Name: concentration determination of nucleic acids and proteins using the micro-volume bio-spec nano spectrophotometer
Uploaded: 2011-02-17T18:00:00
Duration: 6 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer at JoVE.com

1. Порядок ДНК Количественный <ol><li> Включите инструмент. </li><li> Открытое BioSpec-нано программное обеспечение от настольных ПК. </li><li> Нажмите на Простой нуклеиновых кислот-дц вкладке (рис. 1). </li><li> Программное обеспечение будет установить связь с инструментом и запустить последовательность инициализации. Это подтверждает, что прибор выполняет в соответствии со спецификациями. </li><li> Выберите 0,7 или 0,2 мм на длина пути слайдера. Выбирается длина пути, и все расчеты основаны на выбранной длина пути. </li><li> Далее в BioSpec-нано программного обеспечения нажмите кнопку Setup-Autowiping установки. Выберите 1 или 2. </li><li> Внесите 2 мкл (для 0,7 мм) H 2 O или буфер на пьедестале. </li><li> Нажмите пустой или F6 для пустых измерения. Каждый раз, когда новая длина пути выбран необходимо для записи пустым. </li><li> Внесите 2 мкл образца на пьедестале. </li><li> Нажмите кнопку Пуск в программном обеспечении или нажать кнопку запуска инструмента. Верхние окна движется в контакт с образцом капли. Ксеноновые вспышки могут быть соблюдены. </li><li> Повторите тот же образец в 3 раза, чтобы определить воспроизводимость. </li><li> Все данные, записанные сохраняется как. Бутон файл. </li><li> Чтобы сохранить в виде файла. PDF или. CSV-файла нажмите Сохранить PDF / CSV или F9. Результаты могут быть сохранены в виде файла. CSV-файл, используя соответствующий выбор в закладке сохранить. </li></ol> 2. Протокол белка Количественный <ol><li> Выберите закладку белка Количественный (рис. 2). </li><li> Введите e280 коэффициент экстинкции, если они известны. </li><li> Если e280 не известно, вычислить его с помощью e280Calc. </li><li> Выберите 0,7 или 0,2 мм на длина пути слайдера. </li><li> Нажмите кнопку Setup-Autowiping установки. Выберите 2 или выше. </li><li> Внести 3 мкл (для 0,2 мм) H 2 O или буфер на пьедестале. </li><li> Нажмите пустой или F6 для пустых измерения. </li><li> Внести 3 мкл белка образца на пьедестал. </li><li> Нажмите кнопку Пуск в программном обеспечении или нажать кнопку запуска инструмента. </li><li> Повторите тот же образец в 3 раза, чтобы определить воспроизводимость. </li><li> Все данные, записанные сохраняется как. Бутон файл </li><li> Чтобы сохранить в виде файла. PDF или. CSV-файла нажмите Сохранить PDF / CSV или F9. </li></ol> 3. Представитель Результаты: 1. Результаты ДНК Количественный На рисунке 3 приведены данные по измерениям на типичном образце двухцепочечной ДНК. Концентрации и OD 260/280, рассчитанное также показаны. Рисунок 4 содержит воспроизводимость результатов испытаний для ДНК количественного определения. Данные на рисунках 3 и 4 показаны результаты высокой воспроизводимостью, как видно из низкой относительной стандартным отклонением 0,26%. Примечание 1: Неточность в ДНК количественного может возникнуть в результате наличия буфера компоненты, которые могут поглощать в УФ-области. Необходимо также использовать гомогенного раствора образца. Так как количество пробы пипеткой только 1-2 мкл, осторожно пипеткой точных объемах без введения каких-либо пузырьки не требуется. 2. Результаты белка Количественный Рисунок 5 представляет концентрация белка для анализа BSA. Мкг / мл, концентрация белка основана на e280 значение. На рисунке 6 показана воспроизводимость анализа. Как видно из относительное стандартное отклонение 0,51%, что BioSpec-нано меры концентрации точно - не только ДНК, но и для белков. Примечание 2: Факторы, влияющие на концентрацию белка Точное определение концентрации белка возможно когда Есть минимальный эффект от нестабильности, вызванной рН, буферами, температуры или добавок. Большинство очищенный белок проходит через различные шаги обработки, поэтому не исключено, что белок может содержать поверхностно-активные вещества или другие добавки, которые могут помешать образования капель. Для таких образцов, используя 5 мм длина пути кварцевой кювете настоятельно рекомендуется. <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig1.jpg" alt="Рисунок 1" /> Рисунок 1. Аналит окно выбора для двухцепочечной ДНК количественного <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig2.jpg" alt="Рисунок 2" /> Рисунок 2. Аналит окно выбора для не меченых белков количественного <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig3.jpg" alt="Рисунок 3" /> Рисунок 3. Репрезентативные данные для ДНК количественного <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig4.jpg" alt="Рисунок 4" /> Рисунок 4. Воспроизводимость данных для ДНК количественного <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig5.jpg" alt="Рисунок 5" /> Рисунок 5. Репрезентативные данные для белка количественного <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig6.jpg"ALT = &quot;Рисунок 6&quot; /&gt; Рисунок 6. Воспроизводимость данных для белков количественного

