Name: quantification of proteins using peptide immunoaffinity enrichment coupled with mass spectrometry
Uploaded: 2011-07-31T14:00:00
Duration: 6 min 9 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Quantification of Proteins Using Peptide Immunoaffinity Enrichment Coupled with Mass Spectrometry at JoVE.com

Bu çalışma NCI Klinik Proteomik Teknoloji Değerlendirme Merkezi (CPTAC) hibe (# U24 CA126476) yanı sıra Eğlence Endüstrisi Vakfı (EIF) ve AYF Kadınlar Kullanıcı Kanser Araştırma Fonu Meme Kanseri Biyomarker Discovery Konsorsiyumu bir hibe tarafından finanse edilen, ve oldu Keck Vakfı, Kanarya Vakfı, Paul G. Allen Aile Vakfı cömert hediyeler.

Deneysel İşlemler: Tahlil sentetik peptidler ve anti-peptid antikorları gerektirir. Seçilen peptidler ilgi protein benzersiz olması, 8 ila 22 amino asitleri içeren ve bilinen hiçbir post-translasyonel modifikasyonlar olmalıdır. Methionine artıkları genellikle kaçınılması ve çift bazlı amino asitler (örneğin, KK, KR, RR) içeren peptidler arzu edilmez. Bu teknik için, (13 C ve 15 N), C-peptid terminus (yani K veya R etiketli) amino asitler etiketli ağır içeren kararlı izotop etiketli peptidler, iç standartlar gibi kullanmak yaygındır . Aşağıdaki protokol Epitomics A.Ş. (Burlingame, CA) ve New England Peptid (Gardner, MA) sentetik peptidler elde edilen anti-peptid antikorları kullanarak, fare protein osteopontin, peptid GDSLAYGLR ölçmek için geliştirilen bir test açıklamaktadır. 1) peptidler zenginleştirilmesi 3) kütle spektrometresi ile analizi karmaşık protein karışımı, 2 tripsin sindirim): Bu protokol, üç temel aşamadan oluşmaktadır (Şekil 1). Bu fare osteopontin protein ile çivili bir insan plazma örnek gösterilecektir. 1. Tripsin enzimatik sindirim ve temizlik <ol><li> Islak buz üzerinde 10 mcL düzgün plazma kısım çözülme. </li><li> BCA yöntemi ile total protein konsantrasyonu belirlemek ve askıda katı madde kaldırmak için örnek santrifüj. </li><li> 1000 mcL derin kuyucuklu plaka delmek mümkün film ile kaplayın ve depolama tüp pipetleyin 10 mcL kısım. </li><li> Her bir numune üre / 30mm dithiothreitol (DTT) (son konsantrasyon 6M üre / 20mm DTT) taze 9M 20 mcL ekleyin. </li><li> 37 az 30 dakika boyunca inkübe ° C </li><li> Her bir numune için taze 500 mM iodoacetamide (son IAM 50mm) 3 mcL ekleyin. </li><li> Oda sıcaklığında, karanlıkta 30 dakika inkübe edin. </li><li> 100 mM Tris (pH 8) (~ 0.6M sulandırır üre) 257 mcL ekleyin. </li><li> Tripsin stok solüsyonu (;: 01:50 enzim substrat oranı 1 mikrogram / mcL) 10 mcL ekleyin. </li><li> Inkübe 37 ° C gece (12-16 saat). </li><li> Düzgün formik asit (% 1 final konsantrasyon) 3 mcL ekleyin. </li><li> Stabil izotop standart (çoğullanır tahlil yapmak, genellikle bu 10 mcL standart isotopically etiketli peptid içeren 50-100 fmol