Name: high-throughput measurement and classification of organic p in environmental samples
Uploaded: 2011-06-08T13:00:00
Duration: 8 min 58 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about High-Throughput Measurement and Classification of Organic P in Environmental Samples at JoVE.com

Biz USGS ve Vermont Su Kaynakları ve Lake Araştırmaları Merkezi finansman sağlamak için teşekkür ederiz.

1. Fosfor Ekstraksiyon <ol><li> 0.25 M sodyum hidroksit (NaOH, 40,00 g / mol) + 0.05 M Ethylenediaminetetraacetic asit (EDTA, 292,24 g / mol) 1L bir çözüm hazırlayın. </li><li> 30 ml, 50 ml konik tüp ıslak veya kuru toprak / örnek 2 g NaOH + EDTA çözeltisi ekleyin. </li><li> Ajitasyon ile oda sıcaklığında 16 saat süreyle inkübe edin. </li><li> 3 dakika boyunca 3000 xg santrifüjleyin. </li></ol> 2. Örnek Özü pH Ayarı <ol><li> 0.1 mL kısım 1.5 ml mikro santrifüj tüpüne aktarın. </li><li> 2,5 M asetik asit 0.017 ml, 0.144 ml 0.4 M asetat tamponu (sodyum asetat% 70.5 [CH 3 COONa, 82,03 g / mol] ve asetik asit% 29.5, pH 5.0), ve 0,739 mL deiyonize su. </li><li> Ayarlanan özü son hacim 1 ml olacak ve nihai pH 5.0 olacak. </li></ol> 3. Enzim Stok Çözüm Hazırlığı <ol><li> 1 L 0,1 M sodyum asetat (CH 3 COONa, 82,03 g / mol) solüsyonu, pH 5.0 hazırlayın. </li><li> Son konsantrasyonları her 0.5 Birimler / mL böyle bir adım 3.1 &#39;de hazırlanan sodyum asetat tamponunda 2 x 10 ml asit fosfataz stok çözelti hazırlayın. Asit fosfataz Triticum aestivum (GP, genel olarak 0.5 U mg-1 katı, EC 3.1.3.2 buğday tohumu) Tip I Asit fosfataz Tip IV-S Solanum tuberosum (patates, PP, genel olarak 4.6 U mg-1 katı, EC 3.1.3.2) * Faaliyet Üniteleri, 1 Adet 37 saatte çözüm ortofosfat 1 micromole kurtuluş olarak tanımlanan tedarikçi ° C ile belirtilir </li><li> Biri mL deiyonize su şimdi bu 4 saklanabilir ° C ileride kullanmak için sulandırın Penicillium citrinum (NP1, genellikle 500 U mg -1 katı mantarlar) nükleaz P1 (EC 3.1.30.1) liyofilize. </li><li> Final konsantrasyonu 2.5 Birimler / mL NP1 böyle bir adım 3.2 &#39;de hazırlanan 10 ml tüpler biri haline Pipet NP1 tersini birkaç kez hafifçe karıştırın. </li><li> 30 dakika boyunca iki adet 10 ml enzim çözümleri 3000 xg santrifüjleyin. </li></ol> 4. P Kalibrasyon Eğrisi ve Kontroller <ol><li> 1 mM potasyum fosfat 1 L (KH2PO4, 174,18 g / mol) stok solüsyonu hazırlayın. </li><li> 1.5 ml santrifüj tüpüne 1 mM potasyum fosfat stok solüsyonu 1 ml ekleyin ve yedi 0,5 mL seri dilüsyonları gerçekleştirmek. </li><li> 20 nmol-0.625 nmol P. arasında değişen 7 dilüsyonları böylece ilk tüp atın </li><li> Her tüp yinelenen bir standart 96-plaka H - Satır B 80 mcL aktarın. </li><li> 80 mcL sodyum asetat tamponu (bölüm 3.1) Bir satır sütun 11 ve 12-0 nmol P kalibrasyon noktası. </li><li> Her sütun 11 ve 12 şu anda 8 referans örnekleri 0 nmol 20 nmol inorganik fosfat içerir. </li><li> Sütun 10 aşağıdaki denetimleri içerecektir: <ol><li> Sütun 10 ilk üç kuyulara 40μL PP + GP enzim çözeltisi + 40 mcL sodyum asetat tamponu (bölüm 3.1) ekleyin. </li><li> 40 mcL PP + GP + NP1 enzim solüsyonu + önümüzdeki üç kuyu için 40 mcL sodyum asetat tamponu ekleyin. </li><li> 10 nmol glukoz-6 fosfat (C 6 H 11 Na 2 O 9 P &amp;bullet; XH 2 O, 304.1 g / mol) + iyi biri ve final de 40 mcL PP + GP enzim çözeltisi içeren 40 mcL sodyum asetat çözeltisi ekle Sütun 10 eklemek enzim çözeltisi yerine sodyum asetat çözeltisi. </li></ol></li></ol> 5. Örnek + Enzim Kuluçka <ol><li> Her numune, test edilen standart bir 96-plaka 1 satır ilk 9 kuyu yer alacak. </li><li> Bölüm 2 kuyu 1-9 pH ayarlı örnek özler 40 mcL dağıtın 8 satır. </li><li> Tüm örnekler dağıtıldıktan sonra * PP + GP enzim sütun çözüm 1-3, PP + GP + NP1, sütunlar 4-6 ve sütun 7-9 sodyum asetat tamponu (Bölüm 3.1 