Name: genomic mri - a public resource for studying sequence patterns within genomic dna
Uploaded: 2011-05-09T12:00:00
Duration: 12 min 36 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA at JoVE.com

Мы благодарны Сэмюэль Шепард, Питер Bazeley, и Джон Дэвид Белл за управление Геномная МРТ веб-страниц. Работа выполнена при поддержке Национального научного фонда Карьера премии &quot;Исследование роли интрон сотовой&quot; [номер гранта MCB-0643542].

<ol>
	<li>Bechtel, J. M., Wittenschlaeger, T., Dwyer, T., Song, J., Arunachalam, S., Ramakrishnan, S. K., Shepard, S., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genomic+mid-range+inhomogeneity+correlates+with+an+abundance+of+RNA+secondary+structures.">Genomic mid-range inhomogeneity correlates with an abundance of RNA secondary structures.</a> BMC Genomics. 9, 284-284 (2008).</li><li>Prakash, A., Shepard, S., Mileyeva-Biebesheimer, O., He, J., Hart, B., Chen, M., Amarachiniha, S., Bechtel, J., Fedorov, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Molecular+forces+shaping+human+genomic+sequence+at+mid-range+scales.">Molecular forces shaping human genomic sequence at mid-range scales.</a> BMC Genomics. 10, 513-513 (2009).</li><li>Fedorov, A., Fedorova, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+3:+An+Intricate+Mosaic+of+Genomic+Patterns+at+Mid-range+Scale.">Chapter 3: An Intricate Mosaic of Genomic Patterns at Mid-range Scale.</a> Advances in Genomic Sequence Analysis and Pattern Discovery. , 65-91 (2010).</li><li>Shepard, S. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chapter+4:+Binary-abstracted+Markov+models+and+their+application+to+sequence+classificatio.">Chapter 4: Binary-abstracted Markov models and their application to sequence classificatio.</a> The characterization and utilization of middle-range sequence patterns within human genome [dissertation]. , 57-157 (2010).</li></ol>

Нет конфликта интересов объявлены.

Регионы с неоднородным нуклеотидного состава на средних масштабах (30-1000 нуклеотидов) являются избыточной в геномах эукариот комплекса и может быть найден в любом месте (межгенных регионов, интроны, непереведенные регионов экзонов, повторяющихся элементов). Эти регионы часто связаны с необычными конформации ДНК. Например, purine-/pyrimidine-rich последовательности, как правило, форму ДНК триплексы (Н-ДНК); последовательностей с переменным пуриновых / пиримидиновых оснований, связанных с Z-ДНК конформации; (G + C)-богатые регионы выставку структурные отклонения в B- ДНК и могут быть склонны к магистральным расщепления; (+ Т)-богатые регионы могут лечь необычную структуру - ДНК раскручивание элемента и т. д. (см. обзор Федоров и Федорова 2010). Некоторые из этих средних моделей (например, (G + T) богатых регионов) едва ли расследованы и все еще ждут тщательного исследования и признания. Основная цель нашей Геномная МРТ веб-ресурс, чтобы помочь пользователям в идентификации этих регионах МРТ для их дальнейшего экспериментального анализа и изучения их возможных функций. Знание МРТ регионов могут быть включены в и улучшить новое поколение программ гена предиктором (Shepard 2010) и продвинуть наше понимание генома функций и свойств.

<ul><li> Компьютер с Интернет </li><li> Файлы с нуклеотидных последовательностей на экспертизу. </li></ul>

genomic mri - a public resource for studying sequence patterns within genomic dna

