Name: isothermal titration calorimetry for measuring macromolecule-ligand affinity
Uploaded: 2011-09-07T12:00:00
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	<li>Wiseman, T., Williston, S., Brandts, J. F., Lin, L. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Rapid+measurement+of+binding+constants+and+heats+of+binding+using+a+new+titration+calorimeter.">Rapid measurement of binding constants and heats of binding using a new titration calorimeter.</a> Anal. Biochem. 179, 131-137 (1989).</li><li>Jelesarov, I., Bosshard, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+titration+calorimetry+and+differential+scanning+calorimetry+as+complementary+tools+to+investigate+the+energetics+of+biomolecular+recognition.">Isothermal titration calorimetry and differential scanning calorimetry as complementary tools to investigate the energetics of biomolecular recognition.</a> J. Mol. Recognit. 12, 3-18 (1999).</li><li>Velazquez-Campoy, A., Leavitt, S. A., Freire, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Characterization+of+protein-protein+interactions+by+isothermal+titration+calorimetry.">Characterization of protein-protein interactions by isothermal titration calorimetry.</a> Methods Mol. Biol. 261, 35-54 (2004).</li><li>Turnbull, W. B., Daranas, A. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=On+the+value+of+c:+can+low+affinity+systems+be+studied+by+isothermal+titration+calorimetry.">On the value of c: can low affinity systems be studied by isothermal titration calorimetry.</a> J. Am. Chem. Soc. 125, 14859-14866 (2003).</li><li>Fukada, H., Takahashi, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enthalpy+and+heat+capacity+changes+for+the+proton+dissociation+of+various+buffer+components+in+0.1+M+potassium+chloride.">Enthalpy and heat capacity changes for the proton dissociation of various buffer components in 0.1 M potassium chloride.</a> Proteins. 33, 159-166 (1998).</li><li>Houtman, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Studying+multisite+binary+and+ternary+protein+interactions+by+global+analysis+of+isothermal+titration+calorimetry+data+in+SEDPHAT:+application+to+adaptor+protein+complexes+in+cell+signaling.">Studying multisite binary and ternary protein interactions by global analysis of isothermal titration calorimetry data in SEDPHAT: application to adaptor protein complexes in cell signaling.</a> Protein Sci. 16, 30-42 (2007).</li><li>Bradrick, T. D., Beechem, J. M., Howell, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Unusual+binding+stoichiometries+and+cooperativity+are+observed+during+binary+and+ternary+complex+formation+in+the+single+active+pore+of+R67+dihydrofolate+reductase,+a+D2+symmetric+protein.">Unusual binding stoichiometries and cooperativity are observed during binary and ternary complex formation in the single active pore of R67 dihydrofolate reductase, a D2 symmetric protein.</a> Biochemistry. 35, 11414-11424 (1996).</li><li>Shenoy, S. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Multisite+and+multivalent+binding+between+cyanovirin-N+and+branched+oligomannosides:+calorimetric+and+NMR+characterization.">Multisite and multivalent binding between cyanovirin-N and branched oligomannosides: calorimetric and NMR characterization.</a> Chem. Biol. 9, 1109-1118 (2002).</li><li>Chopra, S., Lynch, R., Kim, S. H., Jackson, M., Howell, E. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Effects+of+temperature+and+viscosity+on+R67+dihydrofolate+reductase+catalysis.">Effects of temperature and viscosity on R67 dihydrofolate reductase catalysis.</a> Biochemistry. 45, 6596-6605 (2006).</li><li>Norris, A. L., Serpersu, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interactions+of+Coenzyme+A+with+the+Aminoglycoside+Acetyltransferase+(3)-IIIb+and+Thermodynamics+of+a+Ternary+System.">Interactions of Coenzyme A with the Aminoglycoside Acetyltransferase (3)-IIIb and Thermodynamics of a Ternary System.</a> Biochemistry. 