Name: genomic mri - a public resource for studying sequence patterns within genomic dna
Uploaded: 2011-05-09T12:00:00
Duration: 12 min 36 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA at JoVE.com

אנחנו אסירי תודה על סמואל שפרד, פיטר Bazeley, וג&#39;ון דיוויד בל לניהול של דפי אינטרנט הגנום MRI. עבודה זו נתמכה על ידי הלאומית למדע &quot;חקירת תפקידים אינטרון הסלולר&quot; קרן הפרס קריירה [מספר מענק MCB-0643542].

<ol>
	<li>Bechtel, J. M., Wittenschlaeger, T., Dwyer, T., Song, J., Arunachalam, S., Ramakrishnan, S. K., Shepard, S., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+mid-range+inhomogeneity+correlates+with+an+abundance+of+RNA+secondary+structures.">Genomic mid-range inhomogeneity correlates with an abundance of RNA secondary structures.</a> BMC Genomics. 9, 284-284 (2008).</li><li>Prakash, A., Shepard, S., Mileyeva-Biebesheimer, O., He, J., Hart, B., Chen, M., Amarachiniha, S., Bechtel, J., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+forces+shaping+human+genomic+sequence+at+mid-range+scales.">Molecular forces shaping human genomic sequence at mid-range scales.</a> BMC Genomics. 10, 513-513 (2009).</li><li>Fedorov, A., Fedorova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+3:+An+Intricate+Mosaic+of+Genomic+Patterns+at+Mid-range+Scale.">Chapter 3: An Intricate Mosaic of Genomic Patterns at Mid-range Scale.</a> Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery. , 65-91 (2010).</li><li>Shepard, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+4:+Binary-abstracted+Markov+models+and+their+application+to+sequence+classificatio.">Chapter 4: Binary-abstracted Markov models and their application to sequence classificatio.</a> The characterization and utilization of middle-range sequence patterns within human genome [dissertation]. , 57-157 (2010).</li></ol>

אין ניגודי אינטרסים הכריז.

אזורים עם הרכב נוקלאוטיד הומוגניות על אמצע טווח קשקשים (3-10 נוקלאוטידים) הם גדותי בגנומים של אאוקריוטים מורכבים יכולים להימצא בכל מקום (אזורים intergenic, אינטרונים, אזורי מתורגמת של אקסונים, אלמנטים חוזרים). אזורים אלו קשורים לעיתים קרובות עם תצורות ה-DNA יוצא דופן. למשל, רצפים purine-/pyrimidine-rich נוטים ליצור וטריפלקסים DNA (H-DNA); רצפים לסירוגין purine / פירימידין בסיסים הקשורים Z-DNA תצורות: (G + C) עשיר האזורים התערוכה מומים מבניים ב-B הדנ&quot;א יכול להיות מועדים מחשוף עמוד השדרה; (A + T) עשיר האזורים עלול ליצור מבנה יוצא דופן - ה-DNA ההתרה אלמנט; וכו &#39;(נבדקה על ידי Fedorov &amp; Fedorova 2010). חלק מאותם אמצע טווח דפוסים (למשל (G + T) עשיר אזורים) נחקרות בקושי ועדיין מחכים חיפושי הכרה יסודית. המטרה העיקרית של משאב אינטרנט MRI הגנום שלנו היא לסייע למשתמשים זיהוי של אזורים אלה MRI לניתוח ניסיוני נוסף שלהם לחקירה של פונקציות אפשרי שלהם. הידע של אזורים MRI יכול להיות משולב בתוך ולשפר את הדור החדש של תכניות מנבא גן (שפרד 2010) ולקדם את ההבנה שלנו של הגנום פונקציות ומאפיינים.

<ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מחשב עם אינטרנט </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> קבצים עם רצפי נוקליאוטידים לבדיקה. </li></ul>

genomic mri - a public resource for studying sequence patterns within genomic dna

ללא קידוד אזורי הגנומי של אאוקריוטים מורכבים, כולל אזורים, אינטרונים intergenic, קטעים מתורגמים של אקסונים, הם מאוד לא אקראי בהרכב נוקלאוטיד שלהם מורכב פסיפס מורכב של דפוסים רצף. דפוסים אלה כוללים שנקרא Mid-Range (MRI) Inhomogeneity אזורים - רצפי נוקליאוטידים באורך 3-10 כי הם מועשרים בסיס שילוב מסוים או של בסיסים (למשל (G + T) עשיר, purine עשיר, וכו &#39; ). אזורים MRI קשורים מבנים DNA יוצא דופן (אי - B-טופס), כי לעתים קרובות מעורבים ברגולציה של ביטוי גנים, רקומבינציה, ותהליכים גנטיים אחרים (Fedorova &amp; Fedorov 2010). קיומו של משוא פנים קיבעון חזק בתוך אזורים MRI נגד מוטציות נוטים להפחית inhomogeneity הרצף שלהם בנוסף תומך את הפונקציונליות ואת החשיבות של הרצפים גנומית (פראקאש et al. 2009). כאן אנו מדגימים משאב זמין באינטרנט באופן חופשי - חבילת הגנום תוכנית MRI - (. בכטל et al 2008) תוכנן עבור ניתוח חישובית של רצפים גנומיים כדי למצוא ולאפיין דפוסי MRI שונים בתוכם. חבילה זו מאפשרת גם דור של רצפים אקראיים עם מאפיינים שונים ברמה של התכתבות עם רצפי DNA טבעי קלט. המטרה העיקרית של משאב זה היא להקל על בחינה של אזורים המכריע של ה-DNA הלא קידוד שעדיין נחקר כמעט ולהמתין חיפושי הכרה יסודית.

Watch this Scientific Journal Video about Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA at JoVE.com

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

אנו מציגים את אתר האינטרנט הציבורי חישובית לניתוח רצפי הגנומי. הוא מזהה דפוסי רצף DNA שאינו אקראי עם קומפוזיציות שונות נוקלאוטיד. משאב זה גם מייצר רצפים אקראיים עם רמות שונות של מורכבות.

הגנום MRI - משאב ציבורי עבור לימוד דפוסי בתוך רצף הדנ&quot;א הגנומי

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

בידוד של הדנ&quot;א הגנומי של זנבות עכבר

A Microfluidic Device with Groove Patterns for Studying Cellular Behavior

מכשיר microfluidic עם דפוסי Groove לחקר התנהגות נייד

We describe a microfluidic device with microgrooved patterns for studying cellular behavior.  This microfluidic platform consists of a top fluidic channel ...

Large Insert Environmental Genomic Library Production

הכנס גדול הסביבה הגנום ספריית הפקה

The vast majority of microbes in nature currently remain inaccessible to traditional cultivation methods. Over the past decade, culture-independent ...

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

הפקת DNA גבוהה מולקולרית משקל הגנום מקרקעות ו משקעים

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

הדור של RNA / DNA כלאיים ב-DNA הגנום על ידי טרנספורמציה באמצעות RNA המכיל oligonucleotides

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries

מסכי הגנום תחרותי של ספריות שמרים המבורקדים

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily.  The tempo of these advances is ...

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

לימוד גיל תלויי חוסר יציבות הגנום באמצעות ס cerevisiae דגם כרונולוגי תוחלת חיים

Studies using the Saccharomyces cerevisiae aging model have uncovered life span regulatory pathways that are partially conserved in higher eukaryotes1-2. ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

שיטה מעשית ורומן לחלץ הדנ&quot;א הגנומי מערכות דם אוסף לשימור חלבון פלזמה

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

לכידה סלקטיבית של 5-hydroxymethylcytosine מהדנ&quot;א הגנומי

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

מערך השוואתי הגנום הכלאה (Array CGH) לאיתור של הגנום גרסאות מספר עותק

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...