hakkında ise birden fazla standartları eklenir) ekleyin. </li><li> Oasis kartuş plaka ile% 80 asetonitril atarak akışı ile% 0.1 formik asit 500 mcL yıkayın. Bu 3 kez tekrarlayın. </li><li> 500 mcL% 0.1 formik asit su ekleyerek kartuşu plaka dengelenmesi ve flow-through atın. Bu 4 kez tekrarlayın. </li><li> Kartuş plaka sindirmek numuneleri yükleyin ve akışı çok yavaş bu yüzden vakum ayarlayabilirsiniz. </li><li> 500 mcL% 0.1 formik asit su ile yıkayın ve flow-through atın. Bu 3 kez tekrarlayın. </li><li> 1000 ul derin kuyu plakasına% 80 asetonitril% 0.1 formik asit, 2 x 500 mcL ekleyerek Zehir peptidler (flow-through atmayın). </li><li> Eluat kuruyacak kadar (ya da speedvac) Lyophilize. (Liyofilizasyon tercih edilen yöntem) </li><li> Sulandırın 50 mcL PBS +% 0.03 ahbap ekleyerek peptidler kurutulur. </li></ol> 2. Peptid immünoafinite zenginleştirme <ol><li> Standart Kingfisher 96 kuyucuğu örnek aktarın. </li><li> 1 mg antikor ve ortalama 1.5 mcL hedef Protein-G kaplı manyetik bilye (yanı sıra boncuklar önce antikor çapraz isteğe bağlıdır) ekleyin. Emin olun boncuk iyi sallayarak veya vorteks askıya alınır. </li><li> Plaka folyo ile örtün. </li><li> Nazik boncuk askıya sağlamak için yuvarlanan (12-16 saat) gece inkübe edin. </li><li> Folyo yüzeyi herhangi bir sıvı kaldırmak için 5 saniye boyunca 32 xg&#39;de plaka santrifüjleyin. </li><li> Folyo kapağını çıkarın. </li><li> Yıkama ve elüsyon boncuklar elle ya da otomatik bir şekilde yapılabilir. Bu prosedür Kingfisher bir platform üzerinde otomatik adımları açıklar. </li><li> 200 mcL PBS +% 0.03 ahbap (1 dakika Yıkama başına) boncuk, 2 kez yıkayın. </li><li> PBS 200 mcL 1:10 seyreltme +% 0.03 ahbap (1 dakika) ile boncuk, 1 kez yıkayın. </li><li> % 5 asetik asit +% 0.03 ahbap 25 uL peptidler kolonda sürüklenecektir. </li><li> Bir mıknatıs elüsyon plaka koyun ve artık boncuk aktarmak için özen, 96 plaka eluat transfer. </li><li> Sızdırmazlık mat plaka Kapak. </li><li> Eluat içeren plaka, analiz için üçlü quadrapole kütle spektrometresi teslim edilir. </li></ol> 3. Birden fazla reaksiyon izleme Analizi - kütle spektrometresi <ol><li> SRM / MRM analizi için Geçişler 0.5 mcL / dak kütle spektrometresi% 30 acetonitrile/0.1% formik asit peptid standart mikrolitrelik çözüm başına 1 picomole beslerken tarafından seçilen ve optimize edilebilir. Istikrarlı sprey elde edilir, bir MS / MS spektrum toplamak. </li><li> Geçişler thre belirleyerek MS / MS spektrum seçilene biraz gürültü ile yelpazenin bir bölgede bol parçası iyonları. Çarpın ücret peptid iyonları için, y-iyon parçaları, z&gt; m / s tespit habercisi m / z genellikle SRM / MRM testinin geliştirilmesi için en iyisidir. Şekil 2 476,3 MS / MS spektrumu ve seçilen geçiş iyonlar&gt; 508,3, 579,3 peptid GDSLAYGLR 692,4 (ağır