Name: cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses
Uploaded: 2011-12-03T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses at JoVE.com

Dette arbeidet ble delvis støttet av den spanske regjeringen &quot;Ministerio de Educación y Ciencia&quot; (prosjekt AGL2008-05275-C01/ALI), av EU forskning Framework 7 finansierte prosjekter VIROBATHE (Kontrakt nr. 513648), VIROCLIME (Contract No 243923 ) og av den katalanske Agency of Water, Agencia Catalana de l&#39;Aigua (ACA), Departament de styrer jeg Millora dels Ecosistemes Aquatics. Under utviklet studiet Marta Rusiñol var en kar av den katalanske regjeringen &quot;AGAUR&quot; (FI-DGR).

1. Konsentrasjon av viruspartikler til stede i vannprøver <ol><li> Innsamling og condition av vannprøver <ol><li> Samle minimum 2 replikater av 10 L per prøve i plastbeholdere med flat bunn og en ekstra prøve som en prosess kontroll. Denne siste prøven vil bli tilsatt en kjent mengde viruspartikler og brukes som en kontroll. Merk: Det anbefales å ha spesielle separate materiale (flasker, rør, etc.) for piggete prøver. </li><li> Sjekk kalibreringen av conductimeter og kalibrere om nødvendig. Forbered en...

<ol>
	<li>Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Major, E. O., Curfman, B., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+excreted+JC+virus+strains+and+their+potential+oral+transmission.">Analysis of the excreted JC virus strains and their potential oral transmission.</a> J. Neurovirol. 9 (4), 498-507 (2003).</li><li>Bofill-Mas, S., Albinana-Gimenez, N., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Rodriguez-Manzano, J., Allard, A., Calvo, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quantification+and+stability+of+human+adenoviruses+and+polyomavirus+JCPyV+in+wastewater+matrices.">Quantification and stability of human adenoviruses and polyomavirus JCPyV in wastewater matrices.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7894-7896 (2006).</li><li>Calgua, B., Mengewein, A., Grunert, A., Bofill-Mas, S., Clemente-Casares, P., Hundesa, A., Wyn-Jones, A. P., López-Pila, J. M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+and+application+of+a+one-step+low+cost+procedure+to+concentrate+viruses+from+seawater+samples.">Development and application of a one-step low cost procedure to concentrate viruses from seawater samples.</a> J. Virol. Methods. 153 (2), 79-83 (2008).</li><li>Hernroth, B. E., Conden-Hansson, A. C., Rehnstam-Holm, A. S., Girones, R., Allard, A. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Environmental+factors+influencing+human+viral+pathogens+and+their+potential+indicator+organisms+in+the+blue+mussel,+Mytilus+edulis:+the+first+Scandinavian+report.">Environmental factors influencing human viral pathogens and their potential indicator organisms in the blue mussel, Mytilus edulis: the first Scandinavian report.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 4523-4533 (2002).</li><li>Hundesa, A., Bofill-Mas, S., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Rodriguez-Manzano, C., Bach, J., Casas, A., M, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+quantitative+PCR+assay+for+the+quantitation+of+bovine+polyomavirus+as+a+microbial+source-tracking+tool.">Development of a quantitative PCR assay for the quantitation of bovine polyomavirus as a microbial source-tracking tool.</a> J. Virol. Methods. 163 (2), 385-389 (2010).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Albinana-Gimenez, C., Rodriguez-Manzano, N., Bofill-Mas, J., Suñen, S., E, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+qPCR+assay+for+the+quantification+of+porcine+adenoviruses+as+an+MST+tool+for+swine+fecal+contamination+in+the+environment.">Development of a qPCR assay for the quantification of porcine adenoviruses as an MST tool for swine fecal contamination in the environment.</a> J. Virol. Methods. 158 (1-2), 130-135 (2009).</li><li>Hundesa, A., de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Bofill-Mas, C., Albinana-Gimenez, S., N, ., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+human+and+animal+adenoviruses+and+polyomaviruses+for+determination+of+sources+of+fecal+contamination+in+the+environment.">Identification of human and animal adenoviruses and polyomaviruses for determination of sources of fecal contamination in the environment.</a> Appl. Environ. Microbiol. 72 (12), 7886-7893 (2006).</li><li>Layton, B. A., Walters, S. P., Lam, L. H., Boehm, A. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Enterococcus+species+distribution+among+human+and+animal+hosts+using+multiplex+PCR.">Enterococcus species distribution among human and animal hosts using multiplex PCR.</a> J. Appl. Microbiol. 109, 539-547 (2010).</li><li>de Motes, M. a. l. u. q. u. e. r., Clemente-Casares, C., Hundesa, P., Mart&#237;n, M., Girones, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+bovine+and+porcine+adenoviruses+for+tracing+the+source+of+fecal+contamination.">Detection of bovine and porcine adenoviruses for tracing the source of fecal contamination.</a> Appl. Environ. Microbiol. 70 (3), 1448-1454 (2004).</li><li>Pal, A., Sirota, L., Maudru, T., Peden, K., Lewis, A. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Real-time+PCR+assays+for+the+detection+of+virus-specific+DNA+in+simples+with+mixed+populations+of+polyomaviruses.">Real-time PCR assays for the detection of virus-specific DNA in simples with mixed populations of polyomaviruses.</a> J. Virol. Methods. 135 (1), 32-42 (2006).</li><li>Stapleton, C. M., Kay, D., Wyer, D. a. v. i. e. s., Watkins, C., Kay, J., McDonald, C., Porter, A. T., J, ., Gawler, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Evaluating+the+operational+utility+of+a+Bacteroidales+quantitative+PCR-based+MST+approach+in+determining+the+source+of+faecal+indicator+organisms+at+a+UK+bathing+water.">Evaluating the operational utility of a Bacteroidales quantitative PCR-based MST approach in determining the source of faecal indicator organisms at a UK bathing water.</a> Water Res. 43, 4888-4899 (2010).</li><li>Wang, J., Horner, G. W., Keef, O., S, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+and+molecular+characterization+of+bovine+polyomavirus+in+bovine+sera+in+New+Zealand.">Detection and molecular characterization of bovine polyomavirus in bovine sera in New Zealand.</a> N. Z. Vet. J. 53, 26-30 (2005).</li></ol>

