Name: rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field
Uploaded: 2011-08-02T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field at JoVE.com

אנו מבקשים להודות מ משרתים ור קריספ איידהו טכנולוגיות תמיכה טכנית המערבי USGS מרכז אקולוגי מחקר למימון (ס Schwarzbach) וסיוע (ק Spragens, ט &#39;גרהם). מחקר זה נערך תחת חסותו של המרכז לטכנולוגיה חדשנית - המכון לחקר הביטחון לביטחון פנים (www.idhs.org), תמיכה של משרד ההגנה ואת חיל האוויר במעבדת המחקר. טיפול בבעלי חיים בעקבות הפרוטוקולים שאושרו על ידי טיפול בבעלי חיים ועדת שימוש הגיאולוגי בארה&quot;ב סקר המערבי מרכז מחקר אקולוגי והיתרים של בירד בארה&quot;ב סקר גיאולוגי banding מעבדה. כל שימוש בשמות המסחר, מוצר או חברה בפרסום זה נועד למטרות תיאורי בלבד, אינה מעידה על אישור על ידי ממשלת ארה&quot;ב.

1. ציפור ללכוד Wild באמצעות רשתות ערפל <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> עבור ללכוד shorebird, להקים רשתות ערפל באתר ליקוט פעיל כגון ביצה, קו החוף, או בוץ שטוח. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> קו שקופיות מכמורת לולאות בקצה אחד של הרשת ערפל סביב הקוטב והכנס מוט אנכי?...

<ol>
	<li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+real-time+reverse+transcriptase+PCR+assay+for+type+A+influenza+virus+and+the+avian+H5+and+H7+hemagglutinin+subtypes.">Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes.</a> J Clin Microbiol. 40, 3256-3260 (2002).</li><li>Takekawa, J. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field+detection+of+avian+influenza+virus+in+wild+birds:+evaluation+of+a+portable+rRT-PCR+system+and+freeze-dried+reagents.">Field detection of avian influenza virus in wild birds: evaluation of a portable rRT-PCR system and freeze-dried reagents.</a> J Virol Methods. 166, 92-97 (2010).</li><li>Das, A., Spackman, E., Senne, D., Pedersen, J., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+internal+positive+control+for+rapid+diagnosis+of+avian+influenza+virus+infections+by+real-time+reverse+transcription-PCR+with+lyophilized+reagents.">Development of an internal positive control for rapid diagnosis of avian influenza virus infections by real-time reverse transcription-PCR with lyophilized reagents.</a> J Clin Microbiol. 44, 3065-3073 (2006).</li><li>Spackman, E., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Avian+influenza+virus+RNA+extraction+from+tissue+and+swab+material.">Avian influenza virus RNA extraction from tissue and swab material.</a> Methods Mol Biol. 436, 13-18 (2008).</li><li>Chen, R., Holmes, E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequent+inter-species+transmission+and+geographic+subdivision+in+avian+influenza+viruses+from+wild+birds.+Virology.">Frequent inter-species transmission and geographic subdivision in avian influenza viruses from wild birds. Virology.</a> , 383-3156 (2009).</li><li>Macken, C. A., Webby, R. J., Bruno, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotype+turnover+by+reassortment+of+replication+complex+genes+from+avian+influenza+A+virus.">Genotype turnover by reassortment of replication complex genes from avian influenza A virus.</a> J Gen Virol. 87, 2803-2815 (2006).</li><li>Dugan, V. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolutionary+genetics+and+emergence+of+avian+influenza+viruses+in+wild+birds.">The evolutionary genetics and emergence of avian influenza viruses in wild birds.</a> PLoS Pathog.. 4, e1000076-e1000076 (2008).</li><li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analyses+of+type+A+influenza+genes+in+natural+reservoir+species+in+North+America+reveals+genetic+variation.">Phylogenetic analyses of type A influenza genes in natural reservoir species in North America reveals genetic variation.</a> Virus Res. 114, 89-100 (2005).</li><li>Pasick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+molecular+based+techniques+for+the+diagnosis+and+characterization+of+avian+influenza+virus+infections..">Advances in the molecular based techniques for the diagnosis and characterization of avian influenza virus infections..</a> Transbound Emerg Dis. 55, 329-338 (2008).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=OIE+Manual+of+diagnostics+tests+and+vaccines+for+terrestrial+animals+(mammals,+birds+and+bees).">OIE Manual of diagnostics tests and vaccines for terrestrial animals (mammals, birds and bees).</a> 1, 258-269 (2004).</li><li>Weber, T. P., Stilianakis, N. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecologic+immunology+of+avian+influenza+(H5N1)+in+migratory+birds.">Ecologic immunology of avian influenza (H5N1) in migratory birds.</a> Emerg. Infect. Dis. 13, 1139-1143 (2007).</li><li>Kim, J. -. K., Negovetich, N. J., Forrest, H. L., Webster, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ducks:+the+"Trojan+Horses"+of+H5N1+influenza.">Ducks: the "Trojan Horses" of H5N1 influenza.</a> Influenza and Other Respiratory Viruses. , 121-128 (2009).</li><li>Gilbert, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flying+over+an+infected+landscape:+distribution+of+highly+pathogenic+avian+influenza+H5N1+risk+in+South+Asia+and+satellite+tracking+of+wild+waterfowl.">Flying over an infected landscape: distribution of highly pathogenic avian influenza H5N1 risk in South Asia and satellite tracking of wild waterfowl.</a> Ecohealth. , (2010).</li></ol>

