Name: genomic mri - a public resource for studying sequence patterns within genomic dna
Uploaded: 2011-05-09T12:00:00
Duration: 12 min 36 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA at JoVE.com

我々は、 ゲノムMRI Webページの管理のためのサミュエルシェパード、ピーターBazeley、そしてジョンDavidベルに感謝しています。この作品は、&quot;イントロン細胞の役割の解明&quot;[助成金番号MCB - 0643542]国立科学財団のキャリア賞によってサポートされていました。

<ol>
	<li>Bechtel, J. M., Wittenschlaeger, T., Dwyer, T., Song, J., Arunachalam, S., Ramakrishnan, S. K., Shepard, S., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+mid-range+inhomogeneity+correlates+with+an+abundance+of+RNA+secondary+structures.">Genomic mid-range inhomogeneity correlates with an abundance of RNA secondary structures.</a> BMC Genomics. 9, 284-284 (2008).</li><li>Prakash, A., Shepard, S., Mileyeva-Biebesheimer, O., He, J., Hart, B., Chen, M., Amarachiniha, S., Bechtel, J., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+forces+shaping+human+genomic+sequence+at+mid-range+scales.">Molecular forces shaping human genomic sequence at mid-range scales.</a> BMC Genomics. 10, 513-513 (2009).</li><li>Fedorov, A., Fedorova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+3:+An+Intricate+Mosaic+of+Genomic+Patterns+at+Mid-range+Scale.">Chapter 3: An Intricate Mosaic of Genomic Patterns at Mid-range Scale.</a> Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery. , 65-91 (2010).</li><li>Shepard, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+4:+Binary-abstracted+Markov+models+and+their+application+to+sequence+classificatio.">Chapter 4: Binary-abstracted Markov models and their application to sequence classificatio.</a> The characterization and utilization of middle-range sequence patterns within human genome [dissertation]. , 57-157 (2010).</li></ol>

利害の衝突は宣言されません。

ミッドレンジのスケールで不均一なヌクレオチド組成（30〜1000ヌクレオチド）を持つ領域が複雑な真核生物のゲノムに有り余るものであり、（遺伝子間領域、イントロン、エクソンの翻訳領域、反復要素）の任意の場所を見つけることができます。これらの領域は頻繁に異常なDNAのコンフォメーションに関連付けられています。例えば、purine-/pyrimidine-richシーケンスは、DNAのtriplexes（H - DNA）を形成する傾向があり、交互にプリン/ピリミジン塩基とシーケンスは、Z - DNAのコンフォメーションに関連付けられている、（G + C）が豊富な地域での構造異常を示すB -等（フェド＆フェドロワ2010年レビュー）、 - 、DNAとバックボーンの切断を起こしやすい可能性がある要素をほどくDNA（A + T）豊富な地域では珍しい構造を形成するかもしれない。これらのミッドレンジパターン（例えば、（G + T）が豊富な地域）のいくつかはほとんど調べていないと、まだ徹底的な調査と認識をお待ちしていますされています。私たちのゲノムMRIのWebリソースの主な目的は、彼らのさらなる実験的解析とそれらの可能な機能の探査のためのこれらのMRIの領域の識別にユーザを支援することです。 MRIの領域の知識が組み込まれ、遺伝子予測プログラムの新世代（シェパード2010）改善し、ゲノム機能と特性の理解を進めることができる。

<ul><li>インターネットとコンピュータ</li><li>検査のための塩基配列を持つファイル。 </li></ul>

genomic mri - a public resource for studying sequence patterns within genomic dna

遺伝子間の領域、イントロン、そしてエキソンの未翻訳セグメントを含む複雑な真核生物、、の非コードゲノム領域は、それらのヌクレオチド組成に深く非ランダムであり、シーケンスパターンの複雑なモザイクで構成されています。配列（例えば（G + T）が豊富な、プリン体を多く含む、などの塩基の特定の塩基またはその組み合わせによって豊かにされている長さは30から10000ヌクレオチド - これらのパターンは、いわゆるミッドレンジの不均質性（MRI）の領域が含まれています）。 MRIの領域は、多くの場合、遺伝子発現、組換え、および他の遺伝的プロセス（フェドロワ＆フェド2010）の調節に関与している異常な（非B型）DNAの構造に関連付けられています。それらの配列の不均一性を低下させる傾向の変異に対するMRIの領域内で強力な固定バイアスの存在は、さらに、これらのゲノム配列（Prakashさんら 2009）の機能性と重要性をサポートしています。 ゲノムMRIプログラムパッケージ- -それらの内の様々なMRIのパターン（。ベクテルら 2008）を見つけると特徴づけるために、ゲノム配列のコンピューター解析のために設計されたここでは、自由に利用できるインターネットリソースを示しています。また、このパッケージには、ナチュラルインプットのDNA配列へのさまざまなプロパティとの対応のレベルでランダム化されたシーケンスを生成できます。このリソースの主な目標は、まだほとんど調査されないし、徹底した調査との認識を待っている非コードDNAの広大な地域の調査を容易にするためです。

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Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

我々は、ゲノム配列の解析のために公共の計算のウェブサイトを提示する。それは様々な非ランダムな塩基組成とDNA配列のパターンを検出します。このリソースは、また複雑さの多様なレベルでランダム化されたシーケンスを生成します。

ゲノムMRI - ゲノムDNA内の配列パターンを研究するためのパブリックリソース

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

マウスの尾からのゲノムDNAの単離

A Microfluidic Device with Groove Patterns for Studying Cellular Behavior

細胞挙動を研究するための溝パターンを用いたマイクロ流体デバイス

We describe a microfluidic device with microgrooved patterns for studying cellular behavior.  This microfluidic platform consists of a top fluidic channel ...

Large Insert Environmental Genomic Library Production

大規模な挿入環境ゲノムライブラリーの製造

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The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

RNAを含むオリゴヌクレオチドを​​使用して変換によるゲノムDNAのRNA / DNAハイブリッドの世代

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries

バーコード酵母ライブラリーの競争力のあるゲノム画面

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily.  The tempo of these advances is ...

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

使用年齢に依存するゲノム不安定性を研究して S.出芽酵母時系列寿命モデル

Studies using the Saccharomyces cerevisiae aging model have uncovered life span regulatory pathways that are partially conserved in higher eukaryotes1-2. ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

血漿タンパク保存用採血キットからゲノムDNAを抽出するために実用的で新手法

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

ゲノムDNAから5  - ヒドロキシの選択的捕獲

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

ゲノムコピー数変異体の検出のためのアレイ比較ゲノムハイブリダイゼーション（アレイCGH）

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...