Name: rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field
Uploaded: 2011-08-02T12:00:00
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우리는 기술 지원과 자금 조달 (S. Schwarzbach 호텔) 및 지원 (K. Spragens, T. 그레이엄)의 USGS 서부 생태 연구 센터 M. 비천한 사람과 아이다호 기술의 R. 크리 스프 감사하고 싶습니다. 국방부와 공군 연구소의학과 지원 국방 및 국토 안보부 (www.idhs.org) 연구소 - 본 연구는 혁신적인 기술을위한 센터의 후원하에 수행되었다. 동물 처리는 미국 지질 조사국 서양 생태 연구 센터와 연구소를 Banding 미국 지질 조사국 버드의 허가의 동물 케어 및 사용위원회의 승인 절차를 따랐다. 이 간행물의 무역, 제품 또는 회사 이름의 사용은 설명용으로만 사용되며, 미국 정부에 의해 승인을 의미하지는 않습니다.

1. 미스트 그물을 사용하여 야생 조류 캡처 <ol><li> 쇼어 버드 캡처 들어, 마시, ​​해안, 또는 머드 플랫과 같은 적극적인 식량 약탈을 배워 현장에서 미스트 그물을 설정합니다. </li><li> 슬라이드 트레멀 라인 극 주변 미스트 그물의 한쪽 끝을의 루프와 진흙으로 수직 막대기를 삽입합니다. </li><li> NET을 당겨 미스트 네트의 다른 끝에 트레멀 루프를 통해 초 장대를 삽입하고 수직으로 트레멀 라?...

<ol>
	<li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+real-time+reverse+transcriptase+PCR+assay+for+type+A+influenza+virus+and+the+avian+H5+and+H7+hemagglutinin+subtypes.">Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes.</a> J Clin Microbiol. 40, 3256-3260 (2002).</li><li>Takekawa, J. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field+detection+of+avian+influenza+virus+in+wild+birds:+evaluation+of+a+portable+rRT-PCR+system+and+freeze-dried+reagents.">Field detection of avian influenza virus in wild birds: evaluation of a portable rRT-PCR system and freeze-dried reagents.</a> J Virol Methods. 166, 92-97 (2010).</li><li>Das, A., Spackman, E., Senne, D., Pedersen, J., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+internal+positive+control+for+rapid+diagnosis+of+avian+influenza+virus+infections+by+real-time+reverse+transcription-PCR+with+lyophilized+reagents.">Development of an internal positive control for rapid diagnosis of avian influenza virus infections by real-time reverse transcription-PCR with lyophilized reagents.</a> J Clin Microbiol. 44, 3065-3073 (2006).</li><li>Spackman, E., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Avian+influenza+virus+RNA+extraction+from+tissue+and+swab+material.">Avian influenza virus RNA extraction from tissue and swab material.</a> Methods Mol Biol. 436, 13-18 (2008).</li><li>Chen, R., Holmes, E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequent+inter-species+transmission+and+geographic+subdivision+in+avian+influenza+viruses+from+wild+birds.+Virology.">Frequent inter-species transmission and geographic subdivision in avian influenza viruses from wild birds. Virology.</a> , 383-3156 (2009).</li><li>Macken, C. A., Webby, R. J., Bruno, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotype+turnover+by+reassortment+of+replication+complex+genes+from+avian+influenza+A+virus.">Genotype turnover by reassortment of replication complex genes from avian influenza A virus.</a> J Gen Virol. 87, 2803-2815 (2006).</li><li>Dugan, V. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolutionary+genetics+and+emergence+of+avian+influenza+viruses+in+wild+birds.">The evolutionary genetics and emergence of avian influenza viruses in wild birds.</a> PLoS Pathog.. 4, e1000076-e1000076 (2008).</li><li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analyses+of+type+A+influenza+genes+in+natural+reservoir+species+in+North+America+reveals+genetic+variation.">Phylogenetic analyses of type A influenza genes in natural reservoir species in North America reveals genetic variation.</a> Virus Res. 114, 89-100 (2005).</li><li>Pasick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+molecular+based+techniques+for+the+diagnosis+and+characterization+of+avian+influenza+virus+infections..">Advances in the molecular based techniques for the diagnosis and characterization of avian influenza virus infections..</a> Transbound Emerg Dis. 55, 329-338 (2008).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=OIE+Manual+of+diagnostics+tests+and+vaccines+for+terrestrial+animals+(mammals,+birds+and+bees).">OIE Manual of diagnostics tests and vaccines for terrestrial animals (mammals, birds and bees).</a> 1, 258-269 (2004).</li><li>Weber, T. P., Stilianakis, N. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecologic+immunology+of+avian+influenza+(H5N1)+in+migratory+birds.">Ecologic immunology of avian influenza (H5N1) in migratory birds.</a> Emerg. Infect. Dis. 13, 1139-1143 (2007).</li><li>Kim, J. -. K., Negovetich, N. J., Forrest, H. L., Webster, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ducks:+the+"Trojan+Horses"+of+H5N1+influenza.">Ducks: the "Trojan Horses" of H5N1 influenza.</a> Influenza and Other Respiratory Viruses. , 121-128 (2009).</li><li>Gilbert, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flying+over+an+infected+landscape:+distribution+of+highly+pathogenic+avian+influenza+H5N1+risk+in+South+Asia+and+satellite+tracking+of+wild+waterfowl.">Flying over an infected landscape: distribution of highly pathogenic avian influenza H5N1 risk in South Asia and satellite tracking of wild waterfowl.</a> Ecohealth. , (2010).</li></ol>

