Name: a high throughput in situ hybridization method to characterize mrna expression patterns in the fetal mouse lower urogenital tract
Uploaded: 2011-08-19T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract at JoVE.com

فإن الكتاب أود أن أشكر الدكتور لان يي ، معهد السرطان في نيو جيرسي ، للحصول على المساعدة الفنية في إعداد سلات الأنسجة. وقد تم تمويل هذا العمل من قبل المعاهد الوطنية للصحة DK083425 المنح وDK070219.

1. التوليف من Riboprobe Digoxigenin - 11 - UTP المسمى من قالب PCR - منشأ <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> لتوليف riboprobe الجينات المحددة ، واستخدام الجينات Entrez (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez) للحصول على تسلسل الجين مرجع [كدنا] (RefSeq). استخدام برنامج Primer3 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/) 5...

<ol>
	<li>Cunha, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+possible+influence+of+temporal+factors+in+androgenic+responsiveness+of+urogenital+tissue+recombinants+from+wild-type+and+androgen-insensitive+(Tfm)+mice.">The possible influence of temporal factors in androgenic responsiveness of urogenital tissue recombinants from wild-type and androgen-insensitive (Tfm) mice.</a> Journal of Experimental Zoology. 205, 181-181 (1978).</li><li>Cunha, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hormonal,+cellular,+and+molecular+regulation+of+normal+and+neoplastic+prostatic+development.">Hormonal, cellular, and molecular regulation of normal and neoplastic prostatic development.</a> Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology. 92, 221-221 (2004).</li><li>Price, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+aspects+of+development+and+structure+in+the+prostate.">Comparative aspects of development and structure in the prostate.</a> National Cancer Institute Monographs. 12, 1-1 (1963).</li><li>Cunha, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stromal-epithelial+interactions--I.+Induction+of+prostatic+phenotype+in+urothelium+of+testicular+feminized+(Tfm/y)+mice.">Stromal-epithelial interactions--I. Induction of prostatic phenotype in urothelium of testicular feminized (Tfm/y) mice.</a> Journal of Steroid Biochemistry. 14, 1317-1317 (1981).</li><li>Rozen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Primer3+on+the+WWW+for+general+users+and+for+biologist+programmers.">Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers.</a> Methods in Molecular Biology. 132, 365-365 (2000).</li><li>Zhang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+greedy+algorithm+for+aligning+DNA+sequences.">A greedy algorithm for aligning DNA sequences.</a> Journal of Computational Biology. 7, 203-203 (2000).</li><li>Vezina, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dioxin+causes+ventral+prostate+agenesis+by+disrupting+dorsoventral+patterning+in+developing+mouse+prostate.">Dioxin causes ventral prostate agenesis by disrupting dorsoventral patterning in developing mouse prostate.</a> Toxicological Sciences. 106, 488-488 (2008).</li><li>Wilkinson, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+messenger+RNA+by+in+situ+hybridization+to+tissue+sections+and+whole+mounts.">Detection of messenger RNA by in situ hybridization to tissue sections and whole mounts.</a> Methods in Enzymology. 225, 361-361 (1993).</li></ol>

باستخدام الطريقة الموصوفة هنا ، فإنه من الممكن الكشف عن mRNAs في جميع أنواع الخلايا الرئيسية ومقصورات أنسجة الجنين الماوس طرفيات المستعملين المحليين من الذكور والإناث بما في ذلك منصات الوسيطة ، الظهارة البولية ، العضلات الملساء ، براعم البروستاتا ، لاصق قذفي والمهبل....

