Name: rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field
Uploaded: 2011-08-02T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field at JoVE.com

Vi vill tacka M. KÖKSPOJKE och R. Skarp i Idaho Teknik för teknisk support och USGS västra Ecological Research Center för finansiering (S. Schwarzbach) och bistånd (K. Spragens, T. Graham). Denna forskning utfördes inom ramen för Centrum för innovativ teknik - Institutet för försvaret och Homeland Security (www.idhs.org), till stöd för försvarsdepartementet och Air Force Research Laboratory. Djurhantering följt protokoll godkänts av Djurens skötsel och användning kommitté US Geological Survey västra Ekologisk Research Center och tillstånd av US Geological Survey Bird Banding Laboratory. All användning av handels-, produkt eller företag i denna publikation är beskrivande syfte och innebär inte godkännande av den amerikanska regeringen.

1. Vildfågel ta med dimma nät <ol><li> För vadare fånga, skapa dimma nät på ett aktivt födosök webbplats som ett träsk, strandlinje, eller lera platt. </li><li> Skjut grimgarn linje slingor i ena änden av dimman nätet runt stången och sätt stången vertikalt i leran. </li><li> Sträck ut nätet, sätt in second pol genom grimgarn loopar i andra änden av dimma netto och vertikalt in stången i lera, och se till att grimgarn linjer lärs ut. </li><li> När en fågel är fångad, extrahera fågeln från nä...

<ol>
	<li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+a+real-time+reverse+transcriptase+PCR+assay+for+type+A+influenza+virus+and+the+avian+H5+and+H7+hemagglutinin+subtypes.">Development of a real-time reverse transcriptase PCR assay for type A influenza virus and the avian H5 and H7 hemagglutinin subtypes.</a> J Clin Microbiol. 40, 3256-3260 (2002).</li><li>Takekawa, J. Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Field+detection+of+avian+influenza+virus+in+wild+birds:+evaluation+of+a+portable+rRT-PCR+system+and+freeze-dried+reagents.">Field detection of avian influenza virus in wild birds: evaluation of a portable rRT-PCR system and freeze-dried reagents.</a> J Virol Methods. 166, 92-97 (2010).</li><li>Das, A., Spackman, E., Senne, D., Pedersen, J., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Development+of+an+internal+positive+control+for+rapid+diagnosis+of+avian+influenza+virus+infections+by+real-time+reverse+transcription-PCR+with+lyophilized+reagents.">Development of an internal positive control for rapid diagnosis of avian influenza virus infections by real-time reverse transcription-PCR with lyophilized reagents.</a> J Clin Microbiol. 44, 3065-3073 (2006).</li><li>Spackman, E., Suarez, D. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Avian+influenza+virus+RNA+extraction+from+tissue+and+swab+material.">Avian influenza virus RNA extraction from tissue and swab material.</a> Methods Mol Biol. 436, 13-18 (2008).</li><li>Chen, R., Holmes, E. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Frequent+inter-species+transmission+and+geographic+subdivision+in+avian+influenza+viruses+from+wild+birds.+Virology.">Frequent inter-species transmission and geographic subdivision in avian influenza viruses from wild birds. Virology.</a> , 383-3156 (2009).</li><li>Macken, C. A., Webby, R. J., Bruno, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Genotype+turnover+by+reassortment+of+replication+complex+genes+from+avian+influenza+A+virus.">Genotype turnover by reassortment of replication complex genes from avian influenza A virus.</a> J Gen Virol. 87, 2803-2815 (2006).</li><li>Dugan, V. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+evolutionary+genetics+and+emergence+of+avian+influenza+viruses+in+wild+birds.">The evolutionary genetics and emergence of avian influenza viruses in wild birds.</a> PLoS Pathog.. 4, e1000076-e1000076 (2008).</li><li>Spackman, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+analyses+of+type+A+influenza+genes+in+natural+reservoir+species+in+North+America+reveals+genetic+variation.">Phylogenetic analyses of type A influenza genes in natural reservoir species in North America reveals genetic variation.</a> Virus Res. 114, 89-100 (2005).</li><li>Pasick, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Advances+in+the+molecular+based+techniques+for+the+diagnosis+and+characterization+of+avian+influenza+virus+infections..">Advances in the molecular based techniques for the diagnosis and characterization of avian influenza virus infections..</a> Transbound Emerg Dis. 55, 329-338 (2008).</li><li>. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=OIE+Manual+of+diagnostics+tests+and+vaccines+for+terrestrial+animals+(mammals,+birds+and+bees).">OIE Manual of diagnostics tests and vaccines for terrestrial animals (mammals, birds and bees).</a> 1, 258-269 (2004).</li><li>Weber, T. P., Stilianakis, N. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ecologic+immunology+of+avian+influenza+(H5N1)+in+migratory+birds.">Ecologic immunology of avian influenza (H5N1) in migratory birds.</a> Emerg. Infect. Dis. 13, 1139-1143 (2007).</li><li>Kim, J. -. K., Negovetich, N. J., Forrest, H. L., Webster, R. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ducks:+the+"Trojan+Horses"+of+H5N1+influenza.">Ducks: the "Trojan Horses" of H5N1 influenza.</a> Influenza and Other Respiratory Viruses. , 121-128 (2009).</li><li>Gilbert, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flying+over+an+infected+landscape:+distribution+of+highly+pathogenic+avian+influenza+H5N1+risk+in+South+Asia+and+satellite+tracking+of+wild+waterfowl.">Flying over an infected landscape: distribution of highly pathogenic avian influenza H5N1 risk in South Asia and satellite tracking of wild waterfowl.</a> Ecohealth. , (2010).</li></ol>

