Name: dna microarrays: sample quality control, array hybridization and scanning
Uploaded: 2011-03-15T11:00:00
Duration: 9 min 27 s
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<p class="jove_content"> इस काम के जेम्स एस McDonnell फाउंडेशन 21 <sup>वीं</sup> सदी पुरस्कार कार्यक्रम से प्रवर्तन निदेशालय को अनुदान, और एक NIH निदेशक नई अन्वेषक पुरस्कार द्वारा समर्थित किया गया था. गपशप में भाग पुनर्योजी चिकित्सा के कैलिफोर्निया इंस्टीट्यूट से एक postdoctoral फैलोशिप द्वारा समर्थित किया गया था. </p>

<ol>
	<li>Diaz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One+Decade+Later:+What+has+Gene+Expression+Profiling+Told+us+About+Neuronal+Cell+Types,+Brain+Function+and+Disease.">One Decade Later: What has Gene Expression Profiling Told us About Neuronal Cell Types, Brain Function and Disease.</a> <em style='font-style: italic'>Curr Genomics</em>. <b>10</b>, 318-318 (2009).</li><li>Barisone, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Expression profiling in Neuroscience, edited by Ioannis Karamanos</em>. , (2010).</li><li>Gelder, R. N. V. a. n. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amplified+RNA+synthesized+from+limited+quantities+of+heterogeneous+cDNA.">Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA.</a> <em style='font-style: italic'>Proc Natl Acad Sci U S A</em>. <b>87</b>, 1663-1663 (1990).</li></ol>

ब्याज की कोई संघर्ष की घोषणा की.

<p class="jove_content"> डीएनए के साथ अभिव्यक्ति की रूपरेखा दो जैविक नमूनों के बीच विभिन्न व्यक्त जीनों की पहचान के लिए एक सीधा दृष्टिकोण प्रदान करता है. सफल अभिव्यक्ति की रूपरेखा प्रयोगों उच्च गुणवत्ता आरएनए नमूने, मजबूत लेबलिंग और संकरण की आवश्यकता है. हमारे अनुभव में, वाणिज्यिक और arrays Agilent से लेबलिंग किट एक उचित कीमत पर उच्च गुणवत्ता वाले डेटा प्रदान करते हैं. जबकि Agilent भी अपने स्वयं के संकरण और स्कैनिंग मशीनरी प्रदान करता है, हम Roche NimbleGen और आण्विक उपकरण से GenePix 4000B माइक्रोएरे स्कैनर से संकरण प्रणाली एहसान. ध्यान दें कि संकरण Roche NimbleGen इकाई के पूर्व माउ संकरण प्रणाली के रूप में जाना जाता था. Roche द्वारा हाल ही में कॉर्पोरेट अधिग्रहण के बाद, A4 mixers बंद कर दिया गया है. इस लेखन के समय के रूप में, वे अभी भी Kreatech निदान (जैसे अन्य विक्रेताओं के माध्यम से पाया जा <a href="http://www.kreatech.com/">सकता</a> है www.kreatech.com, इस वेबसाइट को भी एक सुविधाजनक सरणी संगतता उपकरण प्रदान करता है), लेकिन लंबी अवधि के स्टॉक की उपलब्धता अनिश्चित है. अन्य संकरण सिस्टम उपलब्ध हैं (उदाहरण के लिए, Agilent से), तथापि, अगर संगत mixers के लिए सरणी इस्तेमाल किया जा रहा पाया जा सकता है, हम अपनी गुणवत्ता और reproducibility के लिए है Roche NimbleGen प्रणाली की सिफारिश. </p>

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		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>2100 Bioanalyzer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G2943CA</td>
<td>Includes chip priming station, vortexer, software and laptop computer</td>
</tr>
<tr>
<td>2100 Bioanalyzer electrophoresis set</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G2947CA</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNA 6000 Nano kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5067-1511</td>
<td>includes size ladder, marker, gel matrix, dye, electrode cleaners, spin filters and nanochips</td>
</tr>
<tr>
<td>RNase Zap</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Applied Biosystems &#x2013; Ambion</td>
<td>AM9780M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Quick Amp labeling kit, two-color</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5190-0444</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy mini kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gene Expression Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5188-542</td>
<td>Includes Blocking agent, Fragmentation buffer and Hybridization buffer</td>
</tr>
<tr>
<td>Gene Expression Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5188-5327</td>
<td>Includes Wash Buffers 1 and 2 and Triton X-102</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization Station</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Nimblegen</td>
<td>05223652001</td>
<td>4-slide model</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization System Accesory Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Nimblegen</td>
<td>05327695001</td>
<td>Contains verification assembly for testing mixing, replacement O-rings, disassembly tool, forceps and brayer</td>
</tr>
<tr>
<td>A4 mixer hybridization chambers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Whole Human Genome (4x44) Oligo Microarray</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G4112F</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Positive displacement pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gilson</td>
<td>F148504</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Capillary pistons for positive displacement pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gilson</td>
<td>F148415</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microarray dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Nimblegen</td>
<td>05223636001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microarray fluorescent scanner, Axon GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix Pro 6.0 software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

