Name: rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field
Uploaded: 2011-08-02T12:00:00
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हम तकनीकी सहायता और धन (एस Schwarzbach) और सहायता (के. Spragens, टी. ग्राहम) के लिए USGS पश्चिमी पर्यावरण रिसर्च सेंटर के लिए एम. Scullion और इडाहो टेक्नोलॉजीज आर कुरकुरा धन्यवाद. रक्षा और मातृभूमि सुरक्षा (www.idhs.org) के लिए रक्षा विभाग और वायु सेना अनुसंधान प्रयोगशाला के समर्थन में संस्थान इस शोध अभिनव प्रौद्योगिकी के लिए केंद्र के तत्वावधान में किया गया था. पशु हैंडलिंग पशु देखभाल और अमेरिकी भूवैज्ञानिक सर्वेक्षण पश्चिमी पारिस्थितिक रिसर्च सेंटर और अमेरिकी भूवैज्ञानिक सर्वेक्षण प्रयोगशाला बैंडिंग बर्ड के परमिट का प्रयोग समिति द्वारा अनुमोदित प्रोटोकॉल का पालन किया. इस प्रकाशन में व्यापार, उत्पाद या फर्म के नाम का कोई भी उपयोग वर्णनात्मक प्रयोजनों के लिए ही है और अमेरिकी सरकार द्वारा बेचान संकेत नहीं है.

1. जंगली पक्षी धुंध नेट का उपयोग कर कब्जा <ol><li> Shorebird पर कब्जा के लिए, एक दलदल, shoreline, या फ्लैट कीचड़ के रूप में एक सक्रिय foraging साइट पर धुंध जाल सेट. </li><li> स्लाइड जाला लाइन पोल के चारों ओर धुंध शुद्ध के एक छोर की loops और प?...

<ol>
	<li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+real-time+reverse+transcriptase+PCR+assay+for+type+A+influenza+virus+and+the+avian+H5+and+H7+hemagglutinin+subtypes.">Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes.</a> J Clin Microbiol. 40, 3256-3260 (2002).</li><li>Takekawa, J. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field+detection+of+avian+influenza+virus+in+wild+birds:+evaluation+of+a+portable+rRT-PCR+system+and+freeze-dried+reagents.">Field detection of avian influenza virus in wild birds: evaluation of a portable rRT-PCR system and freeze-dried reagents.</a> J Virol Methods. 166, 92-97 (2010).</li><li>Das, A., Spackman, E., Senne, D., Pedersen, J., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+internal+positive+control+for+rapid+diagnosis+of+avian+influenza+virus+infections+by+real-time+reverse+transcription-PCR+with+lyophilized+reagents.">Development of an internal positive control for rapid diagnosis of avian influenza virus infections by real-time reverse transcription-PCR with lyophilized reagents.</a> J Clin Microbiol. 44, 3065-3073 (2006).</li><li>Spackman, E., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Avian+influenza+virus+RNA+extraction+from+tissue+and+swab+material.">Avian influenza virus RNA extraction from tissue and swab material.</a> Methods Mol Biol. 436, 13-18 (2008).</li><li>Chen, R., Holmes, E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequent+inter-species+transmission+and+geographic+subdivision+in+avian+influenza+viruses+from+wild+birds.+Virology.">Frequent inter-species transmission and geographic subdivision in avian influenza viruses from wild birds. Virology.</a> , 383-3156 (2009).</li><li>Macken, C. A., Webby, R. J., Bruno, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotype+turnover+by+reassortment+of+replication+complex+genes+from+avian+influenza+A+virus.">Genotype turnover by reassortment of replication complex genes from avian influenza A virus.</a> J Gen Virol. 87, 2803-2815 (2006).</li><li>Dugan, V. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolutionary+genetics+and+emergence+of+avian+influenza+viruses+in+wild+birds.">The evolutionary genetics and emergence of avian influenza viruses in wild birds.</a> PLoS Pathog.. 4, e1000076-e1000076 (2008).</li><li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analyses+of+type+A+influenza+genes+in+natural+reservoir+species+in+North+America+reveals+genetic+variation.">Phylogenetic analyses of type A influenza genes in natural reservoir species in North America reveals genetic variation.</a> Virus Res. 114, 89-100 (2005).</li><li>Pasick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+molecular+based+techniques+for+the+diagnosis+and+characterization+of+avian+influenza+virus+infections..">Advances in the molecular based techniques for the diagnosis and characterization of avian influenza virus infections..</a> Transbound Emerg Dis. 55, 329-338 (2008).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=OIE+Manual+of+diagnostics+tests+and+vaccines+for+terrestrial+animals+(mammals,+birds+and+bees).">OIE Manual of diagnostics tests and vaccines for terrestrial animals (mammals, birds and bees).</a> 1, 258-269 (2004).</li><li>Weber, T. P., Stilianakis, N. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecologic+immunology+of+avian+influenza+(H5N1)+in+migratory+birds.">Ecologic immunology of avian influenza (H5N1) in migratory birds.</a> Emerg. Infect. Dis. 13, 1139-1143 (2007).</li><li>Kim, J. -. K., Negovetich, N. J., Forrest, H. L., Webster, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ducks:+the+"Trojan+Horses"+of+H5N1+influenza.">Ducks: the "Trojan Horses" of H5N1 influenza.</a> Influenza and Other Respiratory Viruses. , 121-128 (2009).</li><li>Gilbert, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flying+over+an+infected+landscape:+distribution+of+highly+pathogenic+avian+influenza+H5N1+risk+in+South+Asia+and+satellite+tracking+of+wild+waterfowl.">Flying over an infected landscape: distribution of highly pathogenic avian influenza H5N1 risk in South Asia and satellite tracking of wild waterfowl.</a> Ecohealth. , (2010).</li></ol>