Metoden för snabb diagnos presenteras här underlättar tidseffektiv och noggrann testning av vilda fåglar prover för övervakning av AIV. Den mycket mindre stränga forvaring kraven för bärbara RRT-PCR är lämpliga för avlägsna situationer där underhåll av kylkedjan kan vara opraktiskt om flytande kväve avlastare eller torris är inte tillgänglig. Dessutom fann vi att provanalys med frystorkat reagens var tillräckligt enkla för att utföras av fältet biologer med minimal kunskap om laboratorie-baserade m...

<table border="1"><tbody><tr><th> Reagensets namn </th><th> Företag </th><th> Katalognummer </th><th> Kommentarer (frivilligt) </th></tr><tr><td> RNeasy mini spin kolumnen </td><td> Qiagen </td><td> 74.106 </td><td> Ingår i RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> Insamling rör (1,5 och 2 ml) </td><td> Qiagen </td><td> 74.106 </td><td> Ingår i RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> Buffert RLT </td><td> Qiagen </td><td> 74.106 </td><td> Ingår i RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> Buffert RW1 </td><td> Qiagen </td><td> 74.106 </td><td> Ingår i RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> Buffer RPE </td><td> Qiagen </td><td> 74.106 </td><td> Ingår i RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> RNas-fritt vatten </td><td> Qiagen </td><td> 74.106 </td><td> Ingår i RNeasy Mini Kit </td></tr><tr><td> 14,3 M β-merkaptoetanol lösning </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP176100 </td><td></td></tr><tr><td> 100% etanol </td><td> Fisher Scientific </td><td> NC9602322 </td><td></td></tr><tr><td> Vortex Genie 2, 120V </td><td> Vetenskaplig Industries </td><td> SI-0236 </td><td></td></tr><tr><td> TaqMan Influensa A Mål 1 (Hydrolys Probe) </td><td> Idaho Technologies </td><td> Asay-ASY-0109 </td><td></td></tr><tr><td> LightCycler 20ml kapillärrör </td><td> Roche Applied Science </td><td> 04929292001 </td><td></td></tr><tr><td> Micro-centrifug med rotator för 2 ml rör </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Ingår i RAPID sats </td></tr><tr><td> Robust Avancerad Patogen Identification Device (RAPID) 7200 </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Ingår i RAPID sats </td></tr><tr><td> Pentium-baserad bärbar dator med Windows XP Professional </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Ingår i RAPID sats </td></tr><tr><td> LightCycler Dataanalys programvara </td><td> Idaho Technologies </td><td></td><td> Ingår i RAPID sats </td></tr></tbody></table>

rapid diagnosis of avian influenza virus in wild birds: use of a portable rrt-pcr and freeze-dried reagents in the field

Vilda fåglar har varit inblandade i spridningen av högpatogen aviär influensa (HPAI) av subtyp H5N1, vilket ledde till övervakning tillsammans flyttfåglar flyttvägar. Provtagning av vilda fåglar för aviär influensa-virus (AIV) genomförs ofta i avlägsna områden, men resultaten är ofta försenade på grund av behovet av att transportera proverna till ett laboratorium utrustat för molekylär testning. Real-time omvänt transkriptas polymeraskedjereaktion (RRT-PCR) är en molekylär teknik som erbjuder en av de mest exakta och känsliga metoder för diagnostik av AIV. Den tidigare strikta labbet protokoll som behövs för RRT-PCR är nu anpassade för fältet. Utveckling av frystorkade (frystorkad) reagens som inte kräver kylkedja, med känslighet i nivå med våta reagens har fört på plats fjärrkontroll tester för att ett konkret mål. Här presenterar vi en metod för snabb diagnos av AIV hos vilda fåglar med hjälp av en RRT-PCR enhet (Robust Avancerad Patogen anordning för identifiering eller snabb, Idaho Technologies, Salt Lake City, UT) som sysselsätter frystorkat reagens (Influensa A Mål 1 Taqman; Asay -ASY-0109, Idaho Technologies). Reagensen innehåller alla nödvändiga komponenter för att testa vid lämpliga koncentrationer i en enda rör: grundfärger, sonder, enzymer, buffertar och interna positiva kontroller, eliminera fel i samband med felaktig förvaring eller hantering av våt reagenser. Den bärbara enheten utför en skärm för influensa A genom att rikta matrisen genen och ger resultat på 2-3 timmar. Genetiska subtypning är också möjligt med H5 och H7 primer ställer som riktar sig mot hemagglutinin genen. Systemet är lämpligt för användning på svabbprover och munhåla prover som tagits från vilda fåglar, vilket visas här på flyttande vadare arter, västra snäppor (Calidrus Mauri) fångade i norra Kalifornien. Djurhantering följt protokoll godkänts av Djurens skötsel och användning kommitté US Geological Survey västra Ekologisk Research Center och tillstånd av US Geological Survey Bird Banding Laboratory. Den främsta fördelen med denna teknik är att påskynda diagnos av vilda fåglar, ökar chanserna med ett utbrott i en avlägsen plats. På plats diagnos skulle också visa sig vara användbart för att identifiera och studera infekterade individer i vilda populationer. Möjligheten att samla in information om värd biologi (immunologiska och fysiologiska svaret på infektion) och rumsliga ekologi (flyttande prestanda smittade fåglar) kommer att ge insikter i vilken utsträckning vilda fåglar kan fungera som vektorer för AIV över långa avstånd.

