Name: dna microarrays: sample quality control, array hybridization and scanning
Uploaded: 2011-03-15T11:00:00
Duration: 9 min 27 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning at JoVE.com

<p class="jove_content"> Эта работа была поддержана грантами для ED с Джеймсом С. McDonnell фонд <sup>21-го</sup> века Программа премии, премии и Нью-Новатор NIH директора. GAB была частично поддержана докторской стипендии из Калифорнийского института регенеративной медицины. </p>

<ol>
	<li>Diaz, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=One+Decade+Later:+What+has+Gene+Expression+Profiling+Told+us+About+Neuronal+Cell+Types,+Brain+Function+and+Disease.">One Decade Later: What has Gene Expression Profiling Told us About Neuronal Cell Types, Brain Function and Disease.</a> <em style='font-style: italic'>Curr Genomics</em>. <b>10</b>, 318-318 (2009).</li><li>Barisone, G. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> <em style='font-style: italic'>Expression profiling in Neuroscience, edited by Ioannis Karamanos</em>. , (2010).</li><li>Gelder, R. N. V. a. n. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Amplified+RNA+synthesized+from+limited+quantities+of+heterogeneous+cDNA.">Amplified RNA synthesized from limited quantities of heterogeneous cDNA.</a> <em style='font-style: italic'>Proc Natl Acad Sci U S A</em>. <b>87</b>, 1663-1663 (1990).</li></ol>

Нет конфликта интересов объявлены.

<p class="jove_content"> Выражение профилирования с помощью ДНК-микрочипов предлагает прямой подход к выявлению разному экспрессируются гены между двумя биологическими образцами. Успешные эксперименты профилирования выражения требуют высокого качества образцов РНК, надежной маркировки и гибридизации. По нашему опыту, коммерческих массивов и маркировке комплектов Agilent обеспечивают высокое качество данных по разумной цене. Хотя Agilent также предлагает своим гибридизации и сканирующей техники, мы выступаем за гибридизации системы от Рош-NimbleGen и GenePix 4000B микрочипов сканер от Molecular Devices. Обратите внимание, что Рош-NimbleGen гибридизации блок ранее был известен как системы гибридизации Мауи. После недавнего приобретения корпоративных Roche, A4 смесители было прекращено. По состоянию на момент написания этой статьи, они все еще ​​могут быть найдены через других продавцов, таких как Kreatech Диагностика ( <a href="http://www.kreatech.com/">www.kreatech.com</a> , это веб-сайт также предлагает удобный инструмент совместимости массив), однако при длительном наличие на складе является неопределенным. Другие системы гибридизации доступны (например, от компании Agilent), однако, если это совместимо смесители могут быть найдены для массива используется, мы рекомендуем системой Roche-NimbleGen за его качество и воспроизводимость. </p>

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>2100 Bioanalyzer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G2943CA</td>
<td>Includes chip priming station, vortexer, software and laptop computer</td>
</tr>
<tr>
<td>2100 Bioanalyzer electrophoresis set</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G2947CA</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNA 6000 Nano kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5067-1511</td>
<td>includes size ladder, marker, gel matrix, dye, electrode cleaners, spin filters and nanochips</td>
</tr>
<tr>
<td>RNase Zap</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Applied Biosystems &#x2013; Ambion</td>
<td>AM9780M</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Quick Amp labeling kit, two-color</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5190-0444</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>RNeasy mini kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Qiagen</td>
<td>74104</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Gene Expression Hybridization Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5188-542</td>
<td>Includes Blocking agent, Fragmentation buffer and Hybridization buffer</td>
</tr>
<tr>
<td>Gene Expression Wash Buffer Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>5188-5327</td>
<td>Includes Wash Buffers 1 and 2 and Triton X-102</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization Station</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Nimblegen</td>
<td>05223652001</td>
<td>4-slide model</td>
</tr>
<tr>
<td>Hybridization System Accesory Kit</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Roche Nimblegen</td>
<td>05327695001</td>
<td>Contains verification assembly for testing mixing, replacement O-rings, disassembly tool, forceps and brayer</td>
</tr>
<tr>
<td>A4 mixer hybridization chambers</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Whole Human Genome (4x44) Oligo Microarray</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Agilent Technologies</td>
<td>G4112F</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Positive displacement pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gilson</td>
<td>F148504</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Capillary pistons for positive displacement pipette</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Gilson</td>
<td>F148415</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microarray dryer</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Nimblegen</td>
<td>05223636001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Microarray fluorescent scanner, Axon GenePix 4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>GENEPIX4000B</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>GenePix Pro 6.0 software</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Molecular Devices</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>
	