<html> Prosedyren er beskrevet ville oppfylle vilkårene for en passende metode for rutinemessig miljø og folkehelse laboratorier: reproduserbar, pålitelig, enkel og kostnadseffektiv. Protokollen er enkel, men den må følges nøye. Lav ledningsevne i prøvene uten å legge den ønskede konsentrasjon av kunstig sjøvann salter vil dramatisk redusere utvinning av virus som ville være tilfelle dersom omrøring tid for flokkulering er betydelig redusert (mindre enn 5 timer for eksempel). Fore...

<table border="1"><tbody><tr><td> Navn på reagens </td><td> Firma </td><td> Katalognummer </td><td> Kommentarer </td></tr><tr><td> Høy hastighet sentrifuge (8000 xg) </td><td> Berckman Coulter </td><td> Avanti J-20XP </td><td></td></tr><tr><td> pH-meter, termometer og conductimeter </td><td> Afora </td><td> LPPC3003 </td><td></td></tr><tr><td> Plastrør 100-200 cm lengde </td><td> Deltalab </td><td> 350059 </td><td></td></tr><tr><td> Sterile uteksaminert disponibel pipetter </td><td> Labclinics </td><td> PN10E1 </td><td></td></tr><tr><td> Sterile plastikk rør på 1,5 og 10-15 ml (Eppendorf, Falcons, etc.) </td><td> Afora </td><td> KA298/00 </td><td></td></tr><tr><td> Sentrifuge potter (500 ml) </td><td> Fisher Scientific </td><td> SE5753512 </td><td></td></tr><tr><td> Magnetrørere og magneter (én persample) </td><td> Fisher Scientific </td><td> 10510 </td><td></td></tr><tr><td> Glass eller plastikk beholdere har flat bunn for å tillate bruk av magnetrørere </td><td> Deltalab </td><td> 191642 </td><td></td></tr><tr><td> En peristaltiske pumpe for å fjerne supernatanten (eller et vann-jet vakuumpumpe) </td><td> Watson-Marlow </td><td> 323E / D </td><td></td></tr><tr><td> Timer til utkobling av omrøring etter 8-10 timer </td><td> Deltalab </td><td> 900400 </td><td></td></tr><tr><td> Saltsyre (1N og 0.1N) </td><td> Panreac </td><td> 141020.1611 </td><td></td></tr><tr><td> Natriumhydroksid (1N) </td><td> Panreac </td><td> 131687.1211 </td><td></td></tr><tr><td> Kunstig sjøvann hav salter </td><td> Sigma </td><td> S9883 </td><td></td></tr><tr><td> Skummet melk (SM) </td><td> Difco </td><td> 232100 </td><td></td></tr><tr><td> Fosfat buffer pH 7, 5 </td><td></td><td></td><td> 01:02 v / v av sterile Na 2 HPO 4 0,2 M og NaH 2 PO 4 0,2 M ved pH 7,5 </td></tr><tr><td> Tiosulfat </td><td> Panreac </td><td> 121879.1209 </td><td> Lag en 10% løsning i vann </td></tr><tr><td> QIAamp Viral RNA Mini Kit </td><td> Qiagen </td><td> 52904 </td><td></td></tr><tr><td> 96-godt optisk reaksjon plate (500 enheter) </td><td> Applied Biosystems </td><td> 43426659 </td><td></td></tr><tr><td> Optisk lim dekker (100 enheter) </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4311971 </td><td></td></tr><tr><td> TaqMan Environmental PCR Master Mix 2x </td><td> Applied Biosystems </td><td> 4396838 </td><td></td></tr></tbody></table>

