Name: a high throughput in situ hybridization method to characterize mrna expression patterns in the fetal mouse lower urogenital tract
Uploaded: 2011-08-19T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract at JoVE.com

저자는 조직 바구니 준비에 기술 지원을위한 닥터 란 이순신, 뉴저지의 암 연구소, 감사드립니다. 이 작품은 건강 보조금 DK083425 및 DK070219 국립 연구소에 의해 투자되었다.

1. PCR 생성 템플릿에서 Digoxigenin - 11 - UTP - 라벨 Riboprobe의 합성 <ol><li> 유전자 특정 riboprobe을 합성하기 위해 유전자 cDNA 참조 시퀀스 (RefSeq)을 구하는 Entrez 진 (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez)를 사용합니다. cDNA 시퀀스의 3&#39; - 지역에 대한 유전자 특정 PCR의 primers를 디자인하는 Primer3 프로그램 (http://frodo.wi.mit.edu/primer3/) 5를 사용합니다. PCR 프라이머 선택에 대한 권장 매개 변수는 (ht...

<ol>
	<li>Cunha, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+possible+influence+of+temporal+factors+in+androgenic+responsiveness+of+urogenital+tissue+recombinants+from+wild-type+and+androgen-insensitive+(Tfm)+mice.">The possible influence of temporal factors in androgenic responsiveness of urogenital tissue recombinants from wild-type and androgen-insensitive (Tfm) mice.</a> Journal of Experimental Zoology. 205, 181-181 (1978).</li><li>Cunha, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hormonal,+cellular,+and+molecular+regulation+of+normal+and+neoplastic+prostatic+development.">Hormonal, cellular, and molecular regulation of normal and neoplastic prostatic development.</a> Journal of Steroid Biochemistry and Molecular Biology. 92, 221-221 (2004).</li><li>Price, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Comparative+aspects+of+development+and+structure+in+the+prostate.">Comparative aspects of development and structure in the prostate.</a> National Cancer Institute Monographs. 12, 1-1 (1963).</li><li>Cunha, G. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Stromal-epithelial+interactions--I.+Induction+of+prostatic+phenotype+in+urothelium+of+testicular+feminized+(Tfm/y)+mice.">Stromal-epithelial interactions--I. Induction of prostatic phenotype in urothelium of testicular feminized (Tfm/y) mice.</a> Journal of Steroid Biochemistry. 14, 1317-1317 (1981).</li><li>Rozen, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Primer3+on+the+WWW+for+general+users+and+for+biologist+programmers.">Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers.</a> Methods in Molecular Biology. 132, 365-365 (2000).</li><li>Zhang, Z. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+greedy+algorithm+for+aligning+DNA+sequences.">A greedy algorithm for aligning DNA sequences.</a> Journal of Computational Biology. 7, 203-203 (2000).</li><li>Vezina, C. M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Dioxin+causes+ventral+prostate+agenesis+by+disrupting+dorsoventral+patterning+in+developing+mouse+prostate.">Dioxin causes ventral prostate agenesis by disrupting dorsoventral patterning in developing mouse prostate.</a> Toxicological Sciences. 106, 488-488 (2008).</li><li>Wilkinson, D. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Detection+of+messenger+RNA+by+in+situ+hybridization+to+tissue+sections+and+whole+mounts.">Detection of messenger RNA by in situ hybridization to tissue sections and whole mounts.</a> Methods in Enzymology. 225, 361-361 (1993).</li></ol>

방법을 사용하면 여기에 설명된, 그것은 주요 세포 유형 및 mesenchymal 패드, urothelium, 부드러운 근육, 전립선 꽃봉오리, ejaculatory 덕트 및 질을 포함하여 태아 남성과 여성의 마우스 LUTs의 조직 구획의 모든 mRNAs를 감지할 수 있습니다. 이 프로토콜에 사용되는 50μm 섹션은 조직 구조 (예 : 혈관 등) 해결하기 위해 충분한 두께가되는 장점을 가지고 있지만 일반적으로 전체 마운트 이쉬 동안 발생한 방?...

