Name: single particle electron microscopy reconstruction of the exosome complex using the random conical tilt method
Uploaded: 2011-03-28T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Single Particle Electron Microscopy Reconstruction of the Exosome Complex Using the Random Conical Tilt Method at JoVE.com

저자는 전체 프로토콜을 확립하기 위해 도움 예일 대학에서 초기 프로토콜과 왕 실험실의 구성원 확립 도움 UC 버클리에서 노갈레즈 실험실의 구성원을 감사드립니다. 우리는 또한 그들의 지원에 대한 의학의 예일 학교 cryo - EM 시설 및 고성능 계산 센터에서 직원을 인정합니다. HW는 스미스 가족 Awardee입니다.

1. 랜덤 코니컬 틸트 방법의 원리 <ol><li> 임의의 원뿔 틸트 방식의 원리는 전자 현미경 내부의 표본 같은 지역의 micrographs 한 쌍을 데리고가 필요합니다. 한 사진은 untilted 위치 (그림 1A)의 시편을 찍은이고 다른 사진은 50-70도 (우리의 경우에, 우리는 55도 사용) 사이의 각도로 기울어져 시편을 찍은 것입니다. (그림 1B) </li><li> 선택된 컴퓨터를 사용하여 디지털 현미경 쌍 같은 입자의 측면과 이미지...

<ol>
	<li>van Heel, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Angular+reconstitution:+a+posteriori+assignment+of+projection+directions+for+3D+reconstruction.">Angular reconstitution: a posteriori assignment of projection directions for 3D reconstruction.</a> Ultramicroscopy. 21, 111-123 (1987).</li><li>Radermacher, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Three-dimensional+reconstruction+of+single+particles+from+random+and+nonrandom+tilt+series.">Three-dimensional reconstruction of single particles from random and nonrandom tilt series.</a> J Electron Microsc Tech. 9, 359-394 (1988).</li><li>Penczek, P. A., Grassucci, R. A., Frank, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+ribosome+at+improved+resolution:+new+techniques+for+merging+and+orientation+refinement+in+3D+cryo-electron+microscopy+of+biological+particles.">The ribosome at improved resolution: new techniques for merging and orientation refinement in 3D cryo-electron microscopy of biological particles.</a> Ultramicroscopy. 53, 251-270 (1994).</li><li>Ohi, M., Li, Y., Cheng, Y., Walz, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Negative+staining+and+image+classification+-+powerful+tools+in+modern+electron+microscopy.">Negative staining and image classification - powerful tools in modern electron microscopy.</a> Biol Proced Online. 6, 23-34 (2004).</li><li>Frank, J., Radermacher, M., Penczek, P., Zhu, J., Li, Y., Ladjadj, M., Leith, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SPIDER+and+WEB:+processing+and+visualization+of+images+in+3D+electron+microscopy+and+related+fields.">SPIDER and WEB: processing and visualization of images in 3D electron microscopy and related fields.</a> J Struct Biol. 116, 190-199 (1996).</li><li>Shaikh, T. R., Gao, H., Baxter, W. T., Asturias, F. J., Boisset, N., Leith, A., Frank, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=SPIDER+image+processing+for+single+particle+reconstruction+of+biological+macromolecules+from+electron+micrographs.">SPIDER image processing for single particle reconstruction of biological macromolecules from electron micrographs.</a> Nat Protoc. 3, 1941-1974 (2008).</li><li>Heel, M. v. a. n., Harauz, G., Orlova, E. V., Schmidt, R., Schatz, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+new+generation+of+the+IMAGIC+image+processing+system.">A new generation of the IMAGIC image processing system.</a> J Struct Biol. 116, 17-24 (1996).</li><li>Ludtke, S. J., Baldwin, P. R., Chiu, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=EMAN:+semiautomated+software+for+high-resolution+single-particle+reconstructions.">EMAN: semiautomated software for high-resolution single-particle reconstructions.</a> J Struct Biol. 128, 82-97 (1999).</li><li>Pettersen, E. F., Goddard, T. D., Huang, C. C., Couch, G. S., Greenblatt, D. M., Meng, E. C., Ferrin, T. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=UCSF+Chimera--a+visualization+system+for+exploratory+research+and+analysis.">UCSF Chimera--a visualization system for exploratory research and analysis.</a> J Comput Chem. 25, 1605-1612 (2004).</li><li>Wang, H. W., Wang, J., Ding, F., Callahan, K., Bratkowski, M. A., Buttler, J. S., Nogales, E., Ke, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Architecture+of+the+yeast+Rrp44+exosome+complex+suggests+routes+of+RNA+recruitment+for+3'+end+processing.">Architecture of the yeast Rrp44 exosome complex suggests routes of RNA recruitment for 3' end processing.</a> Proc Natl Acad Sci USA. 104, 16844-16849 (2007).</li><li>Scheres, S. H., Nunez-Ramirez, R., Sorzano, C. O., Carazo, J. M., Marabini, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Image+processing+for+electron+microscopy+single-particle+analysis+using+Xmipp.">Image processing for electron microscopy single-particle analysis using Xmipp.</a> Nat Protoc. 3, 977-990 (2008).</li><li>Yoshioka, C., Pulokas, J., Fellmann, D., Potter, C. S., Milligan, R. A., Carragher, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Automation+of+random+conical+tilt+and+orthogonal+tilt+data+collection+using+feature-based+correlation.">Automation of random conical tilt and orthogonal tilt data collection using feature-based correlation.</a> J Struct Biol. 159, 335-346 (2007).</li></ol>

