Name: bromodeoxyuridine (brdu) labeling and subsequent fluorescence activated cell sorting for culture-independent identification of dissolved organic carbon-degrading bacterioplankton
Uploaded: 2011-09-10T14:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Bromodeoxyuridine BrdU Labeling and Subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting for Culture-independent Identification of Dissolved Organic Carbon-degradin

이 프로젝트의 자금은 국립 과학 재단 (National Science Foundation)을 부여 OCE1029607 (XM)을하고 MCB0702125 (MAM)을하고 고든과 베티 무어 재단 (MAM)을 제공한했습니다.

1. 워터 샘플 처리 <ol><li> 1 μm의 - 기공 크기의 멤브레인 필터를 통해 필터 10L 환경 물은 큰 입자와 bacteriovores을 제거합니다. 상자 속에 든 대형 유리병에 물을 여과물를 수집합니다. </li><li> 4 ML 신선한 paraformaldehyde 용액 (; 10% PFA)를 포함하는 3 멸균 Eppendorf 튜브 (50 ML)로 전송 36 ML 각 여과물. 세포를 보존하기 위해 상온에서 2 시간을위한 부화. 진공 여과에 의해 0.22 - μm의 - 기공 크기의 흰색 멤브레...

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	<li>Pernthaler, A., Pernthaler, J., Schattenhofer, M., Amann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Identification+of+DNA-synthesizing+bacterial+cells+in+coastal+North+Sea+plankton.">Identification of DNA-synthesizing bacterial cells in coastal North Sea plankton.</a> Appl. Environ. Microbiol. 68, 5728-5728 (2002).</li><li>Urbach, E., Vergin, K. L., Giovannoni, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Immunochemical+detection+and+isolation+of+DNA+from+metabolically+active+bacteria.">Immunochemical detection and isolation of DNA from metabolically active bacteria.</a> Appl. Environ. Microbiol. 65, 1207-12 (1999).</li><li>Mou, X. Z., Hodson, R. E., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterioplankton+assemblages+transforming+dissolved+organic+compounds+in+coastal+seawater.">Bacterioplankton assemblages transforming dissolved organic compounds in coastal seawater.</a> Environ. Microbiol. 9, 2025-2025 (2007).</li><li>Hodson, R. E., Dustman, W. A., Garg, R. P., Moran, M. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=In+situ+PCR+for+visualization+of+microscale+distribution+of+specific+genes+and+gene+products+in+prokaryotic+communities.">In situ PCR for visualization of microscale distribution of specific genes and gene products in prokaryotic communities.</a> Appl. Environ. Microbiol. 61, 4074-4074 (1995).</li><li>Dinjens, W. N. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bromodeoxyuridine+(BrdU)+immunocytochemistry+by+exonuclease+III+(Exo+III)+digestion.">Bromodeoxyuridine (BrdU) immunocytochemistry by exonuclease III (Exo III) digestion.</a> Histochemistry. 98, 199-199 (1992).</li><li>Kirchman, D. L., Yu, L. Y., Fuchs, B. M., Amann, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure+of+bacterial+communities+in+aquatic+systems+as+revealed+by+filter+PCR.">Structure of bacterial communities in aquatic systems as revealed by filter PCR.</a> Aquat. Microb. Ecol. 26, 13-13 (2001).</li><li>Delong, E. F., Wickham, G. S., Pace, N. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Phylogenetic+stains:+ribosomal+RNA-based+probes+for+the+identification+of+single+cells.">Phylogenetic stains: ribosomal RNA-based probes for the identification of single cells.</a> Science. 243, 1360-1360 (1989).</li><li>Artursson, V., Jansson, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Use+of+bromodeoxyuridine+immunocapture+to+identify+active+bacteria+associated+with+arbuscular+mycorrhizal+hyphae.">Use of bromodeoxyuridine immunocapture to identify active bacteria associated with arbuscular mycorrhizal hyphae.</a> Appl. Environ. Microbiol. 69, 6208-6208 (2003).</li><li>Mou, X. Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+carbon+processing+by+generalist+species+in+the+coastal+ocean.">Bacterial carbon processing by generalist species in the coastal ocean.</a> Nature. 451, 708-708 (2008).</li><li>Mou, X. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Flow-cytometric+cell+sorting+and+subsequent+molecular+analyses+for+culture-independent+identification+of+bacterioplankton+involved+in+dimethylsulfoniopropionate+transformations.">Flow-cytometric cell sorting and subsequent molecular analyses for culture-independent identification of bacterioplankton involved in dimethylsulfoniopropionate transformations.</a> Appl. Environ. Microbiol. 71, 1405-1405 (2005).</li><li>Dean, F. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comprehensive+human+genome+amplification+using+multiple+displacement+amplification.">Comprehensive human genome amplification using multiple displacement amplification.</a> Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99, 5261-5261 (2002).</li></ol>

우리의 접근 커플 BrdU의 설립, 외과 및 16 rDNA 분석 수생 환경에서 개별 DOC 구성 요소를 대사 bacterioplankton의 종 수준의 식별을 허용합니다. BrdU의 설립 분석은 활성 세균에 대한 분석이 가능하기 때문에 휴면 세포를 포함하지 않습니다 신진 대사 활동을 기반으로 박테리아 세포를 표시합니다. 우리의 접근에서 BrdU의 설립은 이후 시각 아르 BrdU의 설립의 다른 수준을 가지고 immunodetected 현장과 박?...

