Name: dna microarrays: sample quality control, array hybridization and scanning
Uploaded: 2011-03-15T11:00:00
Duration: 9 min 27 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning at JoVE.com

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> עבודה זו נתמכה על ידי מענקים ED מן ס ג&#39;יימס מקדונל קרן 21 תוכנית פרס <sup>רח&#39;</sup> המאה, ואת פרס ממציא ניו מנהל של NIH. במודלים של GAB נתמך בחלקו על ידי מענק דוקטורט ממכון קליפורניה של רפואה רגנרטיבית. </p>

<ol>
	<li>Diaz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One+Decade+Later:+What+has+Gene+Expression+Profiling+Told+us+About+Neuronal+Cell+Types,+Brain+Function+and+Disease.">One Decade Later: What has Gene Expression Profiling Told us About Neuronal Cell Types, Brain Function and Disease.</a> <em style='font-style: italic'>Curr Genomics</em>. <b>10</b>, 318-318 (2009).</li><li>Barisone, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Expression profiling in Neuroscience, edited by Ioannis Karamanos</em>. , (2010).</li><li>Gelder, R. N. V. a. n. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amplified+RNA+synthesized+from+limited+quantities+of+heterogeneous+cDNA.">Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA.</a> <em style='font-style: italic'>Proc Natl Acad Sci U S A</em>. <b>87</b>, 1663-1663 (1990).</li></ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> פרופיל הביטוי עם microarrays DNA מספק גישה פשוטה לזיהוי גנים הביע באופן דיפרנציאלי בין שתי דגימות ביולוגיות. פרופיל מוצלח ניסויים ביטוי דורשים איכות גבוהה דגימות רנ&quot;א, תיוג חזקים הכלאה. מניסיוננו, מערכי מסחריים ערכות תיוג של Agilent לספק נתונים באיכות גבוהה במחיר סביר. בעוד Agilent מציעה גם ההכלאה שלהם במכונות סריקה, אנחנו בעד מערכת הכלאה בין רוש-NimbleGen ואת 4000B GenePix סורק microarray מן התקנים מולקולריים. ראוי לציין, כי יחידת Roche-NimbleGen הכלאה היה ידוע בעבר בשם מערכת הכלאה מאווי. לאחר הרכישה האחרונה של החברה על ידי חברת רוש, מערבלי A4 שהופסקו. נכון לרגע כתיבת שורות אלה, הם עדיין יכולים למצוא דרך מוכרים אחרים כגון Kreatech אבחון ( <a href="http://www.kreatech.com/">www.kreatech.com</a> ; אתר זה מציע גם כלי נוח תאימות במערך), אבל לטווח ארוך זמינות מלאי אינה ודאית. מערכות הכלאה אחרים זמינים (לדוגמה, מ - Agilent), אולם אם מערבלי תואם ניתן למצוא את מערך בשימוש, אנו ממליצים על המערכת של רוש, NimbleGen עבור איכותו reproducibility. </p>

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>2100 Bioanalyzer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G2943CA</td>
<td>Includes chip priming station, vortexer, software and laptop computer</td>
</tr>
<tr>
<td>2100 Bioanalyzer electrophoresis set</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G2947CA</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNA 6000 Nano kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5067-1511</td>
<td>includes size ladder, marker, gel matrix, dye, electrode cleaners, spin filters and nanochips</td>
</tr>
<tr>
<td>RNase Zap</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Applied Biosystems &#x2013; Ambion</td>
<td>AM9780M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Quick Amp labeling kit, two-color</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5190-0444</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy mini kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gene Expression Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5188-542</td>
<td>Includes Blocking agent, Fragmentation buffer and Hybridization buffer</td>
</tr>
<tr>
<td>Gene Expression Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5188-5327</td>
<td>Includes Wash Buffers 1 and 2 and Triton X-102</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization Station</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Nimblegen</td>
<td>05223652001</td>
<td>4-slide model</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization System Accesory Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Nimblegen</td>
<td>05327695001</td>
<td>Contains verification assembly for testing mixing, replacement O-rings, disassembly tool, forceps and brayer</td>
</tr>
<tr>
<td>A4 mixer hybridization chambers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Whole Human Genome (4x44) Oligo Microarray</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G4112F</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Positive displacement pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gilson</td>
<td>F148504</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Capillary pistons for positive displacement pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gilson</td>
<td>F148415</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microarray dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Nimblegen</td>
<td>05223636001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microarray fluorescent scanner, Axon GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix Pro 6.0 software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