49, 4036-4042 (2010).</li><li>Falconer, R. J., Penkova, A., Jelesarov, I., Collins, B. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Survey+of+the+year+2008:+applications+of+isothermal+titration+calorimetry.">Survey of the year 2008: applications of isothermal titration calorimetry.</a> J. Mol. Recognit. 23, 395-413 (2010).</li><li>Ababou, A., Ladbury, J. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Survey+of+the+year+2005:+literature+on+applications+of+isothermal+titration+calorimetry.">Survey of the year 2005: literature on applications of isothermal titration calorimetry.</a> J. Mol. Recognit. 20, 4-14 (2007).</li><li>Buurma, N. J., Haq, I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+analysis+of+isothermal+titration+calorimetry+data+for+ligand-DNA+interactions.">Advances in the analysis of isothermal titration calorimetry data for ligand-DNA interactions.</a> Methods. 42, 162-172 (2007).</li><li>Salim, N. N., Feig, A. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+titration+calorimetry+of+RNA.">Isothermal titration calorimetry of RNA.</a> Methods. 47, 198-205 (2009).</li><li>De, M., You, C. C., Srivastava, S., Rotello, V. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Biomimetic+interactions+of+proteins+with+functionalized+nanoparticles:+a+thermodynamic+study.">Biomimetic interactions of proteins with functionalized nanoparticles: a thermodynamic study.</a> J. Am. Chem. Soc. 129, 10747-10753 (2007).</li><li>Velazquez-Campoy, A., Freire, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isothermal+titration+calorimetry+to+determine+association+constants+for+high-affinity+ligands.">Isothermal titration calorimetry to determine association constants for high-affinity ligands.</a> Nat. Protoc. 1, 186-191 (2006).</li><li>Velazquez Campoy, A., Freire, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=ITC+in+the+post-genomic+era...?+Priceless.">ITC in the post-genomic era...? Priceless.</a> Biophys. Chem. 115, 115-124 (2005).</li><li>Harries, D., Rau, D. C., Parsegian, V. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Solutes+probe+hydration+in+specific+association+of+cyclodextrin+and+adamantane.">Solutes probe hydration in specific association of cyclodextrin and adamantane.</a> J. Am. Chem. Soc. 127, 2184-2190 (2005).</li><li>Chervenak, M. C., Toone, E. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+direct+measure+of+the+contribution+of+solvent+reorganization+to+the+enthalpy+of+binding.">A direct measure of the contribution of solvent reorganization to the enthalpy of binding.</a> J. Am. Chem. Soc. 116, 10533-10539 (1994).</li><li>Taneva, S. G., Moro, F., Velazquez-Campoy, A., Muga, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Energetics+of+nucleotide-induced+DnaK+conformational+states.">Energetics of nucleotide-induced DnaK conformational states.</a> Biochemistry. 49, 1338-1345 (2010).</li><li>Jelesarov, I., Bosshard, H. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Thermodynamics+of+ferredoxin+binding+to+ferredoxin:NADP++reductase+and+the+role+of+water+at+the+complex+interface.">Thermodynamics of ferredoxin binding to ferredoxin:NADP+ reductase and the role of water at the complex interface.</a> Biochemistry. 33, 13321-13328 (1994).</li><li>Burrows, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determination+of+the+monomer-dimer+equilibrium+of+interleukin-8+reveals+it+is+a+monomer+at+physiological+concentration.">Determination of the monomer-dimer equilibrium of interleukin-8 reveals it is a monomer at physiological concentration.</a> Biochemistry. 33, 12741-12745 (1994).</li><li>Baker, B. M., Murphy, K. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluation+of+linked+protonation+effects+in+protein+binding+reactions+using+isothermal+titration+calorimetry.">Evaluation of linked protonation effects in protein binding reactions using isothermal titration calorimetry.</a> Biophys. J. 71, 2049-2055 (1996).</li></ol>