שיטת אבחון מהיר המוצג כאן מאפשר בדיקה זמן יעיל ומדויק של דגימות צפור פראית למעקב של AIV. אחסון הרבה פחות מחמירים הדגימה דרישות ניידים rRT-PCR מתאים למצבים מרוחקים שבהם תחזוקה של רשת קר עשוי להיות מעשי אם משלחים חנקן נוזלי או קרח יבש אינו זמין. בנוסף, מצאנו כי ניתוח דגימה עם...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> שם מגיב </th><th> חברה </th><th> מספר קטלוגי </th><th> הערות (אופציונלי) </th></tr><tr><td> טור RNeasy מיני ספין </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> כלול בערכה מיני RNeasy </td></tr><tr><td> אוסף צינורות (1.5 &amp; 2 מ&quot;ל) </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> כלול בערכה מיני RNeasy </td></tr><tr><td> מאגר RLT </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> כלול בערכה מיני RNeasy </td></tr><tr><td> מאגר RW1 </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> כלול בערכה מיני RNeasy </td></tr><tr><td> מאגר הרשתית </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> כלול בערכה מיני RNeasy </td></tr><tr><td> RNase ללא מים </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> כלול בערכה מיני RNeasy </td></tr><tr><td> 14.3 M β-mercaptoethanol פתרון </td><td> פישר סיינטיפיק </td><td> BP176100 </td><td></td></tr><tr><td> 100% אתנול </td><td> פישר סיינטיפיק </td><td> NC9602322 </td><td></td></tr><tr><td> וורטקס Genie 2, 120V </td><td> תעשיות מדע </td><td> Si-0236 </td><td></td></tr><tr><td> TaqMan שפעת יעד 1 (Probe הידרוליזה) </td><td> איידהו טכנולוגיות </td><td> ASAY-ASY-0109 </td><td></td></tr><tr><td> Lightcycler צינורות נימי 20ml </td><td> רוש ומדע יישומי </td><td> 04929292001 </td><td></td></tr><tr><td> מיקרו צנטריפוגות עם הכתף של 2 צינורות מ&quot;ל </td><td> איידהו טכנולוגיות </td><td></td><td> כלול בערכה RAPID </td></tr><tr><td> זיהוי Ruggedized מתקדם התקן הפתוגן (RAPID) 7200 </td><td> איידהו טכנולוגיות </td><td></td><td> כלול בערכה RAPID </td></tr><tr><td> פנטיום מבוססי מחשב נייד עם Windows XP Professional </td><td> איידהו טכנולוגיות </td><td></td><td> כלול בערכה RAPID </td></tr><tr><td> Lightcycler ניתוח נתונים תוכנה </td><td> איידהו טכנולוגיות </td><td></td><td> כלול בערכה RAPID </td></tr></tbody></table>

rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field

ציפורי בר היו מעורבים התפשטות שפעת העופות מאוד פתוגניים (HPAI) של תת סוג H5N1, שגרם מעקב לאורך flyways נודדות. דגימה של ציפורי בר וירוס שפעת העופות (AIV) מתנהל לעתים קרובות באזורים נידחים, אבל התוצאות הן לעתים קרובות מתעכב בשל הצורך להעביר דגימות למעבדה מצויד לבדיקה מולקולרית. בזמן אמת transcriptase הפוכה polymerase תגובת שרשרת (rRT-PCR) היא טכניקה מולקולרית המציע אחת השיטות המדויקות ביותר ורגישה לאבחון של AIV. פרוטוקולים המעבדה קפדנית בעבר הדרושים rRT-PCR כיום להיות מותאמים עבור השדה. פיתוח של חומרים כימיים מיובשים בהקפאה (lyophilized) שאינם דורשים שרשרת קר, עם רגישות ברמה של ריאגנטים רטוב הביא באתר בדיקות מרחוק מטרה מעשית. כאן אנו מציגים שיטה לאבחון מהיר של AIV בעופות בר באמצעות יחידת rRT-PCR (מכשיר מתקדם Ruggedized זיהוי הפתוגן או RAPID, איידהו טכנולוגיות, סולט לייק סיטי, יוטה) המעסיקה ריאגנטים lyophilized (1 שפעת יעד TaqMan; ASAY -ASY-0109, איידהו טכנולוגיות). ריאגנטים להכיל את כל המרכיבים הדרושים לצורך בדיקות בריכוזים המתאימים שפופרת אחת: primers, בדיקות, אנזימים, מאגרים בקרות פנימיות חיוביות, ביטול שגיאות הקשורות אחסון לא נכון או טיפול של ריאגנטים רטוב. יחידה ניידת מבצע מסך לשפעת על ידי מיקוד הגן מטריצה ​​והתשואות תוצאות 2-3 שעות. Subtyping גנטית אפשר גם עם פריימר H5 ו - H7 קובע כי היעד של הגן hemagglutinin. המערכת הוא מתאים לשימוש על דגימות ביוב ו הלוע התחתון שנאספו ציפורי בר, כפי שהודגם כאן על מינים נודדים shorebird, ביצנית המערבי (Calidrus mauri) כבשו בצפון קליפורניה. טיפול בבעלי חיים בעקבות הפרוטוקולים שאושרו על ידי טיפול בבעלי חיים ועדת שימוש הגיאולוגי בארה&quot;ב סקר המערבי מרכז מחקר אקולוגי והיתרים של בירד בארה&quot;ב סקר גיאולוגי banding מעבדה. היתרון העיקרי של טכניקה זו היא לזרז את האבחון של ציפורי בר, ​​להגדיל את הסיכויים של המכיל התפרצות במיקום מרוחק. באתר אבחנה גם להיות שימושי עבור זיהוי לומדים אנשים נגועים באוכלוסיות הבר. ההזדמנות לאסוף מידע על הביולוגיה מארח (בתגובה החיסונית לזיהום פיזיולוגיים) ואקולוגיה מרחבית (ביצועים הנדידה של עופות נגועים) יספק תובנות המידה שבה ציפורי בר יכולים לשמש וקטורים עבור AIV על פני מרחקים ארוכים.