이 문서에서 우리는 샘플 준비 상세한 프로토콜과 부정적인 얼룩의 전자 현미경을 사용하여 exosome 복잡한 세 차원 재건을 제시. 이 방법을 사용하여, 우리는 구조의 어떤 사전 지식없이 임의의 원뿔 기울기 방법을 사용하여 3D 재건을 획득하였습니다. 랜덤 원뿔 틸트 방식은 반드시 단일 샘플을 필요로하지 않습니다 그러나 다음과 같은 투영 일치 상세 검색 단계는 높은 해상도를 달성하기 위해서...

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>Polyvinyl Formal Resin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Electron Microscopy Science</td>
<td>63450-15-7</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Uranyl Formate</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Electron Microscopy Science</td>
<td>22451</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Superfrost Microscope Slides</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Thermo Scientist </td>
<td>4951F-001</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>400 mesh grid regular</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>SPI Supplies</td>
<td>3040C</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Carbon coater Auto 306</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Edwards</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Tecnai-12 Electron Microscope</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>FEI</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Glow Discharger</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>BAL-TEC</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sputter Coater SCD 005</td>
</tr>		</tbody>
		</table>
		</div>

single particle electron microscopy reconstruction of the exosome complex using the random conical tilt method

단일 입자 전자 현미경 (EM)이 재건 최근 대형 macromolecular의 단지의 3 차원 (3D) 구조를 얻을 수있는 인기있는 도구가되었습니다. X - 선 crystallography에 비해 몇 가지 독특한 장점이 있습니다. 첫째, 단일 입자 EM 재건 특히 대형 macromolecular의 단지에 대해, X - 레이 crystallography에 병목있는 단백질 샘플을 구체화 필요가 없습니다. 둘째, 그것은 단백질 샘플을 다량 필요하지 않습니다. 결정에 필요한 단백질의 밀리그램에 비해, 단일 입자 EM 재건은 부정적인 얼룩 EM 방법을 사용하여 나노 어금니 농도에서 단백질 솔루션의 몇 마이크로 리터 필요합니다. 그러나, 높은 대칭과 함께 몇 macromolecular 어셈블리에도 불구하고, 하나의 입자는 EM은 특히 이러한 대칭없이 많은 표본에 대한 (하단보다 1 나노미터 해상도) 상대적으로 낮은 해상도로 제한됩니다. 이 방법도 연구에서 분자의 크기에 의해 제한, 일반적으로 냉동 수산화 표본에 대한 부정적인 스테인드 표본 300 KDA에 대한 즉, 100 KDA. 알 수없는 구조의 새로운 샘플의 경우, 우리는 일반적으로 부정적인 얼룩으로 분자를 포함하는 중금속 솔루션을 사용합니다. 표본은 다음 분자의 2 차원 (2D) micrographs을 위해 전송 전자 현미경으로 검사합니다. 이상적으로, 단백질 분자가 단일 차원 구조를 가지고 있지만 micrographs 다른 방향을 나타냅니다. 이러한 micrographs은 &quot;단일 입자&quot;로 디지털 및 컴퓨터에서 처리됩니다. 2 차원 배열과 분류 기법을 사용하여 같은 전망에 균일한 분자는 클래스로 클러스터된 수 있습니다. 그들의 평균 분자의 2 차원 형태의 신호를 향상시킬 수 있습니다. 우리가 적절한 상호 표정 (오일러 각도)와 입자를 지정 후, 우리는 3 차원 가상 볼륨에 2D 입자 이미지를 재구 성할 수있게 될 것입니다. 단일 입자 3 차원 재건에 필수적인 단계가 제대로 각 단일 입자의 적절한 방향을 지정하는 것입니다. 각도 reconstitution 1 임의의 원뿔 기울기 (RCT) 방법 2를 포함하여, 각 입자에 대한보기를 할당하는 방법은 여러 가지가 있습니다. 이 프로토콜에서는, 우리는 부정적인 얼룩 EM와 RCT를 사용하여 효모 exosome 복합 3D 재건을 얻는 우리의 연습을 설명합니다. 이것은 전자 현미경 및 이미지 프로세싱 우리의 프로토콜 RCT의 기본 원칙을 다음 있지만 방법을 수행할 수있는 유일한 방법은 아니라는 것을 주목하여야한다. 우리가 먼저 지속적인 얇은 탄소 필름 층으로 덮여 홀리 탄소 격자를 사용하여 단백질의 크기에 비해 두께 Uranyl - 편대의 계층에 단백질 샘플을 포함하는 방법에 대해 설명합니다. 그러면 표본을 수집 전송 전자 현미경에 삽입 untilted (0 급) 및 처리와 효모 exosome의 초기 3D 모델을 얻기 위해 나중에 사용됩니다 micrographs의 기울어진 (55 급) 쌍. 이를 위해, 우리는 RCT을 수행하고 다음 상세 검색 방법 3 일치 투영을 사용하여 초기 3D 모델을 수정하십시오.

