Name: cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses
Uploaded: 2011-12-03T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses at JoVE.com

وأيد هذا العمل جزئيا من قبل الحكومة الاسبانية &quot;MINISTERIO دي Educación ذ Ciencia&quot; (مشروع AGL2008-05275-C01/ALI) ، في إطار الاتحاد الأوروبي للبحوث 7 مشاريع ممولة VIROBATHE (العقد رقم 513648) ، VIROCLIME (العقد رقم 243923 ) والوكالة الكتلانية للمياه والوكالة الكتالونية DE L&#39; Aigua (ACA) ، Departament دي التحكم ط Millora dels Ecosistemes السباحة. أثناء الدراسة المتقدمة ومارتا Rusiñol زميل &quot;AGAUR&quot; الكاتالونية الحكومة (FI - DGR).

1. تركيز الجسيمات الفيروسية موجودة في عينات المياه <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> وتكييف جمع عينات المياه <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> جمع ما لا يقل عن 2 لتر من 10 مكررات لكل عينة في حاويات من البلاستيك مع مسطحة القاع وعينة واحدة ا?...

<ol>
	<li>Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Major, E. O., Curfman, B., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+excreted+JC+virus+strains+and+their+potential+oral+transmission.">Analysis of the excreted JC virus strains and their potential oral transmission.</a> J. Neurovirol. 9 (4), 498-507 (2003).</li><li>Bofill-Mas, S., Albinana-Gimenez, N., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Rodriguez-Manzano, J., Allard, A., Calvo, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+and+stability+of+human+adenoviruses+and+polyomavirus+JCPyV+in+wastewater+matrices.">Quantification and stability of human adenoviruses and polyomavirus JCPyV in wastewater matrices.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7894-7896 (2006).</li><li>Calgua, B., Mengewein, A., Grunert, A., Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Wyn-Jones, A. P., López-Pila, J. M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples.">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> J. Virol. Methods. 153 (2), 79-83 (2008).</li><li>Hernroth, B. E., Conden-Hansson, A. C., Rehnstam-Holm, A. S., Girones, R., Allard, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+factors+influencing+human+viral+pathogens+and+their+potential+indicator+organisms+in+the+blue+mussel,+Mytilus+edulis:+the+first+Scandinavian+report.">Environmental factors influencing human viral pathogens and their potential indicator organisms in the blue mussel, Mytilus edulis: the first Scandinavian report.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 4523-4533 (2002).</li><li>Hundesa, A., Bofill-Mas, S., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Rodriguez-Manzano, C., Bach, J., Casas, A., M, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+quantitative+PCR+assay+for+the+quantitation+of+bovine+polyomavirus+as+a+microbial+source-tracking+tool.">Development of a quantitative PCR assay for the quantitation of bovine polyomavirus as a microbial source-tracking tool.</a> J. Virol. Methods. 163 (2), 385-389 (2010).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Albinana-Gimenez, C., Rodriguez-Manzano, N., Bofill-Mas, J., Suñen, S., E, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+qPCR+assay+for+the+quantification+of+porcine+adenoviruses+as+an+MST+tool+for+swine+fecal+contamination+in+the+environment.">Development of a qPCR assay for the quantification of porcine adenoviruses as an MST tool for swine fecal contamination in the environment.</a> J. Virol. Methods. 158 (1-2), 130-135 (2009).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Bofill-Mas, C., Albinana-Gimenez, S., N, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+human+and+animal+adenoviruses+and+polyomaviruses+for+determination+of+sources+of+fecal+contamination+in+the+environment.">Identification of human and animal adenoviruses and polyomaviruses for determination of sources of fecal contamination in the environment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7886-7893 (2006).</li><li>Layton, B. A., Walters, S. P., Lam, L. H., Boehm, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enterococcus+species+distribution+among+human+and+animal+hosts+using+multiplex+PCR.">Enterococcus species distribution among human and animal hosts using multiplex PCR.</a> J. Appl. Microbiol. 109, 539-547 (2010).</li><li>de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Clemente-Casares, C., Hundesa, P., Mart&#237;n, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+bovine+and+porcine+adenoviruses+for+tracing+the+source+of+fecal+contamination.">Detection of bovine and porcine adenoviruses for tracing the source of fecal contamination.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70 (3), 1448-1454 (2004).</li><li>Pal, A., Sirota, L., Maudru, T., Peden, K., Lewis, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+assays+for+the+detection+of+virus-specific+DNA+in+simples+with+mixed+populations+of+polyomaviruses.">Real-time PCR assays for the detection of virus-specific DNA in simples with mixed populations of polyomaviruses.</a> J. Virol. Methods. 135 (1), 32-42 (2006).</li><li>Stapleton, C. M., Kay, D., Wyer, D. a. v. i. e. s., Watkins, C., Kay, J., McDonald, C., Porter, A. T., J, ., Gawler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+operational+utility+of+a+Bacteroidales+quantitative+PCR-based+MST+approach+in+determining+the+source+of+faecal+indicator+organisms+at+a+UK+bathing+water.">Evaluating the operational utility of a Bacteroidales quantitative PCR-based MST approach in determining the source of faecal indicator organisms at a UK bathing water.</a> Water Res. 43, 4888-4899 (2010).</li><li>Wang, J., Horner, G. W., Keef, O., S, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+molecular+characterization+of+bovine+polyomavirus+in+bovine+sera+in+New+Zealand.">Detection and molecular characterization of bovine polyomavirus in bovine sera in New Zealand.</a> N. Z. Vet. J. 53, 26-30 (2005).</li></ol>