<table border="1"><tbody><tr><td> 이름 </td><td> 유형 </td><td> 회사 </td><td> 카탈로그 번호 </td><td> 댓글 </td></tr><tr><td> BrdU </td><td> 시약 </td><td> 시그마 </td><td> B5002 - 5G </td><td></td></tr><tr><td> 라이 소 자임 </td><td> 시약 </td><td> 시그마 </td><td> L6876 - 5G </td><td></td></tr><tr><td> Proteinase K </td><td> 시약 </td><td> 시그마 </td><td> P2308 - 25MG </td><td></td></tr><tr><td> 현장 세포 확산 키트, FLUOS에서 </td><td> 키트 </td><td> 로체 </td><td> 11810740001 </td><td> 안티 BrdU - FLUOS와 제조 업체가 제안보다 반응마다 부화 버퍼 더 소비합니다. </td></tr><tr><td> 프레임 시일 배양 챔버 </td><td> 자료 </td><td> 바이오 래드 </td><td> SLF - 1201 </td><td></td></tr><tr><td> 폴리 카보 네이트 멤브레인 필터 (142 - mm - 직경 1.0 μm의 - 구멍 크기) </td><td> 자료 </td><td> Millipore </td><td> FALP14250 </td><td></td></tr><tr><td> 폴리 카보 네이트 막 필터 (25 - mm - 직경 0.2 μm의 - 구멍 크기) </td><td> 자료 </td><td> Millipore </td><td> FGLP02500 </td><td></td></tr><tr><td> illustra PuReTaq 즉시 이동 PCR 비즈 </td><td> 키트 </td><td> GE 헬스케어 </td><td> 27-9559-01 </td><td></td></tr><tr><td> QIAquick 겔 추출 키트 </td><td> 키트 </td><td> QIAGEN </td><td> 28,704 </td><td></td></tr><tr><td> 안전 장치 ​​PCR 시스템 </td><td> 키트 </td><td> EPICENTRE </td><td> FS99060 </td><td></td></tr></tbody></table>

bromodeoxyuridine (brdu) labeling and subsequent fluorescence activated cell sorting for culture-independent identification of dissolved organic carbon-degrading bacterioplankton

미생물이 수중 환경에서 다수의 용해 유기 탄소 (DOC) 기판의 저하를 중재 주요 수단이된다. 그러나, 자연 DOC의 특정 풀을 변형 박테리아 taxa의 식별은 기술적인 도전을 포즈. 여기서 우리는 접근 방식을 설명하는 것을 커플 bromodeoxyuridine (BrdU) 정관, 형광 활성 세포 분류 (외과), 그리고 16 수생 환경에서 굴욕 특정 DOC 화합물 가능한 bacterioplankton 문화 독립적인 식별이 가능 rRNA 유전자 기반의 분자 분석. 세중의의 bacterioplankton의 microcosms은 BrdU와 모델 DOC 화합물 (DOC 개정) 또는 전용 BrdU (노 또한 컨트롤)를 모두 받도록 설정되었습니다. 새로 합성된 박테리아 DNA와 BrdU - 라벨 DNA의 thymidine의 BrdU의 대용품이 순위는 쉽게 immunodetected 1,2 수 있습니다. 추가 DOC 화합물을 선택적으로 활성화 될 것으로 예상하고, 따라서에서 노 DOC의 개정과 세포에 비 응답 전지보다 BrdU의 설립 높은 수준의 (HI 세포)를 가지고 있습니다 사용할 수 있습니다 24 시간 보육, bacterioplankton 통해 또한 컨트롤 (낮은 BrdU의 설립 세포, LI 전지). 형광 면역 후, HI 전지는 구별하고 육체적으로 형광 활성 세포 분류 (외과) 3 LI 세포 분리. 정렬 DOC - 반응 전지 (HI 세포)의 DNA가 추출 taxonomically PCR, 클론 라이브러리 구축 및 시퀀싱을 포함하여 rRNA 유전자 기반의 분석 이후 16를 통해 식별됩니다.

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Bromodeoxyuridine BrdU Labeling and Subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting for Culture-independent Identification of Dissolved Organic Carbon-degrading Bacterioplankton

환경 bacterioplankton는 유기 탄소 (DOC) 화합물과 DNA 라벨 시약, bromodeoxyuridine (BrdU)를 해산 모델 incubated 있습니다. 그 후, DOC - 굴욕적인 세포는 형광 활성 세포 분류 (외과)를 사용하여 고가 BrdU의 설립에 따라 대량 지​​역 사회에서 분리됩니다. 이러한 전지는 다음 이후의 분자 분석에 의해 식별됩니다.

