Name: concentration determination of nucleic acids and proteins using the micro-volume bio-spec nano spectrophotometer
Uploaded: 2011-02-17T18:00:00
Duration: 6 min 15 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer at JoVE.com

1. DNA kantitasyonu Prosedürü <ol><li> Cihazı ON açın. </li><li> PC masaüstü BioSpec nano yazılımı açın. </li><li> Basit Nükleik Asit-dsDNA sekmesinde (Şekil 1) üzerine tıklayın. </li><li> Yazılım aracı ile iletişim kurmak ve bir başlatma sırası çalışacaktır. Bu cihazın özelliklerine göre performans olduğunu doğrular. </li><li> 0.7 veya 0.2 mm yollu kaydırıcıyı seçin. Bu yollu seçer ve tüm hesaplamalar seçilen yollu dayanmaktadır. </li><li> BioSpec-nano yazılımını tıklatın Setup Autowiping kurulum Next. 1 veya 2 seçeneğini seçin. </li><li> Pipet 2 mcL (0.7 mm), H 2 O veya kaide tampon . </li><li> Boş veya F6 boş ölçümü için tıklayın. Her zaman yeni yollu boş bir kayıt için gerekli olan seçilir. </li><li> Pipet 2 mcL kaide üzerinde örnek. </li><li> Başlat yazılım veya cihazın start düğmesine basınız tıklayın. Üst pencere örnek damlacık ile temas yapmak için harekete geçti. Xenon yanıp söner görülebilir. </li><li> Tekrarlanabilirlik belirlemek için aynı örnek 3 kez tekrarlayın. </li><li> Kaydedilen tüm veriler. Bud dosyası olarak kaydedilir. </li><li> Pdf / csv veya F9 bir pdf veya. Csv dosyası olarak kaydetmek için Kaydet&#39;i tıklatın. Sonuçlar ayrıca, kaydetme sekmesinde uygun seçimi kullanarak bir. Csv dosyası olarak kaydedilebilir. </li></ol> 2. Protein kantitasyonu Protokolü <ol><li> Protein kantitasyonu sekmesini seçin (Şekil 2). </li><li> Eğer biliniyorsa, yok olma katsayısı e280 girin. </li><li> E280 bilinmemektedir e280Calc kullanarak hesaplayabilirsiniz. </li><li> 0.7 veya 0.2 mm yollu kaydırıcıyı seçin. </li><li> Setup Autowiping kurulumu tıklayın. 2 seçin veya yukarıda. </li><li> Pipet 3 mcL (0.2 mm), H 2 O veya kaide tampon . </li><li> Boş veya F6 boş ölçümü için tıklayın. </li><li> Pipet 3 mcL kaide üzerinde protein örnek. </li><li> Başlat yazılım veya cihazın start düğmesine basınız tıklayın. </li><li> Tekrarlanabilirlik belirlemek için aynı örnek 3 kez tekrarlayın. </li><li> Kaydedilen tüm veriler. Bud dosyası olarak kaydedilir. </li><li> Pdf / csv veya F9 bir pdf veya. Csv dosyası olarak kaydetmek için Kaydet&#39;i tıklatın. </li></ol> 3. Temsilcisi Sonuçlar: 1. DNA kantitasyonu Sonuçları Şekil 3 tipik bir çift iplikli DNA örneği üzerinde yapılan ölçümlerde elde edilen veriler göstermektedir. Konsantrasyon ve OD 260/280 oranı hesaplanır de gösterilir. Şekil 4 DNA kantitatif için tekrarlanabilirlik test sonuçları içerir. Şekil 3 ve 4 gösterileri sonuçları veri 0.26% düşük bağıl standart sapma belirgin olarak yüksek oranda tekrarlanabilir. Not 1: DNA kantitatif yanlışlığından UV bölgede absorbe tampon bileşenlerinin varlığı ortaya çıkabilir. Ayrıca homojen bir örnek çözümü kullanmak gereklidir. Pipetle numune miktarı, doğru ciltlik kabarcıkları giriş olmadan sadece 1-2 mcL dikkatli pipetleme olduğu için gereklidir. 2. Protein kantitasyonu Sonuçları Şekil 5 BSA için protein konsantrasyonu analizi temsil eder. Mcg / ml protein konsantrasyonu e280 değeri dayanmaktadır. Şekil 6 tekrarlanabilirlik analiz gösterir. DNA için değil, aynı zamanda proteinlerin sadece BioSpec-nano tam konsantrasyonu ölçen 0.51% bağıl standart sapma açıktır. Not 2: protein konsantrasyonu etkileyen faktörler PH, tamponlar, sıcaklık veya katkı kaynaklanan istikrarsızlık itibaren en az etkileri vardır, doğru protein konsantrasyonu tespiti mümkün olmaktadır. En çok saflaştırılmış protein işleme çeşitli adımlar geçer; dolayısıyla protein damlacık oluşumu ile etkileyebilir yüzey veya diğer katkı maddeleri içerebilir mümkündür. Bu tür örnekler için, 5 mm yollu kuvars hücre kullanarak şiddetle tavsiye edilir. <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig1.jpg" alt="Şekil 1" /> Şekil 1, çift iplikli DNA kantitatif için analit seçim penceresi <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig2.jpg" alt="Şekil 2" /> Şekil 2 etiketli olmayan protein kantitatif analit seçim penceresi <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig3.jpg" alt="Şekil 3" /> Şekil 3 DNA kantitatif Temsilcisi veri <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig4.jpg" alt="Şekil 4" /> Şekil 4 Tekrarlanabilirlik veri DNA kantitatif <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig5.jpg" alt="Şekil 5" /> Şekil 5 protein kantitatif veri Temsilcisi <img src="/files/ftp_upload/2699/2699fig6.jpg"alt = &quot;Şekil 6&quot; /&gt; Şekil 6 protein kantitatif veri Tekrarlanabilirlik