stabil izotop standart 481,3 geçişler&gt; 518,3, 589,3, 702,4 gösterilir). </li><li> Kullanılan kütle spektrometresi marka ve modeline bağlı olarak, her geçiş için optimize edilebilir birden çok parametre vardır. Burada seçilen her geçiş çarpışma enerjisi çarpışma enerjisi Ramping ve sinyal seviyesi izleme optimize edilmiş. Her geçiş için 25 bir çarpışma enerjisi kullanıldı. </li><li> Kısaca, aşağıdaki gibi SRM / MRM analizi için tipik bir yapılandırma: Mobil faz (A)% 0.1 formik asit (B)% 90 Asetonitril /% 0.1 formik asit, 0,3 x 5 mm C18 tuzak sütun, 75 mikron ID x 15 cm C18 analitik kolon (Reprosil-Pur C18 AQ, 120 A ° gözenek). Enjeksiyon hacmi 10 mcL ve örnek toplam akış oranı% 3 B 5 dakika yüklü 3 mcL / dk ve 3 doğrusal bir degrade tarafından yıkandı,% 45 - 300 B - 10 dakika içinde 400 nL / dak. 4000 QTRAP (ABSCIEX, Foster City, CA) Koşullar sprey gerilim 2.3kV, iyon kaynağı sıcaklığı 150 ° C, 12 GS1 ve perde gaz 15. </li><li> Örnek, numune 10 mcL enjekte edilerek SRM / MRM tarafından analiz edilir. Pik alanları program Skyline kullanarak hafif ve ağır peptidler için entegre 14, bu durumda, arka plan gürültü ücretsiz en bol bulunan bir geçiş kullanarak her bir örnek etiketsiz / etiketli peptid pik alan oranı (PAR), Y5 geçiş hesaplayın. (ışık peptid 476,3 579,3, ağır standart peptid 481,3 589,3). </li></ol> 4. Temsilcisi Sonuçlar: Ölçülen pik alan oranları (çivili ağır isotopically etiketli peptid ışık endojen peptid akrabası) hedef peptid nicel bir ölçüsüdür. Şekil 3, hafif ve ağır bir SISCAPA zenginleştirilmiş örnek peptidlerin bir örnek kromatogram gösterir . Aynı zamanda ve çoklu geçişler Zehir hafif ve ağır peptidler peptid kimliğini teyit etmek için her için takip edilebilir unutmayın. <img src="/files/ftp_upload/2812/2812fig1.jpg" alt="Şekil 1"/> Şekil 1 SISCAPA süreci şematik bir bakış. Karmaşık bir protein karışımı peptidlerin içine sindirilir. Hedeflenen peptid analitler (endojen analit ve çivili bir kararlı izotop etiketli internal standart) Protein G-kaplı manyetik parçacıklar üzerinde immobilize anti-peptid antikorları kullanarak zenginleştirilmiştir. Izolasyonundan sonra, hedeflenen peptidler manyetik partiküller yıkandı, ve iç standart göre kantitatif için kütle spektrometresi ile analiz. <img src="/files/ftp_upload/2812/2812fig2.jpg" alt="Şekil 2"/> Şekil 2 SRM / MRM geçişler için üç parça seçimi gösteren peptid GDSLAYGLR MS / MS spektrumu. <img src="/files/ftp_upload/2812/2812fig3.jpg" alt="Şekil 3"/> Şekil 3, hafif bir peptid analitin tepe profili (kırmızı) ve ağır stabil izotop etiketli internal standart (mavi) gösteren örnek kromatogramlar . Kromatografi sistemi Zehir gibi ışık peptid (476,3 579,3) ve ağır stabil izotop etiketli Y5 geçiş için Kromatogramlar standart (481,3 589,3) zamanla çizilir.