Watch this Scientific Journal Video about Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field at JoVE.com

Rapid Diagnosis of Avian Influenza Virus in Wild Birds: Use of a Portable rRT-PCR and Freeze-dried Reagents in the Field

Denna studie beskriver diagnos av aviär influensa hos vilda fåglar med hjälp av en bärbar RRT-PCR-system. Metoden drar nytta av frystorkat reagens skärmen vilda fåglar i en icke-laboratoriemiljö, typiskt för ett utbrott scenario. Användning av molekylära verktyg ger exakta och känsliga alternativ för snabb diagnos.

Snabb diagnos av aviär influensavirus hos vilda fåglar: Användning av en bärbar RRT-PCR och Frystorkad reagenser i Field

Wild birds have been implicated in the spread of highly pathogenic avian influenza (HPAI) of the H5N1 subtype, prompting surveillance along migratory ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Using Bioluminescent Imaging to Investigate Synergism Between Streptococcus pneumoniae and Influenza A Virus in Infant Mice

Använda Bioluminescent Imaging för att undersöka synergi mellan Streptococcus pneumoniae Och influensa A-virus i modersmjölksersättning Möss

During the 1918 influenza virus pandemic, which killed approximately 50 million people worldwide, the majority of fatalities were not the result of ...

Avian Influenza Surveillance with FTA  Cards: Field Methods, Biosafety, and Transportation Issues Solved

Övervakning av aviär influensa med FTA-kort: Metoder Field, biosäkerhet och frågor Transport Löste

Avian Influenza Viruses (AIVs) infect many mammals, including humans1. These AIVs are diverse in their natural hosts, harboring almost all possible viral ...

Microwave Assisted Rapid Diagnosis of Plant Virus Diseases by Transmission Electron Microscopy

Mikrovågsassisterad snabb diagnos av växtsjukdomar virus genom transmissionselektronmikroskopi

Investigations of ultrastructural changes induced by viruses are often necessary to clearly identify viral diseases in plants. With conventional sample ...

Influenza Virus Propagation in Embryonated Chicken Eggs

Influensa viruspropagering i embryonerade hönsägg

Influenza infection is associated with about 36,000 deaths and more than 200,000 hospitalizations every year in the United States. The continuous ...

Co-immunoprecipitation of the Mouse Mx1 Protein with the Influenza A Virus Nucleoprotein

Co-immunoprecipitation av Mouse Mx1 Protein med influensa A-virus nukleoprotein

Studying the interaction between proteins is key in understanding their function(s). A very powerful method that is frequently used to study interactions ...

Nasal Wipes for Influenza A Virus Detection and Isolation from Swine

Nasal Wipes för influensa A-virus Upptäckt och isolering från svin

Surveillance for influenza A viruses in swine is critical to human and animal health because influenza A virus rapidly evolves in swine populations and ...

Neutrophil Isolation and Analysis to Determine their Role in Lymphoma Cell Sensitivity to Therapeutic Agents

Neutrofil Isolering och analys för att fastställa deras roll i lymfom Cell Känslighet för terapeutiska medel

Neutrophils are the most abundant (40% to 75%) type of white blood cells and among the first inflammatory cells to migrate towards the site of ...

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

In Vitro Disassembly of Influenza A Virus Capsids by Gradient Centrifugation

I vitro Demontering av influensa A-virus-kapsider genom gradientcentrifugering

Acid-triggered molecular processes closely control cell entry of many viruses that enter through the endocytic system. In the case of influenza A virus ...

Evaluation of the Efficacy And Toxicity of RNAs Targeting HIV-1 Production for Use in Gene or Drug Therapy

Utvärdering av effekt och toxicitet av RNA Targeting HIV-1-produktion för användning i Gene eller Drug Therapy

Small RNA therapies targeting post-integration steps in the HIV-1 replication cycle are among the top candidates for gene therapy and have the potential ...

Influenza A Virus Studies in a Mouse Model of Infection

Influensa A Virus studier på en musmodell av infektion

Influenza viruses cause over 500,000 deaths worldwide1 and are associated with an annual cost of 12 - 14 billion USD in the United States alone ...