Name: extraction of high molecular weight dna from microbial mats
Uploaded: 2011-07-07T12:03:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats at JoVE.com

Эта работа финансировалась Национальным научным фондом экологического Genomics программы (грант № EF-0723707).

1. Микробная Добыча Cell: <ol><li> Однородный микробных матах со стерильной шлифовальные пестиком, смешивая тщательно. Поместите приблизительно все 30 г (сырого веса) гомогенизированных материала мата в стерильную емкость Варинга блендер, добавить около 100 мл 1 М NaCl (или концентрации, характе?...

<ol>
	<li>Decho, A. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+biofilms+in+intertidal+systems:+an+overview.">Microbial biofilms in intertidal systems: an overview.</a> Cont. Shelf Res. 20, 1257-1273 (2000).</li><li>Dupraz, C., Visscher, P. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Microbial+lithification+in+marine+stromatolites+and+hypersaline+mats.">Microbial lithification in marine stromatolites and hypersaline mats.</a> Trends Microbiol. 13, 429-438 (2005).</li><li>Steffan, R. J., Goksoyr, J., Boj, A. K., Atlas, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Recovery+of+DNA+from+soils+and+sediments.">Recovery of DNA from soils and sediments.</a> Appl. Environ. Microbiol. 54, 2908-2915 (1988).</li><li>Lee, Y. K., Kim, H. W., Liu, C. L., Lee, H. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+simple+method+for+DNA+extraction+from+marine+bacteria+that+produce+extracellular+materials.">A simple method for DNA extraction from marine bacteria that produce extracellular materials.</a> J. Microbiol. Methods. 52, 245-250 (2003).</li><li>Roose-Amsaleg, C. L., Garnier-Sillam, E., Harry, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+and+Purification+of+Microbial+DNA+from+Soil+and+Sediment+Samples.">Extraction and Purification of Microbial DNA from Soil and Sediment Samples.</a> Appl. Soil Ecol. 18, 47-60 (2001).</li><li>de Lipthay, J. R., Enzinger, C., Johnsen, K., Aamand, J., S&#248;rensen, S. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Impact+of+DNA+extraction+method+on+bacterial+community+composition+measured+by+denaturing+gradient+gel+electrophoresis.">Impact of DNA extraction method on bacterial community composition measured by denaturing gradient gel electrophoresis.</a> Soil Biol. Biochem. 36, 1607-1614 (2004).</li><li>Bey, B. S., Fichot, E. B., Dayama, G., Decho, A. W., Norman, R. S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Extraction+of+High+Molecular+Weight+DNA+from+Microbial+Mats.">Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats.</a> Biotechniques. 49, 631-640 (2010).</li><li>Kakirde, S. K., Parsley, L. C., Liles, M. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Size+does+matter:+Application-driven+approaches+for+soil+metagenomics.">Size does matter: Application-driven approaches for soil metagenomics.</a> Soil Biology &#38; Biochemistry. 42, 1911-1923 (2010).</li><li>Rodon, M. R., August, P. R., Bettermann, A. D., Brady, S. F., Grossman, T. H., Liles, M. R., Loiacono, K. A., Lynch, B. A., MacNeil, I. A., Minor, C., Tiong, C. L., Gilman, M., Osburne, M. S., Clardy, J., Handelsman, J., Goodman, R. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Cloning+the+Soil+Metagenomic:+A+Strategy+for+Accessing+the+Genetic+and+Functional+Diversity+of+Uncultured+Microorganisms.">Cloning the Soil Metagenomic: A Strategy for Accessing the Genetic and Functional Diversity of Uncultured Microorganisms.</a> Appl. Environ. Microbiol. 66, 2541-2547 (2000).</li><li>Beja, O., Aravind, L., Koonin, E. V., Suzuki, M. T., Hadd, A., Nguyen, L. P., Jovanovich, S. B., Gates, C. M., Feldman, R. A., Spudich, J. L., Spudich, E. N., DeLong, E. F. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacterial+Rhodopsin:+Evidence+for+a+New+Type+of+Phototrophy+in+the+Sea.">Bacterial Rhodopsin: Evidence for a New Type of Phototrophy in the Sea.</a> Science. 289, 1902-1906 (2000).</li></ol>

Учитывая, что полное удаление ячейки из сложных и весьма разнообразны образцы микробного мата невозможно, главной задачей является, как хорошо извлеченные клетки представляют всего сообщества коврик микроорганизмов. В предыдущем исследовании, ПЦР-анализ DGGE микробных генов 16S рРНК по?...