Watch this Scientific Journal Video about Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field at JoVE.com

Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field

מחקר זה מתאר את האבחנה של שפעת העופות בעופות בר באמצעות מערכת ניידת rRT-PCR. השיטה מנצלת מיובשים בהקפאה ריאגנטים למסך ציפורי בר בסביבה הלא במעבדה, תרחיש טיפוסי של התפרצות. שימוש בכלים מולקולריים מספק חלופות מדויק ורגיש לאבחון מהיר.

אבחון מהיר של וירוס שפעת העופות בעופות בר: שימוש ניידים rRT-PCR ו מיובשים בהקפאה ריאגנטים בתחום

Wild birds have been implicated in the spread of highly pathogenic avian influenza (HPAI) of the H5N1 subtype, prompting surveillance along migratory ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

באמצעות הדמיה Bioluminescent לחקור סינרגיזם בין Streptococcus pneumoniae ו שפעת וירוס עכברים תינוקות

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

Avian Influenza Surveillance with FTA  Cards: Field Methods, Biosafety, and Transportation Issues Solved

מעקבים שפעת העופות FTA עם כרטיסי: שיטות שדה, biosafety, וסוגיות התחבורה נפתר

Avian Influenza Viruses (AIVs) infect many mammals, including humans1. These AIVs are diverse in their natural hosts, harboring almost all possible viral ...

Microwave Assisted Rapid Diagnosis of Plant Virus Diseases by Transmission Electron Microscopy

מיקרוגל Assisted אבחון מהיר של מחל וירוס צמח על ידי מיקרוסקופי אלקטרוני הילוכים

Investigations of ultrastructural changes induced by viruses are often necessary to clearly identify viral diseases in plants. With conventional sample ...

Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs

רביה וירוס השפעת בembryonated עוף ביצים

Influenza infection is associated with about 36,000 deaths and more than 200,000 hospitalizations every year in the United States. The continuous ...

Co-immunoprecipitation of the Mouse Mx1 Protein with the Influenza A Virus Nucleoprotein

שיתוף immunoprecipitation של חלבון העכבר MX1 עם nucleoprotein וירוס השפעת

Studying the interaction between proteins is key in understanding their function(s). A very powerful method that is frequently used to study interactions ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

האף מגבונים לשפעת זיהוי וירוסים ובידוד מחזירים

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

Neutrophil Isolation and Analysis to Determine their Role in Lymphoma Cell Sensitivity to Therapeutic Agents

בידוד נויטרופילים וניתוח כדי לקבוע את תפקידם רגישות תאים לימפומה לסוכנים טיפוליים

Neutrophils are the most abundant (40% to 75%) type of white blood cells and among the first inflammatory cells to migrate towards the site of ...

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

במבחנה פירוק של וירוס שפעת capsids ידי צנטריפוגה שיפוע

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy

הערכת היעילות והרעילות של RNAs מיקוד ייצור HIV-1 לשימוש ב ג&#39;ין או טיפול תרופתי

Small RNA therapies targeting post-integration steps in the HIV-1 replication cycle are among the top candidates for gene therapy and have the potential ...

Influenza A Virus Studies in a Mouse Model of Infection

מחקרים וירוס שפעת A במודל של עכברים של זיהום

Influenza viruses cause over 500,000 deaths worldwide1 and are associated with an annual cost of 12 - 14 billion USD in the United States alone ...