Name: agrobacterium-mediated virus-induced gene silencing assay in cotton
Uploaded: 2011-08-20T12:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Agrobacterium-Mediated Virus-Induced Gene Silencing Assay In Cotton at JoVE.com

Biz Dr minnettar. SP Dinesh Kumar ve Yule Liu TRV VIGS vektörler için, Dr. Kenerley Chuck, Terry Wheeler, Jim Starr ve pamuk tohumu sağlayan Bayer CropScience. Bu çalışma PH NSF LS ve NIH tarafından finanse edildi

1. Grow pamuk fideleri <ol><li> Upland pamuk (Gossypium hirsutum) çeşitli Fibermax 832, Phytogen 425RF, Phytogen 480WR ve Deltapine 90 Metro Mix 700 (SunGR, Beavile, WA) içeren tencere (çapı 7 cm) tohumları Sow. </li><li> Bir büyüme odasında 12 saat light/12 saat karanlık fotoperiyodun ° C, 120 μE m -2 G -1 ışık, 23 plastik bir kubbe ile örtülü bir tepsi tencere tutun. </li><li> Kubbenin iki kotiledonlarında ortaya çıkarın. </li><li> Yaklaşık iki hafta sonra, VIGS tayini i...

<ol>
	<li>Chen, Z. J., Scheffler, B. E., Dennis, E., Triplett, B. A., Zhang, T., Guo, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Toward+sequencing+cotton+(Gossypium)+genomes.">Toward sequencing cotton (Gossypium) genomes.</a> Plant Physiol. 145, 1303-1310 (2007).</li><li>Dinesh-Kumar, S. P., Anandalakshmi, R., Marathe, R., Schiff, M., Liu, Y. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virus-induced+gene+silencing.">Virus-induced gene silencing.</a> Methods Mol Biol. 236, 287-294 (2003).</li><li>Hamilton, A. J., Baulcombe, D. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+species+of+small+antisense+RNA+in+posttranscriptional+gene+silencing+in+plants.">A species of small antisense RNA in posttranscriptional gene silencing in plants.</a> Science. 286, 950-952 (1999).</li><li>Burch-Smith, T. M., Anderson, J. C., Martin, G. B., Dinesh-Kumar, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Applications+and+advantages+of+virus-induced+gene+silencing+for+gene+function+studies+in+plants.">Applications and advantages of virus-induced gene silencing for gene function studies in plants.</a> Plant J. 39, 734-746 (2004).</li><li>Liu, Y., Schiff, M., Dinesh-Kumar, S. P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virus-induced+gene+silencing+in+tomato.">Virus-induced gene silencing in tomato.</a> Plant J. 31, 777-786 (2002).</li><li>Estevez, J. M., Cantero, A., Romero, C., Kawaide, H., Jimenez, L. F., Kuzuyama, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Analysis+of+the+expression+of+CLA1,+a+gene+that+encodes+the+1-deoxyxylulose+5-phosphate+synthase+of+the+2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate+pathway+in+Arabidopsis.">Analysis of the expression of CLA1, a gene that encodes the 1-deoxyxylulose 5-phosphate synthase of the 2-C-methyl-D-erythritol-4-phosphate pathway in Arabidopsis.</a> Plant Physiol. 124, 95-104 (2000).</li><li>Mandel, M. A., Feldmann, K. A., Herrera-Estrella, L., Rocha-Sosa, M., Leon, P. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=CLA1,+a+novel+gene+required+for+chloroplast+development,+is+highly+conserved+in+evolution.">CLA1, a novel gene required for chloroplast development, is highly conserved in evolution.</a> Plant J. 9, 649-658 (1996).</li><li>Gao, X., Wheeler, T., Li, Z., Kenerley, C., He, P., Shan, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Silencing+GhNDR1+and+GhMKK2+compromised+cotton+resistance+to+Verticillium+wilt.">Silencing GhNDR1 and GhMKK2 compromised cotton resistance to Verticillium wilt.</a> Plant J. 66, 293-305 (2011).</li></ol>

VIGS, endojen genlerin ifade geçici olarak aşağı vurma işlevsel genomik analiz güçlü bir araç olduğu kanıtlanmıştır. Bu çalışmada, biz TRV tabanlı bir ikili vektör kullanan bir Agrobacterium VIGS geliştirdi. Pamuk CLA1 (GrCLA1) gen susturma etkinliğini izlemek için görsel bir belirteci olarak geliştirilmiştir. Biz sürekli gen susturulması verimliliği% 100, yaklaşık iki hafta yazılan infiltrasyon başlayarak, test tüm çeşitleri gerçek yaprakları üzerinde görülen albino feno...

