Name: bromodeoxyuridine (brdu) labeling and subsequent fluorescence activated cell sorting for culture-independent identification of dissolved organic carbon-degrading bacterioplankton
Uploaded: 2011-09-10T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Bromodeoxyuridine BrdU Labeling and Subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting for Culture-independent Identification of Dissolved Organic Carbon-degradin

تم توفير التمويل لهذا المشروع الوطني للعلوم OCE1029607 منح مؤسسة (لXM) وMCB0702125 (لمام) وغوردون وبيتي مور مؤسسة (لمام).

1. عينة المياه المعالجة <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> تصفية المياه البيئية من خلال 10L المرشحات الغشائية 1 ميكرون ، مسام الحجم لإزالة الجزيئات الكبيرة وbacteriovores. جمع الماء الراشح في الدامجانة زجاجة كبيرة. </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> نقل 36 مل كل رشاحة إ...

<ol>
	<li>Pernthaler, A., Pernthaler, J., Schattenhofer, M., Amann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+DNA-synthesizing+bacterial+cells+in+coastal+North+Sea+plankton.">Identification of DNA-synthesizing bacterial cells in coastal North Sea plankton.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 5728-5728 (2002).</li><li>Urbach, E., Vergin, K. L., Giovannoni, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunochemical+detection+and+isolation+of+DNA+from+metabolically+active+bacteria.">Immunochemical detection and isolation of DNA from metabolically active bacteria.</a> Appl. Environ. Microbiol. 65, 1207-12 (1999).</li><li>Mou, X. Z., Hodson, R. E., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterioplankton+assemblages+transforming+dissolved+organic+compounds+in+coastal+seawater.">Bacterioplankton assemblages transforming dissolved organic compounds in coastal seawater.</a> Environ. Microbiol. 9, 2025-2025 (2007).</li><li>Hodson, R. E., Dustman, W. A., Garg, R. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+PCR+for+visualization+of+microscale+distribution+of+specific+genes+and+gene+products+in+prokaryotic+communities.">In situ PCR for visualization of microscale distribution of specific genes and gene products in prokaryotic communities.</a> Appl. Environ. Microbiol. 61, 4074-4074 (1995).</li><li>Dinjens, W. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bromodeoxyuridine+(BrdU)+immunocytochemistry+by+exonuclease+III+(Exo+III)+digestion.">Bromodeoxyuridine (BrdU) immunocytochemistry by exonuclease III (Exo III) digestion.</a> Histochemistry. 98, 199-199 (1992).</li><li>Kirchman, D. L., Yu, L. Y., Fuchs, B. M., Amann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+of+bacterial+communities+in+aquatic+systems+as+revealed+by+filter+PCR.">Structure of bacterial communities in aquatic systems as revealed by filter PCR.</a> Aquat. Microb. Ecol. 26, 13-13 (2001).</li><li>Delong, E. F., Wickham, G. S., Pace, N. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+stains:+ribosomal+RNA-based+probes+for+the+identification+of+single+cells.">Phylogenetic stains: ribosomal RNA-based probes for the identification of single cells.</a> Science. 243, 1360-1360 (1989).</li><li>Artursson, V., Jansson, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+bromodeoxyuridine+immunocapture+to+identify+active+bacteria+associated+with+arbuscular+mycorrhizal+hyphae.">Use of bromodeoxyuridine immunocapture to identify active bacteria associated with arbuscular mycorrhizal hyphae.</a> Appl. Environ. Microbiol. 69, 6208-6208 (2003).</li><li>Mou, X. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+carbon+processing+by+generalist+species+in+the+coastal+ocean.">Bacterial carbon processing by generalist species in the coastal ocean.</a> Nature. 451, 708-708 (2008).</li><li>Mou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flow-cytometric+cell+sorting+and+subsequent+molecular+analyses+for+culture-independent+identification+of+bacterioplankton+involved+in+dimethylsulfoniopropionate+transformations.">Flow-cytometric cell sorting and subsequent molecular analyses for culture-independent identification of bacterioplankton involved in dimethylsulfoniopropionate transformations.</a> Appl. Environ. Microbiol. 71, 1405-1405 (2005).</li><li>Dean, F. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+human+genome+amplification+using+multiple+displacement+amplification.">Comprehensive human genome amplification using multiple displacement amplification.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 5261-5261 (2002).</li></ol>

