Name: agrobacterium-mediated virus-induced gene silencing assay in cotton
Uploaded: 2011-08-20T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Agrobacterium-Mediated Virus-Induced Gene Silencing Assay In Cotton at JoVE.com

אנו מודים בני הזוג. SP-דינש קומאר חג המולד ליו עבור TRV-VIGS וקטורים, ואת בני הזוג. צ&#39;אק Kenerley, טרי וילר, ג&#39;ים סטר ו Bayer CropScience למתן זרעי כותנה. עבודה זו מומנה על ידי LS-NSF ו-NIH ל PH

1. לגדול שתילי גפן <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> זרעו את זרעי הכותנה הגבעות (Gossypium hirsutum) מגוון Fibermax 832, Phytogen 425RF, Phytogen 480WR ו Deltapine 90 בעציצים (7 ס&quot;מ קוטר) המכיל מערבבים מטרו 700 (SunGR, Beavile, WA). </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שמור את הסירים על מגש מכוסה כיפה פלסטי?...

<ol>
	<li>Chen, Z. J., Scheffler, B. E., Dennis, E., Triplett, B. A., Zhang, T., Guo, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+sequencing+cotton+(Gossypium)+genomes.">Toward sequencing cotton (Gossypium) genomes.</a> Plant Physiol. 145, 1303-1310 (2007).</li><li>Dinesh-Kumar, S. P., Anandalakshmi, R., Marathe, R., Schiff, M., Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virus-induced+gene+silencing.">Virus-induced gene silencing.</a> Methods Mol Biol. 236, 287-294 (2003).</li><li>Hamilton, A. J., Baulcombe, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+species+of+small+antisense+RNA+in+posttranscriptional+gene+silencing+in+plants.">A species of small antisense RNA in posttranscriptional gene silencing in plants.</a> Science. 286, 950-952 (1999).</li><li>Burch-Smith, T. M., Anderson, J. C., Martin, G. B., Dinesh-Kumar, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Applications+and+advantages+of+virus-induced+gene+silencing+for+gene+function+studies+in+plants.">Applications and advantages of virus-induced gene silencing for gene function studies in plants.</a> Plant J. 39, 734-746 (2004).</li><li>Liu, Y., Schiff, M., Dinesh-Kumar, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virus-induced+gene+silencing+in+tomato.">Virus-induced gene silencing in tomato.</a> Plant J. 31, 777-786 (2002).</li><li>Estevez, J. M., Cantero, A., Romero, C., Kawaide, H., Jimenez, L. F., Kuzuyama, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+expression+of+CLA1,+a+gene+that+encodes+the+1-deoxyxylulose+5-phosphate+synthase+of+the+2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate+pathway+in+Arabidopsis.">Analysis of the expression of CLA1, a gene that encodes the 1-deoxyxylulose 5-phosphate synthase of the 2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate pathway in Arabidopsis.</a> Plant Physiol. 124, 95-104 (2000).</li><li>Mandel, M. A., Feldmann, K. A., Herrera-Estrella, L., Rocha-Sosa, M., Leon, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLA1,+a+novel+gene+required+for+chloroplast+development,+is+highly+conserved+in+evolution.">CLA1, a novel gene required for chloroplast development, is highly conserved in evolution.</a> Plant J. 9, 649-658 (1996).</li><li>Gao, X., Wheeler, T., Li, Z., Kenerley, C., He, P., Shan, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Silencing+GhNDR1+and+GhMKK2+compromised+cotton+resistance+to+Verticillium+wilt.">Silencing GhNDR1 and GhMKK2 compromised cotton resistance to Verticillium wilt.</a> Plant J. 66, 293-305 (2011).</li></ol>

