Name: rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field
Uploaded: 2011-08-02T12:00:00
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Queremos agradecer Scullion M. e R. Crisp de Idaho Technologies para o suporte técnico eo USGS ocidental Centro de Pesquisa Ecológica de financiamento (S. Schwarzbach) e assistência (K. Spragens, T. Graham). Esta pesquisa foi realizada sob os auspícios do Centro para Inovação Tecnológica - Instituto de Defesa e Segurança Interna (www.idhs.org), em apoio ao Departamento de Defesa e Laboratório de Pesquisas da Força Aérea. Manuseio dos animais seguiu protocolos aprovados pelo Comitê Animal Care e Uso do Geological Survey Research Centro Oeste dos EUA e permite Ecológica do Pássaro Serviço Geológico dos EUA Banding Laboratory. Qualquer uso do comércio, produto ou empresa nomes nesta publicação é apenas para fins descritivos e não implica o endosso pelo governo dos EUA.

1. Captura de aves selvagens usando redes de neblina <ol><li> Para a captura de shorebird, configurar redes de neblina em um sítio ativo de forrageamento como um pântano, costa, ou lama plana. </li><li> Deslize linha de tresmalho loops de uma extremidade da rede de neblina em torno do pólo e inserir pole verticalmente em lama. </li><li> Estende a net, insira segundo pólo através de loops de tresmalho na outra extremidade da rede de neblina e verticalmente inserir pole em lama, certificando-se que as linhas de tre...

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	<li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+real-time+reverse+transcriptase+PCR+assay+for+type+A+influenza+virus+and+the+avian+H5+and+H7+hemagglutinin+subtypes.">Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes.</a> J Clin Microbiol. 40, 3256-3260 (2002).</li><li>Takekawa, J. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field+detection+of+avian+influenza+virus+in+wild+birds:+evaluation+of+a+portable+rRT-PCR+system+and+freeze-dried+reagents.">Field detection of avian influenza virus in wild birds: evaluation of a portable rRT-PCR system and freeze-dried reagents.</a> J Virol Methods. 166, 92-97 (2010).</li><li>Das, A., Spackman, E., Senne, D., Pedersen, J., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+internal+positive+control+for+rapid+diagnosis+of+avian+influenza+virus+infections+by+real-time+reverse+transcription-PCR+with+lyophilized+reagents.">Development of an internal positive control for rapid diagnosis of avian influenza virus infections by real-time reverse transcription-PCR with lyophilized reagents.</a> J Clin Microbiol. 44, 3065-3073 (2006).</li><li>Spackman, E., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Avian+influenza+virus+RNA+extraction+from+tissue+and+swab+material.">Avian influenza virus RNA extraction from tissue and swab material.</a> Methods Mol Biol. 436, 13-18 (2008).</li><li>Chen, R., Holmes, E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequent+inter-species+transmission+and+geographic+subdivision+in+avian+influenza+viruses+from+wild+birds.+Virology.">Frequent inter-species transmission and geographic subdivision in avian influenza viruses from wild birds. Virology.</a> , 383-3156 (2009).</li><li>Macken, C. A., Webby, R. J., Bruno, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotype+turnover+by+reassortment+of+replication+complex+genes+from+avian+influenza+A+virus.">Genotype turnover by reassortment of replication complex genes from avian influenza A virus.</a> J Gen Virol. 87, 2803-2815 (2006).</li><li>Dugan, V. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolutionary+genetics+and+emergence+of+avian+influenza+viruses+in+wild+birds.">The evolutionary genetics and emergence of avian influenza viruses in wild birds.</a> PLoS Pathog.. 4, e1000076-e1000076 (2008).</li><li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analyses+of+type+A+influenza+genes+in+natural+reservoir+species+in+North+America+reveals+genetic+variation.">Phylogenetic analyses of type A influenza genes in natural reservoir species in North America reveals genetic variation.</a> Virus Res. 114, 89-100 (2005).</li><li>Pasick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+molecular+based+techniques+for+the+diagnosis+and+characterization+of+avian+influenza+virus+infections..">Advances in the molecular based techniques for the diagnosis and characterization of avian influenza virus infections..</a> Transbound Emerg Dis. 55, 329-338 (2008).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=OIE+Manual+of+diagnostics+tests+and+vaccines+for+terrestrial+animals+(mammals,+birds+and+bees).">OIE Manual of diagnostics tests and vaccines for terrestrial animals (mammals, birds and bees).</a> 1, 258-269 (2004).</li><li>Weber, T. P., Stilianakis, N. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecologic+immunology+of+avian+influenza+(H5N1)+in+migratory+birds.">Ecologic immunology of avian influenza (H5N1) in migratory birds.</a> Emerg. Infect. Dis. 13, 1139-1143 (2007).</li><li>Kim, J. -. K., Negovetich, N. J., Forrest, H. L., Webster, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ducks:+the+"Trojan+Horses"+of+H5N1+influenza.">Ducks: the "Trojan Horses" of H5N1 influenza.</a> Influenza and Other Respiratory Viruses. , 121-128 (2009).</li><li>Gilbert, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flying+over+an+infected+landscape:+distribution+of+highly+pathogenic+avian+influenza+H5N1+risk+in+South+Asia+and+satellite+tracking+of+wild+waterfowl.">Flying over an infected landscape: distribution of highly pathogenic avian influenza H5N1 risk in South Asia and satellite tracking of wild waterfowl.</a> Ecohealth. , (2010).</li></ol>

