Name: rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field
Uploaded: 2011-08-02T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field at JoVE.com

Wij willen M. en R. Scullion Crisp van Idaho Technologies bedanken voor technische ondersteuning en het USGS West-Ecologisch Research Center voor de financiering van (S. Schwarzbach) en bijstand (K. Spragens, T. Graham). Dit onderzoek werd uitgevoerd onder auspiciën van het Centrum voor Innovatieve technologie - Instituut voor Defensie en Binnenlandse Veiligheid (www.idhs.org), ter ondersteuning van het ministerie van Defensie en Air Force Research Laboratory. Dieren omgaan gevolgd protocollen zijn goedgekeurd door de Animal Care en gebruik Comite van de US Geological Survey West-Ecologisch Research Center en maakt van de US Geological Survey Bird Banding Laboratory. Elk gebruik van de handel, product of bedrijf namen in deze publicatie is voor beschrijvende doeleinden en impliceert geen goedkeuring door de Amerikaanse overheid.

1. Wilde vogels te vangen met behulp van mistnetten <ol><li> Voor shorebird vast te leggen, dat is opgericht mistnetten op een actieve foerageergebied site zoals een moeras, kustlijn, of modder plat. </li><li> Schuif schakelnetten lijn lussen van het ene uiteinde van de mist net rond de paal en verticaal steek stok in de modder. </li><li> Strek net, steek seconden stok door schakelnetten lussen aan de andere kant van de mist net als verticaal stok in te voegen in modder, zorg ervoor dat de schakels lijnen worden onder...

<ol>
	<li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+real-time+reverse+transcriptase+PCR+assay+for+type+A+influenza+virus+and+the+avian+H5+and+H7+hemagglutinin+subtypes.">Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes.</a> J Clin Microbiol. 40, 3256-3260 (2002).</li><li>Takekawa, J. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field+detection+of+avian+influenza+virus+in+wild+birds:+evaluation+of+a+portable+rRT-PCR+system+and+freeze-dried+reagents.">Field detection of avian influenza virus in wild birds: evaluation of a portable rRT-PCR system and freeze-dried reagents.</a> J Virol Methods. 166, 92-97 (2010).</li><li>Das, A., Spackman, E., Senne, D., Pedersen, J., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+internal+positive+control+for+rapid+diagnosis+of+avian+influenza+virus+infections+by+real-time+reverse+transcription-PCR+with+lyophilized+reagents.">Development of an internal positive control for rapid diagnosis of avian influenza virus infections by real-time reverse transcription-PCR with lyophilized reagents.</a> J Clin Microbiol. 44, 3065-3073 (2006).</li><li>Spackman, E., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Avian+influenza+virus+RNA+extraction+from+tissue+and+swab+material.">Avian influenza virus RNA extraction from tissue and swab material.</a> Methods Mol Biol. 436, 13-18 (2008).</li><li>Chen, R., Holmes, E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequent+inter-species+transmission+and+geographic+subdivision+in+avian+influenza+viruses+from+wild+birds.+Virology.">Frequent inter-species transmission and geographic subdivision in avian influenza viruses from wild birds. Virology.</a> , 383-3156 (2009).</li><li>Macken, C. A., Webby, R. J., Bruno, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotype+turnover+by+reassortment+of+replication+complex+genes+from+avian+influenza+A+virus.">Genotype turnover by reassortment of replication complex genes from avian influenza A virus.</a> J Gen Virol. 87, 2803-2815 (2006).</li><li>Dugan, V. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolutionary+genetics+and+emergence+of+avian+influenza+viruses+in+wild+birds.">The evolutionary genetics and emergence of avian influenza viruses in wild birds.</a> PLoS Pathog.. 4, e1000076-e1000076 (2008).</li><li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analyses+of+type+A+influenza+genes+in+natural+reservoir+species+in+North+America+reveals+genetic+variation.">Phylogenetic analyses of type A influenza genes in natural reservoir species in North America reveals genetic variation.</a> Virus Res. 114, 89-100 (2005).</li><li>Pasick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+molecular+based+techniques+for+the+diagnosis+and+characterization+of+avian+influenza+virus+infections..">Advances in the molecular based techniques for the diagnosis and characterization of avian influenza virus infections..</a> Transbound Emerg Dis. 55, 329-338 (2008).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=OIE+Manual+of+diagnostics+tests+and+vaccines+for+terrestrial+animals+(mammals,+birds+and+bees).">OIE Manual of diagnostics tests and vaccines for terrestrial animals (mammals, birds and bees).</a> 1, 258-269 (2004).</li><li>Weber, T. P., Stilianakis, N. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecologic+immunology+of+avian+influenza+(H5N1)+in+migratory+birds.">Ecologic immunology of avian influenza (H5N1) in migratory birds.</a> Emerg. Infect. Dis. 13, 1139-1143 (2007).</li><li>Kim, J. -. K., Negovetich, N. J., Forrest, H. L., Webster, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ducks:+the+"Trojan+Horses"+of+H5N1+influenza.">Ducks: the "Trojan Horses" of H5N1 influenza.</a> Influenza and Other Respiratory Viruses. , 121-128 (2009).</li><li>Gilbert, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flying+over+an+infected+landscape:+distribution+of+highly+pathogenic+avian+influenza+H5N1+risk+in+South+Asia+and+satellite+tracking+of+wild+waterfowl.">Flying over an infected landscape: distribution of highly pathogenic avian influenza H5N1 risk in South Asia and satellite tracking of wild waterfowl.</a> Ecohealth. , (2010).</li></ol>