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> اسم كاشف </th><th> شركة </th><th> فهرس العدد </th></tr><tr><td> Digoxigenin المضادة للأجسام المضادة ، شظايا فاب </td><td> روش العلوم التطبيقية </td><td> 11214667001 </td></tr><tr><td> حظر كاشف </td><td> روش العلوم التطبيقية </td><td> 11096176001 </td></tr><tr><td> BM الركيزة AP الأرجواني ، مما عجل </td><td> روش العلوم التطبيقية </td><td> 11442074001 </td></tr><tr><td> الأبقار مصل الزلال </td><td> فيشر العلمية </td><td> BP1600 - 100 </td></tr><tr><td> خلية لوحة والثقافة ، وكذلك 24 </td><td> كورنينج </td><td> 3524 </td></tr><tr><td> Digoxigenin 11 - UTP </td><td> روش العلوم التطبيقية </td><td> 1277073910 </td></tr><tr><td> dNTPs </td><td> روش العلوم التطبيقية </td><td> 11969064001 </td></tr><tr><td> ذو حدين شفرة الحلاقة </td><td> سيف ويلكنسون </td><td> الكلاسيكي النموذجي </td></tr><tr><td> Eliminase ريبونوكلياز مزيل </td><td> التطهير مختبرات </td><td> 1102 </td></tr><tr><td> Formamide </td><td> سيغما </td><td> F5786 - 1L </td></tr><tr><td> هلام استخراج طقم </td><td> Qiagen </td><td> 28704 </td></tr><tr><td> غلوتارالدهيد ، حل 25 ٪ في H 2 O </td><td> سيغما </td><td> G6257 - 100ML </td></tr><tr><td> الهيبارين ، وملح الصوديوم </td><td> سيغما </td><td> H3393 </td></tr><tr><td> بيروكسيد الهيدروجين ، حل 30 ٪ في H 2 O </td><td> فيشر العلمية </td><td> BP2633 - 500 </td></tr><tr><td> Levamisole </td><td> سيغما </td><td> L9756 </td></tr><tr><td> وكتايت 404 الفورية تعيين سريع لاصقة </td><td> شركة هنكل </td><td> 46551 </td></tr><tr><td> كلوريد المغنيسيوم </td><td> فيشر العلمية </td><td> M33 - 500 </td></tr><tr><td> المالئيك حمض </td><td> سيغما </td><td> M0375 - 500G </td></tr><tr><td> أنابيب Microcentrifuge ، 1.5mL </td><td> Biologix أبحاث الشركة </td><td> BP337 - 100 </td></tr><tr><td> Millicell إدراج الثقافة صفيحة </td><td> ميليبور </td><td> PICM01250 </td></tr><tr><td> الجزيئية الراتنج طحن </td><td> G - العلوم البيولوجية </td><td> 786 - 138PR </td></tr><tr><td> مخزنة بارافورمالدهيد ، 4 ٪ في حل الفوسفات المالحة </td><td> Affymetrix </td><td> 19943 </td></tr><tr><td> الفوسفات مخزنة المالحة ، دون الكالسيوم والمغنيسيوم </td><td> النائب Biomedicals </td><td> ICN1760420 </td></tr><tr><td> البوليستر شبكة ، و 33 ميكرون ، 12 &quot;× 24&quot; </td><td> شركة صغيرة وقطع غيار </td><td> CMY - 0033 - D </td></tr><tr><td> بروتين K الحل ، 20mg/ml </td><td> Amresco </td><td> E195 - 5ML </td></tr><tr><td> QIAshredder أعمدة </td><td> Qiagen </td><td> 79654 </td></tr><tr><td> س الحل </td><td> Qiagen </td><td> قدمت مع الحمض النووي بوليميريز طق </td></tr><tr><td> ريبونوكلياز </td><td> سيغما </td><td> R6513 </td></tr><tr><td> ريبونوكلياز المانع </td><td> روش العلوم التطبيقية </td><td> 03335399001 </td></tr><tr><td> RNeasy مجموعة مصغرة </td><td> Qiagen </td><td> 74104 </td></tr><tr><td> RNEASY مجموعة مصغرة </td><td> Qiagen </td><td> 74104 </td></tr><tr><td> RQ1 ريبونوكلياز خالية الدناز </td><td> Promega </td><td> M6101 </td></tr><tr><td> SeaPlaque منخفضة ذوبان agarose </td><td> Lonza </td><td> 50101 </td></tr><tr><td> مصل الأغنام </td><td> سيغما </td><td> S2263 - 500mL </td></tr><tr><td> Stericup تصفية الوحدة ، 0.22μm ، polyethersulfone ، 500mL </td><td> ميليبور </td><td> SCGPU05RE </td></tr><tr><td> أزيد الصوديوم ، والحبيبية </td><td> فيشر العلمية </td><td> S227I - 100 </td></tr><tr><td> كلوريد الصوديوم </td><td> فيشر العلمية </td><td> BP358 - 212 </td></tr><tr><td> كبريتات الصوديوم دوديسيل </td><td> فيشر العلمية </td><td> S529 - 500 </td></tr><tr><td> محكمة أمن الدولة ، 20X الحل </td><td> بحث البرامج والخطط الدولية </td><td> S24022 - 4000.0 </td></tr><tr><td> ثالثا مرتفع النظام التوليفي الأول الجديلة </td><td> Invitrogen </td><td> 18080-051 </td></tr><tr><td> T7 بوليميريز الحمض النووي الريبي </td><td> روش العلوم التطبيقية </td><td> 10881767001 </td></tr><tr><td> طق الحمض النووي بوليميريز </td><td> Qiagen </td><td> 201203 </td></tr><tr><td> تريس ، حمض الهيدروكلوريك </td><td> فيشر العلمية </td><td> BP153 - 1 </td></tr><tr><td> توين 20 </td><td> فيشر العلمية </td><td> BP337 - 100 </td></tr><tr><td> مشراح تهتز مع حمام ديلوكس العينة </td><td> لايكا مايكروسيستمز </td><td> VT1000A </td></tr><tr><td> الخميرة الحمض الريبي النووي النقال </td><td> روش العلوم التطبيقية </td><td> 109495 </td></tr></tbody></table>