hazırlanan). Dağıtmak için bir çok kanallı pipet kullanın * Bu adım, tüm örneklerde eşdeğer inkübasyon süresi sağlamak için hızlı bir şekilde yapılmalıdır. </li><li> Kapak, 37 ° 96-iyi, bir kapak ve inkübe örnekleri ile levha + enzim çözümleri, kontrol ve kalibrasyon eğrisi tam 1 saat ° C </li></ol> 6. Yayımlanan ve Arka Plan İnorganik P Kolorimetrik Ölçümü <ol><li> 50 mL deiyonize su aşağıdaki çözümleri her hazırlayın: Çözüm A *: 0,1 M askorbik asit (C6H8O6, 176,12 g / mol) + 0,5 M trikloroasetik asit (Cl3CCOOH, 163,39 g / mol) Çözelti B: 0.01 M amonyum molibdat ((NH4) 2MoO4, 196,01 g / mol) Çözüm: C: 0.1 M sodyum sitrat (HOC (COONa) (CH2COONa) 2 2H2O, 294,10 g / mol) + 0.2 M sodyum arsenat (NaAsO2, 129,91 g / mol) +% 5 buzul asetik asit (CH3CO2H 60.05 g / mol) Çözüm bir günde hazır olmalıdır. </li><li> Çözüm SDS 25 mcL 100 mcL Çözüm, Çözüm B ve 50 mcL ve tüm kuyulara Çözüm C 20 mcL 96-iyi plyedik. Bir çok kanallı pipet ile hızlı bir şekilde yapın. </li><li> Plaka Kapak ve oda sıcaklığında 30 dakika inkübe edin. </li><li> Ayarlanabilir herhangi bir mikro-plaka okuyucu 850 nm&#39;de absorbansı ölçülür. </li></ol> 7. P Bileşiklerin Sınıflandırılması <ol><li> Bir elektronik tablo uygulaması (örn. Microsoft Excel) ham veri İthalat. </li><li> X ekseni üzerinde 0 ile 40 nmol P ve y-ekseni üzerinde yinelenen absorbans ölçümleri ortalaması: inorganik fosfor kalibrasyon eğrisi çizilir. </li><li> Lineer regresyon yapın ve en uygun hat denklemi bulmak. </li><li> Sütunlar 1-3: Doğrudan kalibrasyon geçerli eğrisi bu arka plan inorganik P. </li><li> Sütunlar 4-6: Ortalama üç nüsha örnek değerler ve brüt absorbans-P hidrolize P monoesters türetilmiştir denetimleri (enzim çözüm + arka plan inorganik P) dışarı çıkarmak </li><li> - Bu hidrolize P diesters P Sütunlar 7-9: sütun 4-6 çıkarmak absorbans değerleri hariç 7.5 ile aynı. </li><li> Kalibrasyon denklemi uygulanarak tarafından yayımlanan nmol P absorbans verileri dönüştürmek. </li><li> nmol P mg P / kg orijinal toprak geri ilgili olabilir yayınladı. Alternatif olarak, her P sınıfı oranlarda değerlendirilmesi, aynı zamanda veri analizi için yararlı bir yaklaşım olabilir. </li></ol> 8. Temsilcisi Sonuçlar: Kolorimetrik kimya sonra 96-plaka hızlı bir görsel denetim prosedürü doğru olup olmadığı ipuçları sunacak. Kontrol etmeniz gereken ilk şey, sıvı seviyesi, yan profil, plaka tarama her bir kuyu. Tüm kuyularda reaktiflerin tam olarak 275 mcL olmamalıdır. Sonraki üç nüsha örnek kuyuların renk, görsel olarak incelemek ve kalibrasyon kuyu yinelenen. Bu teknik çoğaltmak aynı gölge mavi olmalıdır. Sonraki glukoz-6 fosfat içeren iki kuyu için kalibrasyon eğrisi uygulamak ve doğrulamak toplam P kullanılarak hesaplanan değerler emin olun, ICP-OES ya da alternatif bir yöntem kullanarak ölçülen toplam çıkarılan P sonra inorganik P. 10 nmol yayınladı protokol çıkarılan P miktarı aşmayın. Not: Çizelgede Dikkatli veri yönetimi kantitatif hatalarına karşı korunmaya yardımcı olur. Böylece bir şablon oluşturarak, bir defada bir çok sayı ile ilgili olacak harcanan zaman geçirmiş olacak. <img src="/files/ftp_upload/2660/2660fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1. 8 örnekleri (satırlar AH) ve bir kalibrasyon eğrisi (sütunlar 11 ve 12) sonuçları gösteren 96 plaka. Kontroller sütun 10. Sütun 1-3 ve 4-6 arasındaki renk yoğunluğunu arttırmak hidrolize diester P bileşikler nedeniyle, sütun 4-6 ve 7-9 arasında, hidrolize monoester P bileşikleri nedeniyle. <img src="/files/ftp_upload/2660/2660fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> Şekil 2, yüksek verimli enzimatik hidroliz kullanarak Vermont toprak örneği 0.25 M NaOH-0.05 M EDTA özü P sınıfları Dağılımı . Hata çubukları standart sapma, n = 3 göstermektedir.

