Name: cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses
Uploaded: 2011-12-03T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses at JoVE.com

Dit werk werd gedeeltelijk ondersteund door de Spaanse regering &quot;Ministerio de Educación y Ciencia&quot; (project AGL2008-05275-C01/ALI), door de Europese Unie kaderprogramma 7 gefinancierde projecten VIROBATHE (Contract No 513648), VIROCLIME (Contract Nr 243923 ) en door de Catalaanse agentschap van het Water, Agencia Catalana de l&#39;Aigua (ACA), Departament de Control I Millora dels Ecosistemes Aquatics. Tijdens de studie ontwikkelde Marta Rusiñol was een fellow van de Catalaanse regering &quot;AGAUR&quot; (FI-DGR).

1. De concentratie van de virale deeltjes in het water monsters <ol><li> Verzamelen en conditioneren van watermonsters <ol><li> Verzamel een minimum van 2 herhalingen van 10 L per monster in plastic containers met vlakke bodem en een extra monster als een proces controle. Dit laatste monster wordt verrijkt met een bekende hoeveelheid van virale deeltjes en gebruikt als een controle. Opmerking: Het is aan te raden om speciale aparte materiaal (flessen, buizen, enz.) voor spiked samples hebben. </li><li> Controle...

<ol>
	<li>Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Major, E. O., Curfman, B., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+excreted+JC+virus+strains+and+their+potential+oral+transmission.">Analysis of the excreted JC virus strains and their potential oral transmission.</a> J. Neurovirol. 9 (4), 498-507 (2003).</li><li>Bofill-Mas, S., Albinana-Gimenez, N., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Rodriguez-Manzano, J., Allard, A., Calvo, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+and+stability+of+human+adenoviruses+and+polyomavirus+JCPyV+in+wastewater+matrices.">Quantification and stability of human adenoviruses and polyomavirus JCPyV in wastewater matrices.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7894-7896 (2006).</li><li>Calgua, B., Mengewein, A., Grunert, A., Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Wyn-Jones, A. P., López-Pila, J. M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples.">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> J. Virol. Methods. 153 (2), 79-83 (2008).</li><li>Hernroth, B. E., Conden-Hansson, A. C., Rehnstam-Holm, A. S., Girones, R., Allard, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+factors+influencing+human+viral+pathogens+and+their+potential+indicator+organisms+in+the+blue+mussel,+Mytilus+edulis:+the+first+Scandinavian+report.">Environmental factors influencing human viral pathogens and their potential indicator organisms in the blue mussel, Mytilus edulis: the first Scandinavian report.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 4523-4533 (2002).</li><li>Hundesa, A., Bofill-Mas, S., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Rodriguez-Manzano, C., Bach, J., Casas, A., M, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+quantitative+PCR+assay+for+the+quantitation+of+bovine+polyomavirus+as+a+microbial+source-tracking+tool.">Development of a quantitative PCR assay for the quantitation of bovine polyomavirus as a microbial source-tracking tool.</a> J. Virol. Methods. 163 (2), 385-389 (2010).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Albinana-Gimenez, C., Rodriguez-Manzano, N., Bofill-Mas, J., Suñen, S., E, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+qPCR+assay+for+the+quantification+of+porcine+adenoviruses+as+an+MST+tool+for+swine+fecal+contamination+in+the+environment.">Development of a qPCR assay for the quantification of porcine adenoviruses as an MST tool for swine fecal contamination in the environment.</a> J. Virol. Methods. 158 (1-2), 130-135 (2009).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Bofill-Mas, C., Albinana-Gimenez, S., N, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+human+and+animal+adenoviruses+and+polyomaviruses+for+determination+of+sources+of+fecal+contamination+in+the+environment.">Identification of human and animal adenoviruses and polyomaviruses for determination of sources of fecal contamination in the environment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7886-7893 (2006).</li><li>Layton, B. A., Walters, S. P., Lam, L. H., Boehm, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enterococcus+species+distribution+among+human+and+animal+hosts+using+multiplex+PCR.">Enterococcus species distribution among human and animal hosts using multiplex PCR.</a> J. Appl. Microbiol. 109, 539-547 (2010).</li><li>de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Clemente-Casares, C., Hundesa, P., Mart&#237;n, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+bovine+and+porcine+adenoviruses+for+tracing+the+source+of+fecal+contamination.">Detection of bovine and porcine adenoviruses for tracing the source of fecal contamination.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70 (3), 1448-1454 (2004).</li><li>Pal, A., Sirota, L., Maudru, T., Peden, K., Lewis, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+assays+for+the+detection+of+virus-specific+DNA+in+simples+with+mixed+populations+of+polyomaviruses.">Real-time PCR assays for the detection of virus-specific DNA in simples with mixed populations of polyomaviruses.</a> J. Virol. Methods. 135 (1), 32-42 (2006).</li><li>Stapleton, C. M., Kay, D., Wyer, D. a. v. i. e. s., Watkins, C., Kay, J., McDonald, C., Porter, A. T., J, ., Gawler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+operational+utility+of+a+Bacteroidales+quantitative+PCR-based+MST+approach+in+determining+the+source+of+faecal+indicator+organisms+at+a+UK+bathing+water.">Evaluating the operational utility of a Bacteroidales quantitative PCR-based MST approach in determining the source of faecal indicator organisms at a UK bathing water.</a> Water Res. 43, 4888-4899 (2010).</li><li>Wang, J., Horner, G. W., Keef, O., S, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+molecular+characterization+of+bovine+polyomavirus+in+bovine+sera+in+New+Zealand.">Detection and molecular characterization of bovine polyomavirus in bovine sera in New Zealand.</a> N. Z. Vet. J. 53, 26-30 (2005).</li></ol>

