Name: dna microarrays: sample quality control, array hybridization and scanning
Uploaded: 2011-03-15T11:00:00
Duration: 9 min 27 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning at JoVE.com

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> وأيد هذا العمل عن طريق منح لED من جيمس س. ماكدونيل مؤسسة جائزة برنامج القرن <sup>ال</sup> 21 ، وجائزة مدير المعاهد الوطنية للصحة ومبتكر جديد. وأيد الديوان جزئيا على زمالة ما بعد الدكتوراه من معهد كاليفورنيا للطب التجديدي. </p>

<ol>
	<li>Diaz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One+Decade+Later:+What+has+Gene+Expression+Profiling+Told+us+About+Neuronal+Cell+Types,+Brain+Function+and+Disease.">One Decade Later: What has Gene Expression Profiling Told us About Neuronal Cell Types, Brain Function and Disease.</a> <em style='font-style: italic'>Curr Genomics</em>. <b>10</b>, 318-318 (2009).</li><li>Barisone, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Expression profiling in Neuroscience, edited by Ioannis Karamanos</em>. , (2010).</li><li>Gelder, R. N. V. a. n. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amplified+RNA+synthesized+from+limited+quantities+of+heterogeneous+cDNA.">Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA.</a> <em style='font-style: italic'>Proc Natl Acad Sci U S A</em>. <b>87</b>, 1663-1663 (1990).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> التنميط التعبير مع ميكروأرس الحمض النووي يوفر نهجا واضحة لتحديد الجينات وأعرب تفاضلي بين اثنين من العينات البيولوجية. تجارب ناجحة التنميط التعبير تتطلب جودة عالية عينات من الحمض النووي الريبي ، ووضع العلامات قوية والتهجين. في تجربتنا ، والمصفوفات ومجموعات تجارية من العلامات اجيلنت توفير بيانات ذات جودة عالية وبتكلفة معقولة. في حين اجيلنت كما يقدم التهجين والآلات الخاصة بها المسح ، ونحن نؤيد نظام التهجين من روش - Nimblegen والماسح الضوئي GenePix ميكروأري 4000B من الأجهزة الجزيئية. علما أنه كان معروفا في السابق وحدة التهجين روش - Nimblegen كنظام التهجين ماوي. بعد استحواذ شركة روش مؤخرا ، تم التوقف عن خلاطات A4. حتى لحظة كتابة هذه السطور ، لا يزال أن تكون وجدت من خلال الباعة أخرى مثل تشخيص Kreatech ( <a href="http://www.kreatech.com/">www.kreatech.com</a> ، وهذا يقدم الموقع أيضا مجموعة مريحة أداة التوافق) ، ولكن على المدى الطويل من توافر المنتج غير مؤكد. نظم التهجين أخرى متاحة (على سبيل المثال ، من اجيلنت) ، ولكن إذا كان من الممكن العثور على خلاطات متوافقة لتستخدم في المصفوفة ، نوصي النظام روش - Nimblegen لجودته والتكاثر. </p>

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>2100 Bioanalyzer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G2943CA</td>
<td>Includes chip priming station, vortexer, software and laptop computer</td>
</tr>
<tr>
<td>2100 Bioanalyzer electrophoresis set</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G2947CA</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNA 6000 Nano kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5067-1511</td>
<td>includes size ladder, marker, gel matrix, dye, electrode cleaners, spin filters and nanochips</td>
</tr>
<tr>
<td>RNase Zap</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Applied Biosystems &#x2013; Ambion</td>
<td>AM9780M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Quick Amp labeling kit, two-color</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5190-0444</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy mini kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gene Expression Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5188-542</td>
<td>Includes Blocking agent, Fragmentation buffer and Hybridization buffer</td>
</tr>
<tr>
<td>Gene Expression Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5188-5327</td>
<td>Includes Wash Buffers 1 and 2 and Triton X-102</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization Station</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Nimblegen</td>
<td>05223652001</td>
<td>4-slide model</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization System Accesory Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Nimblegen</td>
<td>05327695001</td>
<td>Contains verification assembly for testing mixing, replacement O-rings, disassembly tool, forceps and brayer</td>
</tr>
<tr>
<td>A4 mixer hybridization chambers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Whole Human Genome (4x44) Oligo Microarray</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G4112F</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Positive displacement pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gilson</td>
<td>F148504</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Capillary pistons for positive displacement pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gilson</td>
<td>F148415</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microarray dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Nimblegen</td>
<td>05223636001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microarray fluorescent scanner, Axon GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix Pro 6.0 software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