<ol>
	<li>Turner, B. L., Frossard, E., Baldwin, D. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Organic phosphorus in the environment. , (2005).</li><li>Murphy, J., Riley, J. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+modified+single+solution+method+for+determination+of+phosphate+in+natural+waters.">A modified single solution method for determination of phosphate in natural waters.</a> Anal. Chim. Acta. 27, 31-36 (1962).</li><li>Dick, W. A., Tabatabai, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+orthophosphate+in+aqueous+solutions+containing+labile+organic+and+inorganic+phosphorus+compounds.">Determination of orthophosphate in aqueous solutions containing labile organic and inorganic phosphorus compounds.</a> J. Environ. Qual. 6, 82-85 (1977).</li><li>He, Z., Toor, G. S., Honeycutt, C. W., Sims, J. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+enzymatic+hydrolysis+approach+for+characterizing+labile+phosphorus+forms+in+dairy+manure+under+mild+assay+conditions.">An enzymatic hydrolysis approach for characterizing labile phosphorus forms in dairy manure under mild assay conditions.</a> Bioresour. Technol. 97, 1660-1668 (2006).</li><li>He, Z., Honeycutt, C. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+modified+molybdenum+blue+method+for+orthophosphate+determination+suitable+for+investigating+enzymatic+hydrolysis+of+organic+phosphates.">A modified molybdenum blue method for orthophosphate determination suitable for investigating enzymatic hydrolysis of organic phosphates.</a> Commun. Soil Sci. Plant Anal. 36, 1373-1383 (2005).</li><li>Cade-Menun, B. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterizing+phosphorus+in+environmental+and+agricultural+samples+by+31P+nuclear+magnetic+resonance+spectroscopy.">Characterizing phosphorus in environmental and agricultural samples by 31P nuclear magnetic resonance spectroscopy.</a> Talanta. 66, 359-371 (2005).</li><li>Johnson, N. R., Hill, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phosphorus+species+composition+of+poultry+manure-amended+soil+using+high-throughput+enzymatic+hydrolysis.">Phosphorus species composition of poultry manure-amended soil using high-throughput enzymatic hydrolysis.</a> Soil Sci. Soc. Am. J. 74, 1786-1791 (2010).</li></ol>

