Name: sequencing of bacterial microflora in peripheral blood: our experience with hiv-infected patients
Uploaded: 2011-06-11T15:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Sequencing of Bacterial Microflora in Peripheral Blood: our Experience with HIV-infected Patients at JoVE.com

We zijn dankbaar Gianni Scimone voor een uitstekende hulp bij het maken van video.

Het hanteren van hiv-besmet bloed monsters vereist een aantal belangrijke aanbevelingen. Alle exemplaren van het bloed moet worden vervoerd in stevige lekvrije containers. Zorg moet worden genomen bij het verzamelen van het monster om verontreiniging van de buitenkant van de container en van alle papierwerk bij het monster te voorkomen. Alle personen die de verwerking van besmet bloed moeten handschoenen dragen. Handschoenen moeten worden gewijzigd en de handen gewassen na voltooiing van het monster verwer...

<ol>
	<li>Hooper, L. V., Macpherson, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immune+adaptations+that+maintain+homeostasis+with+the+intestinal+microbiota.">Immune adaptations that maintain homeostasis with the intestinal microbiota.</a> Nat Rev Immunol. 10, 159-169 (2010).</li><li>Macpherson, A. J., Harris, N. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Interactions+between+commensal+intestinal+bacteria+and+the+immune+system.">Interactions between commensal intestinal bacteria and the immune system.</a> Nat Rev Immunol. 4, 478-485 (2004).</li><li>Kanauchi, O., Mitsuyama, K., Araki, Y., Andoh, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Modification+of+intestinal+flora+in+the+treatment+of+inflammatory+bowel+disease.">Modification of intestinal flora in the treatment of inflammatory bowel disease.</a> Curr Pharm Des. 9, 333-346 (2003).</li><li>Brenchley, J. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+translocation+is+a+cause+of+systemic+immune+activation+in+chronic+HIV+infection.">Microbial translocation is a cause of systemic immune activation in chronic HIV infection.</a> Nat Med. 12, 1365-1371 (2006).</li><li>Brenchley, J. M., Price, D. A., Douek, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=HIV+disease:+fallout+from+a+mucosal+catastrophe.">HIV disease: fallout from a mucosal catastrophe.</a> Nat Immunol. 7, 235-239 (2006).</li><li>Jiang, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Plasma+levels+of+bacterial+DNA+correlate+with+immune+activation+and+the+magnitude+of+immune+restoration+in+persons+with+antiretroviral-treated+HIV+infection.">Plasma levels of bacterial DNA correlate with immune activation and the magnitude of immune restoration in persons with antiretroviral-treated HIV infection.</a> J Infect Dis. 199, 1177-1185 (2009).</li><li>Marchetti, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+translocation+is+associated+with+sustained+failure+in+CD4++T-cell+reconstitution+in+HIV-infected+patients+on+long-term+highly+active+antiretroviral+therapy.">Microbial translocation is associated with sustained failure in CD4+ T-cell reconstitution in HIV-infected patients on long-term highly active antiretroviral therapy.</a> AIDS. 22, 2035-2038 (2008).</li><li>Marchetti, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+Microbial+Translocation+and+Immune+Hyperactivation+in+Disease+Progression+of+HIV++Patients+with+Preserved+CD4+Count+in+the+Absence+of+ART.">Role of Microbial Translocation and Immune Hyperactivation in Disease Progression of HIV+ Patients with Preserved CD4 Count in the Absence of ART.</a> , (2010).</li><li>Greisen, K., Loeffelholz, M., Purohit, A., Leong, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=PCR+primers+and+probes+for+the+16S+rRNA+gene+of+most+species+of+pathogenic+bacteria,+including+bacteria+found+in+cerebrospinal+fluid.">PCR primers and probes for the 16S rRNA gene of most species of pathogenic bacteria, including bacteria found in cerebrospinal fluid.</a> J Clin Microbiol. 32, 335-351 (1994).</li></ol>

<p class="jove_content"&gt; Hierbij tonen een PCR / sequencing protocol om de translocatie van bacteriën in het perifere bloed van HIV-geïnfecteerde individuen te karakteriseren.</p&gt;<p class="jove_content"&gt; De meeste betrouwbare resultaten worden verkregen bij het gebruik van plasma verzameld in EDTA-bevattende buizen. Na de bloedafname moet het plasma worden gescheiden door middel van centrifugeren binnen 2 / 3 uur, hemolyse en DNA-fragment degradatie te voorkomen. Monsters worden eerst opgeslagen bij -20 ° C gedurende ongeveer 5 dage...