<table border="1"><tbody><tr><th> Название реагента </th><th> Компания </th><th> Номер в каталоге </th><th> Комментарии </th></tr><tr><td> β-меркаптоэтанол </td><td> Sigma-Aldrich </td><td> M3148 </td><td></td></tr><tr><td> Полиэтиленгликоль 8000 </td><td> Promega </td><td> V3011 </td><td> 20% в 1,2 М NaCl </td></tr><tr><td> Калия ацетат </td><td> Fisher Scientific </td><td></td><td> Fisher Scientific </td></tr><tr><td> Квант-IT дцДНК Пробирной комплект </td><td> Invitrogen </td><td> Q33130 </td><td></td></tr><tr><td> РНКазы </td><td> Эпицентр </td><td> MRNA092 </td><td></td></tr><tr><td> Хлористый натрий </td><td> Химические вещества BDH </td><td> BDH8014 </td><td> Соответствующие конц. </td></tr><tr><td> Додецилсульфата натрия </td><td> Fisher Scientific </td><td> 03-500-509 </td><td> 10% в воде </td></tr><tr><td> гексаметафосфат натрия </td><td> EMD Химические вещества </td><td> SX0583-3 </td><td> 2% в воде </td></tr><tr><td> TBE </td><td> Fisher Scientific </td><td> BP1333-1 </td><td></td></tr><tr><td> CHEF Mapper XA системы </td><td> Bio-Rad Laboratories </td><td> 170-3670 </td><td></td></tr><tr><td> NanoDrop 1000 спектрофотометр </td><td> Thermo Scientific </td><td> ND-1000 </td><td></td></tr><tr><td> Vortexer </td><td> Научно Industries, Inc </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Ультрафиолетовое Crosslinker </td><td> UVP </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Гомогенизатор Уоринга </td><td> Варинга лаборатории </td><td> LB10S </td><td></td></tr></tbody></table>

extraction of high molecular weight dna from microbial mats

Успешные и точный анализ и интерпретация метагеномных данных зависит от эффективной добычи высокого качества, высокой молекулярной массы (HMW) сообщества ДНК. Тем не менее, пробы окружающей среды мат часто создают трудности для получения больших концентраций высокого качества, ДНК HMW. Коврики гиперсоленых микробной содержат большое количество внеклеточных полимерных веществ (EPS) 1 и солей, которые могут препятствовать течению приложений добываемого ДНК. Прямые и жесткие методы часто используются в экстракции ДНК из тугоплавких образцов. Эти методы, как правило, используется, потому что ЭПС в маты, клей матрицы, связывает ДНК 2,3 при прямой лизис. В результате жестких методов добычи, ДНК становится раздроблена на небольшие размеры 4,5,6. ДНК таким образом, становится не подходит для больших вставить вектор клонирования. Для того чтобы обойти эти ограничения, мы сообщаем усовершенствованной методологии для извлечения ДНК HMW хорошего качества и количества из гиперсоленых коврики микроорганизмов. Мы использовали косвенный метод предусматривающее разделения микробных клеток из матрицы фоне мат через смешивание и дифференциального центрифугирования. Сочетание механических и химических процедур используются для извлечения и очистки ДНК из извлеченных микробных клеток. Наш протокол дает примерно 2 мкг HMW ДНК (35-50 кб) на грамм коврик образца, с 260/280 отношением 1,6. Кроме того, усиление генов 16S рРНК 7 предполагает, что протокол может уменьшить или устранить любые тормозящее действие загрязняющих веществ. Наши результаты дают соответствующую методологию для извлечения ДНК из HMW микробных матах для функциональной метагеномных исследований и могут быть применимы к другим проб окружающей среды, из которой экстракции ДНК является сложной задачей.

