Name: ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza
Uploaded: 2011-06-09T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza at JoVE.com

InDevR bu çalışmaları finanse NIH / NIAID U01AI070276 ve R43AI077112 kabul eder.

1. RT-PCR kullanarak Örnek amplifikasyon <ol><li> Klinik malzeme veya viral bir QIAcube otomatik nükleik asit ekstraksiyon platformu ile birlikte Qiagen MinElute Virüs Spin Kit kullanılarak izole eder. Viral RNA Özü Ekstraksiyonları 60 ul son bir elüsyon hacmi 200 ul numune üzerinde yapılır. Mağaza özleri -70 ° C veya daha sonra kullanmak için daha düşük. </li><li> Bir şablon serbest alanda buz üzerinde, üretici firmanın protokolüne göre RT-PCR master karışımı hazırlar. RT-PCR sırasında ...

<ol>
	<li>Kumar, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Widely+Used+Diagnostics+"DNA-Microarray"-A+Review.">The Widely Used Diagnostics "DNA-Microarray"-A Review.</a> Amer J Inf Dis. 5, 207-218 (2009).</li><li>Miller, M. B., Tang, Y. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Basic+Concepts+of+Microarrays+and+Potential+Applications+in+Clinical+Microbiology.">Basic Concepts of Microarrays and Potential Applications in Clinical Microbiology.</a> Clin Microbiol Rev. 22, 611-633 (2009).</li><li>Mikhailovich, V., Gryadunov, D., Kolchinsky, A., Makarov, A. A., Zasedatelev, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=DNA+microarrays+in+the+clinic:+infectious+diseases.">DNA microarrays in the clinic: infectious diseases.</a> BioEssays. 30, 673-682 (2008).</li><li>Call, D. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Challenges+and+opportunities+for+pathogen+detection+using+DNA+microarrays.">Challenges and opportunities for pathogen detection using DNA microarrays.</a> Crit Rev Microbiol. 31, 91-99 (2005).</li><li>Raoult, D., Fournier, P. E., Drancourt, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=What+does+the+future+hold+for+clinical+microbiology.">What does the future hold for clinical microbiology.</a> Nat Rev Microbiol. 2, 151-159 (2004).</li><li>Dawson, E. D., Rowlen, K. L., Wang, Q., Tao, Y. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=MChip:+A+Single+Gene+Diagnostic+for+Influenza+A.">MChip: A Single Gene Diagnostic for Influenza A.</a> Influenza: Molecular Virology. , (2010).</li><li>Gall, A., Hoffman, B., Harder, T., Grund, C., Ehricht, R., Beer, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+hemagglutinin+subtyping+and+pathotyping+of+avian+influenza+viruses+by+a+DNA+microarray.">Rapid hemagglutinin subtyping and pathotyping of avian influenza viruses by a DNA microarray.</a> J Virol Meth. 160, 200-205 (2009).</li><li>Townsend, M. B., Dawson, E. D., Mehlmann, M., Smagala, J. A., Dankbar, D. M., Moore, C. L., Smith, C. B., Cox, N. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=FluChip:+Experimental+evaluation+of+a+diagnostic+influenza+microarray.">FluChip: Experimental evaluation of a diagnostic influenza microarray.</a> J Clin Microbiol. 44, 2863-2871 (2006).</li><li>Wang, Z., Daum, L. T., Vora, G. J., Metzgar, D., Walter, E. A., Canas, L. C., Malanosky, A. P., Lin, B., Stenger, D. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identifying+influenza+viruses+with+resequencing+arrays.">Identifying influenza viruses with resequencing arrays.</a> Emerg Inf Dis. 12, 638-646 (2006).</li><li>Kessler, N., Ferraris, O., Palmer, K., Marsh, W., Steel, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+the+DNA+Flow-Thru+Chip,+a+three-dimensional+biochip,+for+typing+and+subtyping+of+influenza+viruses.">Use of the DNA Flow-Thru Chip, a three-dimensional biochip, for typing and subtyping of influenza viruses.</a> J Clin Microbiol. 42, 2173-2185 (2004).</li><li>Kuck, L. R., Taylor, A. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Photopolymerization+as+an+innovative+detection+technique+for+low-density+microarrays.">Photopolymerization as an innovative detection technique for low-density microarrays.</a> Biotechniques. 45, 179-186 (2008).</li><li>Avens, H. J., Bowman, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+fluorescent+polymerization-based+signal+amplification+for+sensitive+and+non-enzymatic+biodetection+in+antibody+arrays.">Development of fluorescent polymerization-based signal amplification for sensitive and non-enzymatic biodetection in antibody arrays.</a> Acta Biomat. 6, 83-89 (2010).</li><li>Sikes, H. D., Jenison, R., Bowman, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antigen+detection+using+polymerization-based+amplification.">Antigen detection using polymerization-based amplification.</a> Lab on a Chip. 9, 653-656 (2008).</li></ol>

Burada sunulan ampliPHOX kolorimetrik algılama teknolojisi, düşük yoğunluk mikroarray uygulamalar için tek renkli floresan tespiti için hızlı, ucuz bir alternatif. Şekil 1&#39;de şematik olarak gösterilmiştir, algılama ilkesi kullanımı ile ilgili bir photoinitiator etiket (1B) dayanır. Monomer içeren bir çözüm (1C) varlığı, ışığa maruz kalma photoinitiator (ampliTAG) yalnızca etiketli bölgelerde bir polimerizasyon reaksiyonu tetiklemek için (1D) neden olur. Influenza tanı...

