Name: isolation of fidelity variants of rna viruses and characterization of virus mutation frequency
Uploaded: 2011-06-16T13:00:00
Duration: 18 min 10 s
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यह काम चिकित्सा और स्वास्थ्य अनुसंधान अनुदान से पेरिस के सिटी, फ्रांस के राष्ट्रीय ANR-09-JCJC-+०,११८-1 अनुदान, और ईआरसी शुरू अनुदान RNAvirusPopDivNVax कोई परियोजना से धन के द्वारा समर्थित किया गया. 242719.

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	<li>Arias, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determinants+of+RNA-dependent+RNA+polymerase+(in)fidelity+revealed+by+kinetic+analysis+of+the+polymerase+encoded+by+a+foot-and-mouth+disease+virus+mutant+with+reduced+sensitivity+to+ribavirin.">Determinants of RNA-dependent RNA polymerase (in)fidelity revealed by kinetic analysis of the polymerase encoded by a foot-and-mouth disease virus mutant with reduced sensitivity to ribavirin.</a> J Virol. 82, 12346-12355 (2008).</li><li>Arnold, J. J., Vignuzzi, M., Stone, J. K., Andino, R., Cameron, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Remote+site+control+of+an+active+site+fidelity+checkpoint+in+a+viral+RNA-dependent+RNA+polymerase.">Remote site control of an active site fidelity checkpoint in a viral RNA-dependent RNA polymerase.</a> J Biol Chem. 280, 25706-25716 (2005).</li><li>Korneeva, V. S., Cameron, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure-function+relationships+of+the+viral+RNA-dependent+RNA+polymerase:+fidelity,+replication+speed,+and+initiation+mechanism+determined+by+a+residue+in+the+ribose-binding+pocket.">Structure-function relationships of the viral RNA-dependent RNA polymerase: fidelity, replication speed, and initiation mechanism determined by a residue in the ribose-binding pocket.</a> J Biol Chem. 282, 16135-16145 (2007).</li><li>Pfeiffer, J. K., Kirkegaard, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+single+mutation+in+poliovirus+RNA-dependent+RNA+polymerase+confers+resistance+to+mutagenic+nucleotide+analogs+via+increased+fidelity.">A single mutation in poliovirus RNA-dependent RNA polymerase confers resistance to mutagenic nucleotide analogs via increased fidelity.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 100, 7289-7294 (2003).</li><li>Pfeiffer, J. K., Kirkegaard, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increased+fidelity+reduces+poliovirus+fitness+and+virulence+under+selective+pressure+in+mice.">Increased fidelity reduces poliovirus fitness and virulence under selective pressure in mice.</a> PLoS Pathog. 1, e11-e11 (2005).</li><li>Vignuzzi, M., Stone, J. K., Arnold, J. J., Cameron, C. E., Andino, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quasispecies+diversity+determines+pathogenesis+through+cooperative+interactions+in+a+viral+population.">Quasispecies diversity determines pathogenesis through cooperative interactions in a viral population.</a> Nature. 439, 344-348 (2006).</li><li>Vignuzzi, M., Wendt, E., Andino, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Engineering+attenuated+virus+vaccines+by+controlling+replication+fidelity.">Engineering attenuated virus vaccines by controlling replication fidelity.</a> Nat Med. 14, 154-161 (2008).</li><li>Crotty, S., Cameron, C., Andino, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribavirin's+antiviral+mechanism+of+action:+lethal+mutagenesis.">Ribavirin's antiviral mechanism of action: lethal mutagenesis.</a> J Mol Med. 80, 86-95 (2002).</li><li>Coffey, L. L., Vignuzzi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+alternation+of+chikungunya+virus+increases+fitness+while+restricting+population+diversity+and+adaptability+to+novel+selective+pressures.">Host alternation of chikungunya virus increases fitness while restricting population diversity and adaptability to novel selective pressures.</a> J Virol. 85, 1025-1035 (2011).</li><li>Ciota, A. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+the+mutant+spectrum+in+adaptation+and+replication+of+West+Nile+virus.">Role of the mutant spectrum in adaptation and replication of West Nile virus.</a> J Gen Virol. 88, 865-874 (2007).</li><li>Ibarra, K. D., Pfeiffer, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduced+ribavirin+antiviral+efficacy+via+nucleoside+transporter-mediated+drug+resistance.">Reduced ribavirin antiviral efficacy via nucleoside transporter-mediated drug resistance.</a> J Virol. 83, 4538-4547 (2009).</li><li>Levi, L. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fidelity+variants+of+RNA+dependent+RNA+polymerases+uncover+an+indirect,+mutagenic+activity+of+amiloride+compounds.">Fidelity variants of RNA dependent RNA polymerases uncover an indirect, mutagenic activity of amiloride compounds.</a> PLoS Pathog. 6, e1001163-e1001163 (2010).</li><li>Sierra, S., D&#225;vila, M., Lowenstein, P. R., Domingo, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Response+of+foot-and-mouth+disease+virus+to+increased+mutagenesis:+influence+of+viral+load+and+fitness+in+loss+of+infectivity.">Response of foot-and-mouth disease virus to increased mutagenesis: influence of viral load and fitness in loss of infectivity.</a> J Virol. 74, 8316-8323 (2000).</li><li>Ruiz-Jarabo, C. M., Ly, C., Domingo, E., de la Torre, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lethal+mutagenesis+of+the+prototypic+arenavirus+lymphocytic+choriomeningitis+virus+(LCMV).">Lethal mutagenesis of the prototypic arenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV).</a> Virology. 308, 37-47 (2003).</li><li>Sierra, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Foot-and-mouth+disease+virus+mutant+with+decreased+sensitivity+to+ribavirin:+implications+for+error+catastrophe.">Foot-and-mouth disease virus mutant with decreased sensitivity to ribavirin: implications for error catastrophe.</a> J Virol. 81, 2012-2024 (2007).</li></ol>

ब्याज की कोई संघर्ष की घोषणा की.