dna microarrays: sample quality control, array hybridization and scanning

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> ميكروأري التنميط التعبير في الجهاز العصبي يوفر طريقة فعالة لتحديد الأنشطة الجينات في مراحل مختلفة من التنمية ، ومختلف دول فسيولوجية أو مرضية ، والاستجابة للعلاج ، وبصفة عامة ، فإن أي شرط أن يجري اختبار تجريبي <sup>1.</sup> التنميط التعبير من الأنسجة العصبية يتطلب عزل الحمض النووي الريبي جودة عالية ، والتضخيم من الحمض النووي الريبي معزولة والتهجين لميكروأرس الحمض النووي. نحن في هذه المقالة وصف بروتوكولات للتجارب ميكروأري استنساخه من نسيج الورم في الدماغ <sup>2.</sup> سنبدأ عن طريق إجراء تحليل ومراقبة الجودة للعينات الحمض النووي الريبي معزولة مع اجيلنت 2100 &#39;Bioanalyzer&quot; المختبر على واحد في رقاقة &quot;التكنولوجيا. عينات من الحمض النووي الريبي عالية الجودة ذات أهمية حاسمة لنجاح أي تجربة ميكروأري ، وBioanalyzer 2100 يوفر وسيلة سريعة والقياس الكمي لجودة العينة. وتتضخم ثم عينات الحمض النووي الريبي وصفت قبل تنفيذ النسخ العكسي للحصول على [كدنا] ، تليها في النسخ المختبر في وجود النيوكليوتيدات المسمى لإنتاج كرنا المسمى. باستخدام مجموعة العلامات المزدوجة اللون ، فإننا سوف تسمية لدينا عينة تجريبية مع Cy3 وعينة مرجعية مع Cy5. وعندئذ يمكن الجمع بين كل من العينات والمهجنة إلى صفائف اجيلنت لل4x44 K. ثنائي اللون صفائف توفر الاستفادة من المقارنة المباشرة بين عينات الحمض النووي الريبي اثنين ، مما يزيد من دقة القياسات ، ولا سيما بالنسبة للتغييرات طفيفة في مستويات التعبير ، لأنه يتم تهجين الحمض النووي الريبي لعينتين تنافسية لميكروأري واحد. وسيتم فحص صفائف في موجات two المناظرة ، وسيتم استخدام نسبة Cy3 إشارة إلى Cy5 لكل ميزة بوصفها القياس المباشر للالوفرة النسبية للمرنا المقابلة. هذا التحليل يحدد الجينات التي يتم التعبير عنها بشكل مختلف في الاستجابة للشروط التجريبية التي يجري اختبارها. </p>

Watch this Scientific Journal Video about DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning at JoVE.com

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

<p class="jove_content">نحن لشرح استخدام الحمض النووي لميكروأرس التنميط التعبير عن الجهاز العصبي. وصفنا الحمض النووي الريبي لمراقبة الجودة ، ووضع العلامات عينة ، والتهجين مجموعة والمسح الضوئي.</p>

ميكروأرس] DNA : نموذج مراقبة الجودة ، وتهجين صفيف والمسح الضوئي

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

التحليل الجرثومي التعبير الجيني عن طريق ميكروأرس]

Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

تظاهرة فنية من الجامعة التهجين الجينومي المقارن صفيف الجينوم

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

عينات الشعر نونينفاسيفي تقنيات الحمض النووي للحصول على ارتفاع الجودة من الثدييات الصغيرة المراوغ

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays (MEArrays)

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays MEArrays

تصنيع واستخدام ميكروأرس المكروية (MEArrays)

The interactions between cells and their surrounding microenvironment have functional consequences for cellular behaviour. On the single cell level, ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

جيل من جودة عالية لونين القالب الحمض النووي مناعي لتسلسل عالية الإنتاجية (رقاقة وما يليها)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

مجموعة المقارن الجينوم التهجين (صفيف [ك]) عن الكشف عن الجينوم نسخ عدد المتغيرات

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...

Simple Method for Fluorescence DNA <em>In Situ</em> Hybridization to Squashed Chromosomes

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

طريقة بسيطة لDNA الإسفار<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين لسحق الكروموسومات

DNA in situ hybridization (DNA ISH) is a commonly used method for mapping sequences to specific chromosome regions. This approach is particularly ...

Do's and Don'ts of Cryo-electron Microscopy: A Primer on Sample Preparation and High Quality Data Collection for Macromolecular 3D Reconstruction

ما يفعل وما يترك من المجهري البرد الإلكترون: وهو أول كتاب عن تحضير العينة وجمع البيانات عالية الجودة للتعمير الجزيئات 3D

Cryo-electron microscopy (cryoEM) entails flash-freezing a thin layer of sample on a support, and then visualizing the sample in its frozen hydrated state ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

التضخيم، الجيل التالي من التسلسل، والحمض النووي الجينوم رسم خرائط مواقع التكامل فيروسات الرجعية

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

Synthesis of Wavelength-shifting DNA Hybridization Probes by Using Photostable Cyanine Dyes

تجميع لتحويل الطول الموجي تهجين الحمض النووي تحقيقات باستخدام صامد Cyanine الأصباغ

In this protocol, we demonstrate a method for the synthesis of 2&#39;-alkyne modified deoxyribonucleic acid (DNA) strands by automated solid phase ...