Doğası gereği, küçük hacimlerde kullanarak hızlı bir yöntem büyük dikkat gerektirir. Bu nedenle en kritik adımlar plaka üzerine pipetleme çözümler içeren bu. Doğru, ve en önemlisi, tutarlı bir pipet tekniği bu testin başarısı için çok önemlidir. NaOH-EDTA çıkarma P Birçok örnekte, en çok üç sınıfa karakterize olmasını sağlayacaktır: ortofosfat, P monoester diester P. Topraklar, gübrenin, sediment veya NaOH-EDTA ekstrakte P karakterize edilebilir içeren herhangi bir diğer çevresel numune . Çevre P formları mutlaka istikrarlı değildir ve örnek bir ordu araştırmacı istihdam gerek kalmadan tehlikeye önce bu tekniği örnekleri karakterize sağlayacaktır. Bu testte, örneklerin çok sayıda işlenecek uygundur. Reaktif ihtiyaçları ve yönetilebilir bir seviyede (örneğin 1,5 mL mikrosantrifüj tüpler yerine 50 ml cam şişeler) alanı gereksinimleri küçülttüm. Bu uyum, aynı zamanda atık üretimi sınırlar.

<table border="1"><tbody><tr><th> Reaktifin Adı </th><th> Şirket </th><th> Katalog numarası </th></tr><tr><td> NaOH </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> S8045 </td></tr><tr><td> EDTA </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> EDS </td></tr><tr><td> Asetik sirke asidi </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> 242853 </td></tr><tr><td> Sodyum Asetat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> S2889 </td></tr><tr><td> Buğday asit fosfataz </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> P3627 </td></tr><tr><td> Patates asit fosfataz </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> P1146 </td></tr><tr><td> Nükleazlar P1 </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> N8630 </td></tr><tr><td> Potasyum Fosfat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> P2222 </td></tr><tr><td></td><td> Sigma-Aldrich </td><td></td></tr><tr><td></td><td> Sigma-Aldrich </td><td></td></tr><tr><td> Glukoz-6 Fosfat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> G7250 </td></tr><tr><td> SDS </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> L4390 </td></tr><tr><td> Askorbik asit </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A5960 </td></tr><tr><td> TCA </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> T9159 </td></tr><tr><td> Amonyum molibdat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> A1343 </td></tr><tr><td> Sodyum Sitrat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> S1804 </td></tr><tr><td> Sodyum arsenat </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> S9663 </td></tr></tbody></table>

high-throughput measurement and classification of organic p in environmental samples

Birçok organik fosfor (P) molekülleri türleri, çevre örnekleri 1 mevcuttur . Geleneksel P ölçümleri kolorimetrik reaktifler 2,3 ile reaksiyona girmeyen bu yana, bu organik P bileşikler algılamaz . Enzimatik hidroliz (EH) 4,5 çevre örneklerinde organik P formları doğru olarak tanımlamak için gelişmekte olan bir yöntemdir . Bu yöntem, yalnızca Fosfor-31 Nükleer Manyetik Rezonans Spektroskopisi (31 P-NMR), pahalı ve uzman teknik İÖ6 gerektirir yöntemi doğruluk uydurma . Biz bir mikroplaka okuyucu sistemi 7 fosfor üç sınıf (monoester P diester P ve inorganik P) ölçme yeteneğine sahip bir enzimatik hidroliz yöntemi adapte var. Bu yöntem, toprak, sediment, gübresi ve, konsantre, su örnekleri P türlerini ölçmek için, hızlı, doğru, uygun fiyatlı ve kullanıcı dostu araçları ile araştırmacılar sağlar. Bu standart bir laboratuarda yapılabilir, organik P formları ve enzim-labilite ölçmek için sadece yüksek verimli bir yöntemdir. Ortaya çıkan veriler sistemi besin içeriği ve ötrofikasyon potansiyeli inceleyen bilimciler daha yakından görmemizi sağlar.

