Name: extraction of high molecular weight dna from microbial mats
Uploaded: 2011-07-07T12:03:00
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यह काम राष्ट्रीय विज्ञान फाउंडेशन पर्यावरण जीनोमिक्स कार्यक्रम (अनुदान सं एफई-0,723,707) द्वारा वित्त पोषित किया गया था.

1. माइक्रोबियल सेल निष्कर्षण: <ol><li> एक बाँझ पीस मूसल के साथ अच्छी तरह से मिश्रण से माइक्रोबियल मैट homogenize. लगभग Waring ब्लेंडर के बाँझ कंटेनर में homogenized चटाई सामग्री के सभी 30 g (गीला वजन), 1 एम NaCl (या एक उपयोग में नमूना के...

<ol>
	<li>Decho, A. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+biofilms+in+intertidal+systems:+an+overview.">Microbial biofilms in intertidal systems: an overview.</a> Cont. Shelf Res. 20, 1257-1273 (2000).</li><li>Dupraz, C., Visscher, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+lithification+in+marine+stromatolites+and+hypersaline+mats.">Microbial lithification in marine stromatolites and hypersaline mats.</a> Trends Microbiol. 13, 429-438 (2005).</li><li>Steffan, R. J., Goksoyr, J., Boj, A. K., Atlas, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recovery+of+DNA+from+soils+and+sediments.">Recovery of DNA from soils and sediments.</a> Appl. Environ. Microbiol. 54, 2908-2915 (1988).</li><li>Lee, Y. K., Kim, H. W., Liu, C. L., Lee, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+DNA+extraction+from+marine+bacteria+that+produce+extracellular+materials.">A simple method for DNA extraction from marine bacteria that produce extracellular materials.</a> J. Microbiol. Methods. 52, 245-250 (2003).</li><li>Roose-Amsaleg, C. L., Garnier-Sillam, E., Harry, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+and+Purification+of+Microbial+DNA+from+Soil+and+Sediment+Samples.">Extraction and Purification of Microbial DNA from Soil and Sediment Samples.</a> Appl. Soil Ecol. 18, 47-60 (2001).</li><li>de Lipthay, J. R., Enzinger, C., Johnsen, K., Aamand, J., S&#248;rensen, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+DNA+extraction+method+on+bacterial+community+composition+measured+by+denaturing+gradient+gel+electrophoresis.">Impact of DNA extraction method on bacterial community composition measured by denaturing gradient gel electrophoresis.</a> Soil Biol. Biochem. 36, 1607-1614 (2004).</li><li>Bey, B. S., Fichot, E. B., Dayama, G., Decho, A. W., Norman, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+High+Molecular+Weight+DNA+from+Microbial+Mats.">Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats.</a> Biotechniques. 49, 631-640 (2010).</li><li>Kakirde, S. K., Parsley, L. C., Liles, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Size+does+matter:+Application-driven+approaches+for+soil+metagenomics.">Size does matter: Application-driven approaches for soil metagenomics.</a> Soil Biology &#38; Biochemistry. 42, 1911-1923 (2010).</li><li>Rodon, M. R., August, P. R., Bettermann, A. D., Brady, S. F., Grossman, T. H., Liles, M. R., Loiacono, K. A., Lynch, B. A., MacNeil, I. A., Minor, C., Tiong, C. L., Gilman, M., Osburne, M. S., Clardy, J., Handelsman, J., Goodman, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cloning+the+Soil+Metagenomic:+A+Strategy+for+Accessing+the+Genetic+and+Functional+Diversity+of+Uncultured+Microorganisms.">Cloning the Soil Metagenomic: A Strategy for Accessing the Genetic and Functional Diversity of Uncultured Microorganisms.</a> Appl. Environ. Microbiol. 66, 2541-2547 (2000).</li><li>Beja, O., Aravind, L., Koonin, E. V., Suzuki, M. T., Hadd, A., Nguyen, L. P., Jovanovich, S. B., Gates, C. M., Feldman, R. A., Spudich, J. L., Spudich, E. N., DeLong, E. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Rhodopsin:+Evidence+for+a+New+Type+of+Phototrophy+in+the+Sea.">Bacterial Rhodopsin: Evidence for a New Type of Phototrophy in the Sea.</a> Science. 289, 1902-1906 (2000).</li></ol>

यह देखते हुए कि जटिल और उच्च विविध माइक्रोबियल चटाई नमूनों से कुल सेल हटाने व्यावहारिक नहीं है, प्राथमिक चिंता का विषय है कितनी अच्छी तरह निकाली गई कोशिकाओं समग्र माइक्रोबियल चटाई समुदाय का प्रतिनिध?...

