Name: concentration determination of nucleic acids and proteins using the micro-volume bio-spec nano spectrophotometer
Uploaded: 2011-02-17T18:00:00
Duration: 6 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer at JoVE.com

1. إجراءات الكميات الحمض النووي <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> بدوره على الصك. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> افتح البرنامج BioSpec نانو من أجهزة الكمبيوتر المكتبية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر فوق علامة التبويب حمض dsDNA الأحماض النووية البسيط (الشكل 1). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يقوم البرنامج بإنشاء اتصال مع الصك وتشغيل تسلسل التهيئة. هذا يتحقق من أن يتم تنفيذ هذا الصك وفقا للمواصفات. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد 0.7 أو 0.2 ملم على طول المسار المنزلق. هذا يحدد طول المسار ، وتستند جميع الحسابات على طول المسار المحدد. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> المقبل في BioSpec نانو إعداد برنامج الإعداد ، انقر فوق Autowiping. حدد 1 أو 2. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 2 ميكرولتر ماصة (0.7 ملم) H 2 O أو عازلة على قاعدة التمثال. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> فوق فارغة أو F6 لقياس فارغة. يتم تحديد طول المسار في كل مرة جديدة لا بد من تسجيل فارغة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ماصة 2 ميكرولتر من العينة على قاعدة التمثال. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر فوق ابدأ في البرنامج أو تضغط على الزر بدء على الصك. في إطار التحركات العليا لاجراء اتصالات مع قطرات العينة. ويمكن ملاحظة ومضات زينون. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كرر نفس العينة 3 مرات لتحديد تكرارية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم حفظ جميع البيانات كما هو مسجل. برعم الملف. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر لحفظ كملف PDF. أو ملف csv حفظ PDF / csv أو F9. ويمكن أيضا أن يتم حفظ النتائج كملف CSV. باستخدام الاختيار المناسب في التبويب حفظ. </li></ol> 2. بروتوكول للبروتين الكميات <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تحديد بروتين الكميات التبويب (الشكل 2). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> أدخل E280 معامل الانقراض ، إذا كان معروفا. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> إذا كان لا يعرف ذلك باستخدام حساب E280 e280Calc. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> حدد 0.7 أو 0.2 ملم على طول المسار المنزلق. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر فوق إعداد ، Autowiping الإعداد. اختيار ما بين 2 أو أعلى. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 3 ماصة ميكرولتر (على 0.2 ملم) H 2 O أو عازلة على قاعدة التمثال. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> فوق فارغة أو F6 لقياس فارغة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 3 ماصة ميكرولتر من عينة البروتين على قاعدة التمثال. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر فوق ابدأ في البرنامج أو تضغط على الزر بدء على الصك. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> كرر نفس العينة 3 مرات لتحديد تكرارية. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> يتم حفظ جميع البيانات كما هو مسجل. برعم الملف </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> انقر لحفظ كملف PDF. أو ملف csv حفظ PDF / csv أو F9. </li></ol> 3. ممثل النتائج : 1. نتائج الحمض النووي للالكميات الشكل 3 يعرض البيانات من القياسات على عينة نموذجية مضاعفة الحمض النووي الذين تقطعت بهم السبل. وتبين ايضا تركيز وتحسب نسبة OD 260/280. الشكل 4 يحتوي على نتائج الاختبار لاستنساخ الحمض النووي الكميات. البيانات في أرقام 3 و 4 تظهر النتائج واستنساخه للغاية كما يتضح من انخفاض مستوى الانحراف النسبية 0.26 ٪. ملاحظة 1 : يمكن عدم دقة في الكميات الحمض النووي تنشأ من وجود مكونات العازلة التي يمكن أن تمتص الأشعة فوق البنفسجية في المنطقة. ومن الضروري أيضا استخدام محلول العينة متجانسة. وكمية العينة التي يجري pipetted فقط ميكرولتر 1-2 ، pipetting دقيق للكميات دقيقة من دون إدخال أي فقاعات هو مطلوب. 2. نتائج ل الكميات البروتين الشكل 5 يمثل البروتين تحليل تركيز لجيش صرب البوسنة. ويستند تركيز البروتين ميكروغرام / مل على قيمة E280. ويبين الشكل 6 تحليل استنساخ. يتضح من الانحراف القياسي النسبي 0.51 ٪ أن BioSpec نانو التدابير تركيز على وجه التحديد -- وليس فقط لالحمض النووي ولكن أيضا للبروتينات. ملاحظة 2 : العوامل التي تؤثر على تركيز البروتين دقة تحديد تركيز البروتين هو ممكن عندما يكون هناك الحد الأدنى من آثار عدم الاستقرار الناتج عن درجة الحموضة ، ومخازن ، ودرجة الحرارة ، أو الإضافات. البروتين النقي يمر معظم الخطوات المختلفة للتجهيز ، وبالتالي فمن الممكن أن البروتين قد تحتوي على السطحي أو غيرها من المواد المضافة التي قد تتداخل مع تشكيل الحبرية. للحصول على عينات من هذا القبيل ، وذلك باستخدام طول المسار 5 مم خلية الكوارتز ينصح بشدة. <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig1.jpg" alt="الشكل 1" /> اختيار الرقم 1 الحليلة. نافذة لمضاعفة الكميات الحمض النووي الذين تقطعت بهم السبل <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig2.jpg" alt="الشكل 2" /> اختيار الشكل الحليلة 2. الكميات غير نافذة للبروتين المسمى <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig3.jpg" alt="الشكل 3" /> بيانات الممثل الشكل 3. الحمض النووي للالكميات <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig4.jpg" alt="الشكل 4" /> بيانات التكاثر الشكل 4. الحمض النووي للالكميات <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig5.jpg" alt="الشكل 5" /> الشكل 5. بيانات عن الكميات الممثل البروتين <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig6.jpg"ALT = &quot;الشكل 6&quot; /&gt; الشكل 6. بيانات عن الكميات البروتين التكاثر