<html> ووصف الإجراء استيفاء الشروط اللازمة للأسلوب المناسب لروتين مختبرات البيئة والصحة العامة : يمكن استنساخه ، موثوق بها ، واضحة وفعالة من حيث التكلفة. بروتوكول بسيط ، ولكن يجب اتباعها بعناية. والموصلية المنخفضة في العينات دون إضافة تركيز الأملاح المطلوبة من مياه الب...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم الكاشف </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td><td> تعليقات </td></tr><tr><td> الطرد المركزي عالية السرعة (8000 x ج) </td><td> Berckman كولتر </td><td> أفانتي J - 20XP </td><td></td></tr><tr><td> درجة الحموضة متر ، ومقياس الحرارة مقياس التوصيل </td><td> Afora </td><td> LPPC3003 </td><td></td></tr><tr><td> أنابيب بلاستيكية طولها 100-200 سم </td><td> Deltalab </td><td> 350059 </td><td></td></tr><tr><td> تخرج عقيمة ماصات المتاح </td><td> Labclinics </td><td> PN10E1 </td><td></td></tr><tr><td> أنابيب بلاستيكية معقمة 1.5 و 10-15 مل (إيبندورف ، الصقور ، الخ.) </td><td> Afora </td><td> KA298/00 </td><td></td></tr><tr><td> الأواني الطرد المركزي (500 مل) </td><td> فيشر العلمية </td><td> SE5753512 </td><td></td></tr><tr><td> النمامون المغناطيسي والمغناطيس (واحدة لكلالعينة) </td><td> فيشر العلمية </td><td> 10510 </td><td></td></tr><tr><td> الزجاج أو البلاستيك قيعان الحاويات وجود شقة للسماح للاستخدام النمامون المغناطيسي </td><td> Deltalab </td><td> 191642 </td><td></td></tr><tr><td> مضخة تمعجية لإزالة طاف (أو فراغ مضخة مائية نفاثة) </td><td> واتسون ، مارلو </td><td> 323E / D </td><td></td></tr><tr><td> الموقت إلى التحول بعيدا عن اثارة بعد 8-10 ساعات </td><td> Deltalab </td><td> 900400 </td><td></td></tr><tr><td> حمض الهيدروكلوريك (1N و0.1N) </td><td> Panreac </td><td> 141020.1611 </td><td></td></tr><tr><td> هيدروكسيد الصوديوم (1N) </td><td> Panreac </td><td> 131687.1211 </td><td></td></tr><tr><td> أملاح البحر الاصطناعي مياه البحر </td><td> سيغما </td><td> S9883 </td><td></td></tr><tr><td> الحليب الخالي من الدسم (SM) </td><td> Difco </td><td> 232100 </td><td></td></tr><tr><td> الفوسفات الحموضة العازلة 7(5) </td><td></td><td></td><td> 01:02 ت / ت 2 من العقيمة نا هبو M 4 و 0،2 ناه 2 ص 4 0،2 م عند pH 7.5 </td></tr><tr><td> Thiosulphate </td><td> Panreac </td><td> 121879.1209 </td><td> جعل حل 10 ٪ في الماء </td></tr><tr><td> QIAamp الفيروسي RNA ميني كيت </td><td> Qiagen </td><td> 52904 </td><td></td></tr><tr><td> 96 - جيدا رد فعل لوحة بصرية (500 وحدة) </td><td> تطبيق النظم البيولوجية </td><td> 43426659 </td><td></td></tr><tr><td> لاصق يغطي البصرية (100 وحدة) </td><td> تطبيق النظم البيولوجية </td><td> 4311971 </td><td></td></tr><tr><td> TaqMan PCR البيئية ماجستير ميكس 2X </td><td> تطبيق النظم البيولوجية </td><td> 4396838 </td><td></td></tr></tbody></table>

cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses

التلوث الميكروبي للبيئة يمثل مخاطر صحية كبيرة. المؤشرات البكتيرية الكلاسيكية البراز أظهرت أن يكون لها حدود كبيرة ، والفيروسات وأكثر مقاومة للكثير من عمليات التعطيل والمؤشرات القياسية البراز لا تبلغ عن مصدر التلوث. تطوير أساليب فعالة التكلفة للتركيز الفيروسات من الماء والمقايسات الجزيئية يسهل انطباق الفيروسات كمؤشرات للتلوث البراز والجراثيم كمصدر تتبع الأدوات (MST). والفيروسات الغدية polyomaviruses هي فيروسات تصيب الحمض النووي الأنواع الفقارية محددة بما في ذلك البشر وتفرز بشكل مستمر في البراز و / أو البول في جميع المناطق الجغرافية التي شملتها الدراسة. في الدراسات السابقة ، واقترح علينا تحديد مقدار الفيروسات الغدية البشرية (HAdV) وpolyomaviruses JC (JCPyV) بواسطة PCR الكمي (qPCR) وذلك في مؤشر تلوث البراز البشري. في الآونة الأخيرة ، وضعنا لفحوصات qPCR الكمي محددة من البرتغالالفيروسات الغدية سينمائية (PAdV) وpolyomaviruses البقري (BPyV) كدلالة على وجود تلوث برازي الحيوانات ذات حساسيات من نسخ الجينوم 10-10 في أنبوب اختبار. في هذه الدراسة ، فإننا نقدم الإجراءات الواجب اتباعها لتحديد مصدر تلوث في عينات المياه باستخدام هذه الأدوات. ومثال على نتائج ممثلة ، يظهر تحليل الفيروسات في المياه الجوفية تقديم مستويات عالية من النترات. الكشف عن الفيروسات في المياه الملوثة منخفضة أو متوسطة يتطلب تركيز الفيروسات ما لا يقل عن عدة لترات من الماء إلى حجم أصغر بكثير ، وهو الإجراء الذي عادة ما يتضمن الخطوات تركيز اثنين في السلسلة. هذا الإجراء مرهقة بعض الشيء ، والتباين الملحوظ في استرداد الفيروسي يعيق بشكل كبير في تجهيز المتزامن لعدد كبير من عينات المياه. من أجل القضاء على عنق الزجاجة بسبب الإجراءات على مرحلتين لدينا تطبيق البروتوكول خطوة واحدة وضعت في السابق studieق ، وتنطبق على مجموعة متنوعة من المصفوفات المياه. الإجراء يشمل : تحمض عينات من المياه لمدة عشر لتر ، تندف من الحليب الخالي من الدسم ، والترسيب خطورة المواد flocculated ، وجمع من تعجل والطرد المركزي ، إعادة تعليق من يعجل في 10 مل العازلة الفوسفات. يتم استخدام تركيز الفيروسي لاستخلاص الأحماض النووية الفيروسية والفيروسات الغدية محددة وpolyomaviruses من الفائدة التي qPCR كميا. قد يكون عدد كبير من العينات التي تم تحليلها في وقت واحد باستخدام هذا الأسلوب تركيز منخفض التكلفة. وقد تم تطبيق هذا الإجراء لتحليل مياه الاستحمام ومياه البحر ومياه النهر وفي هذه الدراسة ، فإننا نقدم نتائج تحليل عينات المياه الجوفية. هذا الأسلوب الإنتاجية العالية الكمية هو موثوق بها ومباشرة وفعالة من حيث التكلفة.