<table border="1"><tbody><tr><th> 시약의 이름 </th><th> 회사 </th><th> 카탈로그 번호 </th></tr><tr><td> 방지 Digoxigenin 항체, 팹 조각 </td><td> 로체 응용 과학 </td><td> 11214667001 </td></tr><tr><td> 시약 차단 </td><td> 로체 응용 과학 </td><td> 11096176001 </td></tr><tr><td> BM 퍼플 AP 기판, precipitating </td><td> 로체 응용 과학 </td><td> 11442074001 </td></tr><tr><td> 소 혈청 알부민 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> BP1600 - 100 </td></tr><tr><td> 세포 배양 플레이트,도 24 </td><td> 코닝 </td><td> 3524 </td></tr><tr><td> Digoxigenin 11 - UTP </td><td> 로체 응용 과학 </td><td> 1277073910 </td></tr><tr><td> dNTPs </td><td> 로체 응용 과학 </td><td> 11969064001 </td></tr><tr><td> 양날 면도날 </td><td> 윌킨슨 소드 </td><td> 클래식 모델 </td></tr><tr><td> Eliminase RNase의 제거 </td><td> Decon 연구소 </td><td> 1102 </td></tr><tr><td> 포름 아미드 </td><td> 시그마 </td><td> F5786 - 1L </td></tr><tr><td> 겔 추출 키트 </td><td> Qiagen </td><td> 28,704 </td></tr><tr><td> H 2 O에서 글루 타 알데히드, 25 % 용액 </td><td> 시그마 </td><td> G6257 - 100ML </td></tr><tr><td> 헤파린 나트륨 소금 </td><td> 시그마 </td><td> H3393 </td></tr><tr><td> H 2 O에서 과산화수소, 30 % 용액 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> BP2633 - 500 </td></tr><tr><td> Levamisole </td><td> 시그마 </td><td> L9756 </td></tr><tr><td> Loctite 404 빠른 설정 인스턴트 접착제 </td><td> 헨켈 주식 회사 </td><td> 46,551 </td></tr><tr><td> 마그네슘 염화물 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> M33 - 500 </td></tr><tr><td> Maleic 산성 </td><td> 시그마 </td><td> M0375 - 500G </td></tr><tr><td> Microcentrifuge 튜브, 1.5mL </td><td> Biologix 리서치 회사 </td><td> BP337 - 100 </td></tr><tr><td> Millicell 문화 플레이트 삽입 </td><td> Millipore </td><td> PICM01250 </td></tr><tr><td> 분자 분쇄 수지 </td><td> G - Biosciences </td><td> 786 - 138PR </td></tr><tr><td> 인산염의 Paraformaldehyde, 4 %의 솔루션을 살린 버퍼 </td><td> Affymetrix </td><td> 19,943 </td></tr><tr><td> 인산은 칼슘 &amp; MG없이 살린 버퍼 </td><td> MP의 Biomedicals </td><td> ICN1760420 </td></tr><tr><td> 폴리에스터 메쉬, 33 미크론, 12 &quot;X 24&quot; </td><td> 소형 부품 부동산 </td><td> CMY - 0033 - D </td></tr><tr><td> Proteinase K 용액, 20mg/ml </td><td> Amresco </td><td> E195 - 5ML </td></tr><tr><td> QIAshredder 열 </td><td> Qiagen </td><td> 79,654 </td></tr><tr><td> Q 솔루션 </td><td> Qiagen </td><td> DNA 형성 촉매의 DNA 중합 효소와 함께 제공 </td></tr><tr><td> RNase </td><td> 시그마 </td><td> R6513 </td></tr><tr><td> RNase 저해제 </td><td> 로체 응용 과학 </td><td> 03335399001 </td></tr><tr><td> RNeasy 미니 키트 </td><td> Qiagen </td><td> 74,104 </td></tr><tr><td> RNEASY 미니 키트 </td><td> Qiagen </td><td> 74,104 </td></tr><tr><td> RQ1 RNase없는 DNase </td><td> Promega </td><td> M6101 </td></tr><tr><td> SeaPlaque 낮은 용융 아가로 오스 </td><td> Lonza </td><td> 50,101 </td></tr><tr><td> 양 혈청 </td><td> 시그마 </td><td> S2263 - 500mL </td></tr><tr><td> Stericup 필터 유닛, 0.22μm, polyethersulfone, 500mL </td><td> Millipore </td><td> SCGPU05RE </td></tr><tr><td> 나트륨 azide, 입상 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> S227I - 100 </td></tr><tr><td> 나트륨 염화물 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> BP358 - 212 </td></tr><tr><td> 나트륨 dodecyl 황산 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> S529 - 500 </td></tr><tr><td> SSC, 20X 솔루션 </td><td> 연구 제품 국제 </td><td> S24022 - 4000.0 </td></tr><tr><td> 윗첨자 III 첫 스트랜드 합성 시스템 </td><td> Invitrogen </td><td> 18080-051 </td></tr><tr><td> T7 RNA 효소 </td><td> 로체 응용 과학 </td><td> 10881767001 </td></tr><tr><td> DNA 형성 촉매 DNA 중합 효소 </td><td> Qiagen </td><td> 201203 </td></tr><tr><td> 트리스 - HCL </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> BP153 - 1 </td></tr><tr><td> 트윈 20 </td><td> 피셔 사이 언티픽 </td><td> BP337 - 100 </td></tr><tr><td> 고급 표본 욕실 마이크로톰 진동 </td><td> Leica 마이크로 시스템즈 </td><td> VT1000A </td></tr><tr><td> 효모 tRNA </td><td> 로체 응용 과학 </td><td> 109495 </td></tr></tbody></table>

