Name: cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses
Uploaded: 2011-12-03T14:00:00
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この研究の一部は、欧州連合（EU）の研究枠組み7資金プロジェクトは、（契約番号513648）VIROBATHE、VIROCLIME（契約番号は243923で、スペイン政府は&quot;保健省ドEducación Y Ciencia&quot;（プロジェクトAGL2008-05275-C01/ALI）によってサポートされていました）と水のカタロニア庁、AgènciaカタラーナドゥAigua（ACA）、Departamentド制御I Millora DELS Ecosistemes水泳で。開発研究の間マルタルシニョールはカタロニア政府&quot;AGAUR&quot;（FI - DGR）の仲間だった。

1。水試料中に存在するウイルス粒子の濃度<ol><li>水試料の収集とコンディショニング<ol><li> 2の最小値を収集するプロセス制御などの平らな底部及びつの余分なサンプルをプラスチック容器内の試料あたり10 Lの複製。この最後のサンプルは、ウイルス粒子の既知量をスパイクし、コントロールとして使用されます。 注：これは、添加サンプルのための特別な別の材料を（瓶、チューブ?...

<ol>
	<li>Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Major, E. O., Curfman, B., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+excreted+JC+virus+strains+and+their+potential+oral+transmission.">Analysis of the excreted JC virus strains and their potential oral transmission.</a> J. Neurovirol. 9 (4), 498-507 (2003).</li><li>Bofill-Mas, S., Albinana-Gimenez, N., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Rodriguez-Manzano, J., Allard, A., Calvo, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+and+stability+of+human+adenoviruses+and+polyomavirus+JCPyV+in+wastewater+matrices.">Quantification and stability of human adenoviruses and polyomavirus JCPyV in wastewater matrices.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7894-7896 (2006).</li><li>Calgua, B., Mengewein, A., Grunert, A., Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Wyn-Jones, A. P., López-Pila, J. M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples.">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> J. Virol. Methods. 153 (2), 79-83 (2008).</li><li>Hernroth, B. E., Conden-Hansson, A. C., Rehnstam-Holm, A. S., Girones, R., Allard, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+factors+influencing+human+viral+pathogens+and+their+potential+indicator+organisms+in+the+blue+mussel,+Mytilus+edulis:+the+first+Scandinavian+report.">Environmental factors influencing human viral pathogens and their potential indicator organisms in the blue mussel, Mytilus edulis: the first Scandinavian report.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 4523-4533 (2002).</li><li>Hundesa, A., Bofill-Mas, S., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Rodriguez-Manzano, C., Bach, J., Casas, A., M, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+quantitative+PCR+assay+for+the+quantitation+of+bovine+polyomavirus+as+a+microbial+source-tracking+tool.">Development of a quantitative PCR assay for the quantitation of bovine polyomavirus as a microbial source-tracking tool.</a> J. Virol. Methods. 163 (2), 385-389 (2010).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Albinana-Gimenez, C., Rodriguez-Manzano, N., Bofill-Mas, J., Suñen, S., E, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+qPCR+assay+for+the+quantification+of+porcine+adenoviruses+as+an+MST+tool+for+swine+fecal+contamination+in+the+environment.">Development of a qPCR assay for the quantification of porcine adenoviruses as an MST tool for swine fecal contamination in the environment.</a> J. Virol. Methods. 158 (1-2), 130-135 (2009).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Bofill-Mas, C., Albinana-Gimenez, S., N, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+human+and+animal+adenoviruses+and+polyomaviruses+for+determination+of+sources+of+fecal+contamination+in+the+environment.">Identification of human and animal adenoviruses and polyomaviruses for determination of sources of fecal contamination in the environment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7886-7893 (2006).</li><li>Layton, B. A., Walters, S. P., Lam, L. H., Boehm, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enterococcus+species+distribution+among+human+and+animal+hosts+using+multiplex+PCR.">Enterococcus species distribution among human and animal hosts using multiplex PCR.</a> J. Appl. Microbiol. 109, 539-547 (2010).</li><li>de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Clemente-Casares, C., Hundesa, P., Mart&#237;n, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+bovine+and+porcine+adenoviruses+for+tracing+the+source+of+fecal+contamination.">Detection of bovine and porcine adenoviruses for tracing the source of fecal contamination.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70 (3), 1448-1454 (2004).</li><li>Pal, A., Sirota, L., Maudru, T., Peden, K., Lewis, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+assays+for+the+detection+of+virus-specific+DNA+in+simples+with+mixed+populations+of+polyomaviruses.">Real-time PCR assays for the detection of virus-specific DNA in simples with mixed populations of polyomaviruses.</a> J. Virol. Methods. 135 (1), 32-42 (2006).</li><li>Stapleton, C. M., Kay, D., Wyer, D. a. v. i. e. s., Watkins, C., Kay, J., McDonald, C., Porter, A. T., J, ., Gawler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+operational+utility+of+a+Bacteroidales+quantitative+PCR-based+MST+approach+in+determining+the+source+of+faecal+indicator+organisms+at+a+UK+bathing+water.">Evaluating the operational utility of a Bacteroidales quantitative PCR-based MST approach in determining the source of faecal indicator organisms at a UK bathing water.</a> Water Res. 43, 4888-4899 (2010).</li><li>Wang, J., Horner, G. W., Keef, O., S, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+molecular+characterization+of+bovine+polyomavirus+in+bovine+sera+in+New+Zealand.">Detection and molecular characterization of bovine polyomavirus in bovine sera in New Zealand.</a> N. Z. Vet. J. 53, 26-30 (2005).</li></ol>