<ol>
	<li>Aisubel, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Short Protocols in Molecular Biology. , (1999).</li><li>Pace, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+to+measure+and+predict+molar+absorption+coefficient+of+a+protein.">How to measure and predict molar absorption coefficient of a protein.</a> Protein Science. 4, 2411-2423 .</li></ol>

Suja Sukumaran, кандидат является сотрудником Shimadzu, который делает прибор описаны в этой статье.

BioSpec-нано был спроектирован, чтобы решить текущие проблемы, присущие методы количественного ДНК, таких как противоречивые результаты и утомительный ручной труд. Каждое измерение занимает всего 3 секунды, позволяя опытным молекулярный биолог, чтобы проанализировать около 3-6 нескольких проб в минуту. Уникальная особенность стеклоочистителя не только повышает производительность измерений, но и избавляет от необходимости ручной очистки пьедесталы, что приводит к незначительным переносом между измерениями. Кроме того, тесты, используя лишь 2 салфетки для ДНК образцов, содержащих 1000 нг / мкл, указанных переходящий менее 2 нг / мкл. Наличие 5 клеток длина пути мм обеспечивает возможность анализировать разбавленные нуклеиновых кислот и белков образцов и расширяет возможности использования этого инструмента для других приложений.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>BioSpec-nano</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Shimadzu</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Calf Thymus DNA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma Aldrich</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Bovine Serum Albumin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma Aldrich</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

concentration determination of nucleic acids and proteins using the micro-volume bio-spec nano spectrophotometer

Нуклеиновых кислот процедуры количественного продвинулись значительно в последние три десятилетия. Все больше и больше, молекулярные биологи требуют последовательного небольшого объема анализа нуклеиновых кислот для своих экспериментов. BioSpec-нано обеспечивает потенциальное решение проблемы неточной, не воспроизводимые результаты, присущие современные методы количественного ДНК, через специализированные оптика и чувствительные PDA детектор. BioSpec-нано также автоматизированных функций, таких, что монтаж, измерения и очистка осуществляются при помощи инструментов, что позволит устранить утомительные, повторяющиеся и непоследовательной размещения волоконно-оптических элементов и ручной очистки. В данном исследовании представлены данные по количественному определению ДНК и белка, а также на воспроизводимость и точность измерений. Автоматизированная контакта образца и быстрого сканирования позволяет измерения в три секунды, в результате отличной пропускной способностью. Анализ данных осуществляется с помощью встроенных функций программного обеспечения. Формула для расчета концентрации ДНК является: Пример Концентрация = DF · (OD260-OD320) · NACF (1) Если DF = коэффициент разбавления образца и NACF = коэффициент концентрации нуклеиновых кислот. Нуклеиновых кислот коэффициент концентрации устанавливается в соответствии с выбранным аналита 1. Результаты Концентрация белка могут быть выражены в мкг / мл или моль / л, введя e280 и молекулярной значения веса соответственно. Когда остаток значения для Tyr, Trp и цистеина (SS связь) вводятся в e280Calc вкладке значения коэффициента экстинкции рассчитываются как e280 = 5500 х (Trp остатков) + 1490 х (Tyr остатков) + 125 х (цистеин SS связь) . E280 значение используется программное обеспечение для расчета концентрации. В дополнение к определению концентрации нуклеиновых кислот и белка, BioSpec-нано может быть использован как ультра микро-объема спектрофотометр для многих других аналитов или в качестве стандартного спектрофотометра с использованием 5 мм длина пути клетки.