<table border="1"><tbody><tr><th> Naam van het reagens </th><th> Vennootschap </th><th> Catalogus Nummer </th><th> Commentaar (optioneel) </th></tr><tr><td> Easty-DNA Kit </td><td> Invitrogen </td><td> K 180001 </td><td></td></tr><tr><td> Chloroform </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> C2432 </td><td></td></tr><tr><td> Ethanol </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> E7203 </td><td></td><tr/><tr><td> UltraPure Waer </td><td> Invitrogen </td><td> 10977049 </td><td></td></tr><tr><td> Lysozym </td><td> Fluka </td><td> 62970 </td><td> 10 ug / ml in gedestilleerd water </td></tr><tr><td> AmpliTaq Gold </td><td> Applied Biosystem </td><td> 26478701 </td><td></td></tr><tr><td> Microcontroller 100 </td><td> Millipore </td><td> 42413 </td><td></td></tr><tr><td> PCR-primers </td><td> Invitrogen </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Agarose </td><td> Eppendorf </td><td> C1343 </td><td></td></tr><tr><td> DNA-ladder </td><td> Invitrogen </td><td> 15628019 </td><td></td></tr><tr><td> Purelink PCR micro kit </td><td> Invitrogen </td><td> K310050 </td><td></td></tr><tr><td> LB Agar, poeder </td><td> Invitrogen </td><td> 22700025 </td><td></td></tr><tr><td> Bactoagar </td><td> Invitrogen </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Ampicilline </td><td> Invitrogen </td><td> 11593027 </td><td> 10 mg / ml in gedestilleerd water </td></tr><tr><td> X-gal </td><td> Invitrogen </td><td> 15520034 </td><td> 40mg/mL in DMF </td></tr><tr><td> IPTG </td><td> Invitrogen </td><td> 15529019 </td><td> 100mm in gedestilleerd water </td></tr><tr><td> Topo TA Cloning Kit </td><td> Invitrogen </td><td> K450002 </td><td></td></tr><tr><td> Purelink Quick Plasmide Miniprep kit </td><td> Invitrogen </td><td> K210010 </td><td></td></tr><tr><td> Big kleurstof </td><td> Applied Biosystem </td><td> 4337455 </td><td></td></tr><tr><td> DyeEx 2,0 spin-kit </td><td> Qiagen </td><td> 63204 </td><td></td></tr></tbody></table>

sequencing of bacterial microflora in peripheral blood: our experience with hiv-infected patients

De gezonde maag-darmkanaal is fysiologisch gekoloniseerd door een grote verscheidenheid aan commensale microben die de ontwikkeling van de humorale en cellulaire mucosale immuunsysteem 1,2 beïnvloeden. Microbiota is afgeschermd van het immuunsysteem via een sterke mucosale barrière. Infecties en antibiotica is bekend dat zowel de normale maag-darmkanaal barrière en de samenstelling van de ingezeten bacteriën, wat kan leiden tot mogelijke immuun afwijkingen drie veranderen. HIV veroorzaakt een breuk in de gastro-intestinale barrière met progressieve uitval van mucosale immuniteit en lekkage in de systemische circulatie van bacteriële bioproducten, zoals lipopolysaccharide en bacteriële DNA-fragmenten, die bijdragen tot systemische activering van het immuunsysteem 4-7. Microbiële translocatie is betrokken in HIV / AIDS immunopathogenese en de respons op de therapie 4,8. Ons doel was om de samenstelling van de bacteriën transloceren in het perifere bloed van HIV-geïnfecteerde patiënten te karakteriseren. Na te streven ons doel hebben we het opzetten van een PCR-reactie voor de panbacteric 16S ribosomial gen, gevolgd door een sequentie-analyse. In het kort, is volbloed van zowel HIV-geïnfecteerde en gezonde proefpersonen gebruikt. Gezien het feit dat gezonde personen normale darm homeostase momenteel geen translocatie van microflora wordt verwacht in deze patiënten. Na de hele bloedafname door venapunctie en plasma scheiding, wordt DNA geëxtraheerd uit plasma en wordt gebruikt om een breed scala PCR-reactie voor de panbacteric 16S ribosomial gen 9 uit te voeren. Na de PCR product zuivering, klonen en sequencing analyses worden uitgevoerd.