여기에 제시 빠른 진단 방법은 AIV의 감시에 대한 야생 조류 샘플 시간 효과적이고 정확하게 테스트를 용이하게합니다. 휴대용 RRT - PCR의 훨씬 덜 엄격한 표본 스토리지 요구 사항은 액체 질소 화주 또는 드라이 아이스를 사용할 수없는 경우 감기 체인의 유지 보수가 허무 수 있습니다 원격 상황에 적합합니다. 또한, 우리는 실험실 기반의 분자 분석의 최소한의 지식과 현장 생물학 자에 의해 수행?...

<table border="1"><tbody><tr><th> 시약의 이름 </th><th> 회사 </th><th> 카탈로그 번호 </th><th> 댓글 (옵션) </th></tr><tr><td> RNeasy 미니 스핀 칼럼 </td><td> Qiagen </td><td> 74,106 </td><td> RNeasy 미니 키트에 포함된 </td></tr><tr><td> 컬렉션 튜브 (1.5 &amp; 2 ML) </td><td> Qiagen </td><td> 74,106 </td><td> RNeasy 미니 키트에 포함된 </td></tr><tr><td> 버퍼 RLT </td><td> Qiagen </td><td> 74,106 </td><td> RNeasy 미니 키트에 포함된 </td></tr><tr><td> 버퍼 RW1 </td><td> Qiagen </td><td> 74,106 </td><td> RNeasy 미니 키트에 포함된 </td></tr><tr><td> 버퍼 RPE </td><td> Qiagen </td><td> 74,106 </td><td> RNeasy 미니 키트에 포함된 </td></tr><tr><td> RNase없는 물 </td><td> Qiagen </td><td> 74,106 </td><td> RNeasy 미니 키트에 포함된 </td></tr><tr><td> 14.3 M β - 메르 캅 토 에탄올 솔루션 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> BP176100 </td><td></td></tr><tr><td> 100 % 에탄올 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> NC9602322 </td><td></td></tr><tr><td> 와동 지니 2, 120V </td><td> 과학 산업 </td><td> SI - 0236 </td><td></td></tr><tr><td> Taqman 인플루엔자 대상 1 (가수 분해 프로브) </td><td> 아이다호 기술 </td><td> ASAY - ASY - 0109 </td><td></td></tr><tr><td> Lightcycler 20ml 모세관 튜브 </td><td> 로체 응용 과학 </td><td> 04929292001 </td><td></td></tr><tr><td> 2 ML 튜브에 대한 회전과 함께 마이크로 원심 분리기 </td><td> 아이다호 기술 </td><td></td><td> 빠른 키트에 포함된 </td></tr><tr><td> Ruggedized 고급 병원체 식별 장치 (빠른) 7,200 </td><td> 아이다호 기술 </td><td></td><td> 빠른 키트에 포함된 </td></tr><tr><td> Windows XP Professional과 펜티엄 기반의 노트북 </td><td> 아이다호 기술 </td><td></td><td> 빠른 키트에 포함된 </td></tr><tr><td> Lightcycler 데이터 분석 소프트웨어 </td><td> 아이다호 기술 </td><td></td><td> 빠른 키트에 포함된 </td></tr></tbody></table>

rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field

야생 조류는 철새 flyways 따라 감시를하라는, H5N1 subtype의 고도 병원성 조류 독감 (HPAI)의 확산에 연루되었습니다. 조류 독감 바이러스에 대한 야생 조류 (AIV)의 샘플링은 종종 원격 지역에서 실시하지만, 결과는 종종 있기 때문에 분자 테스트 갖춘 실험실에 샘플을 수송하기 위해 필요 지연됩니다. 실시간 역방향 transcriptase 효소의 연쇄 반응 (RRT - PCR)은 AIV의 진단을위한 가장 정확하고 민감한 방법 중 하나를 제공하는 분자 기법입니다. RRT - PCR에 필요한 이전에 엄격한 실험실 프로토콜 이제 필드에 적응하고 있습니다. 서부 유럽 표준시 시약의 수준에서 감도로, 감기에 사슬을 요구하지 않습니다 (동결 건조된) 동결 건조 시약의 개발은 현장에게 실질적인 목표에 원격 테스트를 가져왔습니다. 여기 우리는 동결 건조된 시약을 고용 RRT - PCR 장치 (Ruggedized 고급 병원체 식별 장치 또는 신속한, 아이다호 기술, 솔트 레이크 시티, UT) (인플루엔자 대상 1 Taqman를 사용하여 야생 조류의 AIV의 신속한 진단을위한 방법을 제시, ASAY을 - ASY - 0109, 아이다호 기술). 시약은 단일 튜브 적절한 농도에서 테스트에 필요한 모든 구성 요소를 포함 : primers, 프로브, 효소, 버퍼 내부 긍정적인 컨트롤, 부적 절한 보관 또는 서부 유럽 표준시 시약의 처리와 관련된 오류를 제거합니다. 휴대용 단위는 매트릭스 유전자 후 2-3 시간 후에 산출 결과를 대상으로 인플루엔자에 대한 화면을 수행합니다. 유전자 subtyping은 H5와 H7 프라이머와 함께도 가능합니다되는 대상에게 적혈구응집소 유전자를 설정합니다. 시스템은 철새 쇼어 버드 종의 자리에 시연 등 야생 조류에서 수집 cloacal와 oropharyngeal 샘플에 사용, 북부 캘리포니아에서 캡처한 서부 샌드피퍼 (Calidrus mauri). 적합합니다 동물 처리는 미국 지질 조사국 서양 생태 연구 센터와 연구소를 Banding 미국 지질 조사국 버드의 허가의 동물 케어 및 사용위원회의 승인 절차를 따랐다. 이 기술의 주요 장점은 원격 위치에 확산을 포함하는의 기회를 증가, 야생 조류의 진단을 신속하게하는 것입니다. 현장 진단은 또한 야생 인구에 감염된 개인을 식별하고 공부에 대한 유용합니다. 호스트 생물학 (감염 면역 및 생리 반응)과 공간적 생태 (감염된 조류의 철새 실적)에 대한 정보를 수집하는 기회는 야생 조류가 장거리 AIV에 대한 벡터 역할을 수있는 범위에 대한 통찰력을 제공할 것입니다.

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Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field

이 연구는 휴대용 RRT - PCR 시스템을 사용 야생 조류에서 조류 독감의 진단을 설명합니다. 방법은 확산 시나리오의 전형이 아닌 실험실 환경에서 야생 조류를 화면에 냉동 건조 시약을 활용합니다. 분자 도구의 사용은 신속한 진단을 위해 정확하고 민감한 대안을 제공합니다.

야생 조류에서 조류 독감 바이러스의 신속한 진단 : 현장에서 휴대용 RRT - PCR 및 정지 - 건조 시약의 사용

Wild birds have been implicated in the spread of highly pathogenic avian influenza (HPAI) of the H5N1 subtype, prompting surveillance along migratory ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

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사이 Synergism을 맡은 이후로 발광 생물 이미징을 사용하여 연쇄상 구균 pneumoniae</em유아 마우스에서>와 인플루엔자 바이러스

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

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조류 FTA 카드 인플루엔자 감시 : 필드 방법, Biosafety, 그리고 교통 문제 해결

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Investigations of ultrastructural changes induced by viruses are often necessary to clearly identify viral diseases in plants. With conventional sample ...

Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs

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Influenza infection is associated with about 36,000 deaths and more than 200,000 hospitalizations every year in the United States. The continuous ...

Co-immunoprecipitation of the Mouse Mx1 Protein with the Influenza A Virus Nucleoprotein

인플루엔자 A 바이러스의 핵 단백질과 마우스 MX1 단백질의 공동 면역 침전

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호중구의 분리 및 분석 치료제에 림프종 세포 감도에서 자신의 역할을 확인하는 방법

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In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

그라데이션 원심 분리에 의해 인플루엔자 A 바이러스 캡시드의 생체 외 분해에

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy

유전자 또는 약물 치료에 사용하기 위해 HIV-1 생산을 표적 RNA를의 효능 및 독성 평가

Small RNA therapies targeting post-integration steps in the HIV-1 replication cycle are among the top candidates for gene therapy and have the potential ...

Influenza A Virus Studies in a Mouse Model of Infection

감염 마우스 모델에서 인플루엔자 A 바이러스 연구

Influenza viruses cause over 500,000 deaths worldwide1 and are associated with an annual cost of 12 - 14 billion USD in the United States alone ...