<ol>
	<li>Hoofnagle, A. N., Wener, M. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+fundamental+flaws+of+immunoassays+and+potential+solutions+using+tandem+mass+spectrometry.">The fundamental flaws of immunoassays and potential solutions using tandem mass spectrometry.</a> J. Immunol. Methods. 347, 3-11 (2009).</li><li>Anderson, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mass+spectrometric+quantitation+of+peptides+and+proteins+using+Stable+Isotope+Standards+and+Capture+by+Anti-Peptide+Antibodies+(SISCAPA).">Mass spectrometric quantitation of peptides and proteins using Stable Isotope Standards and Capture by Anti-Peptide Antibodies (SISCAPA).</a> J Proteome Res. 3, 235-244 (2004).</li><li>Chace, D. H., Kalas, T. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+biochemical+perspective+on+the+use+of+tandem+mass+spectrometry+for+newborn+screening+and+clinical+testing.">A biochemical perspective on the use of tandem mass spectrometry for newborn screening and clinical testing.</a> Clin Biochem. 38, 296-309 (2005).</li><li>Want, E. J., Cravatt, B. F., Siuzdak, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+expanding+role+of+mass+spectrometry+in+metabolite+profiling+and+characterization.">The expanding role of mass spectrometry in metabolite profiling and characterization.</a> Chembiochem. 6, 1941-1951 (2005).</li><li>Barr, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Isotope+dilution--mass+spectrometric+quantification+of+specific+proteins:+model+application+with+apolipoprotein+A-I.">Isotope dilution--mass spectrometric quantification of specific proteins: model application with apolipoprotein A-I.</a> Clin Chem. 42, 1676-1682 (1996).</li><li>Gerber, S. A., Rush, J., Stemman, O., Kirschner, M. W., Gygi, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Absolute+quantification+of+proteins+and+phosphoproteins+from+cell+lysates+by+tandem+MS.">Absolute quantification of proteins and phosphoproteins from cell lysates by tandem MS.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 100, 6940-6945 (2003).</li><li>Kuhn, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+C-reactive+protein+in+the+serum+of+patients+with+rheumatoid+arthritis+using+multiple+reaction+monitoring+mass+spectrometry+and+13C-labeled+peptide+standards.">Quantification of C-reactive protein in the serum of patients with rheumatoid arthritis using multiple reaction monitoring mass spectrometry and 13C-labeled peptide standards.</a> Proteomics. 4, 1175-1186 (2004).</li><li>Whiteaker, J. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Antibody-based+enrichment+of+peptides+on+magnetic+beads+for+mass-spectrometry-based+quantification+of+serum+biomarkers.">Antibody-based enrichment of peptides on magnetic beads for mass-spectrometry-based quantification of serum biomarkers.</a> Anal Biochem. 362, 44-54 (2007).</li><li>Hoofnagle, A. N., Becker, J. O., Wener, M. H., Heinecke, J. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+of+thyroglobulin,+a+low-abundance+serum+protein,+by+immunoaffinity+peptide+enrichment+and+tandem+mass+spectrometry.">Quantification of thyroglobulin, a low-abundance serum protein, by immunoaffinity peptide enrichment and tandem mass spectrometry.</a> Clin Chem. 54, 1796-1804 (2008).</li><li>Kuhn, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Developing+Multiplexed+Assays+for+Troponin+I+and+Interleukin-33+in+Plasma+by+Peptide+Immunoaffinity+Enrichment+and+Targeted+Mass+Spectrometry.">Developing Multiplexed Assays for Troponin I and Interleukin-33 in Plasma by Peptide Immunoaffinity Enrichment and Targeted Mass Spectrometry.</a> Clin Chem. 55, 1108-1117 (2009).</li><li>Whiteaker, J. R., Zhao, L., Anderson, L., Paulovich, A. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=An+automated+and+multiplexed+method+for+high+throughput+peptide+immunoaffinity+enrichment+and+multiple+reaction+monitoring+mass+spectrometry-based+quantification+of+protein+biomarkers.">An automated and multiplexed method for high throughput peptide immunoaffinity enrichment and multiple reaction monitoring mass spectrometry-based quantification of protein biomarkers.</a> Mol. Cell. Proteomics. 9, 184-196 (2010).</li><li>Neubert, H., Gale, J., Muirhead, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Online+high-flow+peptide+immunoaffinity+enrichment+and+nanoflow+LC-MS/MS:+assay+development+for+total+salivary+pepsin/pepsinogen.">Online high-flow peptide immunoaffinity enrichment and nanoflow LC-MS/MS: assay development for total salivary pepsin/pepsinogen.</a> Clin. Chem. 56, 1413-1423 (2010).</li><li>Ackermann, B. L., Berna, M. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Coupling+immunoaffinity+techniques+with+MS+for+quantitative+analysis+of+low-abundance+protein+biomarkers.">Coupling immunoaffinity techniques with MS for quantitative analysis of low-abundance protein biomarkers.</a> Expert Rev. Proteomics. 4, 175-186 (2007).</li><li>MacLean, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Skyline:+an+open+source+document+editor+for+creating+and+analyzing+targeted+proteomics+experiments.">Skyline: an open source document editor for creating and analyzing targeted proteomics experiments.</a> Bioinformatics. 26, 966-968 (2010).</li><li>Proc, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+quantitative+study+of+the+effects+of+chaotropic+agents,+surfactants,+and+solvents+on+the+digestion+efficiency+of+human+plasma+proteins+by+trypsin.">A quantitative study of the effects of chaotropic agents, surfactants, and solvents on the digestion efficiency of human plasma proteins by trypsin.</a> J. Proteome Res. 9, 5422-5437 (2010).</li><li>Berna, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Online+immunoaffinity+liquid+chromatography/tandem+mass+spectrometry+determination+of+a+type+II+collagen+peptide+biomarker+in+rat+urine:+Investigation+of+the+impact+of+collision-induced+dissociation+fluctuation+on+peptide+quantitation.">Online immunoaffinity liquid chromatography/tandem mass spectrometry determination of a type II collagen peptide biomarker in rat urine: Investigation of the impact of collision-induced dissociation fluctuation on peptide quantitation.</a> Anal. Biochem. 356, 235-243 (2006).</li></ol>

