Name: ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza
Uploaded: 2011-06-09T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza at JoVE.com

InDevR erkent NIH / NIAID U01AI070276 en R43AI077112 voor de financiering van dit werk.

1. Voorbeeld amplificatie met behulp van RT-PCR <ol><li> Extract viraal RNA uit klinisch materiaal of een viral te isoleren met behulp van de Qiagen MinElute Virus Spin Kit in combinatie met de QIAcube geautomatiseerde nucleïnezuur-extractie platform. Extracties worden uitgevoerd op 200 ul exemplaar met een laatste elutie volume van 60 ui. Bewaar extracten bij -70 ° C of lager voor later gebruik. </li><li> In een sjabloon free-gebied, de voorbereiding van de RT-PCR Master Mix op ijs volgens protocol van de fabrikant...

<ol>
	<li>Kumar, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Widely+Used+Diagnostics+"DNA-Microarray"-A+Review.">The Widely Used Diagnostics "DNA-Microarray"-A Review.</a> Amer J Inf Dis. 5, 207-218 (2009).</li><li>Miller, M. B., Tang, Y. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Concepts+of+Microarrays+and+Potential+Applications+in+Clinical+Microbiology.">Basic Concepts of Microarrays and Potential Applications in Clinical Microbiology.</a> Clin Microbiol Rev. 22, 611-633 (2009).</li><li>Mikhailovich, V., Gryadunov, D., Kolchinsky, A., Makarov, A. A., Zasedatelev, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+microarrays+in+the+clinic:+infectious+diseases.">DNA microarrays in the clinic: infectious diseases.</a> BioEssays. 30, 673-682 (2008).</li><li>Call, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Challenges+and+opportunities+for+pathogen+detection+using+DNA+microarrays.">Challenges and opportunities for pathogen detection using DNA microarrays.</a> Crit Rev Microbiol. 31, 91-99 (2005).</li><li>Raoult, D., Fournier, P. E., Drancourt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+does+the+future+hold+for+clinical+microbiology.">What does the future hold for clinical microbiology.</a> Nat Rev Microbiol. 2, 151-159 (2004).</li><li>Dawson, E. D., Rowlen, K. L., Wang, Q., Tao, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MChip:+A+Single+Gene+Diagnostic+for+Influenza+A.">MChip: A Single Gene Diagnostic for Influenza A.</a> Influenza: Molecular Virology. , (2010).</li><li>Gall, A., Hoffman, B., Harder, T., Grund, C., Ehricht, R., Beer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+hemagglutinin+subtyping+and+pathotyping+of+avian+influenza+viruses+by+a+DNA+microarray.">Rapid hemagglutinin subtyping and pathotyping of avian influenza viruses by a DNA microarray.</a> J Virol Meth. 160, 200-205 (2009).</li><li>Townsend, M. B., Dawson, E. D., Mehlmann, M., Smagala, J. A., Dankbar, D. M., Moore, C. L., Smith, C. B., Cox, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FluChip:+Experimental+evaluation+of+a+diagnostic+influenza+microarray.">FluChip: Experimental evaluation of a diagnostic influenza microarray.</a> J Clin Microbiol. 44, 2863-2871 (2006).</li><li>Wang, Z., Daum, L. T., Vora, G. J., Metzgar, D., Walter, E. A., Canas, L. C., Malanosky, A. P., Lin, B., Stenger, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+influenza+viruses+with+resequencing+arrays.">Identifying influenza viruses with resequencing arrays.</a> Emerg Inf Dis. 12, 638-646 (2006).</li><li>Kessler, N., Ferraris, O., Palmer, K., Marsh, W., Steel, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+the+DNA+Flow-Thru+Chip,+a+three-dimensional+biochip,+for+typing+and+subtyping+of+influenza+viruses.">Use of the DNA Flow-Thru Chip, a three-dimensional biochip, for typing and subtyping of influenza viruses.</a> J Clin Microbiol. 42, 2173-2185 (2004).</li><li>Kuck, L. R., Taylor, A. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photopolymerization+as+an+innovative+detection+technique+for+low-density+microarrays.">Photopolymerization as an innovative detection technique for low-density microarrays.</a> Biotechniques. 45, 179-186 (2008).</li><li>Avens, H. J., Bowman, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+fluorescent+polymerization-based+signal+amplification+for+sensitive+and+non-enzymatic+biodetection+in+antibody+arrays.">Development of fluorescent polymerization-based signal amplification for sensitive and non-enzymatic biodetection in antibody arrays.</a> Acta Biomat. 6, 83-89 (2010).</li><li>Sikes, H. D., Jenison, R., Bowman, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antigen+detection+using+polymerization-based+amplification.">Antigen detection using polymerization-based amplification.</a> Lab on a Chip. 9, 653-656 (2008).</li></ol>