<html>再現性、信頼性の高い、簡単で、費用対効果：説明する手順では、ルーチン、環境および公衆衛生研究所のためのフィッティング方法のための条件を満たすでしょう。プロトコルはシンプルですが、それは注意深く従ってください。凝集のための攪拌時間を大幅に（たとえば5時間未満）減少する場合のように人工海水の塩の要求された濃度を加えることなく、試料中の低導電率が飛躍的...

<table border="1"><tbody><tr><td> 試薬の名前 </td><td> 会社 </td><td> カタログ番号 </td><td> コメント </td></tr><tr><td>高速遠心（8,000 × g）で</td><td>バークマンコールター</td><td>アヴァンティJ - 20XP </td><td></td></tr><tr><td> pHメーター、温度計とconductimeter </td><td> Afora </td><td> LPPC3003 </td><td></td></tr><tr><td>プラスチック製のチューブ100〜200センチメートルの長さ</td><td> Deltalab </td><td> 350059 </td><td></td></tr><tr><td>滅菌は、使い捨てピペットを卒業</td><td> Labclinics </td><td> PN10E1 </td><td></td></tr><tr><td> 1.5 10〜15 mLの滅菌プラスチックチューブ（エッペンドルフ、ファルコンズ、等） </td><td> Afora </td><td> KA298/00 </td><td></td></tr><tr><td>ポットを遠心（500mL中） </td><td>フィッシャーサイエンティフィック</td><td> SE5753512 </td><td></td></tr><tr><td>磁気撹拌器と磁石（ごとにサンプル） </td><td>フィッシャーサイエンティフィック</td><td> 10510 </td><td></td></tr><tr><td>マグネットスターラーの使用を許可するように平らな底を有するガラスまたはプラスチック製の容器</td><td> Deltalab </td><td> 191642 </td><td></td></tr><tr><td>上清を除去するための蠕動ポンプ（またはウォータージェット真空ポンプ） </td><td>ワトソン - マーロウ</td><td> 323E / D </td><td></td></tr><tr><td> 8-10時間後に攪拌をオフにするタイマー</td><td> Deltalab </td><td> 900400 </td><td></td></tr><tr><td>塩酸（1Nと0.1N） </td><td> Panreac </td><td> 141020.1611 </td><td></td></tr><tr><td>水酸化ナトリウム（1N） </td><td> Panreac </td><td> 131687.1211 </td><td></td></tr><tr><td>人工海水の海塩</td><td>シグマ</td><td> S9883 </td><td></td></tr><tr><td>スキムミルク（SM） </td><td>ディフコ</td><td> 232100 </td><td></td></tr><tr><td>リン酸緩衝液のpHを75 </td><td></td><td></td><td> pH7.5ので1:2 v / vの無菌のNa 2 HPO 4 0.2 MのとのNaH 2 PO 4 0,2 M </td></tr><tr><td>チオ硫酸</td><td> Panreac </td><td> 121879.1209 </td><td>水中の10％溶液を作る</td></tr><tr><td>ウイルスRNA Mini Kitを別途準備</td><td>キアゲン</td><td> 52904 </td><td></td></tr><tr><td> 96ウェル光学反応プレート（500台） </td><td>アプライドバイオシステムズ</td><td> 43426659 </td><td></td></tr><tr><td>光学接着剤のカバー（100台） </td><td>アプライドバイオシステムズ</td><td> 4311971 </td><td></td></tr><tr><td>のTaqMan環境PCRマスターミックス2倍</td><td>アプライドバイオシステムズ</td><td> 4396838 </td><td></td></tr></tbody></table>

cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses

環境の微生物汚染は重大な健康上のリスクを表しています。古典的な細菌の糞便指標が重要な限界があることが示されている、ウイルスが汚染源に通知していない多くの不活性化プロセスと標準の糞便の指標に対してより耐性があります。費用対効果の高い水からのウイルスの濃度のための方法と分子アッセイの開発は、糞便汚染の指標として、微生物源の追跡（MST）ツールとしてウイルスの適用を容易にします。アデノウイルスとpolyomavirusesは、ヒトを含む特定の脊椎動物に感染するDNAウイルスであり、永続的に糞及び/または調査したすべての地理的領域における尿中に排泄される。以前の研究では、我々は人間の糞便汚染の指標として定量PCR（qPCR）により、ヒトアデノウイルスの定量化（HAdV）とJCのpolyomaviruses（JCPyV）を提案した。最近、我々は、PORの特定の定量化のためのqPCRアッセイを開発しました。試験管当たり1〜10ゲノムコピーの感度と汚染の動物糞便のマーカーとしてシネアデノウイルス（PAdV）とウシpolyomaviruses（BPyV）。本研究では、我々はこれらのツールを使用して水試料中の汚染源を特定するために従うべき手順を示します。代表的な成果の例として、硝酸塩の高いレベルを提示する地下水のウイルスの分析が示されています。 低または中程度に汚染された水域でのウイルスの検出は、はるかに少ない量に水の少なくとも数リットルからのウイルスの濃度、通常は直列の2つの濃度のステップが含まれている手順が必要です。この少々面倒な手順やウイルスの回収率で観察された変動は大幅に水の多数のサンプルの同時処理を妨げる。 我々は以前のstudieで開発したワンステップのプロトコルを適用した二段階の手続きによって生じるボトルネックを解消するためにsと水マトリックスの多様性に適用される。十リットルの水試料の酸性化、スキムミルクで凝集、凝集物質の重力沈降、沈殿と遠心分離のコレクション、10 mlのリン酸緩衝液中の沈殿物の再懸濁を：手順が含まれています。ウイルス濃縮液は、ウイルス核酸の抽出に使用され、関心のある特定のアデノウイルスとpolyomavirusesは、定量PCRにより定量化されています。サンプル数が多いが、同時にこの低コストの濃縮法を用いて解析することができます。 手順は、入浴の海、海水や河川水の分析に適用し、本研究では、我々は、地下水のサンプルを分析結果を提示されています。このハイスループット定量法は、信頼性の高い簡単な、そして費用対効果の高いです。

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Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

研究では、MSTのツールと​​して提案したヒト/ブタ/ウシDNAウイルス、アデノウイルスとpolyomaviruses、特定の定量化のために定量PCRを用いて水中の硝酸塩による尿/糞便汚染または汚染源の同定のための費用対効果の高い方法を説明します。

特定のヒトと動物のウイルスを用いた微生物ソースのトラッキングのための費用対効果の高い方法

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

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