Name: ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza
Uploaded: 2011-06-09T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza at JoVE.com

InDevR يقر المعاهد الوطنية للصحة / NIAID U01AI070276 وR43AI077112 لتمويل هذا العمل.

1. التضخيم باستخدام عينة RT - PCR <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> استخراج الحمض النووي الريبي الفيروسي من المواد الطبية أو الفيروسية. عزل الفيروسات باستخدام MinElute Qiagen كيت سبين بالاشتراك مع الآلية حمض النووي QIAcube منصة استخراج يتم تنفيذ عمليات الاستخراج ع...

<ol>
	<li>Kumar, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Widely+Used+Diagnostics+"DNA-Microarray"-A+Review.">The Widely Used Diagnostics "DNA-Microarray"-A Review.</a> Amer J Inf Dis. 5, 207-218 (2009).</li><li>Miller, M. B., Tang, Y. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Concepts+of+Microarrays+and+Potential+Applications+in+Clinical+Microbiology.">Basic Concepts of Microarrays and Potential Applications in Clinical Microbiology.</a> Clin Microbiol Rev. 22, 611-633 (2009).</li><li>Mikhailovich, V., Gryadunov, D., Kolchinsky, A., Makarov, A. A., Zasedatelev, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+microarrays+in+the+clinic:+infectious+diseases.">DNA microarrays in the clinic: infectious diseases.</a> BioEssays. 30, 673-682 (2008).</li><li>Call, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Challenges+and+opportunities+for+pathogen+detection+using+DNA+microarrays.">Challenges and opportunities for pathogen detection using DNA microarrays.</a> Crit Rev Microbiol. 31, 91-99 (2005).</li><li>Raoult, D., Fournier, P. E., Drancourt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+does+the+future+hold+for+clinical+microbiology.">What does the future hold for clinical microbiology.</a> Nat Rev Microbiol. 2, 151-159 (2004).</li><li>Dawson, E. D., Rowlen, K. L., Wang, Q., Tao, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MChip:+A+Single+Gene+Diagnostic+for+Influenza+A.">MChip: A Single Gene Diagnostic for Influenza A.</a> Influenza: Molecular Virology. , (2010).</li><li>Gall, A., Hoffman, B., Harder, T., Grund, C., Ehricht, R., Beer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+hemagglutinin+subtyping+and+pathotyping+of+avian+influenza+viruses+by+a+DNA+microarray.">Rapid hemagglutinin subtyping and pathotyping of avian influenza viruses by a DNA microarray.</a> J Virol Meth. 160, 200-205 (2009).</li><li>Townsend, M. B., Dawson, E. D., Mehlmann, M., Smagala, J. A., Dankbar, D. M., Moore, C. L., Smith, C. B., Cox, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FluChip:+Experimental+evaluation+of+a+diagnostic+influenza+microarray.">FluChip: Experimental evaluation of a diagnostic influenza microarray.</a> J Clin Microbiol. 44, 2863-2871 (2006).</li><li>Wang, Z., Daum, L. T., Vora, G. J., Metzgar, D., Walter, E. A., Canas, L. C., Malanosky, A. P., Lin, B., Stenger, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+influenza+viruses+with+resequencing+arrays.">Identifying influenza viruses with resequencing arrays.</a> Emerg Inf Dis. 12, 638-646 (2006).</li><li>Kessler, N., Ferraris, O., Palmer, K., Marsh, W., Steel, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+the+DNA+Flow-Thru+Chip,+a+three-dimensional+biochip,+for+typing+and+subtyping+of+influenza+viruses.">Use of the DNA Flow-Thru Chip, a three-dimensional biochip, for typing and subtyping of influenza viruses.</a> J Clin Microbiol. 42, 2173-2185 (2004).</li><li>Kuck, L. R., Taylor, A. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photopolymerization+as+an+innovative+detection+technique+for+low-density+microarrays.">Photopolymerization as an innovative detection technique for low-density microarrays.</a> Biotechniques. 45, 179-186 (2008).</li><li>Avens, H. J., Bowman, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+fluorescent+polymerization-based+signal+amplification+for+sensitive+and+non-enzymatic+biodetection+in+antibody+arrays.">Development of fluorescent polymerization-based signal amplification for sensitive and non-enzymatic biodetection in antibody arrays.</a> Acta Biomat. 6, 83-89 (2010).</li><li>Sikes, H. D., Jenison, R., Bowman, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antigen+detection+using+polymerization-based+amplification.">Antigen detection using polymerization-based amplification.</a> Lab on a Chip. 9, 653-656 (2008).</li></ol>