a high throughput in situ hybridization method to characterize mrna expression patterns in the fetal mouse lower urogenital tract

낮은 urogenital 트랙트 (LUT)의 개발은 복잡한 프로세스입니다. 이 복잡 androgenic 신호와 상피 - mesenchymal 상호 작용의 1,2에 의존 태아 남성 요도에서 전립선 형성하는 동안 입증합니다. 전립선 개발을 담당하는 분자 메커니즘을 이해하는 것은 부적절 같은 양성 전립선 증식과 전립선 암 등 전립선 질환을 야기할 나중에 삶에 reawakened 아르 성장 메커니즘을 보여줄 수 있습니다. 개발 LUT는 해부학적인 몸의 구조도 복잡합니다. 신진 시간 전립선은 16.5 일 게시 개념 (DPC)에 시작하여 많은 세포 유형이 존재한다. Vasculature, 신경 및 평활근은 mesenchymal 기질 내에 3. 이 기질은 multilayered 상피와 주변 androgen 수용체 의존 paracrine 신호 4 태아 전립선에 상승을 제공합니다. stromal androgen의의 신분 수용체 - 응답 전립선 개발 및 이들 유전자에 대한 응답으로 전립선의 상피 ductal 형태가 완전히 이해되지하는 메커니즘에 필요한 유전자. 정확하게 세포 유형을 식별하고 그들 내의 특정 요소의 표현을 집중하는 능력은 더욱 전립선 개발을 이해하는 필수적입니다. 원위치 하이브리드화 년 (이쉬) 조직 내에서 mRNAs의 국산화에 대한 수 있습니다. 따라서이 방법은이를 통해 잠재적인 전립선 개발 규제를 elucidating, 패턴 및 신호 분자와 그 수용체의 표현의 타이밍을 식별하는 데 사용할 수 있습니다. 여기, 우리는 진동 마이크로톰 - 컷 섹션을 사용하여 태아 마우스 LUT의 mRNA 발현 패턴을 식별하는 높은 처리량 이쉬 기술을 설명합니다. 이 방법은 다른 이쉬 프로토콜을 통해 몇 가지 장점을 제공합니다. 슬라이드을 준수 얇은 섹션에 이쉬 수행하는 것이 기술적으로 어렵습니다, 모두 cryosections 및 파라핀 섹션은 종종 약한 신호 해상도로 결과를하면서 cryosections 자주 가난한 구조 품질을 가지고 있습니다. 전체 마운트 조직에 이쉬 수행하면 프로브 트래핑이 발생할 수 있습니다. 대조적으로, 우리의 높은 처리량 기술은 세부 조직 아키텍처를 공개 두꺼운 상처 부분을 활용합니다. 수정 microfuge 튜브는 이쉬 절차를 수행하는 동안 부분을 쉽게 처리하실 수 있습니다. 4 mRNA의 성적의 최대함으로써 비용과 효율성 극대화를 줄이고, 최대 단일 실행에서 검색된 24 mRNA의 성적을 가진 단일 17.5dpc LUT에서 심사하실 수 있습니다. 이 방법은 여러 치료 그룹 따라서 해석 데이터에 대한 모든 편견을 제거, 동일하고 하나의 단위로 처리할 수 있습니다. 대부분의 pertinently 전립선 연구원이 방법은 전립선 ductal 네트워크에 상승을 제공 태아 쥐 요도의 낮은 높은 어번던스 mRNA의 성적의 공간과 시간적 위치를 제공합니다.