Çıkar çatışması ilan etti.

Tarif edildiği gibi, protokolde en kritik adım boncuk kuluçka dönemi boyunca iyi karıştırılmış kalır sağlanmasıdır. Boncuk iyi / flakon altına yerleşmek için izin artan değişkenlik neden olacaktır. Aynı zamanda önemli bir kuluçka dönemi sonrasında iyi / flakon üstüne kalır herhangi bir sıvı aşağı spin. Tekrarlanabilir tripsin sindirim da önemlidir. Ancak, sindirim muhtemel alternatif yöntemleri, belirli bir hedef proteinlerin için optimize edilmiş olabilir 15 Elüsyon ücretsiz antikor tespiti ile karışmaz; sindirim için prosedür SISCAPA ile birlikte laboratuvarda yaygın olarak kullanılmıştır Burada anlatılan antikor peptidler daha sonra sütun veya elutes hariç, ama antikor büyük deneylerde ya da serbest antikor varsa afinite zenginleştirme önce Protein G boncuk çapraz olabilir çünkü büyük olasılıkla peptid, bir sorun olur. Biz de herhangi bir kalıntı boncuk veya parçacıklar kaldırmak için örnek otosampler plakası gibi, akış ters yönde tuzak sütun yıkama altında bir mıknatıs (yükleme karşılaştırıldığında) yerleştirmek için yararlı bulduk. Açıklanan manyetik boncuk yaklaşıma ek olarak, tekniği de bir sütun biçiminde (yani afinite kromatografisi) adapte olabilir 12, 16 Kullanıcı genel bir protokol ile rahat sonra, bu teknik, aynı zamanda genel analiz geliştirmek bazı değişiklikler için uygun. İlk 11, birden fazla analitler zenginleştirme adım (yani çoklama) antikorlar birleştirerek tek bir tahlil analiz etmek mümkündür. Kütle spektrometresi, aynı anda çok sayıda analitlerin analiz yeteneğine sahiptir. İkinci olarak, orijinal örnek hacminin artırılması testin duyarlılığını artırır.

<table border="1"><tbody><tr><th> Malzemenin Adı </th><th> Şirket </th><th> Katalog numarası </th></tr><tr><td> 1000ul Derin kuyu 96-kuyu tabak </td><td> Eppendorf </td><td> 951032786 </td></tr><tr><td> Oasis HLB 1 cc kartuş plaka, Eyl-pak, 40 mg 96 plaka </td><td> Waters </td><td> 186003966 </td></tr><tr><td> Kingfisher 96 plaka </td><td> Thermo Fisher Scientific </td><td> 97002540 </td></tr><tr><td> 96, beyaz duvar tabağı temizleyin </td><td> Bio-Rad </td><td> HSP9601 </td></tr><tr><td> 96 plaka için kapak Folyo </td><td> Excelscientific </td><td> 12-169 </td></tr><tr><td> 96 plaka Axymat Sızdırmazlık mat </td><td> Axygen </td><td> 521-01-151 </td></tr><tr><td> X delmek film </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> Z722502 </td></tr><tr><td> Kingfisher PCR mıknatıs kafa ile manyetik boncuk işlemci </td><td> Thermo Fisher Scientific </td><td> HSP 9601 </td></tr></tbody></table> Tablo 1: Malzeme <table border="1"><tbody><tr><th> Malzemenin Adı </th><th> Şirket </th><th> Katalog numarası </th><th> Yorumlar (isteğe bağlı) </th></tr><tr><td> Üre </td><td> Sigma Aldrich </td><td> U6031 </td><td></td></tr><tr><td> Trizma baz </td><td> Sigma Aldrich </td><td> T1503 </td><td></td></tr><tr><td> Dithiothreitol (DTT) </td><td> Delmek </td><td> 20291 </td><td> &quot;Dithiothreitol no-tartmak&quot; </td></tr><tr><td> Iodoacetamide (IAM) </td><td> Sigma Aldrich </td><td> I1149 </td><td></td></tr><tr><td> Tripsin Altın </td><td> Promega </td><td> V5280 </td><td></td></tr><tr><td> Protein G manyetik boncuk, 2.8um </td><td> Invitrogen </td><td> 10004D </td><td></td></tr><tr><td> Fosfat tamponlu salin (PBS) </td><td> Thermo Fisher Scientific </td><td> L5401 </td><td></td></tr><tr><td> Chaps </td><td> Thermo Fisher Scientific </td><td> 28300 </td><td></td></tr><tr><td> Formik asit </td><td> EMD </td><td> 11670 </td><td></td></tr><tr><td> Asetonitril </td><td> Thermo Fisher Scientific </td><td> A998-1 </td><td></td></tr><tr><td> Asetik asit </td><td> Sigma Aldrich </td><td> 242853 </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 2: Reaktifler <table border="1"><tbody><tr><th> Çözüm </th><th> Yorumlar (isteğe bağlı) </th></tr><tr><td> 100 mM Tris pH: 8 </td><td></td></tr><tr><td> 9 M, 100 mM Tris (pH 8) üre / 30 mM DTT </td><td> Her zaman taze hazırlanmış olmalıdır </td></tr><tr><td> 100 mM Tris 500 mM IAM (pH 8) </td><td> Her zaman taze hazırlanmış olmalıdır </td></tr><tr><td> 100 mM Tris, pH 8 tripsin 1mg/ml </td><td></td></tr><tr><td> 100 mM Tris, pH 8 tripsin inhibitörü 1mg/ml </td><td></td></tr><tr><td> Kararlı izotop standart Mastermix </td><td></td></tr><tr><td> Anti-peptid antikor Mastermix </td><td></td></tr></tbody></table> Tablo 3: Çözümler hazırlanacak