तेजी से निदान यहाँ प्रस्तुत की विधि AIV की निगरानी के लिए जंगली पक्षियों के नमूने के समय कुशल और सटीक परीक्षण की सुविधा. पोर्टेबल आर आर टी - पीसीआर के बहुत कम कड़े नमूना भंडारण आवश्यकताओं दूरस्थ स्थितियो?...

<table border="1"><tbody><tr><th> अभिकर्मक के नाम </th><th> कंपनी </th><th> सूचीपत्र संख्या </th><th> टिप्पणियां (वैकल्पिक) </th></tr><tr><td> RNeasy मिनी स्पिन स्तंभ </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> RNeasy मिनी किट में शामिल </td></tr><tr><td> संग्रह ट्यूबों (1.5 &amp; 2 एमएल) </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> RNeasy मिनी किट में शामिल </td></tr><tr><td> बफर RLT </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> RNeasy मिनी किट में शामिल </td></tr><tr><td> बफर RW1 </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> RNeasy मिनी किट में शामिल </td></tr><tr><td> बफर RPE </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> RNeasy मिनी किट में शामिल </td></tr><tr><td> RNase - मुक्त पानी </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> RNeasy मिनी किट में शामिल </td></tr><tr><td> 14.3 एम समाधान β-mercaptoethanol </td><td> फिशर साइंटिफिक </td><td> BP176100 </td><td></td></tr><tr><td> 100% इथेनॉल </td><td> फिशर साइंटिफिक </td><td> NC9602322 </td><td></td></tr><tr><td> भंवर 2 जिनी, 120V </td><td> वैज्ञानिक इंडस्ट्रीज </td><td> एसआई - 0236 </td><td></td></tr><tr><td> TaqMan इन्फ्लुएंजा एक 1 लक्ष्य (hydrolysis जांच) </td><td> इडाहो टेक्नोलॉजीज </td><td> ASAY - ASY-0109 </td><td></td></tr><tr><td> Lightcycler 20ml केशिका ट्यूब </td><td> Roche एप्लाइड साइंस </td><td> 04929292001 </td><td></td></tr><tr><td> 2 मिलीलीटर ट्यूबों के लिए अंग को घुमानेवाली पेशी के साथ माइक्रो - अपकेंद्रित्र </td><td> इडाहो टेक्नोलॉजीज </td><td></td><td> त्वरित किट में शामिल </td></tr><tr><td> Ruggedized उन्नत पैथोजन पहचान डिवाइस (त्वरित) 7200 </td><td> इडाहो टेक्नोलॉजीज </td><td></td><td> त्वरित किट में शामिल </td></tr><tr><td> Windows XP Professional के साथ Pentium आधारित लैपटॉप </td><td> इडाहो टेक्नोलॉजीज </td><td></td><td> त्वरित किट में शामिल </td></tr><tr><td> Lightcycler डेटा विश्लेषण सॉफ्टवेयर </td><td> इडाहो टेक्नोलॉजीज </td><td></td><td> त्वरित किट में शामिल </td></tr></tbody></table>

rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field

Wild birds have been implicated in the spread of highly pathogenic avian influenza (HPAI) of the H5N1 subtype, prompting surveillance along migratory flyways. Sampling of wild birds for avian influenza virus (AIV) is often conducted in remote regions, but results are often delayed because of the need to transport samples to a laboratory equipped for molecular testing. Real-time reverse transcriptase polymerase chain reaction (rRT-PCR) is a molecular technique that offers one of the most accurate and sensitive methods for diagnosis of AIV. The previously strict lab protocols needed for rRT-PCR are now being adapted for the field. Development of freeze-dried (lyophilized) reagents that do not require cold chain, with sensitivity at the level of wet reagents has brought on-site remote testing to a practical goal.
Here we present a method for the rapid diagnosis of AIV in wild birds using an rRT-PCR unit (Ruggedized Advanced Pathogen Identification Device or RAPID, Idaho Technologies, Salt Lake City, UT) that employs lyophilized reagents (Influenza A Target 1 Taqman; ASAY-ASY-0109, Idaho Technologies). The reagents contain all of the necessary components for testing at appropriate concentrations in a single tube: primers, probes, enzymes, buffers and internal positive controls, eliminating errors associated with improper storage or handling of wet reagents. The portable unit performs a screen for Influenza A by targeting the matrix gene and yields results in 2-3 hours. Genetic subtyping is also possible with H5 and H7 primer sets that target the hemagglutinin gene.
The system is suitable for use on cloacal and oropharyngeal samples collected from wild birds, as demonstrated here on the migratory shorebird species, the western sandpiper (Calidrus mauri) captured in Northern California. Animal handling followed protocols approved by the Animal Care and Use Committee of the U.S. Geological Survey Western Ecological Research Center and permits of the U.S. Geological Survey Bird Banding Laboratory. The primary advantage of this technique is to expedite diagnosis of wild birds, increasing the chances of containing an outbreak in a remote location. On-site diagnosis would also prove useful for identifying and studying infected individuals in wild populations. The opportunity to collect information on host biology (immunological and physiological response to infection) and spatial ecology (migratory performance of infected birds) will provide insights into the extent to which wild birds can act as vectors for AIV over long distances.

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Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field

इस अध्ययन से एक पोर्टेबल प्रणाली है आर आर टी - पीसीआर का उपयोग जंगली पक्षियों में एवियन इन्फ्लूएंजा के निदान का वर्णन करता है. विधि फ्रीज सूखे अभिकर्मकों का लाभ लेता है एक गैर प्रयोगशाला सेटिंग में जंगली पक्षियों, एक प्रकोप परिदृश्य की विशिष्ट स्क्रीन. आणविक उपकरणों का प्रयोग तेजी से निदान के लिए सटीक और संवेदनशील विकल्प प्रदान करता है.

जंगली पक्षियों में एवियन इन्फ्लुएंजा वायरस के रैपिड निदान: एक पोर्टेबल आर आर टी - पीसीआर और फील्ड में रुक - सूखे अभिकर्मकों का उपयोग

Wild birds have been implicated in the spread of highly pathogenic avian influenza (HPAI) of the H5N1 subtype, prompting surveillance along migratory ...

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