De methode van een snelle diagnose hier gepresenteerde maakt tijd-efficiënte en nauwkeurige testen van wilde vogels monsters voor bewaking van de AIV. De veel minder strenge exemplaar opslag eisen van draagbare RRT-PCR zijn geschikt voor het op afstand situaties waarin het onderhoud van een &#39;cold chain&#39; kan onpraktisch als vloeibare stikstof verladers of droog ijs is niet beschikbaar. Daarnaast vonden we dat monster-analyse met gevriesdroogde reagentia was eenvoudig genoeg om te worden uitgevoerd door veldbiolo...

<table border="1"><tbody><tr><th> Naam van het serum </th><th> Vennootschap </th><th> Catalogus Nummer </th><th> Commentaar (optioneel) </th></tr><tr><td> RNeasy mini spin-kolom </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Inbegrepen in RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> Collectie tubes (1,5 en 2 ml) </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Inbegrepen in RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> Buffer RLT </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Inbegrepen in RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> Buffer RW1 </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Inbegrepen in RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> Buffer RPE </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Inbegrepen in RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> RNase-vrij water </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Inbegrepen in RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> 14,3 M β-mercapto-ethanol-oplossing </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP176100 </td><td></td></tr><tr><td> 100% ethanol </td><td> Fisher Scientific </td><td> NC9602322 </td><td></td></tr><tr><td> Vortex Genie 2, 120V </td><td> Wetenschappelijke Industries </td><td> SI-0236 </td><td></td></tr><tr><td> Taqman Influenza A Target 1 (Hydrolyse Probe) </td><td> Idaho Technologies </td><td> Asay-ASY-0109 </td><td></td></tr><tr><td> LightCycler 20ml capillairen </td><td> Roche Applied Science </td><td> 04929292001 </td><td></td></tr><tr><td> Micro-centrifuge met rotator voor 2 ml buizen </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Inbegrepen in RAPID kit </td></tr><tr><td> Ruggedized Geavanceerd Pathogeen Identification Device (RAPID) 7200 </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Inbegrepen in RAPID kit </td></tr><tr><td> Pentium-laptop met Windows XP Professional </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Inbegrepen in RAPID kit </td></tr><tr><td> LightCycler data analyse software </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Inbegrepen in RAPID kit </td></tr></tbody></table>

rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field

Wilde vogels zijn betrokken bij de verspreiding van hoogpathogene aviaire influenza (HPAI) van het H5N1 subtype, wordt gevraagd het toezicht langs trekkende vliegroutes. Bemonstering van wilde vogels voor aviaire influenza virus (AIV) is vaak uitgevoerd in afgelegen gebieden, maar de resultaten zijn vaak vertraagd vanwege de noodzaak om monsters te vervoeren naar een laboratorium ingericht voor moleculaire testen. Real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RRT-PCR) is een moleculaire techniek die een van de meest nauwkeurige en gevoelige methoden voor de diagnose van AIV biedt. De eerder strenge laboratorium protocollen die nodig is voor RRT-PCR worden nu aangepast voor het veld. Ontwikkeling van gevriesdroogd (gelyofiliseerd) reagentia die geen &#39;cold chain&#39;, met gevoeligheid bij het niveau van de natte reagentia heeft gebracht on-site testen op afstand tot een praktisch doel. Hier presenteren we een methode voor de snelle diagnose van de AIV bij wilde vogels met behulp van een RRT-PCR-eenheid (Ruggedized Uitgebreid Pathogeen Identification Device of RAPID, Idaho Technologies, Salt Lake City, UT) dat gevriesdroogd reagentia werken (Influenza A Target een Taqman; Asay -ASY-0109, Idaho Technologies). De reagentia bevatten alle noodzakelijke componenten voor het testen op geschikte concentraties in een enkele buis: primers, probes, enzymen, buffers en interne positieve controles, waardoor fouten in verband met onjuiste opslag of overslag van natte reagentia. De draagbare eenheid voert een scherm voor het Influenza A door zich te richten de matrix-gen en levert resultaten binnen 2-3 uur. Genetische subtypering is ook mogelijk met H5 en H7 primer sets die gericht zijn op de hemagglutinine-gen. Het systeem is geschikt voor gebruik op cloaca-en orofaryngeale monsters van wilde vogels, zoals hier gedemonstreerd op de trekkende shorebird soort, de westelijke oeverloper (Calidrus Mauri), gevangen in Noord-Californië. Dieren omgaan gevolgd protocollen zijn goedgekeurd door de Animal Care en gebruik Comite van de US Geological Survey West-Ecologisch Research Center en maakt van de US Geological Survey Bird Banding Laboratory. Het belangrijkste voordeel van deze techniek is te versnellen diagnose van wilde vogels, het vergroten van de kans op een uitbraak op een externe locatie. On-site diagnose zou ook nuttig voor het identificeren en bestuderen van geïnfecteerde individuen in wilde populaties. De mogelijkheid om informatie op de host biologie (immunologische en fysiologische reactie op infectie) en ruimtelijke ecologie (trek de prestaties van geïnfecteerde vogels) te verzamelen geeft inzicht in de mate waarin de wilde vogels kan fungeren als vectoren voor AIV over lange afstanden.