Watch this Scientific Journal Video about Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats at JoVE.com

Extraction of High Molecular Weight DNA from Microbial Mats

Мы предоставляем улучшенный протокол для извлечения ДНК высокого молекулярного веса от гиперсоленых коврики микроорганизмов. Микробные клетки отделяются от мата матрицы до выделения ДНК и очистки. Это повышает концентрацию, качество и размер ДНК. Протокол может быть использован для других огнеупорных образцов.

Добыча высокомолекулярных ДНК Вес от микробных матах

Successful and accurate analysis and interpretation of metagenomic data is dependent upon the efficient extraction  of high-quality, high molecular weight ...

Research

JoVE Journal

Biology

Biology of Microbial Communities  - Interview

Биология микробных сообществ - Интервью

DNA Extraction from 0.22 &mu;M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

DNA Extraction from 0.22 ÃƒÅ½Ã‚Â¼M Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation

Экстракции ДНК из 0,22 мкм Фильтры Sterivex и цезия хлорид центрифугирования в градиенте плотности

This method is used to extract high molecular weight genomic DNA from planktonic biomass concentrated on 0.22 &mu;M Sterivex filters that have been ...

Extraction of High Molecular Weight Genomic DNA from Soils and Sediments

Добыча высокомолекулярных ДНК Геномная Вес от почвы и осадков

The soil microbiome is a vast and relatively unexplored reservoir of genomic diversity and metabolic innovation that is intimately associated with ...

Using the GELFREE 8100 Fractionation System for Molecular Weight-Based Fractionation with Liquid Phase Recovery

Использование GELFREE 8100 Фракционирование Система Молекулярный вес основе фракционирования с жидким этапе восстановления

The GELFREE 8100 Fractionation System is a novel protein fractionation system designed to maximize protein recovery during molecular weight based ...

DNA Extraction from Paraffin Embedded Material for Genetic and Epigenetic Analyses

Экстракции ДНК из парафин материала для генетических и эпигенетических Анализы

Disease development and progression are characterized by frequent genetic and epigenetic aberrations including chromosomal rearrangements, copy number ...

A Hybrid DNA Extraction Method for the Qualitative and Quantitative Assessment of Bacterial Communities from Poultry Production Samples

Гибридная ДНК Добыча Метод для качественной и количественной оценки бактериальных сообществ из мяса птицы Образцы продукции

The efficacy of DNA extraction protocols can be highly dependent upon both the type of sample being investigated and the types of downstream analyses ...

Mucin Agarose Gel Electrophoresis: Western Blotting for High-molecular-weight Glycoproteins

Муцин Электрофорез в агарозном геле: Вестерн блот для высокой молекулярной массой гликопротеинов


Mucins, the heavily-glycosylated proteins lining mucosal surfaces, have evolved as a key component of innate defense by protecting the epithelium against ...

Preparation of Formalin-fixed Paraffin-embedded Tissue Cores for both RNA and DNA Extraction

Получение формалином фиксированных залитых парафином тканей Ядра как для РНК и ДНК экстракции

Formalin-fixed paraffin embedded tissue (FFPET) represents a valuable, well-annotated substrate for molecular investigations. The utility of FFPET in ...

Methods for the Extraction of Endosymbionts from the Whitefly Bemisia tabaci

Methods for the Extraction of Endosymbionts from the Whitefly Bemisia tabaci

Методы экстракции эндосимбионтов из Белой бабочки<em&gt; Bemisia tabaci</em

Bacterial symbionts form an intimate relationship with their hosts and confer advantages to the hosts in most cases. Genomic information is critical to ...

Modified Methods for Loading of High-Throughput DNA Extraction Plates Reduce Potential for Contamination

Модифицированные методы загрузки высокой пропускной способности пластин извлечения ДНК снижают потенциал загрязнения

High-throughput DNA sequencing techniques have contributed substantially to advances in our understanding of relationships among microbial communities, ...