Watch this Scientific Journal Video about High-Throughput Measurement and Classification of Organic P in Environmental Samples at JoVE.com

High-Throughput Measurement and Classification of Organic P in Environmental Samples

Bu protokol, ölçmek ve sınıflandırmak P monoesters, P diesters ve inorganik P. olarak toprak fosfor standart bir laboratuvarda tek seferde 96 numune ölçülen olabilir mikroplaka okuyucu kullanır enzimatik hidroliz yüksek verimli bir yöntem açıklanır.

Çevre Örneklerinde Organik P Yüksek Verim Ölçme ve Sınıflandırma

Many types of organic phosphorus (P) molecules exist in environmental samples1.  Traditional P measurements do not detect these organic P compounds since ...

Research

JoVE Journal

Biology

High-throughput Screening and Biosensing with Fluorescent C. elegans Strains

High-throughput Screening and Biosensing with Fluorescent C. elegans Strains

Floresan ile yüksek verim Tarama ve Biyoalgılayıcı C. elegans Suşlarının

High-throughput screening (HTS) is a powerful approach for identifying chemical modulators of biological processes.  However, many compounds identified in ...

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

Yüksek Verimli In situ</emFetal Fare Alt Ürogenital Yolu mRNA İfade Desenler Karakterize> Hibridizasyon Yöntemi

Development of the lower urogenital tract (LUT) is an intricate process. This complexity is evidenced during formation of the prostate from the fetal male ...

High Throughput Screening of Fungal Endoglucanase Activity in Escherichia coli

High Throughput Screening of Fungal Endoglucanase Activity in Escherichia coli

Mantar Endoglucanase Faaliyet Yüksek Verimli Tarama Escherichia coli</em

Cellulase enzymes (endoglucanases, cellobiohydrolases, and &beta;-glucosidases) hydrolyze cellulose into component sugars, which in turn can be converted ...

Absolute Quantum Yield Measurement of Powder Samples

Toz numuneler mutlak Kuantum Verimi Ölçümü

Measurement of fluorescence quantum yield has become an important tool in the search for new solutions in the development, evaluation, quality control and ...

Chemically-blocked Antibody Microarray for Multiplexed High-throughput Profiling of Specific Protein Glycosylation in Complex Samples

Kompleks Örnekleri spesifik protein Glikozilasyon arasında Multiplexed Yüksek verim Profilleme için Kimyasal-bloke Antikor Mikroarray

 In this study, we describe an effective protocol for use in a multiplexed high-throughput antibody microarray with glycan binding protein detection that ...

A High-throughput Method for Measurement of Glomerular Filtration Rate in Conscious Mice

Bilinçli Farelerde Glomerüler Filtrasyon Hızı Ölçümü için bir Yüksek verimli Yöntemi

The measurement of  glomerular filtration rate (GFR) is the gold standard in kidney function  assessment. Currently, investigators determine GFR by ...

High-throughput Screening for Chemical Modulators of Post-transcriptionally Regulated Genes

Post-transkripsiyonel ayarlı genlerin kimyasal Modülatörler için yüksek verimli tarama

Both transcriptional and post-transcriptional regulation have a profound impact on genes expression. However, commonly adopted cell-based screening assays ...

High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

High Throughput Danio Rerio Energy Expenditure Assay

Yüksek Verimli<em&gt; Danio rerio</em&gt; Enerji Harcaması Deneyi

Zebrafish are an important model organism with inherent advantages that have the potential to make zebrafish a widely applied model for the study of ...

Precise, High-throughput Analysis of Bacterial Growth

Bakteriyel büyüme kesin, yüksek üretilen iş analizi

Bacterial growth is a central concept in the development of modern microbial physiology, as well as in the investigation of cellular dynamics at the ...

High-throughput Measurement of Dictyostelium discoideum Macropinocytosis by Flow Cytometry

High-throughput Measurement of Dictyostelium discoideum Macropinocytosis by Flow Cytometry

Dictyostelium discoideum Macropinocytosis akış sitometresi tarafından yüksek üretilen iş ölçümü

Large-scale non-specific fluid uptake by macropinocytosis is important for the proliferation of certain cancer cells, antigen sampling, host cell invasion ...