<table border="1"><tbody><tr><th> Reaktif / ekipman </th><th> Üretici </th><th> Katalog # </th><th> Yorumlar </th></tr><tr><td> Qiagen MinElute Virüs Spin Kiti </td><td> Qiagen </td><td> 57704 </td><td> tek 60 ul elüsyon </td></tr><tr><td> QIAcube </td><td> Qiagen </td><td> 9001292 </td><td> isteğe bağlı </td></tr><tr><td> ABI 9800 Hızlı Termal Cycler </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4441166 </td><td></td></tr><tr><td> Qiagen OneStep RT-PCR kiti </td><td> Qiagen </td><td> 210210 </td><td> kiti kullanıldı. dNTP </td></tr><tr><td> 2x Spotting Tampon </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-5007 </td><td></td></tr><tr><td> Biotinlenmiş dNTP Mix </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-5009 </td><td></td></tr><tr><td> Lambda eksonükleaz </td><td> Epicentre Biyoteknoloji </td><td> LE032K </td><td> 2500 U, 10U/μl </td></tr><tr><td> FluChip astar Karışımı </td><td> InDevR </td><td> N / A </td><td> satilik henüz mevcut değil. </td></tr><tr><td> Orbital Çalkalayıcı </td><td> Madell Teknoloji </td><td> ZD-9556-A </td><td></td></tr><tr><td> Kovaları yıkayın </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-4002 </td><td></td></tr><tr><td> Raflar yıkayın </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-4003 </td><td></td></tr><tr><td> 2x Hibridizasyon Tampon </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-5004 </td><td></td></tr><tr><td> Kalibrasyon Chips </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5006 </td><td></td></tr><tr><td> Tamponlar AD yıkayın </td><td> InDevR Inc. </td><td> MI-5005 </td><td></td></tr><tr><td> ampliRED </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5004 </td><td></td></tr><tr><td> ampliTAG </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5001 </td><td></td></tr><tr><td> 2x ampliTAG Tampon </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5002 </td><td></td></tr><tr><td> ampliPHY, ampliPHY arttırıcı </td><td> InDevR Inc. </td><td> AP-5003 </td><td></td></tr></tbody></table>

ampliphox colorimetric detection on a dna microarray for influenza

DNA mikrodizilerinin patojen tespiti için güçlü bir araç olarak ortaya çıkmıştır. Örneğin 1-5, tip ve alt tip grip virüsü yeteneğini pek çok örnek gösterilmiştir DNA mikrodizilerinin grip 6-11 tanımlama ve alt tipleme hem kamu uygulamalar vardır sağlık ve klinikte erken teşhis, hızlı müdahale ve bir influenza pandemisi etkisini en aza indirmek için. Geleneksel floresan şu anda en yaygın olarak kullanılan mikroarray tespit yöntemi. Ancak, klinik kullanımına yönelik mikroarray teknolojisi ilerledikçe, 1 düşük maliyetli algılama teknolojisi, floresan, benzer bir performans özellikleri sergileyerek, pahalı aletlerle yerine mikroarray deneyleri daha cazip ve uygun maliyetli hale getirecek. AmpliPHOX kolorimetrik algılama teknolojisi araştırma uygulamaları için tasarlanmıştır ve floresan mikroarray için gerekli konfokal mikroarray tarayıcılar ile karşılaştırıldığında yaklaşık on kat daha düşük cihaz maliyeti olan bir ana avantajı ile, geleneksel floresan 11 büyüklükte bir düzen içinde algılama sınırı vardır . algılama. Diğer bir avantajı, geleneksel floresan araçların aksine, taşınabilirlik ve esneklik sağlayan cihaz, kompakt boyutu. Polimerizasyon teknolojisi floresan algılama gibi doğal doğrusal olmadığından, ancak, bu gibi patojen tespiti diziler için belirli bir sırayla varlığı için bir evet / hayır cevabı istenilen düşük yoğunluklu mikroarray uygulamaları, en uygundur. Şu anda ampliPHOX algılama ile uyumlu en yüksek nokta yoğunluğu ~ 1800 lekeler / dizi. Çünkü nokta yoğunluğu sınırlamaları, yüksek yoğunluklu mikroarray&#39;ler ampliPHOX tespiti için uygun değildir. Burada, grip virüsleri tespit ve karakterizasyonu (FluChip) için geliştirilen bir düşük yoğunluklu mikroarray sinyal amplifikasyon yöntemi olarak ampliPHOX kolorimetrik algılama teknolojisi mevcut. Bu protokol, benzer bir şekilde etiketlenir ve tespit edilebilir biotinlenmiş hedef içeren herhangi bir mikroarray ampliPHOX algılama, belirli bir uygulama olarak FluChip (DNA mikroarray) kullanmasına rağmen. Çekilecek hedef mikroarray tasarım ve biyotinilasyon kullanıcının sorumluluğundadır. Biotinlenmiş hedef dizi esir edildikten sonra, ilk etiketleme ampliPHOX algılama streptavidin-etiket konjuge (ampliTAG) ile dizi yapılabilir. (AmpliPHY) monomer çözüm ampliPHOX Reader enstrüman, polimerizasyon kullanarak ışık maruz kalma sonucunda ampliTAG etiketli hedefler içeren bölgeler yalnızca oluşur. Oluşan polimer sonradan basit bir yazılım paketi (ampliVIEW) kullanarak görüntüleme ve analiz takip görsel kontrastı artırmak için non-toksik bir çözüm lekeli olabilir. Yaklaşık 6 saat içinde sonuç un çıkarılan örnek tüm FluChip tahlil yapılabilir ve yukarıda açıklanan ampliPHOX algılama adımları yaklaşık 30 dakika içinde tamamlanabilir.