Bromodeoxyuridine (BrdU) 레이블과 녹아 유기 문화 독립적인 확인을위한 후속 형광 활성 세포 정렬 탄소 굴욕 Bacterioplankton

Microbes are major agents mediating the degradation of numerous dissolved organic carbon (DOC) substrates in aquatic environments. However, identification ...

Research

JoVE Journal

Biology

Bromodeoxyuridine (BrdU) Labeling and Subsequent Fluorescence Activated Cell Sorting for Culture-independent Identification of Dissolved Organic Carbon-degrading Bacterioplankton

Generation of Human CD40-activated B cells

인간 CD40 - 활성화된 B 세포의 생성

CD40-activated B cells (CD40-B cells) have been identified as an alternative source of immuno-stimulatory antigen-presenting cells (APC) for cancer ...

연구

생물학

Fluorescence Activated Cell Sorting of Plant Protoplasts

식물 Protoplasts의 형광 활성 세포 정렬

High-resolution, cell type-specific analysis of gene expression greatly enhances understanding of developmental regulation and responses to environmental ...

Lipid Vesicle-mediated Affinity Chromatography using Magnetic Activated Cell Sorting (LIMACS): a Novel Method to Analyze Protein-lipid Interaction

Lipid Vesicle-mediated Affinity Chromatography using Magnetic Activated Cell Sorting LIMACS: a Novel Method to Analyze Protein-lipid Interaction

자기 활성 셀 정렬 (LIMACS)를 사용하여 지질 소포 - 중재 동질 크로마 토그래피 : 단백질 지질 상호 작용을 분석하는 소설 방법

The analysis of lipid protein interaction is difficult because lipids are embedded in cell membranes and therefore, inaccessible to most purification ...

Cell Specific Analysis of Arabidopsis Leaves Using Fluorescence Activated Cell Sorting

Cell Specific Analysis of Arabidopsis Leaves Using Fluorescence Activated Cell Sorting

의 세포 구체적인 분석<em&gt; Arabidopsis</em&gt; 형광 활성화 셀 정렬을 사용하여 잎

After initiation of the leaf primordium, biomass accumulation is controlled mainly by cell proliferation and expansion in the leaves1. However, the ...

Optimized Staining and Proliferation Modeling Methods for Cell Division Monitoring using Cell Tracking Dyes

셀 추적 염료를 사용하여 전지 부문 모니터링에 최적화 된 착색 및 확산 모델링 방법

Fluorescent cell tracking dyes, in combination with flow and image cytometry, are powerful tools with which to study the interactions and fates of ...

Isolation of Normal and Cancer-associated Fibroblasts from Fresh Tissues by Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS)

Isolation of Normal and Cancer-associated Fibroblasts from Fresh Tissues by Fluorescence Activated Cell Sorting FACS

형광 활성 세포 정렬 (FACS)에 의해 신선한 조직으로부터 정상 및 암 관련 섬유 아세포의 분리

Cancer-associated fibroblasts (CAFs) are the most prominent cell type within the tumor stroma of many cancers, in particular breast carcinoma, and their ...

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

Sorting of Streptomyces Cell Pellets Using a Complex Object Parametric Analyzer and Sorter

의 정렬<em&gt; 스트렙토 마이 세스 (Streptomyces)</em복잡한 개체 파라 메트릭 분석기 및 분류기를 사용하여&gt; 셀 펠렛

Streptomycetes are filamentous soil bacteria that are used in industry for the production of enzymes and antibiotics. When grown in bioreactors, these ...

Nanogold Labeling of the Yeast Endosomal System for Ultrastructural Analyses

미세 구조의 분석을위한 효모 엔도 좀의 시스템 Nanogold 라벨링

Endosomes are one of the major membrane sorting checkpoints in eukaryotic cells and they regulate recycling or destruction of proteins mostly from the ...

Sequence-specific Labeling of Nucleic Acids and Proteins with Methyltransferases and Cofactor Analogues

Methyltransferases과 공동 인자 유사체와 핵산과 단백질의 순서 특정 레이블

S-Adenosyl-l-methionine (AdoMet or SAM)-dependent methyltransferases (MTase) catalyze the transfer of the activated methyl group from AdoMet to specific ...

Magnetic-Activated Cell Sorting Strategies to Isolate and Purify Synovial Fluid-Derived Mesenchymal Stem Cells from a Rabbit Model

마그네틱 활성화 전략을 분리 하 고 정화 활 액 액체 파생 된 중간 엽 줄기 세포는 토끼 모델에서 정렬 셀

Mesenchymal stem cells (MSCs) are the main cell source for cell-based therapy. MSCs from articular cavity synovial fluid could potentially be used for ...