<table border="1"><tbody><tr><th> अभिकर्मक के नाम </th><th> कंपनी </th><th> सूचीपत्र संख्या </th><th> टिप्पणियाँ </th></tr><tr><td> β-mercaptoethanol </td><td> सिग्मा Aldrich </td><td> M3148 </td><td></td></tr><tr><td> Polyethylene 8000 glycol </td><td> Promega </td><td> V3011 </td><td> 1.2 एम NaCl में 20% </td></tr><tr><td> पोटेशियम एसीटेट </td><td> फिशर साइंटिफिक </td><td></td><td> फिशर साइंटिफिक </td></tr><tr><td> क्वांट यह dsDNA परख किट </td><td> Invitrogen </td><td> Q33130 </td><td></td></tr><tr><td> RNase </td><td> Epicentre </td><td> MRNA092 </td><td></td></tr><tr><td> सोडियम क्लोराइड </td><td> BDH रसायन </td><td> BDH8014 </td><td> उपयुक्त सान्द्र. </td></tr><tr><td> सोडियम Dodecyl सल्फेट </td><td> फिशर साइंटिफिक </td><td> 03-500-509 </td><td> पानी में 10% </td></tr><tr><td> सोडियम hexametaphosphate </td><td> ईएमडी रसायन </td><td> SX0583 - 3 </td><td> पानी में 2% </td></tr><tr><td> TBE </td><td> फिशर साइंटिफिक </td><td> BP1333 - 1 </td><td></td></tr><tr><td> CHEF मैपर XA सिस्टम </td><td> जैव रेड प्रयोगशालाओं </td><td> 170-3670 </td><td></td></tr><tr><td> NanoDrop 1000 स्पेक्ट्रोफोटोमीटर </td><td> थर्मो वैज्ञानिक </td><td> ND-1000 </td><td></td></tr><tr><td> Vortexer </td><td> वैज्ञानिक इंडस्ट्रीज इंक </td><td></td><td></td></tr><tr><td> पराबैंगनी Crosslinker </td><td> UVP </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Waring ब्लेंडर </td><td> Waring प्रयोगशाला </td><td> LB10S </td><td></td></tr></tbody></table>

extraction of high molecular weight dna from microbial mats

सफल और सटीक metagenomic डेटा का विश्लेषण और व्याख्या उच्च गुणवत्ता, उच्च आणविक वजन (HMW) समुदाय डीएनए के कुशल निकासी पर निर्भर है. हालांकि, पर्यावरण चटाई नमूने अक्सर उच्च गुणवत्ता, HMW डीएनए के बड़े सांद्रता प्राप्त करने में कठिनाइयों मुद्रा. Hypersaline माइक्रोबियल मैट कोशिकी polymeric पदार्थों की उच्च मात्रा (ईपीएस) 1 और लवण कि निकाले डीएनए के बहाव के अनुप्रयोगों को बाधित कर सकते हैं होते हैं. सीधी और कठोर तरीकों अक्सर दुर्दम्य नमूने से डीएनए निष्कर्षण में किया जाता है. इन विधियों आमतौर पर इस्तेमाल किया जाता है क्योंकि मैट, चिपकने वाला एक मैट्रिक्स में ईपीएस प्रत्यक्ष lysis के दौरान 2,3 डीएनए बांध. कठोर निकासी तरीकों का एक परिणाम के के रूप में हो जाता है डीएनए छोटे 4,5,6 आकार में खंडित. डीएनए इस तरह बड़े सम्मिलित करने के लिए वेक्टर क्लोनिंग के लिए अनुपयुक्त हो जाता है. आदेश में इन सीमाओं को दरकिनार करने के लिए, हम अच्छा और hypersaline माइक्रोबियल मैट से गुणवत्ता और मात्रा के HMW डीएनए निकालने के लिए एक बेहतर कार्यप्रणाली की रिपोर्ट. हम एक अप्रत्यक्ष सम्मिश्रण और अंतर centrifugation के माध्यम से पृष्ठभूमि चटाई मैट्रिक्स से माइक्रोबियल कोशिकाओं की जुदाई से जुड़े विधि कार्यरत हैं. यांत्रिक और रासायनिक प्रक्रियाओं का एक संयोजन निकालने और निकाले माइक्रोबियल कोशिकाओं से डीएनए को शुद्ध करने के लिए इस्तेमाल किया गया था. हमारी प्रोटोकॉल एक 1.6 260/280 अनुपात के साथ चटाई नमूना के प्रति ग्राम HMW डीएनए (35-50 केबी) के लगभग 2 μg पैदावार . इसके अलावा, rRNA जीन -16 7 का प्रवर्धन पता चलता है कि प्रोटोकॉल के लिए कम से कम या contaminants के किसी भी निरोधात्मक प्रभाव को खत्म करने में सक्षम है . हमारे परिणाम कार्यात्मक metagenomic अध्ययन के लिए माइक्रोबियल मैट से HMW डीएनए के निष्कर्षण के लिए एक उपयुक्त पद्धति प्रदान करते हैं और अन्य पर्यावरणीय नमूने से डीएनए निष्कर्षण चुनौती दे रहा है के लिए लागू किया जा सकता है.