VIGS הוכח להיות כלי רב עוצמה לניתוח גנומיקה תפקודית על ידי transiently מפילה את הביטוי של גנים אנדוגניים. במחקר זה, פיתחנו Agrobacterium בתיווך VIGS ידי ניצול וקטור TRV מבוססי בינארי. כותנה CLA1 (GrCLA1) גן פותחה כסמן ויזואלי כדי לעקוב אחר יעילות ההשתקה. השגנו בעקביות 100% יעילות השתקת הג...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> שם של ריאגנטים וציוד </th><th> חברה </th><th> קטלוג / מספר סידורי </th><th> תגובות </th></tr><tr><td> רולר תוף </td><td> גלאס, קול, LLC. </td><td> 099A TC108 </td><td> אגרו חיידק תרבות </td></tr><tr><td> מדגרה </td><td> שלדון ייצור, Inc </td><td> 01046209 </td><td> אגרו חיידק תרבות </td></tr><tr><td> UV / Vis ספקטרופוטומטר </td><td> Beckman Coulter </td><td> דגם: DU530 </td><td> מדידת OD </td></tr><tr><td> ג&#39;ין Pulser </td><td> BioRad </td><td> דגם: 1652076; סידורי: 154BR3880 </td><td> Electroporation </td></tr><tr><td> Pulser Controller </td><td> BioRad </td><td> דגם: 1652098; סידורי: 232BR4833 </td><td> Electroporation </td></tr><tr><td> Micropulser electroporation קובט </td><td> BioRad </td><td> 165-2081 </td><td> Electroporation </td></tr><tr><td> 1 מ&quot;ל מזרק </td><td> BD Biosciences </td><td> 30962 </td><td> הרכבה של החיידק-אגרו </td></tr><tr><td> מטרו מערבבים 700 </td><td> SUNGR </td><td> SKU # 553001 </td><td> גידול שתיל </td></tr><tr><td> טרה קוטה סיר </td><td> TOPlastics </td><td> GPS 3001B2 </td><td> גידול שתיל </td></tr><tr><td> MES monohydrate </td><td> USB </td><td> 18886 </td><td> הסתננות חיץ </td></tr><tr><td> Acetosyringone </td><td> סיגמא </td><td> D134406 </td><td> הסתננות חיץ </td></tr></tbody></table>

agrobacterium-mediated virus-induced gene silencing assay in cotton

כותנה (Gossypium hirsutum) הוא אחד הגידולים החשובים ביותר בעולם. מאמצים רבים נעשו על הריבוי המולקולרי של זנים חדשים. ניתוח בקנה מידה גדול גן תפקודית כותנה כבר פיגרה רוב מיני הצמחים המודרנית, ככל הנראה בשל גודלו של הגנום, שכפול גנטי polyploidy, מחזור צמיחה סרבנות ארוך לשינוי גנטי 1. כדי להקל על מחקר גנטי גבוה התפוקה / גנומית פונקציונלית כותנה, אנו מנסים לפתח מבחני חולף מהיר ויעיל כדי להעריך את גן פונקציות כותנה. Virus-induced להשתקת גנים (VIGS) היא טכניקה רבת עוצמה אשר פותחה על בסיס לארח את הפוסט תעתיק להשתקת גנים (PTGS) לדכא התפשטות ויראלית 2,3. Agrobacterium בתיווך VIGS יושם בהצלחה במגוון רחב של מינים dicots כגון Solanaceae, ארבידופסיס ומינים קטניות, מינים monocots כולל שעורה, חיטה, תירס, עבור מחקרים שונים גנומית תפקודית 3,4. כפי גישה זו מהיר ויעיל ימנע שינוי הצמח מתגבר יתירות פונקציונלית, הוא אטרקטיבי במיוחד ומתאימה המחקר הגנומי תפקודית מינים כמו יבול הכותנה לא ניתנות לשינוי. במחקר זה, אנו מדווחים על פרוטוקול מפורט של מערכת VIGS Agrobacterium בתיווך כותנה. בין וקטורים ויראליים VIGS מספר, טרטור טבק וירוס (TRV) פולש מגוון רחב של המארחים, והוא מסוגל להתפשט נמרצות ברחבי המפעל כולו עדיין לייצר סימפטומים קלים על hosts5. כדי לבדוק את יעילות השתקה, GrCLA1, גן homolog של Cloroplastos ארבידופסיס alterados 1 גן (AtCLA1) כותנה, כבר משובטים ונוסף וקטור בינארי VIGS pYL156. CLA1 גן עוסקת בפיתוח הכלורופלסט 6, מחקרים קודמים הראו כי ההפסד-of-פונקציה של AtCLA1 הביא פנוטיפ לבקן על העלים נכון 7, מתן סמן ויזואלי מצוין השתקה יעילות. בסביבות שבועיים שלאחר חדירת Agrobacterium, את הפנוטיפ לבקן החלו להופיע על העלים נכון, עם יעילות ההשתקה של 100% כל הניסויים משוכפל. השתקה של ביטוי גנים אנדוגניים אושרה גם על ידי ניתוח RT-PCR. ראוי לציין, השתקה potently יכול להתרחש בכל הזנים שנבדקו, כולל זנים מסחריים שונים גדל בטקסס. זה מהיר ויעיל Agrobacterium בתיווך assay VIGS מספק כלי רב עוצמה עבור ניתוח בקנה מידה גדול מהירה של פונקציות גן ברמת הגנום כולו כותנה.

