Name: genomic mri - a public resource for studying sequence patterns within genomic dna
Uploaded: 2011-05-09T12:00:00
Duration: 12 min 36 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA at JoVE.com

ونحن ممتنون لشيبرد صموئيل ، Bazeley بيتر وجون ديفيد بيل لإدارة صفحات الويب الجينوم التصوير بالرنين المغناطيسي. وأيد هذا العمل من قبل شهادة من مؤسسة العلوم الوطنية &quot;التحقيق في أدوار الخلوية إنترون&quot; جائزة [عدد المنح MCB - 0643542].

<ol>
	<li>Bechtel, J. M., Wittenschlaeger, T., Dwyer, T., Song, J., Arunachalam, S., Ramakrishnan, S. K., Shepard, S., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+mid-range+inhomogeneity+correlates+with+an+abundance+of+RNA+secondary+structures.">Genomic mid-range inhomogeneity correlates with an abundance of RNA secondary structures.</a> BMC Genomics. 9, 284-284 (2008).</li><li>Prakash, A., Shepard, S., Mileyeva-Biebesheimer, O., He, J., Hart, B., Chen, M., Amarachiniha, S., Bechtel, J., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+forces+shaping+human+genomic+sequence+at+mid-range+scales.">Molecular forces shaping human genomic sequence at mid-range scales.</a> BMC Genomics. 10, 513-513 (2009).</li><li>Fedorov, A., Fedorova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+3:+An+Intricate+Mosaic+of+Genomic+Patterns+at+Mid-range+Scale.">Chapter 3: An Intricate Mosaic of Genomic Patterns at Mid-range Scale.</a> Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery. , 65-91 (2010).</li><li>Shepard, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+4:+Binary-abstracted+Markov+models+and+their+application+to+sequence+classificatio.">Chapter 4: Binary-abstracted Markov models and their application to sequence classificatio.</a> The characterization and utilization of middle-range sequence patterns within human genome [dissertation]. , 57-157 (2010).</li></ol>

الإعلان عن أي تضارب في المصالح.

المناطق ذات تركيبة غير متجانسة النوكليوتيدات في منتصف المدى المقاييس (3-10 النيوكليوتيدات) هي فائض في جينومات حقيقيات النوى معقدة ويمكن العثور عليها في أي مكان (المناطق بين الجينات ، الإنترونات ، والمناطق غير مترجمة من exons متماثلة ، والعناصر المتكررة). كثيرا ما ترتبط هذه المناطق مع الحمض النووي التشكل غير عادية. على سبيل المثال ، تسلسل purine-/pyrimidine-rich تميل إلى تشكيل triplexes الحمض النووي (DNA - H) ؛ ترتبط سلاسل بالتناوب مع البيورين / بيريميدين مع قواعد Z - DNA التشكل ؛ (G + C) المناطق الغنية يحمل تشوهات هيكلية في B - الحمض النووي ، ويمكن أن تكون عرضة للانشقاق العمود الفقري ، قد (A + T) الغنية مناطق تشكل بنية غير عادية -- وهي الحمض النووي بتفكيك عنصر ، وما إلى ذلك (التي استعرضها فيدوروف وFedorova 2010). نادرا ما يتم التحقيق في بعض هذه الأنماط المتوسطة المدى (على سبيل المثال (G + T) المناطق الغنية) لا تزال تنتظر الاستكشاف وشامل والاعتراف بها. الهدف الرئيسي لدينا الموارد الجينية الويب التصوير بالرنين المغناطيسي هو لمساعدة المستخدمين في تحديد هذه المناطق التصوير بالرنين المغناطيسي لتحليلهم التجريبية وكذلك لاستكشاف وظائفهم ممكن. ويمكن إدراج المعرفة في مناطق التصوير بالرنين المغناطيسي وتحسن الجيل الجديد من برامج توقع الجين (شيبرد 2010) وتعميق فهمنا للوظائف وخصائص الجينوم.

<ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كمبيوتر مع إنترنت </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ملفات ذات تسلسل النوكليوتيدات لفحصها. </li></ul>

genomic mri - a public resource for studying sequence patterns within genomic dna

غير الترميز مناطق الجينوم في حقيقيات النواة المعقدة ، بما في ذلك المناطق بين الجينات ، الإنترونات ، وشرائح غير مترجمة من exons متماثلة ، هي سياسات مغرقة في غير عشوائية في تكوينها النوكليوتيدات وتتألف من فسيفساء معقدة من أنماط التسلسل. هذه الأنماط تشمل ما يسمى متوسط ​​التجانس (MRI) المناطق -- 3-10 متواليات النيوكليوتيدات في الطول التي يثريها قاعدة معينة أو مجموعة من قواعد (على سبيل المثال (G + T) الغنية ، الغنية البيورين ، الخ. ). وترتبط مناطق التصوير بالرنين المغناطيسي مع الهياكل الحمض النووي غير عادية (غير شكل B -) التي غالبا ما تشارك في تنظيم التعبير الجيني ، إعادة التركيب ، والعمليات الجينية الأخرى (Fedorova فيدوروف و 2010). وجود تحيز التثبيت القوي داخل المناطق MRI ضد الطفرات التي تميل إلى خفض التجانس على تسلسل تؤيد وبالاضافة الى وظائف وأهمية هذه متواليات الجينوم (براكاش وآخرون 2009). نحن هنا يبرهن على وجود موارد الإنترنت متاحة بحرية -- في حزمة برنامج الجينوم التصوير بالرنين المغناطيسي -- (بكتل وآخرون 2008) المصممة لتحليل تسلسل الجينوم الحسابية من أجل العثور على التصوير بالرنين المغناطيسي وتوصيف أنماط مختلفة داخلها. هذه الحزمة تسمح أيضا توليد متواليات عشوائية ذات الخصائص المختلفة ، ومستوى المراسلات لتسلسل الحمض النووي المدخلات الطبيعية. الهدف الرئيسي لهذا المورد هو تسهيل فحص مناطق واسعة من ال DNA غير المشفرة التي لا تزال تنتظر التحقيق والتنقيب بالكاد شامل والاعتراف بها.

Watch this Scientific Journal Video about Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA at JoVE.com

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

نقدم العامة موقع على شبكة الإنترنت الحاسوبية لتحليل تسلسل الجيني. يكشف تسلسل الحمض النووي مع أنماط التراكيب غير عشوائية مختلف النوكليوتيدات. يولد هذا المورد أيضا تسلسل عشوائية مع مستويات مختلفة من التعقيد.

الجينومية MRI -- وهو من الموارد العامة للدراسة أنماط تسلسل الحمض النووي داخل الجينوم

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

عزل الحمض النووي الجينوم من الذيول ماوس

A Microfluidic Device with Groove Patterns for Studying Cellular Behavior

جهاز ميكروفلويديك مع أنماط Groove لدراسة السلوك الخليوي

We describe a microfluidic device with microgrooved patterns for studying cellular behavior.  This microfluidic platform consists of a top fluidic channel ...

Large Insert Environmental Genomic Library Production

مكتبة كبيرة إدراج الجينوم البيئية الإنتاج

The vast majority of microbes in nature currently remain inaccessible to traditional cultivation methods. Over the past decade, culture-independent ...

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

استخراج عالية الوزن الجزيئي الحمض النووي الجينوم من التربة والرواسب

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

جيل من الحمض النووي الريبي / الحمض النووي DNA في الجينوم الهجائن التي تحول باستخدام الحمض النووي الريبي التي تحتوي على [أليغنوكليوتيد]

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries

الجينوم شاشات التنافسية للمكتبات الخميرة Barcoded

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily.  The tempo of these advances is ...

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

دراسة السن التي تعتمد على عدم الاستقرار الجيني باستخدام س. خميرة يفسبن الزمني النموذجي

Studies using the Saccharomyces cerevisiae aging model have uncovered life span regulatory pathways that are partially conserved in higher eukaryotes1-2. ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

طريقة عملية ومبتكرة لاستخراج الحمض النووي الجينوم من الدم أطقم مجموعة لحفظ البلازما بروتين

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

انتقائية لقطة من hydroxymethylcytosine-5 من الحمض النووي الجيني

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

مجموعة المقارن الجينوم التهجين (صفيف [ك]) عن الكشف عن الجينوم نسخ عدد المتغيرات

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...