Watch this Scientific Journal Video about Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field at JoVE.com

Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field

Deze studie beschrijft diagnose van aviaire influenza bij wilde vogels met behulp van een draagbare RRT-PCR-systeem. De methode maakt gebruik van gevriesdroogde reagentia om het scherm wilde vogels in een niet-laboratorium setting, typisch voor een uitbraak scenario. Het gebruik van moleculaire technieken biedt nauwkeurige en gevoelige alternatieven voor een snelle diagnose.

Een snelle diagnose van aviaire influenza virus bij wilde vogels: Het gebruik van een Portable RRT-PCR en gevriesdroogd reagentia in het veld

Wild birds have been implicated in the spread of highly pathogenic avian influenza (HPAI) of the H5N1 subtype, prompting surveillance along migratory ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Met behulp van Bioluminescent Imaging naar Synergie Onderzoek Between Streptococcus pneumoniae En influenza A-virus bij jonge muizen

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

Avian Influenza Surveillance with FTA  Cards: Field Methods, Biosafety, and Transportation Issues Solved

Aviaire Influenza Surveillance met FTA Kaarten: Field Methods, bioveiligheid, en transport problemen opgelost

Avian Influenza Viruses (AIVs) infect many mammals, including humans1. These AIVs are diverse in their natural hosts, harboring almost all possible viral ...

Microwave Assisted Rapid Diagnosis of Plant Virus Diseases by Transmission Electron Microscopy

Magnetron Assisted snelle diagnose van Plant virusziekten bij Transmissie Elektronen Microscopie

Investigations of ultrastructural changes induced by viruses are often necessary to clearly identify viral diseases in plants. With conventional sample ...

Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs

Influenza Virus Voortplanting in bevruchte kippeneieren

Influenza infection is associated with about 36,000 deaths and more than 200,000 hospitalizations every year in the United States. The continuous ...

Co-immunoprecipitation of the Mouse Mx1 Protein with the Influenza A Virus Nucleoprotein

Co-immunoprecipitatie van de Muis Mx1 eiwit met het influenza A-virus nucleoprotein

Studying the interaction between proteins is key in understanding their function(s). A very powerful method that is frequently used to study interactions ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

Nasale Doekjes voor het influenza A-virus detectie en isolatie van Varkens

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

Neutrophil Isolation and Analysis to Determine their Role in Lymphoma Cell Sensitivity to Therapeutic Agents

Neutrofielen Isolatie en analyse van hun rol in de Lymphoma Cell Gevoeligheid voor therapeutische middelen te bepalen

Neutrophils are the most abundant (40% to 75%) type of white blood cells and among the first inflammatory cells to migrate towards the site of ...

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Demontage van influenza A-virus capsiden door gradiëntcentrifugatie

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy

Evaluatie van de effectiviteit en toxiciteit van RNA&#39;s Targeting HIV-1 productie voor gebruik in Gene of Drug Therapy

Small RNA therapies targeting post-integration steps in the HIV-1 replication cycle are among the top candidates for gene therapy and have the potential ...

Influenza A Virus Studies in a Mouse Model of Infection

Influenza-A Virus Studies in een muismodel van infectie

Influenza viruses cause over 500,000 deaths worldwide1 and are associated with an annual cost of 12 - 14 billion USD in the United States alone ...