Watch this Scientific Journal Video about Agrobacterium-Mediated Virus-Induced Gene Silencing Assay In Cotton at JoVE.com

Agrobacterium-Mediated Virus-Induced Gene Silencing Assay In Cotton

אנו מציגים את פרוטוקול מפורט עבור Agrobacterium בתיווך וירוס-Induced assay השתקה (VIGS) גנים כותנה. רעשן טבק וירוס (TRV) הנגזרות וקטורים VIGS נפרסו לגרום RNA השתקת GrCLA1 ​​כותנה, Cloroplastos alterados 1 הגן. פנוטיפ לבקן הנגרמת על ידי השתקת GrCLA1 ​​נצפתה בשלב שתיל בתוך 2 שבועות לאחר חיסון.

Agrobacterium בתיווך Virus-induced ג&#39;ין השתקת Assay כותנה

Cotton (Gossypium hirsutum) is one of the most important crops worldwide. Considerable efforts have been made on molecular breeding of new varieties.  The ...

Research

JoVE Journal

Biology

Virus-induced Gene Silencing (VIGS) in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-induced Gene Silencing VIGS in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-Induced להשתקת גנים (VIGS) ב ניקוטיאנה benthamiana עגבניות

RNA interference (RNAi) is a highly specific gene-silencing phenomenon triggered by dsRNA1. This silencing mechanism uses two major classes of RNA ...

Live Cell Calcium Imaging Combined with siRNA Mediated Gene Silencing Identifies Ca2+ Leak Channels in the ER Membrane and their Regulatory Mechanisms

Live Cell Calcium Imaging Combined with siRNA Mediated Gene Silencing Identifies Ca2+ Leak Channels in the ER Membrane and their Regulatory Mechanisms

תא חי סידן הדמיה בשילוב עם השתקת siRNA מתווכת ג&#39;ין מזהה Ca 2 + ערוצי דליפה בקרום ER ו מנגנוני ויסות שלהם

In mammalian cells, the endoplasmic reticulum (ER) plays a key role in protein biogenesis as well as in calcium signalling1. The heterotrimeric Sec61 ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

הבידוד של הריבוזום פוליפפטידים המתהווה כרוכים<em&gt; במבחנה</em&gt; כדי לזהות אתרים השהה של תרגום לאורך ה-mRNA

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

באמצעות רצף מעצר SecM ככלי לבודד פוליפפטידים כרוכים הריבוזום

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Optimization and Utilization of Agrobacterium-mediated Transient Protein Production in Nicotiana

Optimization and Utilization of Agrobacterium-mediated Transient Protein Production in Nicotiana

אופטימיזציה וניצול<em&gt; Agrobacterium</emייצור חלבון חלוף&gt; בתיווך ב<em&gt; Nicotiana</em

Agrobacterium-mediated transient protein production in plants is a promising approach to produce vaccine antigens and therapeutic proteins within a short ...

Chitosan/Interfering RNA Nanoparticle Mediated Gene Silencing in Disease Vector Mosquito Larvae

Chitosan / השתקת הגנים RNA Nanoparticle המתווכת להתערב במחלת וקטור כילה נגד זחלים

Vector mosquitoes inflict more human suffering than any other organism&#8212;and kill more than one million people each year. The mosquito genome projects ...

Meiotic Spindle Assessment in Mouse Oocytes by siRNA-mediated Silencing

Meiotic ציר ההערכה בעכבר ביציות על ידי השתקה בתיווך siRNA

Errors in chromosome segregation during meiotic division in gametes can lead to aneuploidy that is subsequently transmitted to the embryo upon ...

Silencing the Spark: CRISPR/Cas9 Genome Editing in Weakly Electric Fish

השתקה הניצוץ: CRISPR/Cas9 הגנום עריכה בדגים חשמליים חלש

Electroreception and electrogenesis have changed in the evolutionary history of vertebrates. There is a striking degree of convergence in these ...

Agrobacterium-Mediated Immature Embryo Transformation of Recalcitrant Maize Inbred Lines Using Morphogenic Genes

Agrobacterium-Mediated Immature Embryo Transformation of Recalcitrant Maize Inbred Lines Using Morphogenic Genes

Agrobacterium-תיווך המעבר העובר בלתי בוגר של הסרבן מתוך תירס שורות באמצעות גנים מורפולגניים

Demonstrated here is a detailed protocol for Agrobacterium-mediated genetic transformation of maize inbred lines using morphogenic genes Baby boom (Bbm) ...

Agrobacterium-Mediated Genetic Transformation, Transgenic Production, and Its Application for the Study of Male Reproductive Development in Rice

Agrobacterium-Mediated Genetic Transformation, Transgenic Production, and Its Application for the Study of Male Reproductive Development in Rice

אגרובקטריום -תווךטרנספורמציה גנטית, ייצור טרנסגנית, ויישום שלה לחקר התפתחות הרבייה הגברית באורז

Male sterility is an important agronomic trait for hybrid seed production that is usually characterized by functional defects in male reproductive ...