<ol>
	<li>Aisubel, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Short Protocols in Molecular Biology. , (1999).</li><li>Pace, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+to+measure+and+predict+molar+absorption+coefficient+of+a+protein.">How to measure and predict molar absorption coefficient of a protein.</a> Protein Science. 4, 2411-2423 .</li></ol>

سجى سوكوماران على شهادة الدكتوراه ، وهو موظف في شيمادزو الذي يجعل الصك واردة في هذه المقالة.

فقد تم تصميم BioSpec نانو لحل القضايا الراهنة المتأصلة في أساليب الكميات الحمض النووي ، مثل نتائج غير متناسقة ومملة العمل اليدوي. كل قياس يأخذ 3 ثوان فقط ، مما يسمح للعالم البيولوجيا الجزيئية من ذوي الخبرة لتحليل عينات متعددة حول 3-6 في دقيقة واحدة. ميزة فريدة من نوعها ليس فقط ممسحة يحسن الإنتاجية للقياس ، وأنه يقضي أيضا على الحاجة إلى التنظيف اليدوي من الركائز ، مما أدى إلى المرحل ضئيلة بين القياسات. وعلاوة على ذلك ، أشارت الاختبارات فقط باستخدام مناديل 2 لعينات من الحمض النووي يحتوي على 1000 نانوغرام / ميكرولتر ، المرحل أقل من 2 نانوغرام / ميكرولتر. توافر خلية 5 ملم طول المسار يوفر خيارا لتحليل الحمض النووي وعينات من البروتين المخفف ويمتد استخدام هذه الأداة في التطبيقات الأخرى.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>BioSpec-nano</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Shimadzu</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Calf Thymus DNA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma Aldrich</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Bovine Serum Albumin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma Aldrich</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

concentration determination of nucleic acids and proteins using the micro-volume bio-spec nano spectrophotometer

تقدمت إجراءات الكميات حمض النووي بشكل ملحوظ في العقود الثلاثة الماضية. أكثر وأكثر ، ويتفق علماء البيولوجيا الجزيئية تتطلب صغيرة الحجم تحليل عينات الحمض النووي لتجاربهم. وBioSpec نانو يوفر حلا محتملا للمشاكل غير دقيقة النتائج غير استنساخه ، الكامنة في الأساليب الحالية الكميات الحمض النووي ، عبر البصريات والمتخصصة للكشف عن حساسية PDA. وBioSpec النانو وأيضا وظيفة مثل هذه الآلية التي تتم تصاعد مستمر ، والقياس ، والتنظيف في الصك ، وبالتالي القضاء على تنسيب شاقة ، والمتكررة ، وغير متناسقة من عنصر والألياف البصرية والتنظيف اليدوي. في هذه الدراسة ، يقدم بيانات عن الكمي من الحمض النووي والبروتينات ، فضلا عن استنساخ القياس ودقتها. الاتصال الآلي عينة المسح السريع ويسمح القياس في ثلاث ثوان ، مما أدى إلى سرعة ممتازة. ويتم تحليل البيانات خارج باستخدام الميزات المضمنة في البرنامج. الصيغة المستخدمة لحساب تركيز الحمض النووي هو : عينة تركيز = DF · (OD260 - OD320) · NACF (1) حيث DF = عامل تخفيف العينة وNACF = تركيز حمض النووي عامل. تم تعيين تركيز الأحماض النووية عامل وفقا لتحليلها المختارة 1. ويمكن التعبير عن النتائج تركيز البروتين كما ميكروغرام / مل أو الشامات / L عن طريق إدخال القيم وE280 الوزن الجزيئي على التوالي. عندما يتم إدخال القيم لبقايا صور ، والتربتوفان سيستين (SS السندات) في التبويب e280Calc ، يتم حساب قيم معامل الانقراض كما E280 = 5500 × (بقايا التربتوفان) + 1490 × (بقايا صور) + 125 × (SS السندات السيستين) . يتم استخدام القيمة E280 بواسطة برنامج لحساب التركيز. بالإضافة إلى تحديد تركيز الأحماض النووية والبروتين ، ويمكن استخدام BioSpec نانو باعتبارها معمل الصغيرة الحجم جدا لanalytes أخرى كثيرة أو على شكل معمل قياسي باستخدام الخلايا طول المسار 5 ملم.

