Name: ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza
Uploaded: 2011-06-09T12:00:00
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InDevR reconnaît NIH / NIAID U01AI070276 et R43AI077112 du financement de ce travail.

1. Exemple d&#39;amplification par RT-PCR <ol><li> Extrait d&#39;ARN viral à partir du matériel clinique ou un isolat viral en utilisant le kit Qiagen MinElute Spin virus en conjonction avec la plate-forme automatisée QIAcube extraction d&#39;acides nucléiques. Les extractions sont effectuées sur des échantillons 200 ul avec un volume d&#39;élution finale de 60 pl. Extraits conserver à -70 ° C ou moins pour une utilisation ultérieure. </li><li> Dans un modèle de libre-région, préparer le mélange de RT-PC...

<ol>
	<li>Kumar, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Widely+Used+Diagnostics+"DNA-Microarray"-A+Review.">The Widely Used Diagnostics "DNA-Microarray"-A Review.</a> Amer J Inf Dis. 5, 207-218 (2009).</li><li>Miller, M. B., Tang, Y. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Concepts+of+Microarrays+and+Potential+Applications+in+Clinical+Microbiology.">Basic Concepts of Microarrays and Potential Applications in Clinical Microbiology.</a> Clin Microbiol Rev. 22, 611-633 (2009).</li><li>Mikhailovich, V., Gryadunov, D., Kolchinsky, A., Makarov, A. 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La technologie de détection colorimétrique ampliPHOX présenté ici est un rapide, alternative peu coûteuse à la détection par fluorescence seule couleur pour les applications des biopuces baisse de densité. Schématisé à la figure 1, le principe de détection est basée sur l&#39;utilisation d&#39;un label de photoamorceur (1B). En présence d&#39;une solution contenant du monomère (1C), exposition à la lumière des causes du photoamorceur (ampliTAG) pour déclencher une réaction de polymér...

<table border="1"><tbody><tr><th> Réactif / équipement </th><th> Fabricant </th><th> Catalogue # </th><th> Commentaires </th></tr><tr><td> Qiagen MinElute Kit Spin Virus </td><td> Qiagen </td><td> 57704 </td><td> unique de 60 ul d&#39;élution </td></tr><tr><td> QIAcube </td><td> Qiagen </td><td> 9001292 </td><td> optionnelle </td></tr><tr><td> ABI 9800 Rapide thermocycleur </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4441166 </td><td></td></tr><tr><td> Qiagen OneStep RT-PCR kit </td><td> Qiagen </td><td> 210210 </td><td> Kit dNTP pas utilisé </td></tr><tr><td> 2x tampon Spotting </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-5007 </td><td></td></tr><tr><td> Biotinylé mélange de dNTP </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-5009 </td><td></td></tr><tr><td> Exonucléase lambda </td><td> Biotechnologies Epicentre </td><td> LE032K </td><td> 2500 U, 10U/μl </td></tr><tr><td> Mélange d&#39;amorces FluChip </td><td> InDevR </td><td> N / A </td><td> pas encore disponibles à la vente </td></tr><tr><td> Orbital Shaker </td><td> Madell technologie </td><td> ZD-9556-A </td><td></td></tr><tr><td> Lavez bacs </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-4002 </td><td></td></tr><tr><td> Lavez Racks </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-4003 </td><td></td></tr><tr><td> Tampon d&#39;Hybridation 2x </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-5004 </td><td></td></tr><tr><td> Chips de calibration </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5006 </td><td></td></tr><tr><td> Lavez Tampons AD </td><td> InDevR Inc </td><td> MI-5005 </td><td></td></tr><tr><td> ampliRED </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5004 </td><td></td></tr><tr><td> ampliTAG </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5001 </td><td></td></tr><tr><td> 2x ampliTAG Tampon </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5002 </td><td></td></tr><tr><td> ampliPHY, ampliPHY enhancer </td><td> InDevR Inc </td><td> AP-5003 </td><td></td></tr></tbody></table>

ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza

Puces à ADN sont apparues comme un puissant outil de détection des agents pathogènes. 1-5, par exemple, de nombreux exemples de la capacité de type et de sous-type du virus grippal ont été démontrés. 6-11 L&#39;identification et le typage de la grippe sur les puces à ADN a des applications dans les deux publics la santé et de la clinique pour la détection précoce, d&#39;intervention rapide, et en minimisant l&#39;impact d&#39;une pandémie de grippe. Fluorescence traditionnelle est actuellement la méthode la plus couramment utilisée puces de détection. Cependant, comme la technologie des biopuces progresse vers une utilisation clinique, une instrumentation coûteuse remplacer à faible coût de la technologie de détection présentant des caractéristiques de performance similaire à la fluorescence fera des essais biopuces plus attractif et rentable. La technologie de détection colorimétrique ampliPHOX est destiné aux applications de recherche, et a une limite de détection au sein d&#39;un ordre de grandeur de la fluorescence traditionnelle 11, avec un avantage principal étant une approximative de dix fois moindre coût instrument par rapport aux scanners biopuces à fluorescence confocale requis pour biopuces détection. Un autre avantage est la taille compacte de l&#39;instrument qui permet pour la portabilité et la flexibilité, à la différence des instruments traditionnels de fluorescence. Parce que la technologie de polymérisation n&#39;est pas comme intrinsèquement linéaire comme la détection par fluorescence, cependant, il est le mieux adapté à la densité plus faible applications des biopuces dans lequel une réponse oui / non de la présence d&#39;une certaine séquence est souhaitée, comme pour les tableaux de détection de pathogènes. Actuellement, la densité maximale du spot compatible avec la détection ampliPHOX est ~ 1800 spots / tableau. En raison des limites de densité au comptant, biopuces haute densité ne sont pas adaptés pour la détection ampliPHOX. Ici, nous présentons la technologie ampliPHOX détection colorimétrique comme une méthode d&#39;amplification du signal sur une puce à faible densité développé pour la détection et la caractérisation des virus de la grippe (FluChip). Bien que ce protocole utilise le FluChip (une puce à ADN) comme une application spécifique de ampliPHOX détection, aucune puce incorporant cibles biotinylées peuvent être étiquetés et détectée d&#39;une manière semblable. La conception de microréseau et biotinylation de la cible pour être capturés sont de la responsabilité de l&#39;utilisateur. Une fois la cible biotinylé a été capturé sur le tableau, la détection ampliPHOX peut être effectuée par le marquage d&#39;abord le tableau avec un conjugué streptavidine-étiquette (ampliTAG). Après exposition à la lumière en utilisant l&#39;instrument de ampliPHOX Reader, la polymérisation d&#39;une solution de monomère (ampliPHY) ne se produit que dans des régions contenant ampliTAG marqué cibles. Le polymère formé peut être ensuite colorées avec une solution non toxique pour améliorer le contraste visuel, suivi par imagerie et d&#39;analyse en utilisant un logiciel simple (ampliVIEW). Le dosage de FluChip entière de l&#39;ONU-échantillon extrait d&#39;entraîner peut être effectuée en environ 6 heures, et les mesures de détection ampliPHOX décrit ci-dessus peut être complété en environ 30 min.

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ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza

technologie de détection colorimétrique ampliPHOX est présentée comme une alternative peu coûteuse à la détection par fluorescence pour les microarrays. Basé sur la photopolymérisation, ampliPHOX produit des taches polymère solide visible à l&#39;œil nu dans quelques minutes. Les résultats sont ensuite imagé et automatiquement interprété avec un logiciel simple mais puissant.

ampliPHOX détection colorimétrique sur un microréseau d&#39;ADN pour la grippe

DNA microarrays have emerged as a powerful tool for pathogen detection.1-5  For instance, many examples of the ability to type and subtype influenza virus ...

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