<table border="1"><tbody><tr><th> Reaktifler ve ekipmanları Adı </th><th> Şirket </th><th> Katalog / seri numarası </th><th> Yorumlar </th></tr><tr><td> Rulo davul </td><td> Glas-Col, LLC. </td><td> 099A TC108 </td><td> Agro-bakteri kültürü </td></tr><tr><td> Kuvöz </td><td> Sheldon Üretim, Inc. </td><td> 01046209 </td><td> Agro-bakteri kültürü </td></tr><tr><td> UV / VIS Spektrofotometre </td><td> Beckman Coulter </td><td> Model: DU530 </td><td> Ölçüm OD </td></tr><tr><td> Gene Verici </td><td> BioRad </td><td> Model: 1652076; Seri: 154BR3880 </td><td> Elektroporasyon </td></tr><tr><td> Verici Kontrolörü </td><td> BioRad </td><td> Model: 1652098; Seri: 232BR4833 </td><td> Elektroporasyon </td></tr><tr><td> Micropulser Elektroporasyon küvet </td><td> BioRad </td><td> 165-2081 </td><td> Elektroporasyon </td></tr><tr><td> 1 ml Şırınga </td><td> BD Biosciences </td><td> 30962 </td><td> Agro-bakteri, Aşılama </td></tr><tr><td> Metro Mix 700 </td><td> SUNGR </td><td> SKU # 553.001 </td><td> Büyüyen fide </td></tr><tr><td> Terra Cotta pot </td><td> TOPlastics </td><td> GPS 3001B2 </td><td> Büyüyen fide </td></tr><tr><td> MES monohidrat </td><td> USB </td><td> 18886 </td><td> Sızma tampon </td></tr><tr><td> Acetosyringone </td><td> Sigma </td><td> D134406 </td><td> Sızma tampon </td></tr></tbody></table>

agrobacterium-mediated virus-induced gene silencing assay in cotton

Pamuk (Gossypium hirsutum), dünya çapında en önemli bitkileri biridir . , Yeni çeşitlerin moleküler ıslahı konusunda önemli çabalar yapılmıştır. Genomu, gen çoğaltılması ve poliploidi, genetik transformasyon 1 uzun büyüme döngüsü ve inatçılıklarıyla büyük boyutu nedeniyle büyük olasılıkla modern bitki türleri, en gerisinde kalmıştır pamuk büyük ölçekli gen fonksiyonel analiz edilmiştir . Yüksek pamuk üretilen fonksiyonel genetik / genomik çalışma kolaylaştırmak için, pamuk gen fonksiyonlarını değerlendirmek için hızlı ve etkili bir geçici testleri geliştirmek için çalışırlar. Virüs Bağlı Gen susturma (VIGS), viral çoğalma 2,3 bastırmak için ana Post-transkripsiyonel gen susturma (PTGS) dayalı olarak geliştirilen güçlü bir tekniktir. Agrobacterium VIGS Solanaceae, Arabidopsis ve baklagil türlerinin ikiçeneklilerin türlerin geniş bir yelpazede başarıyla uygulanan ve biçeneklilerin türler arpa, buğday ve mısır, çeşitli fonksiyonel genomik çalışmalar için 3,4 dahil olmuştur. Bu hızlı ve verimli bir yaklaşım bitki dönüşüm önler ve fonksiyonel fazlalık üstesinden, özellikle çekici ve dönüşüm için uygun değildir pamuk gibi bitki türleri işlevsel genomik çalışmaları için uygundur. Bu çalışmada, pamuk Agrobacterium VIGS sisteminin ayrıntılı protokol rapor. Çeşitli viral VIGS vektörleri arasında, tütün çıngırak virüsü (TRV) ev sahipliği yapan geniş bir yelpazede işgal etti ve henüz hosts5 hafif belirtiler üretmek tüm bitki boyunca kuvvetlice yaymak mümkün. Susturulması verimliliği, GrCLA1 ​​alterados 1 geni (AtCLA1) pamuk, CLA1 gen kloroplast gelişimi 6 yer almaktadır klonlanmış ve VIGS ikili vektör pYL156 takılı olan ve önceki çalışmalar göstermiştir Arabidopsis Cloroplastos bir homolog gen izlemek için AtCLA1,-fonksiyon kaybı, verimlilik susturmak için mükemmel bir görsel belirteç sağlayarak, gerçek yaprakları 7 bir albino fenotip sonuçlandı . Yaklaşık iki haftada sonrası Agrobacterium infiltrasyon, albino fenotip çoğaltılan tüm deneylerde% 100 susturulması verimliliği ile, gerçek yaprakları görünmeye başladı. Susturulması endojen gen ekspresyonu RT-PCR analizleri ile de teyit edilmiştir. Önemli ölçüde, susturulması kuvvetli Texas çeşitli ticari olarak yetiştirilen çeşitler de dahil olmak üzere, test edilen tüm çeşitlerin meydana gelebilir. Bu hızlı ve verimli Agrobacterium VIGS tahlil pamuk genom düzeyinde gen fonksiyonları hızlı bir şekilde büyük çaplı bir analiz için çok güçlü bir araç sağlar.

Watch this Scientific Journal Video about Agrobacterium-Mediated Virus-Induced Gene Silencing Assay In Cotton at JoVE.com

Agrobacterium-Mediated Virus-Induced Gene Silencing Assay In Cotton

Agrobacterium pamuk virüs indüklenen gen susturulması (VIGS) tahlil için ayrıntılı protokol sunuyoruz. Tütün çıngırak virüsü (TRV) türetilen VIGS vektörler, pamuk GrCLA1, Cloroplastos alterados 1 geninin RNA susturma ikna etmek için konuşlandırıldı. Susturulması GrCLA1 ​​kaynaklanan albino fenotip fide aşamasında aşılama sonrası 2 hafta içinde gözlenmiştir.