<html> De beschreven procedure zou voldoen aan de voorwaarden voor een passende methode voor routinematige milieu en volksgezondheid laboratoria: reproduceerbaar, betrouwbaar, eenvoudig en kosteneffectief. Het protocol is eenvoudig, maar het moet zorgvuldig worden gevolgd. Lage geleidbaarheid in de monsters zonder toevoeging van de gevraagde concentratie van kunstmatig zeewater zouten zou drastisch verminderen van het herstel van virussen zoals het geval zou zijn indien het roeren tijd voor flocculatie wordt aanzienlijk ...

<table border="1"><tbody><tr><td> Naam van het reagens </td><td> Vennootschap </td><td> Catalogus nummer </td><td> Reacties </td></tr><tr><td> Hoge snelheid centrifuge (8000 xg) </td><td> Berckman Coulter </td><td> Avanti J-20XP </td><td></td></tr><tr><td> pH-meter, thermometer en conductimeter </td><td> Afora </td><td> LPPC3003 </td><td></td></tr><tr><td> Plastic buizen 100-200 cm lengte </td><td> DeltaLab </td><td> 350059 </td><td></td></tr><tr><td> Steriele afgestudeerd wegwerp pipetten </td><td> Labclinics </td><td> PN10E1 </td><td></td></tr><tr><td> Steriele plastic buizen van 1,5 en 10-15 ml (Eppendorf, Valken, etc.) </td><td> Afora </td><td> KA298/00 </td><td></td></tr><tr><td> Centrifuge potten (500 ml) </td><td> Fisher Scientific </td><td> SE5753512 </td><td></td></tr><tr><td> Magnetische roerders en magneten (een permonster) </td><td> Fisher Scientific </td><td> 10510 </td><td></td></tr><tr><td> Glas of plastic containers met platte bodems om het gebruik van magnetische roerders maken </td><td> DeltaLab </td><td> 191642 </td><td></td></tr><tr><td> Een peristaltische pomp voor het verwijderen van het supernatant (of een water-jet vacuümpomp) </td><td> Watson-Marlow </td><td> 323E / D </td><td></td></tr><tr><td> Timer om uitschakeling van de roeren na 8-10 uur </td><td> DeltaLab </td><td> 900400 </td><td></td></tr><tr><td> Zoutzuur (1 N en 0,1 N) </td><td> Panreac </td><td> 141020.1611 </td><td></td></tr><tr><td> Natriumhydroxide (1 N) </td><td> Panreac </td><td> 131687.1211 </td><td></td></tr><tr><td> Kunstmatig zeewater zeezouten </td><td> Sigma </td><td> S9883 </td><td></td></tr><tr><td> Magere melk (SM) </td><td> Difco </td><td> 232100 </td><td></td></tr><tr><td> Fosfaatbuffer pH 7, 5 </td><td></td><td></td><td> 01:02 v / v van steriele Na 2 HPO 4 0,2 M en NaH 2 PO 4 0,2 M bij pH 7,5 </td></tr><tr><td> Thiosulfaat </td><td> Panreac </td><td> 121879.1209 </td><td> Maak een 10% oplossing in water </td></tr><tr><td> QIAamp Virale RNA Mini Kit </td><td> Qiagen </td><td> 52904 </td><td></td></tr><tr><td> 96-well plaat optische reactie (500 eenheden) </td><td> Applied Biosystems </td><td> 43426659 </td><td></td></tr><tr><td> Optische lijm covers (100 eenheden) </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4311971 </td><td></td></tr><tr><td> TaqMan PCR Master Mix Milieu 2x </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4396838 </td><td></td></tr></tbody></table>

cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses

Microbiële besmetting van het milieu is een belangrijke risico voor de gezondheid. Klassieke bacteriële fecale indicatoren getoond om significante beperkingen hebben, virussen beter bestand tegen vele inactivatie processen en standaard fecale indicatoren niet te informeren over de bron van besmetting. De ontwikkeling van kosteneffectieve methoden voor de concentratie van virussen uit het water en moleculaire assays vergemakkelijkt de toepasbaarheid van virussen als indicatoren van fecale verontreiniging en als microbiële bron tracking (MST) tools. Adenovirussen en polyomavirussen zijn DNA-virussen infecteren specifieke gewervelde diersoorten waaronder de mens en zijn voortdurend uitgescheiden in de feces en / of urine in alle bestudeerde geografische gebieden. In eerdere studies, hebben we voorgesteld de kwantificatie van menselijke adenovirussen (HAdV) en JC polyomavirussen (JCPyV) met behulp van kwantitatieve PCR (qPCR) als een index van de menselijke fecale verontreiniging. Onlangs hebben we qPCR assays voor de specifieke kwantificering van porcine adenovirussen (PAdV) en runderen polyomavirussen (BPYV) als dierlijke fecale markers van besmetting met de gevoeligheden van 1-10 exemplaren van het genoom per reageerbuis. In deze studie presenteren we de procedure die moet worden gevolgd om de bron van de besmetting van water monsters met behulp van deze tools te identificeren. Als voorbeeld van de representatieve resultaten, is de analyse van virussen in het grondwater de presentatie van een hoog niveau van nitraten getoond. Detectie van virussen in een laag of matig vervuild water vereist dat de concentratie van de virussen uit ten minste een aantal liter water in een veel kleiner volume, een procedure die gewoonlijk bestaat uit twee stappen concentratie in serie. Deze ietwat omslachtige procedure en de variabiliteit waargenomen in virale terugvorderingen aanzienlijke mate zullen belemmeren gelijktijdige verwerking van een groot aantal watermonsters. Om het knelpunt veroorzaakt door de twee voor-stap procedures die we hebben toegepast een een-stap protocol ontwikkeld in de vorige Studie te eliminerens en van toepassing zijn op een diversiteit aan water matrices. De procedure bestaat uit: verzuring van de tien-liter watermonsters, uitvlokking door magere melk, de zwaartekracht sedimentatie van de geflocculeerd materialen, de inning van de neerslag en centrifugeren, resuspensie van de neerslag in 10 ml fosfaatbuffer. De virale concentraat wordt gebruikt voor de winning van virale nucleïnezuren en de specifieke adenovirussen en polyomavirussen van belang zijn gekwantificeerd door qPCR. Groot aantal monsters kan tegelijkertijd worden geanalyseerd met deze low-cost concentratie-methode. De procedure is toegepast op de analyse van het zwemwater, zeewater en rivierwater en in deze studie, presenteren wij de resultaten analyseren van grondwatermonsters. Deze high-throughput kwantitatieve methode is betrouwbaar, eenvoudig en kosteneffectief.