Watch this Scientific Journal Video about Sequencing of Bacterial Microflora in Peripheral Blood: our Experience with HIV-infected Patients at JoVE.com

Sequencing of Bacterial Microflora in Peripheral Blood: our Experience with HIV-infected Patients

Ons experiment zal laten zien hoe je een sequencing analyse van bacteriële soorten transloceren in het perifere bloed van HIV-positieve patiënten uit te voeren.

Sequencing van Bacteriële Microflora in het perifere bloed: onze ervaring met HIV-geïnfecteerde patiënten

The healthy gastrointestinal tract is physiologically colonized by a large variety of commensal microbes that influence the development 
	of the humoral ...

Research

JoVE Journal

Medicine

Modeling Intracerebral Hemorrhage in Mice: Injection of Autologous Blood or Bacterial Collagenase

Modeling intracerebrale bloeding in Muizen: Injectie van autoloog bloed of bacterieel collagenase

Spontaneous intracerebral hemorrhage (ICH) defines a potentially life-threatening neurological malady that accounts for 10-15% of all stroke-related ...

Measuring Frailty in HIV-infected Individuals. Identification of Frail Patients is the First Step to Amelioration and Reversal of Frailty

Meten Frailty bij HIV-geïnfecteerde individuen. Identificatie van Frail patiënten is de eerste stap naar Verbetering en omkering van Frailty

A simple, validated protocol consisting of a battery of tests is available to identify elderly patients with frailty syndrome. This syndrome of decreased ...

Computerized Dynamic Posturography for Postural Control Assessment in Patients with Intermittent Claudication

Computerized dynamic posturography with the EquiTest is an objective technique for measuring postural strategies under challenging static and dynamic ...

Assessment of Vascular Function in Patients With Chronic Kidney Disease

Evaluatie van de vaatfunctie bij patiënten met chronische nierziekte

Patients with chronic kidney disease (CKD) have significantly increased risk of cardiovascular disease (CVD) compared to the general population, and this ...

Orthotopic Implantation and Peripheral Immune Cell Monitoring in the II-45 Syngeneic Rat Mesothelioma Model

Orthotope implantatie en Perifere Immune Cell Monitoring in het II-45 Syngene Rat Mesothelioom Model

The enormous upsurge of interest in immune-based treatments for cancer such as vaccines and immune checkpoint inhibitors, and increased understanding of ...

Endotoxin Activity Assay for the Detection of Whole Blood Endotoxemia in Critically Ill Patients

Endotoxine activiteit test voor de detectie van volbloed Endotoxemie bij ernstig zieke patiënten

Lipopolysaccharide, also known as endotoxin, is a fundamental component of gram-negative bacteria and plays a crucial role in the development of sepsis ...

Semi-quantitative Assessment Using [18F]FDG Tracer in Patients with Severe Brain Injury

Semi-quantitative Assessment Using [18F]FDG Tracer in Patients with Severe Brain Injury

Semi-kwantitatieve beoordeling [18F] FDG Tracer gebruiken bij patiënten met ernstige hersenletsel

Patients with severe traumatic brain injury (sTBI) have difficulty knowing whether they are accurately expressing their thoughts and emotions because of ...

Digital Handwriting Analysis of Characters in Chinese Patients with Mild Cognitive Impairment

Digitale handschriftanalyse van karakters bij Chinese patiënten met milde cognitieve stoornissen

An increasing amount of evidence shows that cognitive deficits and movement dysfunctions are not separated. Patients with mild cognitive impairment (MCI) ...

Fertility Preservation in Patients with Severe Ovarian Dysfunction

Vruchtbaarheidsbehoud bij patiënten met ernstige ovariële disfunctie

Ovarian function progressively declines during aging and in some pathophysiological conditions including karyotype abnormality, autoimmune diseases, ...

Evaluation of a Point-of-Care Testing Analyzer for Measuring Peripheral Blood Leukocytes

Evaluatie van een Point-of-Care Testing Analyzer voor het meten van perifere bloed leukocyten

White blood cell (WBC) is an important indicator of inflammation in the body, and it can help distinguish between bacterial and viral infections. At ...