<table border="1"><tbody><tr><th> अभिकर्मक के नाम </th><th> कंपनी </th><th> सूचीपत्र संख्या </th><th> टिप्पणियाँ </th></tr><tr><td> ribavirin </td><td> सिग्मा </td><td> R9644-10mg </td><td></td></tr><tr><td> 5 - फ्लूरोरासिल </td><td> सिग्मा </td><td> F6627-1G </td><td></td></tr><tr><td> 5 - azacytidine </td><td> सिग्मा </td><td> A2385-100mg </td><td></td></tr><tr><td> 2 MgCl </td><td> सिग्मा </td><td> M1028-100ml </td><td></td></tr><tr><td> 2 MnCl </td><td> सिग्मा </td><td> M1787 </td><td></td></tr><tr><td> Trypan नीले </td><td> सिग्मा </td><td> T8154-20ml </td><td></td></tr><tr><td> TopoTA क्लोनिंग किट </td><td> Invitrogen </td><td> 10351021 </td><td></td></tr><tr><td> Quikchange mutagenesis किट </td><td> Agilent </td><td> 200516 </td><td> यदि एक सीडीएनए संक्रामक क्लोन उपलब्ध है </td></tr><tr><td> 96 अच्छी तरह से miniprep किट </td><td> Macherey - NAGEL </td><td> 740625 </td><td></td></tr><tr><td> Lasergene, Sequencher </td><td> DNAstar, जीन कोड्स निगम </td><td> <a href="www.dnastar.com">www.dnastar.com</a> <a href="www.genecodes.com">www.genecodes.com</a> </td><td> या अन्य संरेखण सॉफ्टवेयर </td></tr></tbody></table>

isolation of fidelity variants of rna viruses and characterization of virus mutation frequency

आरएनए वायरस आरएनए निर्भर शाही सेना पोलिमेरासिज़ का उपयोग करने के लिए उनके जीनोम को दोहराने. इन एंजाइमों के आंतरिक रूप से उच्च त्रुटि दर चरम जनसंख्या विविधता है कि वायरस अनुकूलन और विकास की सुविधा की पीढ़ी के लिए एक बड़ा योगदान है. सबूत बढ़ाने से पता चलता है कि आंतरिक त्रुटि दर, और शाही सेना वायरस के परिणामस्वरूप उत्परिवर्तन आवृत्तियों, सूक्ष्म वायरल पोलीमरेज़ करने के लिए अमीनो एसिड परिवर्तन द्वारा modulated किया जा सकता है. हालांकि जैव रासायनिक assays कुछ वायरल शाही सेना पोलिमेरासिज़ कि समावेश निष्ठा के मात्रात्मक उपाय की अनुमति के लिए मौजूद है, यहाँ हम कि के रूप में निष्ठा फेरबदल म्यूटेशन की पहचान करने में जैव रासायनिक दृष्टिकोण के रूप में सटीक साबित हो गया है आरएनए वायरस के उत्परिवर्तन आवृत्तियों को मापने की एक सरल विधि का वर्णन. दृष्टिकोण पारंपरिक virological और अनुक्रमण तकनीक है कि अधिकांश जीव विज्ञान प्रयोगशालाओं में प्रदर्शन किया जा सकता है है का उपयोग करता है. अलग - अलग वायरस के एक नंबर के साथ हमारे अनुभव के आधार पर, हम महत्वपूर्ण कदम है कि निष्ठा अलग वेरिएंट और सांख्यिकीय महत्व के डेटा पैदा करने की संभावना बढ़ाने के लिए अनुकूलित किया जाना चाहिए पहचान की है. अलगाव और निष्ठा फेरबदल म्यूटेशनों के लक्षण वर्णन पोलीमरेज़ संरचना और समारोह 1-3 में नए अंतर्दृष्टि प्रदान कर सकते हैं. इसके अलावा, इन निष्ठा वेरिएंट वायरस अनुकूलन और विकास 4-7 के तंत्र निस्र्पक में उपयोगी उपकरण किया जा सकता है.

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Isolation of Fidelity Variants of RNA Viruses and Characterization of Virus Mutation Frequency

वर्तमान लेख को अलग करने और शाही सेना वायरस और कैसे उत्परिवर्तन आवृत्ति डेटा का उपयोग करने के लिए निष्ठा टिशू कल्चर में परिवर्तन की पुष्टि की शाही सेना पोलीमरेज़ निष्ठा वेरिएंट विशेषताएँ करने के लिए आवश्यक चरणों का वर्णन है.

फिडेलिटी और वायरस वायरस उत्परिवर्तन आवृत्ति के शाही सेना के विशेषता के वेरिएंट के अलगाव

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