Watch this Scientific Journal Video about Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer at JoVE.com

Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer

هذه الرسالة يقدم بيانات عن دقة واستنساخ من معمل للأشعة فوق البنفسجية VIS BioSpec النانو لdsDNA الكميات والبروتين. حتى مع كميات صغيرة جدا (من 1 إلى 2 لتر) ، واستنساخ ممتازة ، في حين أن وظيفة المسح الآلي يحسن الإنتاجية والحد الأدنى من النتائج في المرحل عن نتائج أكثر دقة.

تعيين تركيز الأحماض النووية والبروتينات باستخدام الصغرى ، حجم الطيف نانو بيو المواصفات

Nucleic Acid quantitation procedures have advanced significantly in the last three decades.  More and more, molecular biologists require consistent ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microvolume Protein Concentration Determination using the NanoDrop 2000c Spectrophotometer

Microvolume تحديد تركيز البروتين باستخدام 2000c NanoDrop الطيف

Traditional spectrophotometry requires placing samples into cuvettes or capillaries. This is often impractical due to the limited sample volumes often ...

Crystallizing Membrane Proteins for Structure Determination using Lipidic Mesophases

بلورة البروتينات الغشائية لتحديد الهيكل باستخدام Mesophases Lipidic

A detailed protocol for crystallizing membrane proteins by using lipidic mesophases is described. This method has variously been referred to as the ...

The Importance of Correct Protein Concentration for Kinetics and Affinity Determination in Structure-function Analysis 

على أهمية تركيز البروتين الصحيح لحركية وتقارب في تحديد هيكل وظيفة التحليل

In this study, we explore the interaction between the bovine cysteine protease inhibitor cystatin B and a catalytically inactive form of papain (Fig. 1), ...

Quantification of dsDNA using the Hitachi F-7000 Fluorescence Spectrophotometer and PicoGreen Dye

الكمي للdsDNA باستخدام F - 7000 هيتاشي الإسفار الطيف وصبغ PicoGreen

Quantification of DNA, especially in small concentrations, is an important task with a wide range of biological applications including standard molecular ...

NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids

NanoDrop Microvolume الكميات من الأحماض النووية

Biomolecular assays are continually being developed that use progressively smaller amounts of material, often precluding the use of conventional ...

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

تحليل وبناء هياكل الحمض النووي مع 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

وصفها تسلسل معين من الأحماض النووية والبروتينات مع ميثيل والعامل المساعد النظائر

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Residue-specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids into Model Proteins Using an Escherichia coli Cell-free Transcription-translation System

Residue-specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids into Model Proteins Using an Escherichia coli Cell-free Transcription-translation System

التأسيس-بقايا محددة من Noncanonical الأحماض الأمينية في البروتينات نموذج باستخدام<em&gt; كولاي</em&gt; نظام النسخ، ترجمة خالية من خلية

The canonical set of amino acids leads to an exceptionally wide range of protein functionality. Nevertheless, the set of residues still imposes ...

Filtration Isolation of Nucleic Acids:  A Simple and Rapid DNA Extraction Method

عزل الترشيح من الأحماض النووية: وبسيطة وسريعة استخراج الحمض النووي الطريقة

FINA, filtration isolation of nucleic acids, is a novel extraction method which utilizes vertical filtration via a separation membrane and absorbent pad ...

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

تحديد الأحماض السياليك في الكبد وعينات الحليب من البرية من نوع و<em&gt; CMAH</em&gt; خروج المغلوب الفئران.

CMAH (cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acid hydroxylase) is responsible for the oxidation of cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acids in ...