Watch this Scientific Journal Video about Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer at JoVE.com

Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer

Данное сообщение представляет данные о точности и воспроизводимости BioSpec-нано UV-VIS спектрофотометр для двухцепочечной ДНК и белков количественного определения. Даже с ультра-малых объемов (от 1 до 2 л), воспроизводимость отлично, в то время как автоматизированные вытирая функция повышает пропускную способность и приводит к минимальным переносом на более точные результаты.

Определение концентрации нуклеиновых кислот и белков Использование Micro объемом Био-спецификации Nano Спектрофотометр

Nucleic Acid quantitation procedures have advanced significantly in the last three decades.  More and more, molecular biologists require consistent ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microvolume Protein Concentration Determination using the NanoDrop 2000c Spectrophotometer

Микрообъеме концентрации белка Определение использованием NanoDrop 2000c Спектрофотометр

Traditional spectrophotometry requires placing samples into cuvettes or capillaries. This is often impractical due to the limited sample volumes often ...

Crystallizing Membrane Proteins for Structure Determination using Lipidic Mesophases

Кристаллизующихся мембранных белков для определения структуры использования липидный Мезофазы

A detailed protocol for crystallizing membrane proteins by using lipidic mesophases is described. This method has variously been referred to as the ...

The Importance of Correct Protein Concentration for Kinetics and Affinity Determination in Structure-function Analysis 

Важность правильной концентрации белка для кинетики и Affinity Определение в структурно-функционального анализа

In this study, we explore the interaction between the bovine cysteine protease inhibitor cystatin B and a catalytically inactive form of papain (Fig. 1), ...

Quantification of dsDNA using the Hitachi F-7000 Fluorescence Spectrophotometer and PicoGreen Dye

Количественная оценка дцДНК использованием Hitachi F-7000 Флуоресцентный спектрофотометр и PicoGreen Dye

Quantification of DNA, especially in small concentrations, is an important task with a wide range of biological applications including standard molecular ...

NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids

NanoDrop микрообъеме Количественное определение нуклеиновых кислот

Biomolecular assays are continually being developed that use progressively smaller amounts of material, often precluding the use of conventional ...

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

Анализ и построение структуры нуклеиновых кислот с 3DNA

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

Последовательность конкретных Маркировка нуклеиновых кислот и белков с метилтрансферазы и кофактора аналогов

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Residue-specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids into Model Proteins Using an Escherichia coli Cell-free Transcription-translation System

Residue-specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids into Model Proteins Using an Escherichia coli Cell-free Transcription-translation System

Остаток конкретных Включение неканонических аминокислот в модельных белков с использованием<em&gt; Кишечная палочка</em&gt; Бесклеточной системы транскрипции-трансляции

The canonical set of amino acids leads to an exceptionally wide range of protein functionality. Nevertheless, the set of residues still imposes ...

Filtration Isolation of Nucleic Acids:  A Simple and Rapid DNA Extraction Method

Фильтрация Выделение нуклеиновых кислот: Простой и быстрый ДНК Метод экстракции

FINA, filtration isolation of nucleic acids, is a novel extraction method which utilizes vertical filtration via a separation membrane and absorbent pad ...

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

Определение сиаловых кислот в образцах печени и молока дикого типа и<em&gt; CMAH</em&gt; Нокаутные мыши.

CMAH (cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acid hydroxylase) is responsible for the oxidation of cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acids in ...