ब्याज की कोई संघर्ष की घोषणा की.

आईटीसी प्रोटीन ligand पर 12 13 के डीएनए-ligand और आरएनए macromolecule 14 अध्ययन तलाश में, पढ़ाई के साथ ligand macromolecule बातचीत, 11 अध्ययन में किया गया है बड़े पैमाने पर इस्तेमाल किया. आईटीसी भी नैनोकणों जैसे ठोस सामग्री, है कि वर्दी के निलंबन के फार्म के साथ चला सकते हैं 15 इसके अलावा, त्रिगुट प्रणाली, जहां पहले से ही एक ligand macromolecule करने के लिए बाध्य है और एक दूसरे ligand titrated की ऊष्मा का निर्धारण करने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है. लिए, उदाहरण के लिए, सब्सट्रेट के एक एंजाइम cofactor प्रणाली के लिए बाध्य 7 अध्ययन भी बहुत ही उच्च बाध्यकारी समानताएं है कि सामान्य रूप से कमजोर बंधन ligands के साथ प्रतिस्पर्धा बाध्यकारी assays के प्रदर्शन से आईटीसी का पता लगाने सीमा से अधिक के साथ अणुओं के लिए कर सकते हैं प्रदर्शन किया जा कमजोर बंधन पर 16. ligands प्रतियोगिता assays के द्वारा भी प्राप्त किया जा सकता है! 17 बंधन में पानी की भूमिका विलायक पुनर्गठन पर तापीय धारिता की निर्भरता के साथ आईटीसी, 18 के द्वारा पता लगाया जा सकता है. 19 हाल ही में, DNAK वेरिएंट के गठनात्मक परिवर्तन के ऊष्मप्रवैगिकी के बंधन पर मापा गया ADP और एटीपी 20 प्रोटीन प्रोटीन संघ आईटीसी द्वारा अध्ययन किया जा सकता है, असमलैंगिक 21 परिसरों पर होमोसेक्सुअल संघ के रूप में के रूप में अच्छी तरह से जानकारी उपज.. 22 पर तापमान के प्रभाव बाध्यकारी तापीय धारिता बाध्यकारी घटना की गर्मी क्षमता 2 की संख्या दे. प्रोटॉन अवशोषित या बाध्यकारी पर जारी ionization के विभिन्न enthalpies साथ बफ़र्स में प्रदर्शन प्रयोगों से निर्धारित किया जा सकता है 5. यदि अतिरिक्त आईटीसी अध्ययन अलग पीएच मान पर किया जाता है, तो शामिल समूह के pKa संभावित निर्धारित की. जा सकता है 23 संक्षेप में प्रस्तुत करने के लिए, macromolecule और ligand की एकाग्रता की सटीक मापन एक अच्छा आईटीसी प्रयोग के लिए जरूरी हैं. नमूना सांद्रता भी एक उचित सीमा के भीतर होना करने के लिए विश्वसनीय डेटा प्राप्त की जरूरत है. केयर बफर के साथ लिया जाना चाहिए के रूप में छोटे अणु दोष और पीएच बेमेल thermogram में कलाकृतियों का कारण होगा.

<table border="1"><tbody><tr><th> अभिकर्मक के नाम </th><th> कंपनी </th><th> सूचीपत्र संख्या </th></tr><tr><td> 1.7 एमएल microcentrifuge ट्यूबों </td><td> फिशर साइंटिफिक </td><td> 02-681-282 </td></tr><tr><td> 15 एमएल बाज़ ट्यूबों </td><td> फिशर साइंटिफिक </td><td> 14-९५९-49B </td></tr><tr><td> 2.5 एमएल हैमिल्टन सिरिंज </td><td> MicroCal </td><td> SYN161714 </td></tr></tbody></table>

isothermal titration calorimetry for measuring macromolecule-ligand affinity

इज़ोटेर्माल अनुमापन calorimetry (आईटीसी) एक बाध्यकारी प्रतिक्रिया की पूरी thermodynamic तस्वीर को समझने के लिए एक उपयोगी उपकरण है. जैविक विज्ञान, macromolecular बातचीत सेल की मशीनरी को समझने में आवश्यक हैं. बफर और तापमान के रूप में में प्रायोगिक स्थिति, विशेष रूप से बाध्यकारी अध्ययन किया जा रहा प्रणाली के अनुरूप किया जा सकता है. हालांकि, सावधान योजना के बाद से कुछ ligand और macromolecule एकाग्रता पर्वतमाला उपयोगी डेटा प्राप्त करने के लिए आवश्यक हैं की जरूरत है. Macromolecule और ligand की सांद्रता सही विश्वसनीय परिणामों के लिए निर्धारित किया की जरूरत है. केयर भी जब नमूनों की तैयारी के रूप में दोष काफी प्रयोग को प्रभावित कर सकते हैं लिया जाना चाहिए. जब नियंत्रण के साथ साथ आईटीसी प्रयोगों, ठीक से प्रदर्शन कर रहे हैं, stoichiometry आत्मीयता, और तापीय धारिता के रूप में उपयोगी बाध्यकारी जानकारी, प्राप्त कर रहे हैं. अलग बफर या तापमान की स्थिति के तहत अतिरिक्त प्रयोगों चल करके, सिस्टम के बारे में अधिक विस्तृत जानकारी प्राप्त की जा सकती है. एक आईटीसी प्रयोग के बुनियादी सेटअप के लिए एक प्रोटोकॉल दिया है.

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Isothermal Titration Calorimetry for Measuring Macromolecule-Ligand Affinity

इज़ोटेर्माल अनुमापन calorimetry का उपयोग करने के लिए मध्यम बाध्यकारी समानताएं के साथ जैविक प्रणालियों के लिए बाध्यकारी ऊष्मा की निगरानी के लिए एक सामान्य प्रोटोकॉल प्रस्तुत किया है.

Macromolecule - Ligand आत्मीयता मापने के लिए इज़ोटेर्माल अनुमापन calorimetry

Isothermal titration calorimetry (ITC) is a useful tool for understanding the complete thermodynamic picture of a binding reaction.  In biological ...

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