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Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

हम hypersaline माइक्रोबियल मैट से उच्च आणविक भार डीएनए निकालने के लिए एक बेहतर प्रोटोकॉल प्रदान करते हैं. माइक्रोबियल कोशिकाओं चटाई मैट्रिक्स से अलग कर रहे हैं डीएनए निष्कर्षण और शुद्धि के लिए पहले. यह सांद्रता, गुणवत्ता, और डीएनए के आकार को बढ़ाता है. प्रोटोकॉल अन्य दुर्दम्य नमूने के लिए इस्तेमाल किया जा सकता है.

उच्च आण्विक वजन डीएनए के माइक्रोबियल मैट से निकालना

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Research

JoVE Journal

Biology

Biology of Microbial Communities  - Interview

माइक्रोबियल समुदाय के जीवविज्ञान - साक्षात्कार

DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA Extraction from 0.22 ÃƒÅ½Ã‚Â¼M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

0.22 सुक्ष्ममापी Sterivex फ़िल्टर और सीज़ियम क्लोराइड घनत्व ढाल centrifugation से डीएनए निष्कर्षण

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

उच्च आण्विक वजन जीनोमिक डीएनए के मृदा और निक्षेपों से निकालना

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

आण्विक Fractionation वजन के आधार के लिए तरल चरण रिकवरी के साथ GELFREE 8100 Fractionation प्रणाली का उपयोग

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

जेनेटिक और Epigenetic विश्लेषण के लिए आयल एंबेडेड सामग्री से डीएनए निष्कर्षण

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

A Hybrid DNA Extraction Method for the Qualitative and Quantitative Assessment of Bacterial Communities from Poultry Production Samples

पोल्ट्री उत्पादन नमूनों से बैक्टीरियल समुदाय के गुणात्मक और मात्रात्मक मूल्यांकन के लिए एक हाइब्रिड डीएनए निष्कर्षण विधि

The efficacy of DNA extraction protocols can be highly dependent upon both the type of sample being investigated and the types of downstream analyses ...

Mucin Agarose Gel Electrophoresis: Western Blotting for High-molecular-weight Glycoproteins

Mucin agarose जेल वैद्युतकणसंचलन: उच्च आणविक वजन Glycoproteins के लिए पश्चिमी सोख्ता


Mucins, the heavily-glycosylated proteins lining mucosal surfaces, have evolved as a key component of innate defense by protecting the epithelium against ...

Preparation of Formalin-fixed Paraffin-embedded Tissue Cores for both RNA and DNA Extraction

दोनों आरएनए और डीएनए निष्कर्षण के लिए formalin तय आयल एम्बेडेड ऊतक कोर की तैयारी

Formalin-fixed paraffin embedded tissue (FFPET) represents a valuable, well-annotated substrate for molecular investigations. The utility of FFPET in ...

Methods for the Extraction of Endosymbionts from the Whitefly Bemisia tabaci

Methods for the Extraction of Endosymbionts from the Whitefly Bemisia tabaci

व्हाइटफ़्लु से एन्डोसोम्बियंट्स के एक्सट्रैक्शन के लिए तरीके<em&gt; बेमिशिया टैबिए</em

Bacterial symbionts form an intimate relationship with their hosts and confer advantages to the hosts in most cases. Genomic information is critical to ...

Modified Methods for Loading of High-Throughput DNA Extraction Plates Reduce Potential for Contamination

उच्च थ्रूपुट डीएनए निष्कर्षण प्लेटों के लोडिंग के लिए संशोधित तरीके संदूषण के लिए क्षमता को कम करते हैं

High-throughput DNA sequencing techniques have contributed substantially to advances in our understanding of relationships among microbial communities, ...