Watch this Scientific Journal Video about Single Particle Electron Microscopy Reconstruction of the Exosome Complex Using the Random Conical Tilt Method at JoVE.com

Single Particle Electron Microscopy Reconstruction of the Exosome Complex Using the Random Conical Tilt Method

이 문서는 부정적인 얼룩의 전자 현미경을 (EM)을 사용하여 생물 학적 macromolecules의 3 차원 (3D) 재건을하는 표준 방법을 설명합니다. 이 프로토콜에서는, 우리는 임의의 원뿔 기울기 재건 방법 (RCT)을 사용하여 중간 해상도 Saccharomyces cerevisiae의 exosome의 복합의 3D 구조를 얻는 방법을 설명합니다.

랜덤 코니컬 틸트 메서드를 사용하여 Exosome 단지의 단일 입자의 전자 현미경의 재건

Single particle electron microscopy (EM) reconstruction has recently become a popular tool to get the three-dimensional (3D) structure of large ...

Research

JoVE Journal

Biology

Method for Measurement of Viral Fusion Kinetics at the Single Particle Level

단일 입자 수준에서 바이러스성 퓨전 속도론의 측정 방법

Membrane fusion is an essential step during entry of enveloped viruses into cells. Conventional fusion assays typically report on a large number of fusion ...

연구

생물학

Quantitative Analysis of Random Migration of Cells Using Time-lapse Video Microscopy

시간 경과 비디오 현미경을 이용한 세포의 무작위 마이 그 레이션의 정량 분석

Cell migration is a dynamic process, which is important for embryonic development, tissue repair, immune system function, and tumor invasion 1, 2. During ...

Fundamental Technical Elements of Freeze-fracture/Freeze-etch in Biological Electron Microscopy

생물 전자 현미경에서 동결 골절 / 동결 에칭의 기본 기술 요소

Freeze-fracture/freeze-etch describes a process whereby specimens, typically biological or nanomaterial in nature, are frozen, fractured, and replicated ...

Open-source Single-particle Analysis for Super-resolution Microscopy with VirusMapper

VirusMapper 슈퍼 해상도 현미경을위한 오픈 소스 단일 입자 분석

Super-resolution fluorescence microscopy is currently revolutionizing cell biology research. Its capacity to break the resolution limit of around 300 nm ...

Investigating the Detrimental Effects of Low Pressure Plasma Sterilization on the Survival of Bacillus subtilis Spores Using Live Cell Microscopy

Investigating the Detrimental Effects of Low Pressure Plasma Sterilization on the Survival of Bacillus subtilis Spores Using Live Cell Microscopy

해로운 효과의 낮은 압력 플라즈마 살 균 새 균의 subtilis 포자를 사용 하 여 라이브 셀 현미경의 생존에 조사

Plasma sterilization is a promising alternative to conventional sterilization methods for industrial, clinical, and spaceflight purposes. Low pressure ...

Isolation and Fluorescence Imaging for Single-particle Reconstruction of Chlamydomonas Centrioles

Isolation and Fluorescence Imaging for Single-particle Reconstruction of Chlamydomonas Centrioles

절연 및 Chlamydomonas Centrioles의 단일 입자 재건을 위한 형광 이미징

Centrioles are large macromolecular assemblies important for the proper execution of fundamental cell biological processes such as cell division, cell ...

Biological Sample Preparation by High-pressure Freezing, Microwave-assisted Contrast Enhancement, and Minimal Resin Embedding for Volume Imaging

고압 냉동, 전자 레인지를 이용한 콘트라스트 향상, 그리고 볼륨 이미지에 대 한 포함 하는 최소한의 수 지에 의해 생물학 견본 준비

The described sample preparation technique is designed to combine the best quality of ultrastructural preservation with the most suitable contrast for the ...

The CryoAPEX Method for Electron Microscopy Analysis of Membrane Protein Localization Within Ultrastructurally-Preserved Cells

초구조적으로 보존된 세포 내 막 단백질 국소화의 전자 현미경 분석을 위한 CryoAPEX 방법

Key cellular events like signal transduction and membrane trafficking rely on proper protein location within cellular compartments. Understanding precise ...

Reconstruction of Single-Cell Innate Fluorescence Signatures by Confocal Microscopy

공초점 현미경 검사법에 의한 단세포 인천성형광서명의 재구성

Described here is confocal reflection microscopy-assisted single-cell innate fluorescence analysis (CRIF), a minimally invasive method for reconstructing ...

Cryo-Electron Microscopic Grid Preparation for Time-Resolved Studies using a Novel Robotic System, Spotiton

새로운 로봇 시스템, 스포티폰을 사용하여 시간 해결 연구를 위한 극저온 전자 현미경 그리드 준비

The capture of short-lived molecular states triggered by the early encounter of two or more interacting particles continues to be an experimental ...