cost-effective method for microbial source tracking using specific human and animal viruses

Mikrobiell forurensning av miljøet representerer en betydelig helserisiko. Har klassisk bakteriell fecal indikatorer vist seg å ha betydelige begrensninger, virus er mer resistente mot mange inaktivering prosesser og standard fecal indikatorene ikke informere om kilden til forurensning. Utvikling av kostnadseffektive metoder for konsentrasjonen av virus fra vann og molekylære analyser forenkler anvendelsen av virus som indikatorer på fekal forurensning og som mikrobiell kilde tracking (MST) verktøy. Adenoviruses og polyomaviruses er DNA virus infiserer spesifikke arter virveldyr, inkludert mennesker, og er vedvarende skilles ut i avføring og / eller urin i alle geografiske områder studert. I tidligere studier, foreslo vi kvantifisering av menneskelig adenoviruses (HAdV) og JC polyomaviruses (JCPyV) av kvantitativ PCR (qPCR) som en indeks for menneskelig fekal forurensning. Nylig har vi utviklet qPCR analyser for de spesifikke kvantifisering av porcine adenoviruses (PAdV) og storfe polyomaviruses (BPyV) som dyr fecal markører for forurensing med følsomheter fra 1-10 genom eksemplarer per reagensrør. I denne studien presenterer vi prosedyren som skal følges for å identifisere kilden til forurensning i vannprøver ved hjelp av disse verktøyene. Som eksempel på representative resultater, er analyse av virus i grunnvann presentere høye nivåer av nitrater vist. Påvisning av virus i lav eller moderat forurenset vann krever konsentrasjon av virus fra minst flere liter vann i et mye mindre volum, en prosedyre som vanligvis inkluderer to konsentrasjon trinn i serien. Denne noe tungvinte prosedyren og variasjonen hos viral inngang betydelig hinder for samtidig behandling av et stort antall vannprøver. For å fjerne flaskehalsen forårsaket av to-trinns prosedyrer vi har brukt en ett-trinns protokoll utviklet i tidligere studies og gjelder for et mangfold av vann matriser. Prosedyren omfatter: forsuring av ti-liters vannprøver, flokkulering av skummet melk, gravitasjon sedimentering av flocculated materialer, samling av bunnfall og sentrifugering, resuspendering av bunnfall i 10 ml fosfat buffer. Den viral konsentrere brukes til utvinning av virale nukleinsyrer og de spesifikke adenoviruses og polyomaviruses av interesse er kvantifisert av qPCR. Høyt antall prøver kan samtidig analyseres ved hjelp av denne lavkost konsentrasjon metoden. Prosedyren har blitt brukt til analyse av badevann, sjøvann og elvevann og i denne studien presenterer vi resultatene analysere grunnvann prøver. Denne high-throughput kvantitative metoden er pålitelig, enkel og kostnadseffektiv.