a high throughput in situ hybridization method to characterize mrna expression patterns in the fetal mouse lower urogenital tract

تطوير الجهاز البولي التناسلي السفلي (طرفية) هي عملية معقدة. ويتجلى هذا التعقيد خلال تشكيل البروستاتا من مجرى البول الجنين الذكر ، والذي يعتمد على إشارات وأندروجيني الظهارية - الوسيطة 1،2 التفاعلات. قد فهم الآليات الجزيئية المسؤولة عن التنمية البروستاتا تكشف آليات النمو التي أيقظ بشكل غير لائق في وقت لاحق في الحياة أن يؤدي إلى نشوء أمراض البروستاتا مثل تضخم البروستاتا الحميد وسرطان البروستاتا. وLUT النامية معقدة تشريحيا. من البروستاتا الوقت الناشئين يبدأ في تصور آخر 16.5 يوما (DPC) ، العديد من أنواع الخلايا موجودة. الأوعية الدموية والأعصاب والعضلات الملساء الموجودة داخل سدى الوسيطة 3. هذا سدى يحيط ظهارة متعددة الطبقات ويثير البروستاتا الجنين من خلال مستقبلات الاندروجين التي تعتمد على اشارات نظير الصماوي 4. هوية مستقبلات الاندروجين اللحمية التي تستجيب للجينات اللازمة للتنمية البروستاتا والآلية التي لا تشكل البروستاتا ظهارة الأقنية استجابة لهذه الجينات مفهومة تماما. القدرة على التعرف على أنواع الخلايا بدقة التعبير وتوطين من العوامل المحددة في داخلها لا بد من زيادة فهم التنمية البروستاتا. التهجين في الموقع (ISH) يسمح لتوطين mRNAs داخل الأنسجة. وبالتالي ، يمكن استخدام هذه الطريقة لتحديد نمط وتوقيت التعبير عن جزيئات الإشارات والمستقبلات الخاصة بهم ، وبالتالي توضيح المنظمين المحتملين البروستاتا التنموية. هنا ، نحن تصف ISH إنتاجية عالية التقنية لتحديد أنماط التعبير مرنا في طرفية الماوس الجنين باستخدام تهتز مشراح قطع المقاطع. هذا الأسلوب يوفر مزايا عديدة أكثر من البروتوكولات ISH الأخرى. أداء ISH على المقاطع رقيقة تنضم إلى شريحة من الصعب من الناحية الفنية ، وكثيرا ما cryosections نوعية الهيكلية الفقراء في حين أن كلا cryosections البارافين والمقاطع غالبا ما تؤدي إلى القرار إشارة ضعيفة. ويمكن أداء ISH على أنسجة جبل بأكمله في محاصرة نتيجة التحقيق. في المقابل ، لدينا إنتاجية عالية التقنية تستخدم قطع سميكة المقاطع التي تكشف بالتفصيل بنية الأنسجة. أنابيب microfuge تعديل تسمح سهولة التعامل من خلال المقاطع الإجراء ISH. ويمكن فحص كحد أقصى المحاضر مرنا 4 من طرفية a 17.5dpc واحد مع ما يصل الى 24 مرنا النصوص المكتشفة في شوط واحد ، وبالتالي تقليل التكاليف وتعظيم الكفاءة. هذا الأسلوب يسمح لمعالجتها معالجة مجموعات متعددة مماثل وكوحدة واحدة ، وبالتالي إزالة أي تحيز لتفسير البيانات. الأكثر تعلقا الباحثين البروستاتا ، وهذا الأسلوب يوفر الموقع المكاني والزماني للالمنخفضة والعالية وفرة النصوص مرنا في مجرى البول الماوس الجنين الذي يولد لشبكة الأقنية البروستاتا.