Watch this Scientific Journal Video about Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses at JoVE.com

Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

دراسة توضح طريقة فعالة من حيث التكلفة لتحديد مصدر تلوث برازي / البول أو التلوث النترات في المياه باستخدام qPCR الكمي للفيروسات محددة من الحمض النووي البشري / الخنزير / البقر ، والفيروسات الغدية polyomaviruses ، على النحو المقترح أدوات MST.

طريقة فعالة من حيث التكلفة لتعقب مصدر الميكروبات عن طريق محددة الفيروسات البشرية والحيوانية

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

مزيج من الشريط اللاصق على أساس أخذ العينات والإسفار في الموقع تهجين للكشف السريع عن السالمونيلا على المنتجات الطازجة

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Comprehensive &amp; Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Comprehensive & Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

شاملة والتكلفة الفعالة لمختبر مراقبة فيروس نقص المناعة البشرية / الإيدز : قدوة الأفريقية

We present the video about assisting anti-retroviral therapy (ART) by an apt laboratory service - representing a South-African role model for economical ...

Using Luciferase to Image Bacterial Infections in Mice

Luciferase به لالتهابات جرثومية في صورة الفئران

Imaging is a valuable technique that can be used to monitor biological processes.  In particular, the presence of cancer cells, stem cells, specific ...

Staphylococcus aureus Growth using Human Hemoglobin as an Iron Source

Staphylococcus aureus Growth using Human Hemoglobin as an Iron Source

المكورات العنقودية الذهبية النمو باستخدام الهيموجلوبين الإنسان باعتبارها المصدر الحديد

S. aureus is a pathogenic bacterium that requires iron to  carry out vital metabolic functions and cause disease. The most abundant  reservoir of iron ...

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

إرساء ثقافة السائل المغطاة من مجرى الهواء الإنسان المستقطب طلائي Calu-3 خلايا لدراسة استجابة الخلية المضيفة لمسببات الأمراض التنفسية<em&gt; في المختبر</em

The  apical and basolateral surfaces of airway epithelial cells demonstrate  directional responses to pathogen exposure in  vivo. Thus, ideal in vitro ...

Pairwise Growth Competition Assay for Determining the Replication Fitness of Human Immunodeficiency Viruses

زوجيا النمو الفحص التنافس على تحديد النسخ المتماثل للياقة البدنية من الفيروسات نقص المناعة البشرية

In vitro fitness assays are essential tools for determining viral replication fitness for viruses such as HIV-1. Various measurements have been used to ...

Intranasal Administration of Recombinant Influenza Vaccines in Chimeric Mouse Models to Study Mucosal Immunity

إدارة الأنف المؤتلف لقاحات الأنفلونزا في همي ماوس نماذج لدراسة الأغشية المخاطية الحصانة

Vaccines are one of the greatest achievements of mankind, and have saved millions of lives over the last century. Paradoxically, little is known about the ...

Bacterial Artificial Chromosomes: A Functional Genomics Tool for the Study of Positive-strand RNA Viruses

بكتيريا الاصطناعية الكروموسومات: أداة علم الجينوم وظيفية لدراسة الفيروسات RNA إيجابي حبلا

Reverse genetics, an approach to rescue infectious virus entirely from a cloned cDNA, has revolutionized the field of positive-strand RNA viruses, whose ...

Measuring Influenza Neutralizing Antibody Responses to A(H3N2) Viruses in Human Sera by Microneutralization Assays Using MDCK-SIAT1 Cells

Measuring Influenza Neutralizing Antibody Responses to AH3N2 Viruses in Human Sera by Microneutralization Assays Using MDCK-SIAT1 Cells

قياس الإنفلونزا تحييد ردود الأجسام المضادة للفيروسات A(H3N2) في الأمصال البشرية قبل درياقي فحوصات باستخدام خلايا مدكك-SIAT1

Neutralizing antibodies against hemagglutinin (HA) of influenza viruses are considered the main immune mechanism that correlates with protection for ...

VirWaTest, A Point-of-Use Method for the Detection of Viruses in Water Samples

VirWaTest، طريقة نقطة الاستخدام للكشف عن الفيروسات في عينات المياه

Viruses excreted by humans and animals may contaminate water sources and pose a risk to human health when this water is used for drinking, food ...