Некодирующих геномных регионов в сложных эукариотов, в том числе межгенных областях, интроны, и непереведенные сегменты экзонов, глубоко неслучайных в их нуклеотидного состава и состоят из сложную мозаику последовательность узоров. Эти модели включают так называемые Средний уровень неоднородности (МРТ) области - 30-10000 последовательности нуклеотидов в длину, которые обогащены частности базы или комбинации оснований (например, (G + T)-богатые, богатые пуринами и т.д. ). МРТ регионах связаны с необычными (не-B-форма) ДНК структур, которые часто участвуют в регуляции экспрессии генов, рекомбинации и другие генетические процессы (Федоровой и Федорова 2010). Существование сильной фиксации смещения магнитно-резонансных регионов против мутаций, которые приводят к снижению их последовательность неоднородности дополнительно поддерживает функциональность и важность этих геномных последовательностей (Пракаш и соавт. 2009). Здесь мы показываем, свободно доступных Интернет-ресурса - Геномная МРТ пакет программ - (. Bechtel и др., 2008) предназначена для компьютерного анализа геномных последовательностей, чтобы найти и охарактеризовать различные модели МРТ в них. Этот пакет также позволяет получать рандомизированных последовательностей с различными свойствами и уровень соответствия естественных последовательностей ДНК вход. Основной целью данного ресурса является содействие рассмотрению обширные регионы некодирующих ДНК, которые все еще мало исследована и ждут тщательного исследования и признания.

Watch this Scientific Journal Video about Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA at JoVE.com

Genomic MRI - a Public Resource for Studying Sequence Patterns within Genomic DNA

Мы представляем общественности вычислительной веб-сайта для анализа геномных последовательностей. Он обнаруживает модели последовательности ДНК с различными неслучайный нуклеотидных композиций. Этот ресурс также генерирует рандомизированных последовательностей с различными уровнями сложности.

Геномная МРТ - общественный ресурс для изучения последовательности Шаблоны в геномной ДНК

Non-coding genomic regions in complex eukaryotes, including intergenic areas, introns, and untranslated segments of exons, are profoundly non-random in ...

Research

JoVE Journal

Biology

Isolation of Genomic DNA from Mouse Tails

Выделение геномной ДНК из хвостов мышей

A Microfluidic Device with Groove Patterns for Studying Cellular Behavior

Микрожидкостных устройств с Groove Шаблоны для изучения Сотовая Поведение

We describe a microfluidic device with microgrooved patterns for studying cellular behavior.  This microfluidic platform consists of a top fluidic channel ...

Large Insert Environmental Genomic Library Production

Большой Вставить экологического производства геномной библиотеки

The vast majority of microbes in nature currently remain inaccessible to traditional cultivation methods. Over the past decade, culture-independent ...

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

Добыча высокомолекулярных ДНК Геномная Вес от почвы и осадков

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Generation of RNA/DNA Hybrids in Genomic DNA by Transformation using RNA-containing Oligonucleotides

Генерация РНК / ДНК гибридов в геномной ДНК с помощью преобразования с помощью РНК-содержащих олигонуклеотидов

Synthetic short nucleic acid polymers, oligonucleotides (oligos), are the most functional and widespread tools of molecular biology. Oligos can be ...

Competitive Genomic Screens of Barcoded Yeast Libraries

Конкурентные Геномная Экраны Barcoded Библиотеки дрожжей

By virtue of advances in next generation sequencing technologies, we have access to new genome sequences almost daily.  The tempo of these advances is ...

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Studying Age-dependent Genomic Instability using the S. cerevisiae Chronological Lifespan Model

Изучение, зависящими от возраста геномной нестабильности использованием С. CEREVISIAE Хронологические Модель продолжительность жизни

Studies using the Saccharomyces cerevisiae aging model have uncovered life span regulatory pathways that are partially conserved in higher eukaryotes1-2. ...

A Practical and Novel Method to Extract Genomic DNA from Blood Collection Kits for Plasma Protein Preservation

Практические и новый метод для извлечения геномной ДНК из крови Комплекты Коллекция по сохранению белков плазмы

Laboratory tests can be done on the cellular or  fluid portions of the blood. The use of different blood collection tubes  determines the portion of the ...

Selective Capture of 5-hydroxymethylcytosine from Genomic DNA

Селективный захват 5-hydroxymethylcytosine из геномной ДНК

5-methylcytosine (5-mC) constitutes ~2-8% of the total cytosines in human genomic DNA and impacts a broad range of biological functions, including gene ...

Array Comparative Genomic Hybridization (Array CGH) for Detection of Genomic Copy Number Variants

Array Comparative Genomic Hybridization Array CGH for Detection of Genomic Copy Number Variants

Массив сравнительная геномная гибридизация (Array CGH) для обнаружения геномной количество копий Варианты

Array CGH for the detection of genomic copy number variants has replaced G-banded karyotype analysis. This paper describes the technology and its ...