نهجنا إدماج BrdU الأزواج ، وFACS 16S rDNA تحليل للسماح الأنواع على مستوى تحديد الهوية من العوالق البكتيرية التي استقلاب العناصر الفردية DOC في البيئات المائية. في مقايسة التأسيس BrdU التسميات الخلايا البكتيرية على أساس الأنشطة الأيضية ، والذي يسمح فقط على تحليل البكتيريا النش...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> اسم </td><td> نوع </td><td> شركة </td><td> فهرس العدد </td><td> تعليقات </td></tr><tr><td> BrdU </td><td> الكاشف </td><td> سيغما </td><td> B5002 - 5G </td><td></td></tr><tr><td> الليزوزيم </td><td> الكاشف </td><td> سيغما </td><td> L6876 - 5G </td><td></td></tr><tr><td> بروتين K </td><td> الكاشف </td><td> سيغما </td><td> P2308 - 25MG </td><td></td></tr><tr><td> في الموقع كيت خلية الانتشار ، FLUOS </td><td> عدة </td><td> روش </td><td> 11810740001 </td><td> تستهلك أكثر من مكافحة BrdU - FLUOS العازلة والحضانة في رد فعل من المقترح من قبل المصنع. </td></tr><tr><td> غرف الحضانة الإطار الختم </td><td> مادة </td><td> الحيوي راد </td><td> SLF - 1201 </td><td></td></tr><tr><td> البولي المرشحات الغشائية (142 ملم قطرها 1.0 ميكرومتر ، حجم المسام) </td><td> مادة </td><td> ميليبور </td><td> FALP14250 </td><td></td></tr><tr><td> المرشحات الغشائية البولي (25 ملم القطر ، و 0.2 ميكرومتر ، حجم المسام) </td><td> مادة </td><td> ميليبور </td><td> FGLP02500 </td><td></td></tr><tr><td> illustra PuReTaq جاهز للذهاب PCR الخرز </td><td> عدة </td><td> جنرال إلكتريك للرعاية الصحية </td><td> 27-9559-01 </td><td></td></tr><tr><td> QIAquick هلام استخراج طقم </td><td> عدة </td><td> QIAGEN </td><td> 28704 </td><td></td></tr><tr><td> المأمونة الجانب PCR النظام </td><td> عدة </td><td> EPICENTRE </td><td> FS99060 </td><td></td></tr></tbody></table>

bromodeoxyuridine (brdu) labeling and subsequent fluorescence activated cell sorting for culture-independent identification of dissolved organic carbon-degrading bacterioplankton

الميكروبات وكلاء كبرى تتوسط في تدهور العديد من الكربون العضوي المذاب (DOC) ركائز في البيئات المائية. ومع ذلك ، وتحديد الأنواع البكتيرية التي تحول تجمعات محددة من DOC في الطبيعة يشكل تحديا تقنيا. نحن هنا وصف نهج الأزواج bromodeoxyuridine (BrdU) التأسيس ومضان تنشيط الخلايا الفرز (FACS) ، و16S الرنا الريباسي الجينات الجزيئية التحليل القائم على الثقافة التي تسمح بتحديد مستقلة قادرة على العوالق البكتيرية المهينة مجمع DOC محددة في البيئات المائية. يتم تعيين عوالم مصغرة العوالق البكتيرية ثلاث نسخ لتلقي كل من BrdU ومجمع DOC طراز (DOC التعديلات) ، أو BrdU فقط (عدم التحكم بالإضافة إلى ذلك). بدائل يمكن BrdU مواقف ثيميدين في الحمض النووي البكتيري توليفها BrdU حديثا والتي تحمل علامات الحمض النووي يمكن 1،2 immunodetected بسهولة. العوالق البكتيرية من خلال 24 ساعة ، حضانة التي تكون قادرة على استخدام ويتوقع المجمع DOC أضاف تفعيلها بشكل انتقائي ، وبالتالي ارتفاع مستويات التأسيس BrdU (خلايا مرحبا) من غير استجابة الخلايا في التعديلات DOC والخلايا في عدم بالإضافة إلى ذلك الضوابط (انخفاض خلايا BrdU التأسيس ، وخلايا LI). بعد مضان مناعي ، وتتميز الخلايا مرحبا وفصلها ماديا من الخلايا التي LI مضان تنشيط الخلايا الفرز (FACS) 3. يتم استخراج فرز DOC التي تستجيب الخلايا (خلايا مرحبا) لتحديد الحمض النووي وتصنيفيا عن طريق الجينات 16S الرنا الريباسي اللاحقة المستندة إلى تحليلات بما PCR ، استنساخ بناء مكتبة والتسلسل.

