Name: cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses
Uploaded: 2011-12-03T14:00:00
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Ce travail a été partiellement financé par le gouvernement espagnol &quot;Ministerio de Educación y Ciencia&quot; (projet AGL2008-05275-C01/ALI), par la Commission européenne cadre sur l&#39;union de recherche 7 projets financés VIROBATHE (contrat n ° 513648), VIROCLIME (contrat n ° 243923 ) et par l&#39;Agence Catalane de l&#39;Eau, Agencia Catalana de l&#39;Aigua (ACA), Departament de contrôle i dels Millora Ecosistemes Aquatics. Au cours de l&#39;étude ont développé Marta Rusiñol était un membre de la Generalitat &quot;AGAUR&quot; (FI-DGR).

1. La concentration des particules virales présentes dans les échantillons d&#39;eau <ol><li> Collecte et conditionnement des échantillons d&#39;eau <ol><li> Recueillir un minimum de 2 répétitions de 10 L par échantillon dans des contenants en plastique à fond plat et un échantillon supplémentaire comme un contrôle de processus. Ce dernier échantillon sera dopé avec une quantité connue de particules virales et utilisé comme contrôle. Note: Il est recommandé d&#39;avoir du matériel spécial sép...

<ol>
	<li>Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Major, E. O., Curfman, B., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+excreted+JC+virus+strains+and+their+potential+oral+transmission.">Analysis of the excreted JC virus strains and their potential oral transmission.</a> J. Neurovirol. 9 (4), 498-507 (2003).</li><li>Bofill-Mas, S., Albinana-Gimenez, N., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Rodriguez-Manzano, J., Allard, A., Calvo, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+and+stability+of+human+adenoviruses+and+polyomavirus+JCPyV+in+wastewater+matrices.">Quantification and stability of human adenoviruses and polyomavirus JCPyV in wastewater matrices.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7894-7896 (2006).</li><li>Calgua, B., Mengewein, A., Grunert, A., Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Wyn-Jones, A. P., López-Pila, J. M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples.">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> J. Virol. Methods. 153 (2), 79-83 (2008).</li><li>Hernroth, B. E., Conden-Hansson, A. C., Rehnstam-Holm, A. S., Girones, R., Allard, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+factors+influencing+human+viral+pathogens+and+their+potential+indicator+organisms+in+the+blue+mussel,+Mytilus+edulis:+the+first+Scandinavian+report.">Environmental factors influencing human viral pathogens and their potential indicator organisms in the blue mussel, Mytilus edulis: the first Scandinavian report.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 4523-4533 (2002).</li><li>Hundesa, A., Bofill-Mas, S., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Rodriguez-Manzano, C., Bach, J., Casas, A., M, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+quantitative+PCR+assay+for+the+quantitation+of+bovine+polyomavirus+as+a+microbial+source-tracking+tool.">Development of a quantitative PCR assay for the quantitation of bovine polyomavirus as a microbial source-tracking tool.</a> J. Virol. Methods. 163 (2), 385-389 (2010).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Albinana-Gimenez, C., Rodriguez-Manzano, N., Bofill-Mas, J., Suñen, S., E, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+qPCR+assay+for+the+quantification+of+porcine+adenoviruses+as+an+MST+tool+for+swine+fecal+contamination+in+the+environment.">Development of a qPCR assay for the quantification of porcine adenoviruses as an MST tool for swine fecal contamination in the environment.</a> J. Virol. Methods. 158 (1-2), 130-135 (2009).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Bofill-Mas, C., Albinana-Gimenez, S., N, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+human+and+animal+adenoviruses+and+polyomaviruses+for+determination+of+sources+of+fecal+contamination+in+the+environment.">Identification of human and animal adenoviruses and polyomaviruses for determination of sources of fecal contamination in the environment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7886-7893 (2006).</li><li>Layton, B. A., Walters, S. P., Lam, L. H., Boehm, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enterococcus+species+distribution+among+human+and+animal+hosts+using+multiplex+PCR.">Enterococcus species distribution among human and animal hosts using multiplex PCR.</a> J. Appl. Microbiol. 109, 539-547 (2010).</li><li>de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Clemente-Casares, C., Hundesa, P., Mart&#237;n, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+bovine+and+porcine+adenoviruses+for+tracing+the+source+of+fecal+contamination.">Detection of bovine and porcine adenoviruses for tracing the source of fecal contamination.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70 (3), 1448-1454 (2004).</li><li>Pal, A., Sirota, L., Maudru, T., Peden, K., Lewis, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+assays+for+the+detection+of+virus-specific+DNA+in+simples+with+mixed+populations+of+polyomaviruses.">Real-time PCR assays for the detection of virus-specific DNA in simples with mixed populations of polyomaviruses.</a> J. Virol. Methods. 135 (1), 32-42 (2006).</li><li>Stapleton, C. M., Kay, D., Wyer, D. a. v. i. e. s., Watkins, C., Kay, J., McDonald, C., Porter, A. T., J, ., Gawler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+operational+utility+of+a+Bacteroidales+quantitative+PCR-based+MST+approach+in+determining+the+source+of+faecal+indicator+organisms+at+a+UK+bathing+water.">Evaluating the operational utility of a Bacteroidales quantitative PCR-based MST approach in determining the source of faecal indicator organisms at a UK bathing water.</a> Water Res. 43, 4888-4899 (2010).</li><li>Wang, J., Horner, G. W., Keef, O., S, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+molecular+characterization+of+bovine+polyomavirus+in+bovine+sera+in+New+Zealand.">Detection and molecular characterization of bovine polyomavirus in bovine sera in New Zealand.</a> N. Z. Vet. J. 53, 26-30 (2005).</li></ol>