quantification of proteins using peptide immunoaffinity enrichment coupled with mass spectrometry

Proteinlerin ölçümünde kantitatif testleri için büyük bir ihtiyaç vardır. Ölçümde büyük ölçüde altın standart olarak kabul Geleneksel sandviç immunoassay, yüksek maliyetli, uzun teslim süresi ile ilişkilidir ve sakıncaları (örneğin antikorlar, otoantikor girişim, &#39;kanca etkisi&#39;) ile doludur. 1 alternatif bir tekniktir zenginleştirme yakınlığına . peptidlerin kantitatif kütle spektrometresi ile birleştiğinde, genellikle SISCAPA (Anti-Peptid Antikorlar Kararlı İzotop Standartları ve Capture) olarak adlandırılan bu teknikte 2 / çoklu seçilen reaksiyon izleme kütle spektrometresi ile stabil izotop seyreltme ve algılama ile peptitler afinite zenginleştirme ( SRM / MRM-MS), peptidler, kendi proteinler vekilleri olarak kantitatif ölçüm sağlar. SRM / MRM-MS, küçük moleküllerin 3, 4 doğru kantitatif için kurulan ve daha yakın zamanda, plazma ve hücre lizatları proteinlerinin düzeyini ölçmek için adapte edilmiştir. Proteinlerin kantitatif ulaşmak için 5-7, bu büyük moleküllerin sindirilir bileşeni peptidler gibi tripsin gibi bir enzim kullanarak. Dizisi bu türün hedef protein (yani &quot;proteotypic&quot; peptitler) özgü bir veya daha fazla seçilmiş peptidler daha sonra anti-peptid antikorları kullanarak örnek zenginleştirilmiş ve kantitatif stokiyometrik vekilleri örnek protein konsantrasyonu olarak ölçülür. Bu nedenle, stabil izotop seyreltme (SID) yöntemleri (yani bir çivili-peptid standart etiketli stabil izotop), SRM / MRM karmaşık biyolojik matrisler proteinlerin ölçümü için vekilleri gibi proteotypic peptidlerin konsantrasyonlarını ölçmek için kullanılan olabilir. Akuple Deneyleri geleneksel immunoassay göre bazı avantajları vardır. Reaktifler oluşturmak için nispeten daha az pahalı, özgüllüğü analit için mükemmel, testlerin son derece çoğullanır zenginleştirme düzgün plazma (tükenmesi gerekli) yapılan ve tekniği, proteinler ya da değişiklikler geniş bir yelpazeye uygun olabilir bir manyetik boncuk platformuna adapte olarak bu video ilgi. 8-13 temel protokol göstermektedir.

Watch this Scientific Journal Video about Quantification of Proteins Using Peptide Immunoaffinity Enrichment Coupled with Mass Spectrometry at JoVE.com

Quantification of Proteins Using Peptide Immunoaffinity Enrichment Coupled with Mass Spectrometry

Kararlı İzotop Standartlar ve Anti-Peptid Antikorlar (SISCAPA) kendi proteinler için vekilleri olarak peptidler kantitatif ölçüm sağlamak için kararlı izotop dilüsyon kütle spektrometresi (MRM-MS) ile peptitler çiftler yakınlık zenginleştirme yakalayın. Burada kısmen otomatik bir biçimde manyetik parçacıklar kullanarak protokol açıklar.