dna microarrays: sample quality control, array hybridization and scanning

<p class="jove_content" style=";text-align:right;direction:rtl"> פרופיל microarray ביטוי של מערכת העצבים מספק גישה רב עוצמה לזיהוי פעילויות גן בשלבים שונים של פיתוח, או מצבים פיזיולוגיים פתולוגיים שונים, התגובה לטיפול, ובאופן כללי, כל מצב זה נבדק בניסוי <sup>1.</sup> פרופיל הביטוי של רקמות עצביות דורש בידוד של איכות גבוהה RNA, הגברה של רנ&quot;א מבודד הכלאה כדי microarrays DNA. במאמר זה נתאר פרוטוקולים לניסויים microarray לשחזור מרקמת המוח הגידול <sup>2.</sup> נתחיל ידי ביצוע בקרת איכות ניתוח של דגימות RNA בודד עם 2100 של Agilent Bioanalyzer טכנולוגיית &quot;מעבדה על שבב&quot;. איכות גבוהה דגימות RNA הם קריטיים להצלחת הניסוי כל microarray, ואת 2100 Bioanalyzer מספק מדידה מהירה, כמותית של איכות המדגם. דגימות RNA הם מוגבר אז שכותרתו ידי ביצוע שעתוק לאחור כדי לקבל cDNA, ואחריו ב שעתוק במבחנה בנוכחות של נוקלאוטידים שכותרתו לייצר Crna שכותרתו. באמצעות ערכת כפול צבע תיוג, אנו תווית מדגם הניסוי שלנו עם Cy3 ו מדגם התייחסות עם Cy5. דגימות הן מכן ניתן יהיה משולב הכלאה למערכי 4x44 של Agilent K. Dual-צבע מערכים להציע את היתרון של השוואה ישירה בין שתי דגימות רנ&quot;א, ובכך להגדיל את רמת הדיוק של המדידות, בפרט עבור שינויים קטנים ברמות הביטוי, כי שתי דגימות RNA הם הכלאה תחרותי כדי microarray יחיד. מערכים ייסרקו על שני אורכי הגל המתאים, יחס אות Cy3 כדי Cy5 עבור כל תכונה תשמש מדידה ישירה של השפע היחסי של mRNA המתאים. ניתוח זה מזהה את הגנים באים לידי ביטוי באופן דיפרנציאלי בתגובה תנאי הניסוי נבדק. </p>

Watch this Scientific Journal Video about DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning at JoVE.com

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

<p class="jove_content">אנו מדגימים את השימוש microarrays DNA עבור פרופיל הביטוי של מערכת העצבים. אנו מתארים לשלוט RNA איכות, תיוג המדגם, הכלאה מערך סריקה.</p>

Microarrays DNA: בקרת איכות המדגם, הכלאת מערך סריקה ו

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Gene Expression חיידקית ניתוח שימוש microarrays

Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

הפגנה טכנית של הכלאה שלמות מערך הגנום הגנום השוואתי

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

שיער פולשנית דגימה טכניקה לקבל DNA באיכות גבוהה מ יונקים קטנים החמקמק

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays (MEArrays)

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays MEArrays

ייצור ושימוש של microarrays Microenvironment (MEArrays)

The interactions between cells and their surrounding microenvironment have functional consequences for cellular behaviour. On the single cell level, ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

דור של תבנית הכרומטין immunoprecipitation איכות גבוהה עבור ה-DNA רצף תפוקה גבוהה (שבב ואילך)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

מערך השוואתי הגנום הכלאה (Array CGH) לאיתור של הגנום גרסאות מספר עותק

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...

Simple Method for Fluorescence DNA <em>In Situ</em> Hybridization to Squashed Chromosomes

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

שיטה פשוטה DNA הקרינה<em&gt; באתר</em&gt; הכלאה לכרומוזומים &quot;סתמת

DNA in situ hybridization (DNA ISH) is a commonly used method for mapping sequences to specific chromosome regions. This approach is particularly ...

Do's and Don'ts of Cryo-electron Microscopy: A Primer on Sample Preparation and High Quality Data Collection for Macromolecular 3D Reconstruction

עשה ואל תעשה של מיקרוסקופ אלקטרוני cryo-: פריימר על הכנת דוגמאות וגבוהה איסוף נתונים איכות לשיקום Macromolecular 3D

Cryo-electron microscopy (cryoEM) entails flash-freezing a thin layer of sample on a support, and then visualizing the sample in its frozen hydrated state ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

הגברה, רצף הדור הבא, ואת הגנום מיפוי ה- DNA של אתרי אינטגרצית retroviral

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

Synthesis of Wavelength-shifting DNA Hybridization Probes by Using Photostable Cyanine Dyes

סינתזה של בדיקות הכלאה DNA הסטה אורך גל על ​​ידי שימוש photostable Cyanine צבעים

In this protocol, we demonstrate a method for the synthesis of 2&#39;-alkyne modified deoxyribonucleic acid (DNA) strands by automated solid phase ...