<ol>
	<li>Aisubel, F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=.">.</a> Short Protocols in Molecular Biology. , (1999).</li><li>Pace, C. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=How+to+measure+and+predict+molar+absorption+coefficient+of+a+protein.">How to measure and predict molar absorption coefficient of a protein.</a> Protein Science. 4, 2411-2423 .</li></ol>

Suja Sukumaran, Doktora Shimadzu bir çalışanın bu makalede yer alet yapar.

BioSpec-nano DNA kantitatif yöntemleri doğasında mevcut sorunlar, tutarsız sonuçlar ve sıkıcı el emeği çözmek için tasarlandı. Her ölçüm deneyimli bir moleküler biyolog, bir dakika içinde 3-6 hakkında birden fazla numune analiz etmek için izin, sadece 3 saniye sürer. Benzersiz silecek özelliği sadece ölçüm verimini artırır, aynı zamanda, ölçümler arasında ihmal edilebilir taşınmasını kaideleri manuel temizlik ihtiyacını ortadan kaldırır. Ayrıca, 1000 ng / ml içeren DNA örnekleri için sadece 2 mendil kullanarak, testler, taşınmasını belirtilen en az 2 ng / mcL. 5 mm yollu hücre durumu seyreltik nükleik asit ve protein örnekleri analiz etmek için bir seçenek sunar ve diğer uygulamalar için bu alet kullanımı uzanır.

<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml" xml:lang="en" lang="en">	
		
		<div>
		<table border="1">
		<thead>
		<tr>
		<th>Material Name</th>
		<th>Type</th>
		<th>Company</th>
		<th>Catalogue Number</th>
		<th>Comment</th>
		</tr>
		</thead>
		<tbody>
		
<tr>
<td>BioSpec-nano</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Shimadzu</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Calf Thymus DNA</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma Aldrich</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>
<tr>
<td>Bovine Serum Albumin</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>Sigma Aldrich</td>
<td>&nbsp;</td>
<td>&nbsp;</td>		</tbody>
		</table>
		</div>

concentration determination of nucleic acids and proteins using the micro-volume bio-spec nano spectrophotometer

Nükleik Asit kantitatif prosedürleri, son üç yıl içinde önemli ölçüde gelişmiş var. Daha fazla, moleküler biyologlar, deneyler için nükleik asit örneklerinin tutarlı küçük hacimli bir analiz gerektirir. BioSpec-nano sorunları özel optik ve hassas bir PDA dedektörü ile doğasında mevcut DNA kantitatif yöntemler yanlış, non-tekrarlanabilir sonuçlar, olası bir çözüm sağlar. BioSpec-nano fiber optik eleman ve manuel temizleme, sıkıcı tekrarlayan ve tutarsız yerleştirme da böylece ortadan kaldırarak, montaj, ölçme ve temizleme aracı tarafından yapılır böyle otomatik bir işlevselliğe sahiptir. Bu çalışmada, veriler, DNA ve protein, ölçüm tekrarlanabilirlik ve doğruluk gibi miktarının sunulmaktadır. Otomatik numune temas ve hızlı tarama mükemmel verim, üç saniye ölçüm sağlar. Veri analizi yazılımı yerleşik özellikleri kullanarak yapılmaktadır. DNA konsantrasyonu hesaplamak için kullanılan formül: Örnek Konsantrasyon = DF · (OD260-OD320) · NACF (1) Nerede = örnek seyreltme faktörü ve NACF = nükleik asit konsantrasyon faktörü DF. Nükleik Asit konsantrasyon faktörü 1 seçilen analit göre ayarlanır. Protein konsantrasyonu sonuçları mcg / mL ya da e280 ve molekül ağırlığı değerleri sırasıyla girerek mol / L olarak ifade edilebilir. E280Calc sekmesinde Tyr, Trp ve Sistein (SS bağı) kalıntı değerleri girildiğinde, yok olma katsayısı değerleri e280 olarak hesaplanan 5500 = x (Trp artıkları) + 1490 x (Tyr artıkları) + 125 x (sistein SS bond) . E280 değeri yazılım tarafından konsantrasyonunun hesaplanması için kullanılır. BioSpec-nano, nükleik asitler ve protein konsantrasyonu tayin ek olarak diğer birçok analitler için ultra mikro hacim spektrofotometre ya da 5 mm yollu hücreleri kullanarak, standart bir spektrofotometre olarak kullanılabilir.

