Name: ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza
Uploaded: 2011-06-09T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza at JoVE.com

InDevR erkänner NIH / NIAID U01AI070276 och R43AI077112 för att finansiera detta arbete.

1. Exempel på förstärkning med hjälp av RT-PCR <ol><li> Utdrag viralt RNA från kliniska material eller ett virus isolera med Qiagen MinElute Kit Virus Spin i samband med QIAcube automatiserade nukleinsyra extraktion plattform. Extraktioner görs på 200 l prov med en slutlig eluering volym på 60 l. Förvara extrakten vid -70 ° C eller lägre för senare användning. </li><li> I en mall fritt område, förbereda RT-PCR Master Mix på is enligt tillverkarens protokollet. Införliva biotin under RT-PCR, använd en...

<ol>
	<li>Kumar, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Widely+Used+Diagnostics+"DNA-Microarray"-A+Review.">The Widely Used Diagnostics "DNA-Microarray"-A Review.</a> Amer J Inf Dis. 5, 207-218 (2009).</li><li>Miller, M. B., Tang, Y. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Concepts+of+Microarrays+and+Potential+Applications+in+Clinical+Microbiology.">Basic Concepts of Microarrays and Potential Applications in Clinical Microbiology.</a> Clin Microbiol Rev. 22, 611-633 (2009).</li><li>Mikhailovich, V., Gryadunov, D., Kolchinsky, A., Makarov, A. A., Zasedatelev, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+microarrays+in+the+clinic:+infectious+diseases.">DNA microarrays in the clinic: infectious diseases.</a> BioEssays. 30, 673-682 (2008).</li><li>Call, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Challenges+and+opportunities+for+pathogen+detection+using+DNA+microarrays.">Challenges and opportunities for pathogen detection using DNA microarrays.</a> Crit Rev Microbiol. 31, 91-99 (2005).</li><li>Raoult, D., Fournier, P. E., Drancourt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+does+the+future+hold+for+clinical+microbiology.">What does the future hold for clinical microbiology.</a> Nat Rev Microbiol. 2, 151-159 (2004).</li><li>Dawson, E. D., Rowlen, K. L., Wang, Q., Tao, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MChip:+A+Single+Gene+Diagnostic+for+Influenza+A.">MChip: A Single Gene Diagnostic for Influenza A.</a> Influenza: Molecular Virology. , (2010).</li><li>Gall, A., Hoffman, B., Harder, T., Grund, C., Ehricht, R., Beer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+hemagglutinin+subtyping+and+pathotyping+of+avian+influenza+viruses+by+a+DNA+microarray.">Rapid hemagglutinin subtyping and pathotyping of avian influenza viruses by a DNA microarray.</a> J Virol Meth. 160, 200-205 (2009).</li><li>Townsend, M. B., Dawson, E. D., Mehlmann, M., Smagala, J. A., Dankbar, D. M., Moore, C. L., Smith, C. B., Cox, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FluChip:+Experimental+evaluation+of+a+diagnostic+influenza+microarray.">FluChip: Experimental evaluation of a diagnostic influenza microarray.</a> J Clin Microbiol. 44, 2863-2871 (2006).</li><li>Wang, Z., Daum, L. T., Vora, G. J., Metzgar, D., Walter, E. A., Canas, L. C., Malanosky, A. P., Lin, B., Stenger, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+influenza+viruses+with+resequencing+arrays.">Identifying influenza viruses with resequencing arrays.</a> Emerg Inf Dis. 12, 638-646 (2006).</li><li>Kessler, N., Ferraris, O., Palmer, K., Marsh, W., Steel, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+the+DNA+Flow-Thru+Chip,+a+three-dimensional+biochip,+for+typing+and+subtyping+of+influenza+viruses.">Use of the DNA Flow-Thru Chip, a three-dimensional biochip, for typing and subtyping of influenza viruses.</a> J Clin Microbiol. 42, 2173-2185 (2004).</li><li>Kuck, L. R., Taylor, A. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photopolymerization+as+an+innovative+detection+technique+for+low-density+microarrays.">Photopolymerization as an innovative detection technique for low-density microarrays.</a> Biotechniques. 45, 179-186 (2008).</li><li>Avens, H. J., Bowman, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+fluorescent+polymerization-based+signal+amplification+for+sensitive+and+non-enzymatic+biodetection+in+antibody+arrays.">Development of fluorescent polymerization-based signal amplification for sensitive and non-enzymatic biodetection in antibody arrays.</a> Acta Biomat. 6, 83-89 (2010).</li><li>Sikes, H. D., Jenison, R., Bowman, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antigen+detection+using+polymerization-based+amplification.">Antigen detection using polymerization-based amplification.</a> Lab on a Chip. 9, 653-656 (2008).</li></ol>