كشف اللونية ampliPHOX التكنولوجيا المقدمة هنا هي سريعة ، رخيصة بديلة للكشف لون واحد مضان لانخفاض الكثافة ميكروأري التطبيقات. أظهرت تخطيطي في الشكل 1 ، ويستند على مبدأ الكشف عن استخدام تسمية photoinitiator (1B). في وجود حل مونومر المحتوية على (1C) ، والتعرض للضوء يسبب photoinitia...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> كاشف / المعدات </th><th> الصانع </th><th> كتالوج # </th><th> تعليقات </th></tr><tr><td> Qiagen سبين الفيروسات MinElute كيت </td><td> Qiagen </td><td> 57704 </td><td> شطف واحد 60 ميكرولتر </td></tr><tr><td> QIAcube </td><td> Qiagen </td><td> 9001292 </td><td> اختياري </td></tr><tr><td> ABI 9800 Cycler السريع الحرارية </td><td> تطبيق النظم البيولوجية </td><td> 4441166 </td><td></td></tr><tr><td> Qiagen OneStep RT - PCR طقم </td><td> Qiagen </td><td> 210210 </td><td> لا تستخدم عدة dNTPs </td></tr><tr><td> 2X الاحتياطي الإكتشاف </td><td> شركة InDevR </td><td> MI - 5007 </td><td></td></tr><tr><td> Biotinylated dNTP ميكس </td><td> شركة InDevR </td><td> MI - 5009 </td><td></td></tr><tr><td> امدا نوكلياز خارجية </td><td> التكنولوجيات الحيوية Epicentre </td><td> LE032K </td><td> 2500 U ، 10U/μl </td></tr><tr><td> FluChip التمهيدي مزيج </td><td> InDevR </td><td> N / A </td><td> لم يتوفر حتى الآن للبيع </td></tr><tr><td> شاكر المداري </td><td> Madell التكنولوجيا </td><td> ZD - 9556 - A </td><td></td></tr><tr><td> سلال غسيل </td><td> شركة InDevR </td><td> MI - 4002 </td><td></td></tr><tr><td> غسل الرفوف </td><td> شركة InDevR </td><td> MI - 4003 </td><td></td></tr><tr><td> 2X تهجين العازلة </td><td> شركة InDevR </td><td> MI - 5004 </td><td></td></tr><tr><td> المعايرة شيبس </td><td> شركة InDevR </td><td> AP - 5006 </td><td></td></tr><tr><td> غسل المخازن ميلادي </td><td> شركة InDevR </td><td> MI - 5005 </td><td></td></tr><tr><td> ampliRED </td><td> شركة InDevR </td><td> AP - 5004 </td><td></td></tr><tr><td> ampliTAG </td><td> شركة InDevR </td><td> AP - 5001 </td><td></td></tr><tr><td> 2X ampliTAG العازلة </td><td> شركة InDevR </td><td> AP - 5002 </td><td></td></tr><tr><td> ampliPHY ، ampliPHY محسن </td><td> شركة InDevR </td><td> AP - 5003 </td><td></td></tr></tbody></table>

ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza

ظهرت ميكروأرس الحمض النووي كأداة قوية للكشف عن العوامل المسببة للأمراض. 1-5 وعلى سبيل المثال ، أثبتت العديد من الأمثلة على القدرة على نوع وسلالة فيروس الانفلونزا. 6-11 تحديد وتصنيف الفرعي لأنفلونزا على ميكروأرس الحمض النووي وتطبيقاتها في القطاعين العام الصحة وعيادة للكشف المبكر والتدخل السريع ، والتقليل من تأثير وباء الأنفلونزا. مضان التقليدية في الوقت الراهن الكشف ميكروأري الأكثر استخداما الأسلوب. لكن ، وكما استخدموا تكنولوجيا متطورة تقدم نحو الاستخدام السريري (1) ، واستبدال الأجهزة غالية مع انخفاض تكلفة تكنولوجيا الكشف واظهار خصائص الأداء مماثلة لمضان جعل المقايسات ميكروأري أكثر جاذبية وفعالة من حيث التكلفة. المقصود من الكشف اللونية ampliPHOX التكنولوجيا لتطبيقات البحوث ، ووضع حد للكشف داخل احدة من حيث الحجم من 11 مضان التقليدية ، مع الميزة الرئيسية التي يجري تقريبي عشرة أضعاف تكلفة أقل مقارنة صك الماسحات الضوئية اللازمة لميكروأري مبائر ميكروأري مضان الكشف. ميزة أخرى هي من الحجم الصغير الصك الذي يسمح لقابلية ومرونة ، على عكس مضان الصكوك التقليدية. لأن التكنولوجيا البلمرة ليست كما الخطية بطبيعتها كما كشف مضان ، ومع ذلك ، هو الأنسب لانخفاض الكثافة ميكروأري التطبيقات التي المطلوب هو نعم / لا جواب عن وجود تسلسل معين ، مثل الكشف عن صفائف الممرض. في الوقت الحاضر كثافة بقعة أقصى متوافقة مع الكشف ampliPHOX هو ~ 1800 البقع / الصفيف. بسبب محدودية كثافة البقعة ، ميكروأرس العالي الكثافة ليست مناسبة للكشف عن ampliPHOX. هنا ، نقدم ampliPHOX تكنولوجيا الكشف اللونية كوسيلة لتضخيم إشارة على ميكروأري منخفض الكثافة وضعت لكشف وتشخيص فيروسات الأنفلونزا (FluChip). على الرغم من أن هذا البروتوكول يستخدم FluChip (أ ميكروأري الحمض النووي) ، وتطبيق واحد محدد للكشف ampliPHOX ، أي دمج ميكروأري الهدف biotinylated يمكن الكشف عن وصفت بطريقة مماثلة. تصميم وميكروأري biotinylation هدف ليتم القبض هي من مسؤولية المستخدم. مرة واحدة وقد تم القبض على الهدف biotinylated على الصفيف ، يمكن إجراء الكشف عن طريق وضع علامات ampliPHOX لأول مرة مع مجموعة المتقارن streptavidin التسمية (ampliTAG). عند التعرض للضوء باستخدام أداة قارئ ampliPHOX ، البلمرة حل مونومر (ampliPHY) يحدث فقط في المناطق التي تحتوي على ampliTAG المسمى الأهداف. ويمكن تشكيل البوليمر الملون في وقت لاحق مع حل غير سامة لتحسين النقيض البصرية ، تليها التصوير والتحليل باستخدام مجموعة من البرامج البسيطة (ampliVIEW). ويمكن إجراء فحص كامل من FluChip الامم المتحدة واستخراج عينة لينتج حوالي 6 ساعات ، ويمكن الانتهاء من الخطوات المذكورة أعلاه الكشف ampliPHOX في حوالي 30 دقيقة.

Watch this Scientific Journal Video about ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza at JoVE.com

ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza

وتقدم تكنولوجيا الكشف ampliPHOX اللونية كبديل غير مكلف للكشف عن ميكروأرس مضان. استنادا بلمرة ضوئية المنشأ ، ampliPHOX تنتج البقع البوليمر الصلبة مرئية للعين المجردة في دقائق معدودة. ثم يتم تصوير النتائج وتفسيرها تلقائيا مع حزمة برامج بسيطة لكنها قوية.

ampliPHOX الكشف اللونية على ميكروأري الحمض النووي لمكافحة الأنفلونزا

DNA microarrays have emerged as a powerful tool for pathogen detection.1-5  For instance, many examples of the ability to type and subtype influenza virus ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Generation of Recombinant Influenza Virus from Plasmid DNA

توليد المؤتلف فيروسات الأنفلونزا من الحمض النووي البلازميد

Efforts by a number of influenza research groups have been pivotal in the development and improvement of influenza A virus reverse genetics. Originally ...

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

مزيج من الشريط اللاصق على أساس أخذ العينات والإسفار في الموقع تهجين للكشف السريع عن السالمونيلا على المنتجات الطازجة

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

باستخدام التصوير Bioluminescent بالتحقيق في التآزر بين العقدية الرئوية والأنفلونزا من الفيروسات في الفئران الرضع

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

باستخدام الفحص ميكروأري عموم الفيروسي (Virochip) إلى الشاشة العينات السريرية لمسببات الأمراض الفيروسية

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

الإنتاجية العالية لطريقة الكشف عن فيروس الإنفلونزا

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

الأنف المسحات لمكافحة الأنفلونزا A الكشف عن الفيروسات وعزل من الخنازير

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

A Miniaturized Glycan Microarray Assay for Assessing Avidity and Specificity of Influenza A Virus Hemagglutinins

والمنمنمة غليكان ميكروأري الفحص لتقييم الطمع وخصوصية الأنفلونزا من الفيروسات Hemagglutinins

Influenza A virus (IAV) hemagglutinins recognize sialic acids on the cell surface as functional receptors to gain entry into cells. Wild waterfowl are the ...

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

في المختبر التفكيك من الأنفلونزا من الفيروسات Capsids بواسطة الطرد المركزي التدرج

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

Rapid Molecular Detection and Differentiation of Influenza Viruses A and B

سرعة الكشف الجزيئي والتمايز من فيروسات الأنفلونزا A و B

Influenza is a contagious respiratory illness caused by influenza viruses A and B in humans and causes a significant amount of morbidity and mortality ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

مسحة طريقة أخذ العينات للكشف عن نوروفيروس الإنسان على السطوح

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...