<html> La procédure décrite remplirait les conditions pour une méthode d&#39;ajustement de routine des laboratoires de santé publique et d&#39;environnement: reproductible, fiable, simple et rentable. Le protocole est simple, mais elle doit être suivie attentivement. Faible conductivité dans les échantillons sans ajout de la concentration de sels demandé l&#39;eau de mer artificielle réduirait considérablement la récupération des virus comme ce serait le cas si le temps d&#39;agitation pour la floculation est...

<table border="1"><tbody><tr><td> Nom du réactif </td><td> Société </td><td> Numéro de catalogue </td><td> Commentaires </td></tr><tr><td> Centrifugeuse à vitesse élevée (8000 xg) </td><td> Berckman Coulter </td><td> Avanti J-20XP </td><td></td></tr><tr><td> pH-mètre, thermomètre et conductimètre </td><td> Afora </td><td> LPPC3003 </td><td></td></tr><tr><td> Plastique Longueur des tubes cm 100-200 </td><td> Deltalab </td><td> 350059 </td><td></td></tr><tr><td> Stérile pipettes graduées jetables </td><td> Labclinics </td><td> PN10E1 </td><td></td></tr><tr><td> Stérile tubes en plastique de 1,5 et 10-15 ml (Eppendorf, faucons, etc) </td><td> Afora </td><td> KA298/00 </td><td></td></tr><tr><td> Des pots à centrifuger (500 ml) </td><td> Fisher Scientific </td><td> SE5753512 </td><td></td></tr><tr><td> Agitateurs magnétiques et aimants (un parl&#39;échantillon) </td><td> Fisher Scientific </td><td> 10510 </td><td></td></tr><tr><td> Les récipients en verre ou en plastique ayant un fond plat pour permettre l&#39;utilisation d&#39;agitateurs magnétiques </td><td> Deltalab </td><td> 191642 </td><td></td></tr><tr><td> Une pompe péristaltique pour enlever le surnageant (ou une pompe à vide au jet d&#39;eau) </td><td> Watson-Marlow </td><td> 323E / D </td><td></td></tr><tr><td> Timer pour arrêt de l&#39;agitation après 8-10 heures </td><td> Deltalab </td><td> 900400 </td><td></td></tr><tr><td> L&#39;acide chlorhydrique (1N et 0,1) </td><td> Panreac </td><td> 141020.1611 </td><td></td></tr><tr><td> L&#39;hydroxyde de sodium (1N) </td><td> Panreac </td><td> 131687.1211 </td><td></td></tr><tr><td> Artificial sels de mer eau de mer </td><td> Sigma </td><td> S9883 </td><td></td></tr><tr><td> Lait écrémé (SM) </td><td> Difco </td><td> 232100 </td><td></td></tr><tr><td> Tampon phosphate pH 7, 5 </td><td></td><td></td><td> 01:02 v / v de stériles Na 2 HPO 4 0,2 M et NaH 2 PO 4 0,2 M à pH 7,5 </td></tr><tr><td> Thiosulfate </td><td> Panreac </td><td> 121879.1209 </td><td> Faire une solution à 10% dans l&#39;eau </td></tr><tr><td> QIAamp Viral RNA Mini Kit </td><td> Qiagen </td><td> 52904 </td><td></td></tr><tr><td> Plaque de 96 puits de réaction optique (500 unités) </td><td> Applied Biosystems </td><td> 43426659 </td><td></td></tr><tr><td> Optique couvre adhésives (100 unités) </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4311971 </td><td></td></tr><tr><td> TaqMan environnement PCR Master Mix 2x </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4396838 </td><td></td></tr></tbody></table>

cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses

La contamination microbienne de l&#39;environnement représente un risque significatif pour la santé. Classique bactérienne indicateurs fécaux ont montré pour avoir des limites importantes, les virus sont plus résistants aux procédés d&#39;inactivation de nombreux standards et indicateurs fécaux n&#39;informent pas sur la source de contamination. Le développement de méthodes rentables pour la concentration de virus dans l&#39;eau et des dosages moléculaires facilite l&#39;applicabilité de virus comme indicateurs de contamination fécale et en tant que sources de pollution microbienne de suivi (MST) des outils. Les adénovirus sont des virus et des polyomavirus ADN infectant les espèces de vertébrés spécifiques, y compris les humains et sont excrétés dans les selles persistante et / ou d&#39;urine dans toutes les zones géographiques étudiées. Dans des études précédentes, nous avons suggéré la quantification des adénovirus humains (HAdV) et polyomavirus JC (JCPyV) par PCR quantitative (qPCR) comme un indice de contamination fécale humaine. Récemment, nous avons développé des tests qPCR pour la quantification spécifique du poradénovirus ciné (PADV) et polyomavirus bovin (BPYV) comme marqueurs fécaux des animaux de la contamination avec des sensibilités de 10 à 10 copies de génome par tube d&#39;essai. Dans cette étude, nous présentons la procédure à suivre pour identifier la source de contamination dans les échantillons d&#39;eau à l&#39;aide de ces outils. Comme exemple de résultats représentatifs, l&#39;analyse des virus dans les eaux souterraines présentant des niveaux élevés de nitrates est affiché. Détection des virus à faible ou modérée des eaux polluées requiert de la concentration du virus dans au moins plusieurs litres d&#39;eau dans un volume beaucoup plus petit, une procédure qui comporte généralement deux étapes de concentration en série. Cette procédure un peu lourde et la variabilité observée dans les recouvrements virale entravent de manière significative le traitement simultané d&#39;un grand nombre d&#39;échantillons d&#39;eau. Afin d&#39;éliminer le goulot d&#39;étranglement causés par les procédures en deux étapes, nous avons appliqué un protocole en une seule étape développé dans Studie précédentes et applicables à une diversité de matrices d&#39;eau. La procédure comprend: l&#39;acidification des échantillons d&#39;eau de dix litres, floculation par du lait écrémé, de la sédimentation par gravité des matériaux floculées, la collecte du précipité et la centrifugation, resuspension du précipité dans un tampon phosphate 10 ml. Le concentré viral est utilisé pour l&#39;extraction d&#39;acides nucléiques viraux et les adénovirus et les polyomavirus spécifiques d&#39;intérêt sont quantifiés par qPCR. Nombre élevé d&#39;échantillons peuvent être analysés simultanément en utilisant cette méthode de concentration à faible coût. La procédure a été appliquée à l&#39;analyse des eaux de baignade, l&#39;eau de mer et d&#39;eau de la rivière et dans cette étude, nous présentons l&#39;analyse des résultats des échantillons d&#39;eau souterraine. Cette méthode quantitative à haut débit est fiable, simple et rentable.

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Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

L&#39;étude décrit une méthode rentable pour l&#39;identification de la source de contamination fécale / urinaire ou de la contamination par les nitrates dans l&#39;eau en utilisant qPCR pour la quantification spécifique du virus de l&#39;ADN humain / porcin / bovin, les adénovirus et les polyomavirus, a proposé que les outils MST.

Rentable méthode de suivi des sources microbiennes spécifiques utilisant des virus humains et animaux

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

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