Watch this Scientific Journal Video about A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract at JoVE.com

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

여기, 우리는 효율 높은 처리량을 설명<em&gt; 현장에서</em태아 마우스 전립선 조직 섹션을 개발 mRNA의 표현의 패턴을 시각화를위한&gt; 하이브 리다이 제이션 (봐야죠) 방법입니다. 방법은 쉽게 다른 마우스 조직에서 또는 다른 종 조직에서 mRNA 발현 패턴을 시각화하기 위해 적용할 수 있습니다.

높은 처리량 현장에서</em태아 마우스 로우어 Urogenital 트랙트의 mRNA의 표현 패턴을 특성화> 하이브리드화 방법

Development of the lower urogenital tract (LUT) is an intricate process. This complexity is evidenced during formation of the prostate from the fetal male ...

Research

JoVE Journal

Biology

A High Throughput in situ Hybridization Method to Characterize mRNA Expression Patterns in the Fetal Mouse Lower Urogenital Tract

A high-throughput method to globally study the organelle morphology in S. cerevisiae

세계 S. cerevisiae의에서 organelle 형태를 연구하기 위해 높은 처리량 방법

High-throughput methods to examine protein localization or organelle morphology is an effective tool for studying protein interactions and can help ...

연구

생물학

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Zebrafish Whole Mount High-Resolution Double Fluorescent In Situ Hybridization

Zebrafish 전체 마운트 고해상도 더블 형광등 현장에서 하이브 리다이 제이션

Whole mount in situ hybridization is one of the most widely used techniques in developmental biology.  Here, we present a high-resolution double ...

A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins (RNPs) on Human pre-mRNA

A Rapid High-throughput Method for Mapping Ribonucleoproteins RNPs on Human pre-mRNA

인간 사전 mRNA에 매핑 Ribonucleoproteins에 대한 신속한 하이 스루풋 방법 (RNPs)

Sequencing RNAs that co-immunoprecipitate (co-IP) with RNA binding proteins has increased our understanding of splicing by demonstrating that binding ...

Using the Gene Pulser MXcell Electroporation System to Transfect Primary Cells with High Efficiency

고효율 기본 셀을 Transfect하는 진 Pulser Electroporation MXcell의 시스템을 사용하여

It is becoming increasingly apparent that electroporation is the most effective way to introduce plasmid DNA or siRNA into primary cells. The Gene Pulser ...

Hi-C: A Method to Study the Three-dimensional Architecture of Genomes.

안녕하세요 - C : Genomes의 3 차원 구조를 공부하는 방법.

The three-dimensional folding of chromosomes compartmentalizes the genome and and can bring distant functional elements, such as promoters and enhancers, ...

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

Whole Mount in Situ Hybridization of E8.5 to E11.5 Mouse Embryos

전체 산<em&gt; 현장에서</emE11.5 마우스 태아에 E8.5의&gt; 하이브리드

Whole mount in situ hybridization is a very informative approach for defining gene expression patterns in embryos. The in situ hybridization procedures ...

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

Radioactive in situ Hybridization for Detecting Diverse Gene Expression Patterns in Tissue

방사성 현장에서</em조직에서 다양한 유전자 발현 패턴을 검출> 하이브리드화

Knowing the timing, level, cellular localization, and cell type that a gene is expressed in contributes to our understanding of the function of the gene. ...

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

High-throughput Physical Mapping of Chromosomes using Automated in situ Hybridization

자동을 사용하여 염색체의 높은 처리량 물리적 매핑<em&gt; 현장에서</em&gt; 하이브리드화

Projects to obtain whole-genome sequences for 10,000 vertebrate species1 and for 5,000 insect and related arthropod species2 are expected to take place ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Ribosome 바운드 초기 Polypeptides의 분리<em&gt; 체외에서</em&gt; mRNA 함께 Translational 일시 중지 사이트를 식별하려면

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

Visualization and Analysis of mRNA Molecules Using Fluorescence In Situ Hybridization in Saccharomyces cerevisiae

형광을 사용하여 mRNA의 분자의 시각화 및 분석<em&gt; 제자리에서</em에서&gt; 하이브리드<em&gt; 사카 cerevisiae의</em

The Fluorescence in situ Hybridization (FISH) method allows one to detect nucleic acids in the native cellular environment. Here we provide a protocol for ...

높은 처리량 현장에서 하이브리드화 방법