Proteinler Peptid immunoaffiniti Zenginleştirme kullanarak Niceleme Kütle Spektrometresi ile birleştiğinde

There is a great need for quantitative assays in measuring proteins. Traditional sandwich immunoassays, largely considered the gold standard in ...

Research

JoVE Journal

Biology

MALDI Sample Preparation: the Ultra Thin Layer Method

MALDI Numune Hazırlama: Ultra İnce Tabaka Yöntemi

This video demonstrates the preparation of an ultra-thin matrix/analyte layer for analyzing peptides and proteins by Matrix-Assisted Laser Desorption ...

A Quantitative Assessment of The Yeast Lipidome using Electrospray Ionization Mass Spectrometry

Nicel Değerlendirme Elektrosprey İyonizasyon Kütle Spektrometresi kullanarak Maya Lipidome

Lipids are one of the major classes of biomolecules and play important roles membrane dynamics, energy storage, and signalling1-4. The budding yeast ...

Analyzing Large Protein Complexes by Structural Mass Spectrometry

Yapısal Kütle Spektrometresi büyük protein kompleksleri Analiz

Living cells control and regulate their biological processes through the coordinated action of a large number of proteins that assemble themselves into an ...

In vivo Quantification of G Protein Coupled Receptor Interactions using Spectrally Resolved Two-photon Microscopy

In vivo Quantification of G Protein Coupled Receptor Interactions using Spectrally Resolved Two-photon Microscopy

Işıksal Çözülmüş İki foton Mikroskop kullanarak G Protein Coupled Reseptör Etkileşmeleri in vivo Niceleme

The study of protein interactions in living cells is an important area of research because the information accumulated both benefits industrial ...

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry (CCMS)

Profiling of Methyltransferases and Other S-adenosyl-L-homocysteine-binding Proteins by Capture Compound Mass Spectrometry CCMS

Methyltransferases, profilleme ve Diğer S Adenosil- L</subYakalama Bileşik Kütle Spektrometresi (CCMS)> homosistein bağlayıcı Proteinler

There is a variety of approaches to reduce the complexity of the proteome on the basis of functional small molecule-protein interactions such as affinity ...

Profiling Thiol Redox Proteome Using Isotope Tagging Mass Spectrometry

İzotop Etiketleme kütle spektrometresi kullanarak Tiyol Redoks Proteom profil

Pseudomonas syringae pv. tomato strain DC3000 not only causes bacterial speck disease in Solanum lycopersicum but also on Brassica species, as well as on ...

Identification of Protein Complexes in Escherichia coli using Sequential Peptide Affinity Purification in Combination with Tandem Mass Spectrometry

Identification of Protein Complexes in Escherichia coli using Sequential Peptide Affinity Purification in Combination with Tandem Mass Spectrometry

Protein Kompleksi belirlenmesi<em&gt; Escherichia coli</em&gt; Tandem Kütle Spektrometresi ile Kombine Sıralı Peptid Affinity Arıtma kullanarak

Since most cellular processes are mediated by macromolecular assemblies, the systematic identification of protein-protein interactions (PPI) and the ...

Capture Compound Mass Spectrometry - A Powerful Tool to Identify Novel c-di-GMP Effector Proteins

Yakalama Bileşik Kütle Spektrometre - Roman c-di-GMP Efektör Proteinler tanımlamak için güçlü bir araç

Considerable progress has been made during the last decade towards the identification and characterization of enzymes involved in the synthesis ...

Selected Reaction Monitoring Mass Spectrometry for Absolute Protein Quantification

Mutlak Protein Niceleme Kütle Spektrometresi İzleme Seçilen Tepki

Absolute quantification of target proteins within complex biological samples is critical to a wide range of research and clinical applications. This ...

Enrichment of Extracellular Matrix Proteins from Tissues and Digestion into Peptides for Mass Spectrometry Analysis

Kütle Spektrometresi Analizi için Peptitler içine Dokular ve Sindirim gelen Ekstrasellüler Matriks Proteinleri zenginleştirilmesi

The extracellular matrix (ECM) is a complex meshwork of cross-linked proteins that provides biophysical and biochemical cues that are major regulators of ...