Watch this Scientific Journal Video about Bromodeoxyuridine BrdU Labeling and Subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting for Culture-independent Identification of Dissolved Organic Carbon-degradin

Bromodeoxyuridine BrdU Labeling and Subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting for Culture-independent Identification of Dissolved Organic Carbon-degrading Bacterioplankton

يتم تحضين العوالق البكتيرية البيئية مع نموذج حل الكربون العضوي (DOC) المركب ووضع العلامات كاشف الحمض النووي ، bromodeoxyuridine (BrdU). بعد ذلك ، يتم فصل الخلايا DOC - المهينة الجزء الأكبر من المجتمع على أساس إدماجها BrdU مرتفعة باستخدام الفرز مضان تنشيط الخلايا (FACS). ثم يتم تحديد هذه الخلايا الجزيئية تحليلات لاحقة.

Bromodeoxyuridine (BrdU) التوسيم والفرز وبعد الإسفار خلية المنشط للتحديد ، ثقافة مستقلة عن العضوية الذائبة الكربون المهينة العوالق البكتيرية

Microbes are major agents mediating the degradation of numerous dissolved organic carbon (DOC) substrates in aquatic environments. However, identification ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bromodeoxyuridine (BrdU) Labeling and Subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting for Culture-independent Identification of Dissolved Organic Carbon-degrading Bacterioplankton

Generation of Human CD40-activated B cells

جيل من الخلايا البشرية باء تنشيط CD40

CD40-activated B cells (CD40-B cells) have been identified as an alternative source of immuno-stimulatory antigen-presenting cells (APC) for cancer ...

Fluorescence Activated Cell Sorting of Plant Protoplasts

مضان الفرز الخلية النباتية المنشط من Protoplasts

High-resolution, cell type-specific analysis of gene expression greatly enhances understanding of developmental regulation and responses to environmental ...

Lipid Vesicle-mediated Affinity Chromatography using Magnetic Activated Cell Sorting (LIMACS): a Novel Method to Analyze Protein-lipid Interaction

Lipid Vesicle-mediated Affinity Chromatography using Magnetic Activated Cell Sorting LIMACS: a Novel Method to Analyze Protein-lipid Interaction

الكروماتوجراف الدهون تقارب الحويصلة بوساطة الفرز المغناطيسي باستخدام خلية المنشط (LIMACS) : طريقة جديدة لتحليل البروتين الدهني التفاعل

The analysis of lipid protein interaction is difficult because lipids are embedded in cell membranes and therefore, inaccessible to most purification ...

Cell Specific Analysis of Arabidopsis Leaves Using Fluorescence Activated Cell Sorting

Cell Specific Analysis of Arabidopsis Leaves Using Fluorescence Activated Cell Sorting

تحليل خلية معينة من<em&gt; ل arabidopsis</em&gt; يترك طريق الإسفار خلية المنشط الفرز

After initiation of the leaf primordium, biomass accumulation is controlled mainly by cell proliferation and expansion in the leaves1. However, the ...

Optimized Staining and Proliferation Modeling Methods for Cell Division Monitoring using Cell Tracking Dyes

الأمثل أساليب النمذجة وتلوين لرصد انتشار استخدام الأصباغ انقسام الخلية خلية تتبع

Fluorescent cell tracking dyes, in combination with flow and image cytometry, are powerful tools with which to study the interactions and fates of ...

Isolation of Normal and Cancer-associated Fibroblasts from Fresh Tissues by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS)

Isolation of Normal and Cancer-associated Fibroblasts from Fresh Tissues by Fluorescence Activated Cell Sorting FACS

عزل الخلايا الليفية عادي والسرطان يرتبط بها من الأنسجة الطازجة من الإسفار خلية المنشط الفرز (FACS)

Cancer-associated fibroblasts (CAFs) are the most prominent cell type within the tumor stroma of many cancers, in particular breast carcinoma, and their ...

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

فرز<em&gt; المتسلسلة</em&gt; الكريات الخلية باستخدام كائن مجمع حدودي محلل وفارز

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these ...

Nanogold Labeling of the Yeast Endosomal System for Ultrastructural Analyses

Nanogold وصفها نظام Endosomal خميرة التحليلات التركيبية

Endosomes are one of the major membrane sorting checkpoints in eukaryotic cells and they regulate recycling or destruction of proteins mostly from the ...

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

وصفها تسلسل معين من الأحماض النووية والبروتينات مع ميثيل والعامل المساعد النظائر

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Magnetic-Activated Cell Sorting Strategies to Isolate and Purify Synovial Fluid-Derived Mesenchymal Stem Cells from a Rabbit Model

مغناطيسية تنشيط الخلية فرز الاستراتيجيات الرامية إلى عزل وتنقية الزليلي المستمدة من سائل الخلايا الجذعية الوسيطة من طراز الأرنب

Mesenchymal stem cells (MSCs) are the main cell source for cell-based therapy. MSCs from articular cavity synovial fluid could potentially be used for ...