R462Q RNASEL variant.</a> PLoS Pathog. 2, 25-25 (2006).</li><li>Kistler, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recovery+of+divergent+avian+bornaviruses+from+cases+of+proventricular+dilatation+disease:+identification+of+a+candidate+etiologic+agent.">Recovery of divergent avian bornaviruses from cases of proventricular dilatation disease: identification of a candidate etiologic agent.</a> Virol J. 5, e25-e25 (2008).</li><li>Chiu, C. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+cardioviruses+related+to+Theiler's+murine+encephalomyelitis+virus+in+human+infections.">Identification of cardioviruses related to Theiler's murine encephalomyelitis virus in human infections.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 105, 14124-14129 (2008).</li><li>Urisman, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=E-Predict:+a+computational+strategy+for+species+identification+based+on+observed+DNA+microarray+hybridization+patterns.">E-Predict: a computational strategy for species identification based on observed DNA microarray hybridization patterns.</a> Genome Biol. 6, R78-R78 (2005).</li></ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

פרוטוקול Virochip כפי שתואר כאן הוא מורכב ודורש טכנאי מחקר קפדני ומיומן. ריכוזים מגיב נכון ותנאים PCR, תיוג, הכלאה הם קריטיים. פרוטוקול Virochip ניתן לשנות בקלות כדי להתאים ניתוח לרקמות החולות על ידי השימוש בשיטה רקמה מיצוי כגון TRIzol (Invitrogen) להפקת חומצות גרעין. בדיקות ניתן להוסיף או נמחקו כנדרש בכדי להשיג את הספקטרום הרצוי ולרוחבה של הסיקור, למשל, בדיקות לגילוי מטרות nonviral כגון חיידקים ופטריות יכול להיות מתוכנן, והוסיף &quot;ב-the-fly&quot;. יישומים מסוימים של assay Virochip בשלבי פיתוח כוללים קשת רחבה אבחון ויראלי במעבדה קלינית, חקירה פרוץ, הקרנת טוהר של תרופות וחיסונים, גילוי נגיפי רומן הפתוגן.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> שם מגיב / חומר </th><th> שם מגיב / חומר </th></tr><tr><td> Primera </td><td> 5&#39;-GTTTCCCAGTCACGATA-(N9) -3 &quot; </td></tr><tr><td> פריימר B </td><td> 5&#39;-GTTTCCCAGTCACGATA-3 &quot; </td></tr><tr><td rowspan="5"> RT מאסטר מיקס (5 μL) </td><td> 2 μL חיץ 5X RT </td></tr><tr><td> 1 μL 12.5 mM dNTP (Invitrogen) </td></tr><tr><td> 1 μL מים </td></tr><tr><td> 0.5 μL 0.1M DTT </td></tr><tr><td> 0.5 μL SSIII RT (Invitrogen) </td></tr><tr><td rowspan="3"> Sequenase מערבבים (5 μL) </td><td> 1 μL Sequenase 5X חיץ </td></tr><tr><td> 3.8 μL מים </td></tr><tr><td> 0.15 Sequenase μL (USB Corporation) </td></tr><tr><td rowspan="5"> Rd B PCR מאסטר מיקס (45 μL) </td><td> 5 μL חיץ 10X-PCR </td></tr><tr><td> 1 μL 12.5 mM dNTP (Invitrogen) </td></tr><tr><td> 1 μL 100 pmol / μL תחל ב </td></tr><tr><td> 1 μL KlenTaq אנג&#39;לס (Sigma) </td></tr><tr><td> 37 μL מים </td></tr><tr><td rowspan="5"> Rd C PCR מאסטר מיקס (45 μL) </td><td> 5 UL חיץ 10X-PCR </td></tr><tr><td> 1 μL 12.5 mM dNTP (Invitrogen) </td></tr><tr><td> 1 μL 100 pmol / μL תחל ב </td></tr><tr><td> 1 μL KlenTaq אנג&#39;לס (Sigma) </td></tr><tr><td> 37 μL מים </td></tr><tr><td rowspan="4"> הכלאה חיץ (25 μL) </td><td> 1 חיץ μL הפיצול 25X (Agilent) </td></tr><tr><td> 5 μL חיץ חסימת 5X (Agilent) </td></tr><tr><td> 9.5 μL (או כמות לנרמל) של מדגם Cy3 שכותרתו </td></tr><tr><td> מוסיפים מים עד נפח כולל של 25 μL </td></tr><tr><td> Agilent Virochip microarray </td><td> זמין מ - צ&#39;יו מעבדה, קליפורניה בסן פרנסיסקו; ממתינים רישיון </td></tr></tbody></table>

using a pan-viral microarray assay (virochip) to screen clinical samples for viral pathogens