Watch this Scientific Journal Video about Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses at JoVE.com

Cost-effective Method for Microbial Source Tracking Using Specific Human and Animal Viruses

Studien beskriver en kostnadseffektiv metode for identifisering av kilden til fekal / urin forurensning eller forurensning av nitrater i vann med qPCR for de spesifikke kvantifisering av menneskelig / svin / storfe DNA virus, adenoviruses og polyomaviruses, foreslått som MST verktøy.

Kostnadseffektiv metode for mikrobiell kilde Tracking med bestemte mennesker og dyr virus

Microbial contamination of the environment represents a significant health risk. Classical bacterial fecal indicators have shown to have significant ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

Combination of Adhesive-tape-based Sampling and Fluorescence in situ Hybridization for Rapid Detection of Salmonella on Fresh Produce

This protocol describes a simple approach for adhesive-tape-based sampling of tomato and other fresh produce surfaces, followed by on-tape fluorescence in ...

Comprehensive &amp; Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

Comprehensive & Cost Effective Laboratory Monitoring of HIV/AIDS: an African Role Model

We present the video about assisting anti-retroviral therapy (ART) by an apt laboratory service - representing a South-African role model for economical ...

Using Luciferase to Image Bacterial Infections in Mice

Imaging is a valuable technique that can be used to monitor biological processes.  In particular, the presence of cancer cells, stem cells, specific ...

Staphylococcus aureus Growth using Human Hemoglobin as an Iron Source

Staphylococcus aureus Growth using Human Hemoglobin as an Iron Source

Staphylococcus aureus Vekst med humant hemoglobin som en Iron Source

S. aureus is a pathogenic bacterium that requires iron to  carry out vital metabolic functions and cause disease. The most abundant  reservoir of iron ...

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

Establishing a Liquid-covered Culture of Polarized Human Airway Epithelial Calu-3 Cells to Study Host Cell Response to Respiratory Pathogens In vitro

Etablering av en flytende dekket Culture of Polarized Menneskelig Airway Epiteliale Calu-3 Cells å studere Host Cell Response til luftveispatogener<em&gt; In vitro</em

The  apical and basolateral surfaces of airway epithelial cells demonstrate  directional responses to pathogen exposure in  vivo. Thus, ideal in vitro ...

Pairwise Growth Competition Assay for Determining the Replication Fitness of Human Immunodeficiency Viruses

Parvise Vekst Konkurranse analyse for Bestemme Replication Fitness av humant immunsviktvirus

In vitro fitness assays are essential tools for determining viral replication fitness for viruses such as HIV-1. Various measurements have been used to ...

Intranasal Administration of Recombinant Influenza Vaccines in Chimeric Mouse Models to Study Mucosal Immunity

Intranasal administrering av rekombinant influensavaksiner i Chimerisk musemodeller for å studere slimhinneimmunitet

Vaccines are one of the greatest achievements of mankind, and have saved millions of lives over the last century. Paradoxically, little is known about the ...

Bacterial Artificial Chromosomes: A Functional Genomics Tool for the Study of Positive-strand RNA Viruses

Bakteriell kunstige kromosomer: En funksjonell genom Tool for studier av Positive-strand RNA virus

Reverse genetics, an approach to rescue infectious virus entirely from a cloned cDNA, has revolutionized the field of positive-strand RNA viruses, whose ...

Measuring Influenza Neutralizing Antibody Responses to A(H3N2) Viruses in Human Sera by Microneutralization Assays Using MDCK-SIAT1 Cells

Measuring Influenza Neutralizing Antibody Responses to AH3N2 Viruses in Human Sera by Microneutralization Assays Using MDCK-SIAT1 Cells

Måle influensa nøytralisere antistoff Svar å A(H3N2) virus i menneskelig Sera av Microneutralization søk ved hjelp av MDCK-SIAT1 celler

Neutralizing antibodies against hemagglutinin (HA) of influenza viruses are considered the main immune mechanism that correlates with protection for ...

VirWaTest, A Point-of-Use Method for the Detection of Viruses in Water Samples

VirWaTest, et punkt-av-bruk metode for påvisning av virus i vann prøver

Viruses excreted by humans and animals may contaminate water sources and pose a risk to human health when this water is used for drinking, food ...