Watch this Scientific Journal Video about ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza at JoVE.com

ampliPHOX Colorimetric Detection on a DNA Microarray for Influenza

ampliPHOX kolorimetrik algılama teknolojisi mikroarray&#39;ler için floresan tespiti için ucuz bir alternatif olarak sunulmaktadır. AmpliPHOX fotopolimerizasyon dayanarak, sadece birkaç dakika içinde çıplak gözle görülebilen katı polimer lekeler oluşturur. Sonuçlar basit ama güçlü bir yazılım paketi ile görüntülü ve sonra otomatik olarak yorumlanır.

Grip için DNA Mikroarray ampliPHOX Kolorimetrik Algılama

DNA microarrays have emerged as a powerful tool for pathogen detection.1-5  For instance, many examples of the ability to type and subtype influenza virus ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Generation of Recombinant Influenza Virus from Plasmid DNA

Plazmid DNA Rekombinant Grip Virüsü Üretimi

Efforts by a number of influenza research groups have been pivotal in the development and improvement of influenza A virus reverse genetics. Originally ...

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Yapışkan bant tabanlı Örnekleme ve Floresans kombinasyonu In situ</emHızlı Algılama> Hibridizasyon Salmonella Taze üretin

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Yılları arasında sinerjistik Araştırma Bioluminescent Görüntüleme kullanma Streptococcus pneumoniae Bebek Fare ve İnfluenza A Virüsü

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

Using a Pan-Viral Microarray Assay (Virochip) to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Using a Pan-Viral Microarray Assay Virochip to Screen Clinical Samples for Viral Pathogens

Viral Patojenler Klinik Örnekler Ekranına bir Pan-Viral Mikroarray Testi (Virochip)

The diagnosis of viral causes of many infectious diseases is difficult due to the inherent sequence diversity of viruses as well as the ongoing emergence ...

High-throughput Detection Method for Influenza Virus

Gribi için yüksek verimlilik Tespit Yöntemi

Influenza virus is a respiratory pathogen that causes a high degree of morbidity and mortality every year in multiple parts of the world. Therefore, ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

Domuz influenza A virüs Algılama ve İzolasyonu için Burun Mendil

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

A Miniaturized Glycan Microarray Assay for Assessing Avidity and Specificity of Influenza A Virus Hemagglutinins

Influenza A Virüsü hemaglutininler aviditesi ve özgünlüğünün değerlendirilmesi için Minyatür Glycan Mikroarray Testi

Influenza A virus (IAV) hemagglutinins recognize sialic acids on the cell surface as functional receptors to gain entry into cells. Wild waterfowl are the ...

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

Gradient Santrifüj tarafından İnfluenza A Virüsü Kapsidlerin Vitro Demontaj içinde

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

Rapid Molecular Detection and Differentiation of Influenza Viruses A and B

Hızlı moleküler algılama ve Nezle Virüsleri A ve B farklılaşması

Influenza is a contagious respiratory illness caused by influenza viruses A and B in humans and causes a significant amount of morbidity and mortality ...

Swab Sampling Method for the Detection of Human Norovirus on Surfaces

Yüzeyler İnsan Norovirus Tespiti sürüntü Örnekleme Yöntemi

Human noroviruses are a leading cause of epidemic and sporadic gastroenteritis worldwide. Because most infections are either spread directly via the ...