Pamuk olarak Agrobacterium Virüs Bağlı Gen susturma Testi

Cotton (Gossypium hirsutum) is one of the most important crops worldwide. Considerable efforts have been made on molecular breeding of new varieties.  The ...

Research

JoVE Journal

Biology

Virus-induced Gene Silencing (VIGS) in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virus-induced Gene Silencing VIGS in Nicotiana benthamiana and Tomato

Virüs indüklenen gen susturma (VIGS) Nicotiana benthamiana Ve Domates

RNA interference (RNAi) is a highly specific gene-silencing phenomenon triggered by dsRNA1. This silencing mechanism uses two major classes of RNA ...

Live Cell Calcium Imaging Combined with siRNA Mediated Gene Silencing Identifies Ca2+ Leak Channels in the ER Membrane and their Regulatory Mechanisms

Live Cell Calcium Imaging Combined with siRNA Mediated Gene Silencing Identifies Ca2+ Leak Channels in the ER Membrane and their Regulatory Mechanisms

Canlı Hücre Kalsiyum Görüntüleme siRNA aracılığı ile gen susturma ile birlikte Ca tanımlar 2 + ER Membran Kaçak Kanallar ve Düzenleme Mekanizmaları

In mammalian cells, the endoplasmic reticulum (ER) plays a key role in protein biogenesis as well as in calcium signalling1. The heterotrimeric Sec61 ...

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Isolation of Ribosome Bound Nascent Polypeptides in vitro to Identify Translational Pause Sites Along mRNA

Ribozom Bağlı Doğan Polipeptitler İzolasyonu<em&gt; In vitro</em&gt; MRNA boyunca Translasyonel Duraklat Siteleri Belirleme

The rate of translational elongation is non-uniform. mRNA secondary structure, codon usage and mRNA associated proteins may alter ribosome movement on the ...

Using SecM Arrest Sequence as a Tool to Isolate Ribosome Bound Polypeptides

Ribozom Ciltli Polipeptitler izole bir aracı olarak SECM Tutuklanma sırası kullanılarak

Extensive research has provided ample evidences suggesting that protein folding in the cell is a co-translational process1-5. However, the exact pathway ...

Optimization and Utilization of Agrobacterium-mediated Transient Protein Production in Nicotiana

Optimization and Utilization of Agrobacterium-mediated Transient Protein Production in Nicotiana

Optimizasyon ve Kullanımı<em&gt; Agrobacterium</emIn&gt; aracılı Geçici Protein Üretimi<em&gt; Nicotiana</em

Agrobacterium-mediated transient protein production in plants is a promising approach to produce vaccine antigens and therapeutic proteins within a short ...

Chitosan/Interfering RNA Nanoparticle Mediated Gene Silencing in Disease Vector Mosquito Larvae

Hastalık Vektör Sivrisinek Larva içinde Kitosan / Müdahale RNA Nanopartikül Aracılı gen susturma

Vector mosquitoes inflict more human suffering than any other organism&#8212;and kill more than one million people each year. The mosquito genome projects ...

Meiotic Spindle Assessment in Mouse Oocytes by siRNA-mediated Silencing

SiRNA aracılı susturma Mouse Oositlerinin içinde mayoz Mili Değerlendirmesi

Errors in chromosome segregation during meiotic division in gametes can lead to aneuploidy that is subsequently transmitted to the embryo upon ...

Silencing the Spark: CRISPR/Cas9 Genome Editing in Weakly Electric Fish

Kıvılcım Susturma: CRISPR/Cas9 Zayıf Elektrikli Balıklarda Genom Düzenleme

Electroreception and electrogenesis have changed in the evolutionary history of vertebrates. There is a striking degree of convergence in these ...

Agrobacterium-Mediated Immature Embryo Transformation of Recalcitrant Maize Inbred Lines Using Morphogenic Genes

Agrobacterium-Mediated Immature Embryo Transformation of Recalcitrant Maize Inbred Lines Using Morphogenic Genes

Agrobacterium-Rekalsitrant Mısır Inbred Hatları Morfojenik Genler Kullanarak Aracılı Olgunlaşmamış Embriyo Dönüşümü

Demonstrated here is a detailed protocol for Agrobacterium-mediated genetic transformation of maize inbred lines using morphogenic genes Baby boom (Bbm) ...

Agrobacterium-Mediated Genetic Transformation, Transgenic Production, and Its Application for the Study of Male Reproductive Development in Rice

Agrobacterium-Mediated Genetic Transformation, Transgenic Production, and Its Application for the Study of Male Reproductive Development in Rice

Agrobacterium-Aracılı Genetik Dönüşüm, Transgenik Üretim ve Pirinçte Erkek Üreme Gelişimi Çalışmaları Için Uygulaması

Male sterility is an important agronomic trait for hybrid seed production that is usually characterized by functional defects in male reproductive ...