O método de diagnóstico rápido aqui apresentados facilita os testes de tempo eficiente e preciso de amostras de aves selvagens para a vigilância de AIV. Os requisitos espécime muito menos rigorosas de armazenamento portátil de rRT-PCR são adequadas para situações remotas, onde a manutenção de uma cadeia de frio pode ser impraticável se carregadores de nitrogênio líquido ou gelo seco não está disponível. Além disso, descobrimos que a análise da amostra com os reagentes liofilizados foi suficientemente ...

<table border="1"><tbody><tr><th> Nome do reagente </th><th> Companhia </th><th> Número Catálogo </th><th> Comentários (opcional) </th></tr><tr><td> Coluna de spin RNeasy mini- </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Incluído no Kit Mini RNeasy </td></tr><tr><td> Tubos de coleta (1,5 e 2 mL) </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Incluído no Kit Mini RNeasy </td></tr><tr><td> Tampão RLT </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Incluído no Kit Mini RNeasy </td></tr><tr><td> Tampão RW1 </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Incluído no Kit Mini RNeasy </td></tr><tr><td> Tampão RPE </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Incluído no Kit Mini RNeasy </td></tr><tr><td> RNase água </td><td> Qiagen </td><td> 74106 </td><td> Incluído no Kit Mini RNeasy </td></tr><tr><td> 14,3 M de solução de β-mercaptoetanol </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP176100 </td><td></td></tr><tr><td> Etanol 100% </td><td> Fisher Scientific </td><td> NC9602322 </td><td></td></tr><tr><td> Vortex Genie 2, 120V </td><td> Scientific Industries </td><td> SI-0236 </td><td></td></tr><tr><td> Taqman Influenza A Meta 1 (Probe Hidrólise) </td><td> Idaho Technologies </td><td> Asay-ASY-0109 </td><td></td></tr><tr><td> LightCycler 20ml tubos capilares </td><td> Roche Applied Science </td><td> 04929292001 </td><td></td></tr><tr><td> Micro-centrífuga com rotor para tubos de 2 mL </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Incluído no kit RAPID </td></tr><tr><td> Dispositivo de Identificação Ruggedized avançada de patógenos (RAPID) 7200 </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Incluído no kit RAPID </td></tr><tr><td> Pentium laptop com Windows XP Professional </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Incluído no kit RAPID </td></tr><tr><td> LightCycler software de Análise de Dados </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Incluído no kit RAPID </td></tr></tbody></table>

rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field

Aves selvagens têm sido implicados na disseminação da Gripe aviária altamente patogénica (GAAP) do subtipo H5N1, o que levou a vigilância ao longo de rotas migratórias. Amostragem de aves selvagens para o vírus da gripe aviária (AIV) é muitas vezes realizado em regiões remotas, mas os resultados são muitas vezes adiada devido à necessidade de transportar amostras para um laboratório equipado para o teste molecular. Em tempo real da transcriptase reversa reação em cadeia da polimerase (PCR rRT-) é uma técnica molecular que oferece um dos métodos mais precisos e sensíveis para o diagnóstico de AIV. Os protocolos de laboratório anteriormente estritamente necessário para rRT-PCR estão sendo adaptados para o campo. Desenvolvimento de reagentes liofilizados (liofilizado) que não exigem cadeia de frio, com sensibilidade ao nível dos reagentes molhada trouxe o teste no local remoto a um objetivo prático. Aqui apresentamos um método para o diagnóstico rápido de AIV em aves selvagens usando uma unidade rRT-PCR (Dispositivo de Identificação Ruggedized avançada de patógenos ou RAPID, Idaho Technologies, Salt Lake City, UT), que emprega reagentes liofilizados (Influenza A Meta 1 Taqman; Asay ASY-0109-, Idaho Technologies). Os reagentes contêm todos os componentes necessários para o teste em concentrações adequadas, em um único tubo: primers, sondas, enzimas, amortecedores e controles positivos internos, eliminando erros associados com o armazenamento inadequado ou manuseio de reagentes molhado. A unidade portátil executa uma tela para Influenza A, visando o gene matriz e produz resultados em 2-3 horas. Subtipagem genética também é possível com primer H5 e H7 conjuntos que visam o gene hemaglutinina. O sistema é adequado para uso coletadas de aves selvagens, como demonstrado aqui sobre as espécies migratórias shorebird, o maçarico ocidental (Calidrus mauri) capturado no norte da Califórnia. Em amostras de cloaca e orofaringe Manuseio dos animais seguiu protocolos aprovados pelo Comitê Animal Care e Uso do Geological Survey Research Centro Oeste dos EUA e permite Ecológica do Pássaro Serviço Geológico dos EUA Banding Laboratory. A principal vantagem desta técnica é para agilizar o diagnóstico das aves selvagens, aumentando as chances de conter um surto em um local remoto. No local, o diagnóstico também ser útil para identificar e estudar os indivíduos infectados em populações selvagens. A oportunidade para coletar informações sobre a biologia do hospedeiro (resposta imunológica à infecção e fisiológicas) e ecologia espacial (performance migratória de aves infectadas) fornecerá insights sobre a medida em que as aves selvagens podem atuar como vetores para AIV a longas distâncias.

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Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field

Este estudo descreve o diagnóstico de influenza aviária em aves selvagens usando um sistema rRT-PCR portátil. O método aproveita liofilizadas reagentes para a tela aves selvagens em um ambiente não-laboratorial, típico de um cenário de surto. Uso de ferramentas moleculares oferece alternativas precisas e sensíveis para o diagnóstico rápido.

Diagnóstico rápido de vírus da gripe aviária em aves selvagens: o uso de um Portable rRT-PCR e liofilizados Reagentes no Campo

Wild birds have been implicated in the spread of highly pathogenic avian influenza (HPAI) of the H5N1 subtype, prompting surveillance along migratory ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Usando imagens Bioluminescent para Investigar sinergismo entre Streptococcus pneumoniae E Vírus da Influenza A em Ratos infantil

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

Imunologia e Infecção

Avian Influenza Surveillance with FTA  Cards: Field Methods, Biosafety, and Transportation Issues Solved

Vigilância da gripe aviária com FTA Cards: Métodos de campo, de Biossegurança, e questões de transporte Resolvido

Avian Influenza Viruses (AIVs) infect many mammals, including humans1. These AIVs are diverse in their natural hosts, harboring almost all possible viral ...

Microwave Assisted Rapid Diagnosis of Plant Virus Diseases by Transmission Electron Microscopy

Microondas Assistida Diagnóstico Rápido de Doenças vírus de planta por Microscopia Eletrônica de Transmissão

Investigations of ultrastructural changes induced by viruses are often necessary to clearly identify viral diseases in plants. With conventional sample ...

Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs

Propagação do vírus Influenza em ovos de galinha embrionados

Influenza infection is associated with about 36,000 deaths and more than 200,000 hospitalizations every year in the United States. The continuous ...

Co-immunoprecipitation of the Mouse Mx1 Protein with the Influenza A Virus Nucleoprotein

Co-imunoprecipitação da proteína do rato Mx1 com a nucleoproteína do vírus da gripe A

Studying the interaction between proteins is key in understanding their function(s). A very powerful method that is frequently used to study interactions ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

Nasal Wipes para Influenza A detecção de vírus e Isolamento de suínos

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

Neutrophil Isolation and Analysis to Determine their Role in Lymphoma Cell Sensitivity to Therapeutic Agents

Isolamento de neutrófilos e análise para determinar seu papel na linfoma sensibilidade das células a agentes terapêuticos

Neutrophils are the most abundant (40% to 75%) type of white blood cells and among the first inflammatory cells to migrate towards the site of ...

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro A desmontagem do vírus influenza A capsï¿½eos por centrifugação em gradiente

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy

Avaliação da eficácia e toxicidade de RNAs Segmentação HIV-1 Produção para uso em Gene ou Quimioterapia

Small RNA therapies targeting post-integration steps in the HIV-1 replication cycle are among the top candidates for gene therapy and have the potential ...

Influenza A Virus Studies in a Mouse Model of Infection

Estudos do Vírus Influenza A em um Modelo de Infecção de Camundongos

Influenza viruses cause over 500,000 deaths worldwide1 and are associated with an annual cost of 12 - 14 billion USD in the United States alone ...