Den ampliPHOX kolorimetriska upptäckt teknik som presenteras här är en snabb, billigt alternativ till enda färg fluorescens detektion för mindre applikationer täthet microarray. Visas schematiskt i figur 1 är upptäckten princip som bygger på användning av ett fotoinitiator etikett (1B). I närvaro av en monomer som innehåller lösning (1C), orsakar ljusexponering de fotoinitiator (ampliTAG) för att utlösa en polymerisationsreaktion bara i märkta regioner (1D). Även visade här på ett DNA...

<table border="1"><tbody><tr><th> Reagens / utrustning </th><th> Tillverkare </th><th> Catalog # </th><th> Kommentarer </th></tr><tr><td> Qiagen MinElute Virus Spin Kit </td><td> Qiagen </td><td> 57.704 </td><td> enda 60 l eluering </td></tr><tr><td> QIAcube </td><td> Qiagen </td><td> 9001292 </td><td> tillval </td></tr><tr><td> ABI 9800 Snabb Värmecykel </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4441166 </td><td></td></tr><tr><td> Qiagen OneStep RT-PCR kit </td><td> Qiagen </td><td> 210.210 </td><td> kit dNTPs inte används </td></tr><tr><td> 2x Spotting Buffer </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-5007 </td><td></td></tr><tr><td> Biotinylerad dNTP Mix </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-5009 </td><td></td></tr><tr><td> Lambda exonuclease </td><td> Epicentrum Bioteknik </td><td> LE032K </td><td> 2500 U, 10U/μl </td></tr><tr><td> FluChip primermix </td><td> InDevR </td><td> N / A </td><td> ännu inte tillgängliga för försäljning </td></tr><tr><td> Orbital Shaker </td><td> Madell Teknik </td><td> ZD-9556-A </td><td></td></tr><tr><td> Tvätta Papperskorgar </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-4002 </td><td></td></tr><tr><td> Tvätta Racks </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-4003 </td><td></td></tr><tr><td> 2x Hybridisering Buffer </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-5004 </td><td></td></tr><tr><td> Kalibrering Chips </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5006 </td><td></td></tr><tr><td> Tvätta Buffertar AD </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-5005 </td><td></td></tr><tr><td> ampliRED </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5004 </td><td></td></tr><tr><td> ampliTAG </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5001 </td><td></td></tr><tr><td> 2x ampliTAG Buffer </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5002 </td><td></td></tr><tr><td> ampliPHY, ampliPHY förstärkare </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5003 </td><td></td></tr></tbody></table>

ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza

DNA microarrays har visat sig vara ett kraftfullt verktyg för detektion av patogener. 1-5 Till exempel har många exempel på förmågan att skriva och subtyp av influensavirus påvisats. 6-11 Identifiering och subtypning av influensa på DNA microarrays har tillämpningar inom såväl offentlig hälsa och på kliniken för tidig upptäckt, snabbt ingripande, och minimera effekterna av en influensapandemi. Traditionell fluorescens är för närvarande den vanligaste microarray detektionsmetod. Men som microarray-tekniken utvecklas i riktning mot klinisk användning, 1 ersätta dyra instrumentering med låg kostnad detekteringsteknik uppvisar liknande prestanda till fluorescens gör microarray analyser mer attraktiv och kostnadseffektiv. Den ampliPHOX kolorimetriska upptäckt tekniken är avsedda för forskning tillämpningar och har en detektionsgräns i en storleksordning av traditionella fluorescens 11, med en största fördelen är en cirka tio gånger lägre instrument kostnad jämfört med konfokala microarray skannrar som krävs för fluorescens microarray detektering. En annan fördel är den kompakta storleken på de instrument som möjliggör portabilitet och flexibilitet, till skillnad från traditionella fluorescens instrument. Eftersom polymerisation teknik är inte lika naturligt linjär som fluorescens upptäckt, är det dock bäst för mindre applikationer täthet microarray där ett ja / nej svar för förekomst av en viss sekvens önskas, t.ex. för detektion av patogener arrayer. För närvarande den högsta platsen täthet kompatibel med ampliPHOX upptäckt är ~ 1800 fläckar / array. På grund av de begränsningar plats densitet, högre densitet mikroarrayer är inte lämpliga för ampliPHOX upptäckt. Här presenterar vi ampliPHOX kolorimetriska upptäckt tekniken som en metod för signalförstärkning på en låg täthet microarray utvecklats för detektering och karakterisering av influensavirus (FluChip). Även om detta protokoll använder FluChip (en DNA microarray) som en specifik tillämpning av ampliPHOX upptäckt, något microarray införliva biotinylerad mål kan märkas och identifieras på ett liknande sätt. Den microarray design och biotinylation av målet som ska fångas är användarens ansvar. När biotinylerad målet har fångat på matrisen, kan ampliPHOX upptäckt utföras genom att först märka arrayen med en streptavidin-etikett konjugat (ampliTAG). Vid ljusexponering med ampliPHOX Reader instrument, en polymerisering av en monomer lösning (ampliPHY) förekommer endast i områden som innehåller ampliTAG-märkta mål. Polymeren som bildas kan sedan färgas med en giftfri lösning för att förbättra visuell kontrast, följt av bildbehandling och analys med ett enkelt programvarupaket (ampliVIEW). Hela FluChip analys från FN-extraherade prov till resultat kan utföras i ca 6 timmar, och ampliPHOX upptäckt stegen som beskrivs ovan kan fyllas i ca 30 min.

Watch this Scientific Journal Video about ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza at JoVE.com

ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza

ampliPHOX kolorimetriska upptäckt teknik framställs som ett billigt alternativ till fluorescens detektion för mikroarrayer. Baserat på photopolymerization, producerar ampliPHOX polymerbränsleceller fläckar synliga för blotta ögat på bara några minuter. Resultaten är sedan avbildas och automatiskt tolkas med ett enkelt men kraftfullt programpaket.

ampliPHOX Kolorimetriska Detection på en DNA microarray för influensa

DNA microarrays have emerged as a powerful tool for pathogen detection.1-5  For instance, many examples of the ability to type and subtype influenza virus ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Generation of Recombinant Influenza Virus from Plasmid DNA

Generering av Rekombinant influensavirus från Plasmid DNA

Efforts by a number of influenza research groups have been pivotal in the development and improvement of influenza A virus reverse genetics. Originally ...

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Kombination av självhäftande tejp grundad på provtagning och fluorescens På plats Hybridisering för snabb upptäckt av Salmonella På färskvaror

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Använda Bioluminescent Imaging för att undersöka synergi mellan Streptococcus pneumoniae Och influensa A-virus i modersmjölksersättning Möss

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Med hjälp av en Pan-Viral microarray analys (Virochip) till skärm kliniska prover för virala patogener

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

High-throughput Detektion Metod för Influensa Virus-

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

Nasal Wipes för influensa A-virus Upptäckt och isolering från svin

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

A Miniaturized Glycan Microarray Assay for Assessing Avidity and Specificity of Influenza A Virus Hemagglutinins

En miniatyriserad glykan microarray analys för bedömning Aviditet och specificitet av influensa A-virus Hemagglutinins

Influenza A virus (IAV) hemagglutinins recognize sialic acids on the cell surface as functional receptors to gain entry into cells. Wild waterfowl are the ...

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

I vitro Demontering av influensa A-virus-kapsider genom gradientcentrifugering

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

Rapid Molecular Detection and Differentiation of Influenza Viruses A and B

Snabb molekylär detektion och differentiering av influensavirus A och B

Influenza is a contagious respiratory illness caused by influenza viruses A and B in humans and causes a significant amount of morbidity and mortality ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

Pinnurvalsmetoden för påvisande av humana Norovirus på ytor

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...