האבחנה של גורם נגיפי מחלות זיהומיות רבות קשה בשל המגוון רצף הטבועה של וירוסים, כמו גם את הופעתם המתמשכת של פתוגנים נגיפיים הרומן, כמו הסארס קורונה ו - 2009 מגיפת נגיף שפעת H1N1, אשר אינו יכול לאתר את השיטות המסורתיות. כדי לטפל באתגרים אלה, פיתחנו בעבר ומאומתים פלטפורמה הפאן ויראלי microarray שנקרא Virochip עם היכולת לזהות את כל וירוסים ידועים, כמו גם גרסאות רומן על בסיס הומולוגיה ברצף משומר 1. שימוש Virochip, זיהינו את מלוא הספקטרום של וירוסים הקשורים זיהומים בדרכי הנשימה, כולל מקרים של מחלה קריטית מוסברת בחולים מאושפזים, עם רגישות שווה או עולה על 2-5 קונבנציונאלי ניסויים קליניים. Virochip שימש גם כדי לזהות וירוסים רומן, כולל קורונה הסארס 6,7, clade rhinovirus הרומן 5, XMRV (רטרווירוס קשור לסרטן הערמונית) 8, bornavirus העופות (הגורם ממחלה ממארת ב תוכים) 9, ו cardiovirus רומן בילדים עם מחלה נשימתית שלשולים 10. הגרסה הנוכחית של Virochip כבר ported כדי פלטפורמת Agilent microarray והוא מורכב ~ 36,000 בדיקות נגזר על ~ 1500 וירוסים GenBank בדצמבר 2009. כאן אנו מדגימים את השלבים המעורבים בעיבוד assay Virochip מתחילתו ועד סופו (~ זמן אספקה ​​24 שעות), כולל מיצוי מדגם חומצת גרעין, הגברה PCR בעזרת פריימרים אקראיים, שילוב צבע פלואורסצנטי, ואת ההכלאה microarray, סריקה וניתוח.

Watch this Scientific Journal Video about Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens at JoVE.com

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Virochip הוא microarray הפאן ויראלי שנועד לזהות בו זמנית את כל וירוסים ידועים, כמו גם וירוסים רומן על בסיס הומולוגיה ברצף נשמרת. כאן אנו מדגימים איך לנהל assay Virochip לנתח דגימות קליניות עבור נוכחות של וירוסים מוכרים ושאינם מוכרים.

באמצעות assay הפאן ויראלי microarray (Virochip) אל מסך דוגמאות קליניות עבור פתוגנים ויראליים

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Determining the Phagocytic Activity of Clinical Antibody Samples

קביעת פעילות Phagocytic דוגמאות של נוגדן קלינית

Antibody-driven phagocytosis is induced via the engagement of Fc receptors on professional phagocytes, and can contribute to both clearance as well as ...

Enumeration of Major Peripheral Blood Leukocyte Populations for Multicenter Clinical Trials Using a Whole Blood Phenotyping Assay

ספירה של אוכלוסיות גדולות דם היקפיות יקוציט לניסויי multicenter קליניים באמצעות Assay phenotyping דם מלא

Cryopreservation of peripheral blood leukocytes is widely used to preserve cells for immune response evaluations in clinical trials and offers many ...

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

הקמת תרבות הנוזלית מכוסית של Airway האנושי המקוטב-3 Calu תאי אפיתל ללמוד תגובת תא מארחת לפתוגנים נשימה<em&gt; במבחנה</em

The  apical and basolateral surfaces of airway epithelial cells demonstrate  directional responses to pathogen exposure in  vivo. Thus, ideal in vitro ...

Using Click Chemistry to Measure the Effect of Viral Infection on Host-Cell RNA Synthesis

שימוש בכימיה לחץ כדי למדוד את ההשפעה של זיהום ויראלי בסינתזת RNA Host-Cell

Many RNA viruses have evolved the ability to inhibit host cell transcription as a means to circumvent cellular defenses. For the study of these viruses, ...

Using Fluorescent Proteins to Monitor Glycosome Dynamics in the African Trypanosome

שימוש בחלבוני ניאון כדי לפקח Dynamics Glycosome בTrypanosome האפריקאי

Trypanosoma brucei is a kinetoplastid parasite that causes human African trypanosomiasis (HAT), or sleeping sickness, and a wasting disease, nagana, in ...

A Miniaturized Glycan Microarray Assay for Assessing Avidity and Specificity of Influenza A Virus Hemagglutinins

Assay Microarray מיניאטורי glycan להערכת הלהיטות וספציפיות של Hemagglutinins וירוס שפעת A

Influenza A virus (IAV) hemagglutinins recognize sialic acids on the cell surface as functional receptors to gain entry into cells. Wild waterfowl are the ...

A Rapid Strategy for the Isolation of New Faustoviruses from Environmental Samples Using Vermamoeba vermiformis

A Rapid Strategy for the Isolation of New Faustoviruses from Environmental Samples Using Vermamoeba vermiformis

אסטרטגית ראפיד עבור הבידוד של ניו Faustoviruses ממדגמים סביבת שימוש<em&gt; Vermiformis Vermamoeba</em

The isolation of giant viruses is of great interest in this new era of virology, especially since these giant viruses are related to protists. Giant ...

Developing a Salivary Antibody Multiplex Immunoassay to Measure Human Exposure to Environmental Pathogens

פיתוח Immunoassay רוק נוגדן Multiplex כדי לאמוד את חשיפת אדם לפתוגנים הסביבה

The etiology and impacts of human exposure to environmental pathogens are of major concern worldwide and, thus, the ability to assess exposure and ...

Measuring Influenza Neuraminidase Inhibition Antibody Titers by Enzyme-linked Lectin Assay

מדידת טיטר נוגדנים עיכוב Neuraminidase שפעת ידי enzyme-linked Assay לקטינים

Antibodies to neuraminidase (NA), the second most abundant surface protein on influenza virus, contribute toward protection against influenza. Traditional ...

Utilization of Capsules for Negative Staining of Viral Samples within Biocontainment

ניצול של קפסולות עבור מכתים שלילי של דגימות ויראלי בתוך Biocontainment

Transmission electron microscopy (TEM) is used to observe the ultrastructure of viruses and other microbial pathogens with nanometer resolution. Most ...