De ampliPHOX colorimetrische detectie technologie hier wordt gepresenteerd is een snel, goedkoop alternatief voor een kleur fluorescentie detectie voor een lagere dichtheid microarray-toepassingen. Schematisch weergegeven in figuur 1, is de detectie principe gebaseerd op het gebruik van een foto-initiator label (1B). In de aanwezigheid van een monomeer-bevattende oplossing (1C), blootstelling aan licht zorgt ervoor dat de foto-initiator (ampliTAG) op gang te brengen een polymerisatiereactie alleen in he...

<table border="1"><tbody><tr><th> Reagens / apparatuur </th><th> Fabrikant </th><th> Catalog # </th><th> Reacties </th></tr><tr><td> Qiagen MinElute Virus Spin Kit </td><td> Qiagen </td><td> 57704 </td><td> een 60 ul elutie </td></tr><tr><td> QIAcube </td><td> Qiagen </td><td> 9001292 </td><td> facultatief </td></tr><tr><td> ABI 9800 Fast Thermal Cycler </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4441166 </td><td></td></tr><tr><td> Qiagen OneStep RT-PCR kit </td><td> Qiagen </td><td> 210210 </td><td> kit dNTP niet gebruikt </td></tr><tr><td> 2x Spotting Buffer </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-5007 </td><td></td></tr><tr><td> Gebiotinyleerd dNTP Mix </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-5009 </td><td></td></tr><tr><td> Lambda exonuclease </td><td> Epicentrum Biotechnologie </td><td> LE032K </td><td> 2500 U, 10U/μl </td></tr><tr><td> FluChip primer mix </td><td> InDevR </td><td> N / A </td><td> nog niet beschikbaar voor verkoop </td></tr><tr><td> Orbital Shaker </td><td> Madell Technology </td><td> ZD-9556-A </td><td></td></tr><tr><td> Was Bins </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-4002 </td><td></td></tr><tr><td> Was Rekken </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-4003 </td><td></td></tr><tr><td> 2x hybridisatiebuffer </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-5004 </td><td></td></tr><tr><td> Kalibratie Chips </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5006 </td><td></td></tr><tr><td> Wash Buffers AD </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-5005 </td><td></td></tr><tr><td> ampliRED </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5004 </td><td></td></tr><tr><td> ampliTAG </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5001 </td><td></td></tr><tr><td> 2x ampliTAG Buffer </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5002 </td><td></td></tr><tr><td> ampliPHY, ampliPHY enhancer </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5003 </td><td></td></tr></tbody></table>

ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza

DNA microarrays hebben zich ontwikkeld tot een krachtig hulpmiddel voor het opsporen van ziekteverwekkers. 1-5 bijvoorbeeld, vele voorbeelden van het vermogen om te type en subtype influenza virus zijn aangetoond. 6-11 De identificatie en subtypering van influenza op DNA microarrays heeft toepassingen in zowel de publieke gezondheid en de kliniek voor vroege opsporing, snelle interventie, en het minimaliseren van de impact van een grieppandemie. Traditionele fluorescentie is momenteel de meest gebruikte micro-array detectie methode. Echter, zoals microarray technologie voortschrijdt naar klinisch gebruik, een te vervangen dure instrumenten met een lage cost detectie technologie vertonen vergelijkbare prestaties kenmerken fluorescentie zal microarray testen aantrekkelijker en kosten-effectief is. De ampliPHOX colorimetrische detectie technologie is bestemd voor onderzoek-toepassingen en heeft een detectiegrens binnen een orde van grootte van de traditionele fluorescentie 11, met een groot voordeel dat een ongeveer tien maal lager instrument kosten in vergelijking met de confocale microarray scanners die nodig zijn voor fluorescentie microarray detectie. Een ander voordeel is de compacte afmetingen van het instrument die het mogelijk maakt voor draagbaarheid en flexibiliteit, in tegenstelling tot traditionele fluorescentie-instrumenten. Omdat de polymerisatie-technologie is niet zo lineair als inherent fluorescentie detectie, echter, is het meest geschikt voor een lagere dichtheid microarray toepassingen waarbij een ja / nee antwoord op de aanwezigheid van een bepaalde volgorde gewenst is, zoals voor het opsporen van ziekteverwekkers arrays. Momenteel is de maximale dichtheid plek compatibel is met ampliPHOX detectie is ~ 1800 plekken / array. Omwille van de plek dichtheid van beperkingen, hogere dichtheid microarrays zijn niet geschikt voor ampliPHOX detectie. Hier presenteren wij ampliPHOX colorimetrische detectie technologie als een methode van signaalversterking op een lage dichtheid microarray ontwikkeld voor de detectie en karakterisering van influenza virussen (FluChip). Hoewel dit protocol maakt gebruik van het FluChip (een DNA microarray) als een specifieke toepassing van ampliPHOX detectie, een microarray te nemen gebiotinyleerd doel kan worden geëtiketteerd en ontdekt in een vergelijkbare manier. De microarray ontwerp en biotinylatie van het doel vast te leggen onder de verantwoordelijkheid van de gebruiker. Zodra de gebiotinyleerde doelstelling is vastgelegd op de array, kan ampliPHOX detectie worden uitgevoerd door eerst het coderen van de array met een streptavidine-label conjugaat (ampliTAG). Bij blootstelling aan licht met behulp van de ampliPHOX Reader instrument, polymerisatie van een monomeer oplossing (ampliPHY) komt alleen voor in gebieden met ampliTAG-gelabeld doelen. De gevormde polymeer kan vervolgens worden gekleurd met een niet-giftige oplossing voor visueel contrast te verbeteren, gevolgd door beeldvorming en analyse met behulp van een eenvoudige software-pakket (ampliVIEW). De gehele FluChip test van de VN-geëxtraheerde monster resultaat kan worden uitgevoerd in ongeveer 6 uur, en de ampliPHOX detectie hierboven beschreven stappen kunnen worden ingevuld in ongeveer 30 minuten.

Watch this Scientific Journal Video about ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza at JoVE.com

ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza

ampliPHOX colorimetrische detectie technologie wordt gepresenteerd als een goedkoop alternatief voor fluorescentie detectie voor microarrays. Op basis van fotopolymerisatie, ampliPHOX produceert vaste polymeer vlekken die zichtbaar zijn met het blote oog in slechts een paar minuten. Resultaten worden vervolgens afgebeeld en automatisch geïnterpreteerd met een eenvoudige maar krachtige software pakket.

ampliPHOX Colorimetrische Detectie op een DNA Microarray voor Influenza

DNA microarrays have emerged as a powerful tool for pathogen detection.1-5  For instance, many examples of the ability to type and subtype influenza virus ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Generation of Recombinant Influenza Virus from Plasmid DNA

Generatie van recombinant griepvirus uit plasmide-DNA

Efforts by a number of influenza research groups have been pivotal in the development and improvement of influenza A virus reverse genetics. Originally ...

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combinatie van Adhesive-tape-gebaseerde Sampling en fluorescentie In situ Hybridisatie voor snelle detectie van Salmonella Op Fresh Produce

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Met behulp van Bioluminescent Imaging naar Synergie Onderzoek Between Streptococcus pneumoniae En influenza A-virus bij jonge muizen

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Met behulp van een Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) op klinische stalen scherm voor virale pathogenen

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

High-throughput Detection Methode voor Influenza Virus

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

Nasale Doekjes voor het influenza A-virus detectie en isolatie van Varkens

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

A Miniaturized Glycan Microarray Assay for Assessing Avidity and Specificity of Influenza A Virus Hemagglutinins

Geminiaturiseerde Glycan Microarray Assay voor het beoordelen van Avidity en specificiteit van influenza A-virus hemagglutinine

Influenza A virus (IAV) hemagglutinins recognize sialic acids on the cell surface as functional receptors to gain entry into cells. Wild waterfowl are the ...

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Demontage van influenza A-virus capsiden door gradiëntcentrifugatie

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

Rapid Molecular Detection and Differentiation of Influenza Viruses A and B

Snelle Moleculaire detectie en differentiatie influenzavirussen A en B

Influenza is a contagious respiratory illness caused by influenza viruses A and B in humans and causes a significant amount of morbidity and mortality ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

Swab Sampling Methode voor de detectie van humane Norovirus op oppervlakken

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...