dna microarrays: sample quality control, array hybridization and scanning

<p class="jove_content"> माइक्रोएरे अभिव्यक्ति की रूपरेखा तंत्रिका तंत्र के विकास के विभिन्न चरणों, अलग शारीरिक या रोग राज्यों, उपचार के लिए प्रतिक्रिया में जीन गतिविधियों की पहचान करने और सामान्य रूप में, किसी भी शर्त है कि प्रयोगात्मक जा <sup>रहा</sup> है एक परीक्षण के लिए एक शक्तिशाली दृष्टिकोण प्रदान करता है. तंत्रिका ऊतकों की अभिव्यक्ति रूपरेखा उच्च गुणवत्ता शाही सेना, पृथक शाही सेना और डीएनए संकरण का प्रवर्धन के अलगाव की आवश्यकता है. इस अनुच्छेद में हम मस्तिष्क ट्यूमर ऊतक से <sup>2</sup> प्रतिलिपि प्रस्तुत करने योग्य माइक्रोएरे प्रयोगों के लिए प्रोटोकॉल का वर्णन . हम है Agilent 2100 Bioanalyzer &quot;प्रयोगशाला पर एक चिप प्रौद्योगिकी&quot; के साथ पृथक आरएनए नमूनों की गुणवत्ता नियंत्रण विश्लेषण प्रदर्शन से शुरू होगा. उच्च गुणवत्ता आरएनए नमूने किसी भी माइक्रोएरे प्रयोग की सफलता के लिए महत्वपूर्ण हैं, और 2100 Bioanalyzer एक त्वरित नमूना गुणवत्ता के मात्रात्मक माप प्रदान करता है. आरएनए नमूने तो प्रवर्धित और रिवर्स प्रतिलेखन प्रदर्शन सीडीएनए प्राप्त करके लेबल, लेबल nucleotides क्रेना लेबल उत्पादन की उपस्थिति में इन विट्रो प्रतिलेखन में द्वारा पीछा किया. एक दोहरी रंग लेबलिंग किट का उपयोग करके, हम Cy3 और Cy5 के साथ एक संदर्भ नमूना के साथ हमारी प्रयोगात्मक नमूना लेबल होगा. दोनों नमूने तो और संयुक्त जाएगा Agilent है 4x44 कश्मीर arrays के लिए संकरित. दोहरी रंग arrays दो शाही सेना के नमूनों के बीच एक सीधी तुलना के लाभ की पेशकश, जिससे मापन की सटीकता बढ़ रही है, अभिव्यक्ति के स्तर में छोटे परिवर्तन के लिए विशेष रूप से, क्योंकि दो आरएनए नमूने competitively एक एकल माइक्रोएरे संकरित हैं. arrays दो इसी तरंगदैर्य पर स्कैन किया जाएगा, और प्रत्येक सुविधा के लिए Cy3 Cy5 संकेत के अनुपात इसी mRNA की रिश्तेदार बहुतायत के एक प्रत्यक्ष माप के रूप में इस्तेमाल किया जाएगा. यह विश्लेषण जीन है कि विभिन्न प्रयोगात्मक परीक्षण किया जा रहा शर्तों के जवाब में व्यक्त कर रहे हैं को दिखाता है. </p>

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DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

<p class="jove_content">हम तंत्रिका तंत्र की अभिव्यक्ति रूपरेखा के लिए डीएनए का उपयोग प्रदर्शित करता है. हम शाही सेना गुणवत्ता नियंत्रण, नमूना लेबलिंग, और सरणी संकरण और स्कैनिंग का वर्णन करता है.</p>

नमूना गुणवत्ता नियंत्रण, ऐरे संकरण और स्कैन: डीएनए

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

बैक्टीरियल जीन एक्सप्रेशन प्रोटीन का उपयोग विश्लेषण

Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

पूरे जीनोम सरणी तुलनात्मक जीनोमिक संकरण के तकनीकी प्रदर्शन

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

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एक अवेध्य बालों नमूनाकरण मायावी छोटे स्तनधारी से उच्च गुणवत्ता डीएनए प्राप्त तकनीक

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निर्माण और microenvironment प्रोटीन के उपयोग (MEArrays)

The interactions between cells and their surrounding microenvironment have functional consequences for cellular behaviour. On the single cell level, ...

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MACROMOLECULAR 3D पुनर्निर्माण के लिए एक नमूना तैयार करने पर प्राइमर और उच्च गुणवत्ता वाले डेटा संग्रह: क्रायो-इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोपी की है और don&#39;ts

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