dna microarrays: sample quality control, array hybridization and scanning

<p class="jove_content"> Microarray выражение профилирования нервная система представляет собой мощный подход к выявлению генов деятельности в различных стадиях развития, различных физиологических или патологических состояний, ответ на терапию, и, в общем, любые условия, что в настоящее время экспериментально проверены <sup>1.</sup> Выражение профилирования нервной ткани требует изоляции высокого качества РНК, усиление изолированной РНК и гибридизации ДНК-микрочипов. В этой статье мы расскажем протоколов для воспроизводимых экспериментов микрочипов от опухоли головного мозга ткани <sup>2.</sup> Мы начнем с анализа выполнения контроля качества изолированных образцов РНК с 2100 компании Agilent Bioanalyzer &quot;лаборатории-на-чипе&quot; технологии. Высокое качество РНК образцы имеют решающее значение для успеха любой эксперимент микрочипов, и 2100 Bioanalyzer обеспечивает быстрый, количественное измерение качества образцов. РНК образцы затем усиливается и маркированы путем проведения обратной транскрипции для получения кДНК, после чего в пробирке транскрипции в присутствии меченых нуклеотидов для получения меченых кРНК. С помощью двойного цвет маркировки комплект, мы обязательно этикетке нашего экспериментального образца с Cy3 и эталонного образца с Cy5. Оба образца затем будут объединены и гибридизации с компании Agilent 4x44 массивы K. Двойной цвет массивы предлагаем преимущество прямого сравнения двух образцов РНК, тем самым повышая точность измерений, в частности для небольших изменений в уровни экспрессии, потому что два РНК образцы конкурентоспособной гибридизированных к одному микрочипов. Массивы будут проверяться на два соответствующих длин волн, и отношение к Cy3 Cy5 сигнала для каждой функции будет использоваться в качестве прямого измерения относительной численности соответствующей мРНК. Этот анализ определяет гены, которые разному экспрессируются в ответ на экспериментальных условиях проходит испытания. </p>

Watch this Scientific Journal Video about DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning at JoVE.com

DNA Microarrays: Sample Quality Control, Array Hybridization and Scanning

<p class="jove_content">Мы демонстрируем использование ДНК-микрочипов для выражения профилирования нервной системы. Мы описываем РНК контроля качества, образец маркировки и гибридизации массива и сканирования.</p>

ДНК-микрочипов: Контроль качества образцов, Array Гибридизация и сканирования

Microarray expression profiling of the nervous system provides a powerful approach to identifying gene activities in different stages of development, ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bacterial Gene Expression Analysis Using Microarrays

Бактериальный анализ экспрессии генов Использование Microarrays

Technical Demonstration of Whole Genome Array Comparative Genomic Hybridization

Техническая демонстрация полного генома массива Сравнительный геномной гибридизации

Array comparative genomic hybridization (array CGH) is a method for detecting gains and losses of DNA segments or gene dosage in the genome 1.  Recent ...

A Noninvasive Hair Sampling Technique to Obtain High Quality DNA from Elusive Small Mammals

Неинвазивный метод отбора проб волос для получения высоких ДНК Качество от Неуловимый мелких млекопитающих

Noninvasive genetic sampling approaches are becoming increasingly important to study wildlife populations. A number of studies have reported using ...

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays (MEArrays)

Fabrication and Use of MicroEnvironment microArrays MEArrays

Изготовление и использование микроокружения микрочипов (MEArrays)

The interactions between cells and their surrounding microenvironment have functional consequences for cellular behaviour. On the single cell level, ...

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing (ChIP-seq)

Generation of High Quality Chromatin Immunoprecipitation DNA Template for High-throughput Sequencing ChIP-seq

Генерация высших шаблона ДНК хроматина Качество Иммунопреципитация для высокопроизводительного секвенирования (чип-след)

ChIP-sequencing (ChIP-seq) methods directly  offer whole-genome coverage, where combining chromatin immunoprecipitation  (ChIP) and massively parallel ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

Массив сравнительная геномная гибридизация (Array CGH) для обнаружения геномной количество копий Варианты

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...

Simple Method for Fluorescence DNA <em>In Situ</em> Hybridization to Squashed Chromosomes

Simple Method for Fluorescence DNA In Situ Hybridization to Squashed Chromosomes

Простой метод ДНК флуоресценции<em&gt; На месте</em&gt; Гибридизация, чтобы раздавил хромосом

DNA in situ hybridization (DNA ISH) is a commonly used method for mapping sequences to specific chromosome regions. This approach is particularly ...

Do's and Don'ts of Cryo-electron Microscopy: A Primer on Sample Preparation and High Quality Data Collection for Macromolecular 3D Reconstruction

И что нельзя делать крио-электронной микроскопии: учебник по пробоподготовки и высокое качество сбора данных для высокомолекулярных 3D реконструкции

Cryo-electron microscopy (cryoEM) entails flash-freezing a thin layer of sample on a support, and then visualizing the sample in its frozen hydrated state ...

Amplification, Next-generation Sequencing, and Genomic DNA Mapping of Retroviral Integration Sites

Amplification, следующего поколения Секвенирование и геномную ДНК Mapping ретровирусных интеграции сайты

Retroviruses exhibit signature integration preferences on both the local and global scales. Here, we present a detailed protocol for (1) generation of ...

Synthesis of Wavelength-shifting DNA Hybridization Probes by Using Photostable Cyanine Dyes

Синтез Длина волны сдвига ДНК гибридизационных зондов с помощью фотостабильным цианиновыми Красители

In this protocol, we demonstrate a method for the synthesis of 2&#39;-alkyne modified deoxyribonucleic acid (DNA) strands by automated solid phase ...