Watch this Scientific Journal Video about A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract at JoVE.com

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

هنا ، نحن تصف كفاءة عالية الإنتاجية<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين (ISH) طريقة لتصور أنماط التعبير مرنا في تطوير قطاعات النسيج الجنيني الماوس البروستاتا. ويمكن تكييفها بسهولة طريقة لتصور أنماط التعبير مرنا في الأنسجة الماوس الأخرى أو في أنسجة من الأنواع الأخرى.

إنتاجية عالية في الموقع أسلوب التهجين لتوصيف أنماط التعبير مرنا في الفأر الجنينية السفلى المسالك البولي التناسلي

Development of the lower urogenital tract (LUT) is an intricate process. This complexity is evidenced during formation of the prostate from the fetal male ...

Research

JoVE Journal

Biology

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae

أسلوب الإنتاجية العالية عالميا لدراسة مورفولوجية عضية في البيرة س.

High-throughput methods to examine protein localization or organelle morphology is an effective tool for studying protein interactions and can help ...

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

الزرد الجامع جبل الرفيع قرار مزدوج نيون في الموقع التهجين

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins (RNPs) on Human pre-mRNA

A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins RNPs on Human pre-mRNA

سريع سرعة عالية طريقة لرسم الخرائط Ribonucleoproteins (RNPs) على مرنا ما قبل الإنسان

Sequencing RNAs that co-immunoprecipitate (co-IP) with RNA binding proteins has increased our understanding of splicing by demonstrating that binding ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

باستخدام الجينات Electroporation MXcell بولسير النظام لTransfect الخلايا الأولية ذات الكفاءة العالية

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Hi-C: A Method to Study the Three-dimensional Architecture of Genomes.

مرحبا - C : طريقة لدراسة الهندسة المعمارية ثلاثي الأبعاد للخريطة جينوم.

The three-dimensional folding of chromosomes compartmentalizes the genome and and can bring distant functional elements, such as promoters and enhancers, ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

جبل كله<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين من E8.5 لأجنة الفئران E11.5

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

المشعة في الموقع التهجين، لتحديد متنوعة أنماط التعبير الجيني في الأنسجة

Knowing the timing, level, cellular localization, and cell type that a gene is expressed in contributes to our understanding of the function of the gene. ...

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

الإنتاجية العالية لرسم الخرائط المادية للالكروموسومات باستخدام الآلي<em&gt; في الموقع</em&gt; التهجين

Projects to obtain whole-genome sequences for 10,000 vertebrate species1 and for 5,000 insect and related arthropod species2 are expected to take place ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

عزلة البروتينية ريبوسوم الوليدة منضم<em&gt; في المختبر</em&gt; لتحديد المواقع وقفة بالحركة على طول مرنا

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

التصور والتحليل من جزيئات الرنا المرسال عن طريق الإسفار<em&gt; في الموضع</em&gt; التهجين في<em&gt; خميرة الخباز</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...