Watch this Scientific Journal Video about Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses at JoVE.com

Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

De studie beschrijft een kosteneffectieve methode voor de identificatie van de bron van fecale / urine besmetting of verontreiniging door nitraten in het water met behulp van qPCR voor de specifieke kwantificering van de mens / varkens / rund DNA-virussen, adenovirussen en polyomavirussen, voorgesteld als MST tools.

Kosteneffectieve methode voor Microbiële Source Tracking Met behulp van specifieke menselijke en dierlijke virussen

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combinatie van Adhesive-tape-gebaseerde Sampling en fluorescentie In situ Hybridisatie voor snelle detectie van Salmonella Op Fresh Produce

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Comprehensive &amp; Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Comprehensive & Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Uitgebreide &amp; Rendabele laboratorium controle van HIV / AIDS: een Afrikaanse Role Model

We present the video about assisting anti-retroviral therapy (ART) by an apt laboratory service - representing a South-African role model for economical ...

Using Luciferase to Image Bacterial Infections in Mice

Met behulp van Luciferase naar Afbeelding bacteriële infecties in Muizen

Imaging is a valuable technique that can be used to monitor biological processes.  In particular, the presence of cancer cells, stem cells, specific ...

Staphylococcus aureus Growth using Human Hemoglobin as an Iron Source

Staphylococcus aureus Growth using Human Hemoglobin as an Iron Source

Staphylococcus aureus Growth met humaan hemoglobine als een ijzerbron

S. aureus is a pathogenic bacterium that requires iron to  carry out vital metabolic functions and cause disease. The most abundant  reservoir of iron ...

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

Tot oprichting van een Liquid bedekte cultuur van gepolariseerde menselijke luchtwegen Epiteel Calu-3 cellen aan Host Cell Reactie op respiratoire pathogenen Studie<em&gt; In vitro</em

The  apical and basolateral surfaces of airway epithelial cells demonstrate  directional responses to pathogen exposure in  vivo. Thus, ideal in vitro ...

Pairwise Growth Competition Assay for Determining the Replication Fitness of Human Immunodeficiency Viruses

Paarsgewijze Groei Competitie Assay voor het bepalen van de Replicatie Fitness van Human Immunodeficiency Virussen

In vitro fitness assays are essential tools for determining viral replication fitness for viruses such as HIV-1. Various measurements have been used to ...

Intranasal Administration of Recombinant Influenza Vaccines in Chimeric Mouse Models to Study Mucosal Immunity

Intranasale toediening van recombinante Influenza Vaccines in Chimerisch muismodellen om mucosale immuniteit bestuderen

Vaccines are one of the greatest achievements of mankind, and have saved millions of lives over the last century. Paradoxically, little is known about the ...

Bacterial Artificial Chromosomes: A Functional Genomics Tool for the Study of Positive-strand RNA Viruses

Bacteriële kunstmatige chromosomen: Een Functional Genomics Tool voor de Studie van Positive-streng RNA-virussen

Reverse genetics, an approach to rescue infectious virus entirely from a cloned cDNA, has revolutionized the field of positive-strand RNA viruses, whose ...

Measuring Influenza Neutralizing Antibody Responses to A(H3N2) Viruses in Human Sera by Microneutralization Assays Using MDCK-SIAT1 Cells

Measuring Influenza Neutralizing Antibody Responses to AH3N2 Viruses in Human Sera by Microneutralization Assays Using MDCK-SIAT1 Cells

Meten van Influenza neutraliserende antilichamen reacties op A(H3N2) virussen in menselijke Sera door Microneutralization testen met behulp van MDCK-SIAT1 cellen

Neutralizing antibodies against hemagglutinin (HA) of influenza viruses are considered the main immune mechanism that correlates with protection for ...

VirWaTest, A Point-of-Use Method for the Detection of Viruses in Water Samples

VirWaTest, een gebruiksmethode voor het opsporen van virussen in water monsters

Viruses excreted by humans and animals may contaminate water sources and pose a risk to human health when this water is used for drinking, food ...