Watch this Scientific Journal Video about Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer at JoVE.com

Concentration Determination of Nucleic Acids and Proteins Using the Micro-volume Bio-spec Nano Spectrophotometer

Bu iletişim, doğruluk ve tekrarlanabilirlik dsDNA ve protein kantitatif BioSpec-nano UV-VIS spektrofotometre veri sunmaktadır. Ultra-küçük birimler bile otomatik silme fonksiyonu, hacmi ve daha kesin sonuçlar için en az taşınmasını sonuçları artırıyor (1 ila 2 L), tekrarlanabilirlik, mükemmel.

Konsantrasyon belirlenmesi Micro hacimli Bio-spec Nano Spektrofotometre Nükleik Asitler ve Proteinler

Nucleic Acid quantitation procedures have advanced significantly in the last three decades.  More and more, molecular biologists require consistent ...

Research

JoVE Journal

Biology

Microvolume Protein Concentration Determination using the NanoDrop 2000c Spectrophotometer

NanoDrop 2000c Spektrofotometre kullanılarak Microvolume Protein Konsantrasyonu Tayini

Traditional spectrophotometry requires placing samples into cuvettes or capillaries. This is often impractical due to the limited sample volumes often ...

Crystallizing Membrane Proteins for Structure Determination using Lipidic Mesophases

Lipidik Mesophases kullanarak Yapı Tayini için Membran Proteinleri Kristalize

A detailed protocol for crystallizing membrane proteins by using lipidic mesophases is described. This method has variously been referred to as the ...

The Importance of Correct Protein Concentration for Kinetics and Affinity Determination in Structure-function Analysis 

Kinetik ve Yapı-fonksiyon Analiz Affinity belirlenmesi Doğru Protein Konsantrasyonu Önemi

In this study, we explore the interaction between the bovine cysteine protease inhibitor cystatin B and a catalytically inactive form of papain (Fig. 1), ...

Quantification of dsDNA using the Hitachi F-7000 Fluorescence Spectrophotometer and PicoGreen Dye

Hitachi F-7000 Floresans Spektrofotometre ve PicoGreen Boya kullanarak dsDNA Niceleme

Quantification of DNA, especially in small concentrations, is an important task with a wide range of biological applications including standard molecular ...

NanoDrop Microvolume Quantitation of Nucleic Acids

Nükleik Asitlerin NanoDrop Microvolume kantitasyonu

Biomolecular assays are continually being developed that use progressively smaller amounts of material, often precluding the use of conventional ...

Analyzing and Building Nucleic Acid Structures with 3DNA

3DNA ile Nükleik Asit Yapıları analiz ve Yapı

The 3DNA software package is a popular and versatile bioinformatics tool with capabilities to analyze, construct, and visualize three-dimensional nucleic ...

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

Methyltransferases ve Kofaktör Analoglarının ile Nükleik Asitler ve Proteinler Dizi-spesifik Etiketleme

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Residue-specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids into Model Proteins Using an Escherichia coli Cell-free Transcription-translation System

Residue-specific Incorporation of Noncanonical Amino Acids into Model Proteins Using an Escherichia coli Cell-free Transcription-translation System

Bir Kullanarak Modeli Proteinler içine Kuralsız Amino Asit kalıntı özgü Ortaklığın<em&gt; Escherichia coli</em&gt; Hücre içermeyen Transkripsiyon-çeviri Sistemi

The canonical set of amino acids leads to an exceptionally wide range of protein functionality. Nevertheless, the set of residues still imposes ...

Filtration Isolation of Nucleic Acids:  A Simple and Rapid DNA Extraction Method

Nükleik Asitlerin süzülmesi İzolasyonu: basit ve hızlı DNA izolasyonu,

FINA, filtration isolation of nucleic acids, is a novel extraction method which utilizes vertical filtration via a separation membrane and absorbent pad ...

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

Determination of Sialic Acids in Liver and Milk Samples of Wild-type and CMAH Knock-out Mice.

Karaciğer ve Süt örneklerinde vahşi tipli ve sialik asitler tayini ve<em&gt; CMAH</em&gt; Knock-out Fare.

CMAH (cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acid hydroxylase) is responsible for the oxidation of cytidine monophosphate-N-acetylneuraminic acids in ...