Name: isolation of fidelity variants of rna viruses and characterization of virus mutation frequency
Uploaded: 2011-06-16T13:00:00
Duration: 18 min 10 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Isolation of Fidelity Variants of RNA Viruses and Characterization of Virus Mutation Frequency at JoVE.com

Bu çalışma, Paris Şehir, hiçbir Fransız Ulusal hibe ANR-09-JCJC-0118-1 ve ERC Starting Grant RNAvirusPopDivNVax Proje Tıp ve Sağlık Araştırma hibe fon tarafından desteklenmiştir. 242.719.

<ol>
	<li>Arias, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Determinants+of+RNA-dependent+RNA+polymerase+(in)fidelity+revealed+by+kinetic+analysis+of+the+polymerase+encoded+by+a+foot-and-mouth+disease+virus+mutant+with+reduced+sensitivity+to+ribavirin.">Determinants of RNA-dependent RNA polymerase (in)fidelity revealed by kinetic analysis of the polymerase encoded by a foot-and-mouth disease virus mutant with reduced sensitivity to ribavirin.</a> J Virol. 82, 12346-12355 (2008).</li><li>Arnold, J. J., Vignuzzi, M., Stone, J. K., Andino, R., Cameron, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Remote+site+control+of+an+active+site+fidelity+checkpoint+in+a+viral+RNA-dependent+RNA+polymerase.">Remote site control of an active site fidelity checkpoint in a viral RNA-dependent RNA polymerase.</a> J Biol Chem. 280, 25706-25716 (2005).</li><li>Korneeva, V. S., Cameron, C. E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Structure-function+relationships+of+the+viral+RNA-dependent+RNA+polymerase:+fidelity,+replication+speed,+and+initiation+mechanism+determined+by+a+residue+in+the+ribose-binding+pocket.">Structure-function relationships of the viral RNA-dependent RNA polymerase: fidelity, replication speed, and initiation mechanism determined by a residue in the ribose-binding pocket.</a> J Biol Chem. 282, 16135-16145 (2007).</li><li>Pfeiffer, J. K., Kirkegaard, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=A+single+mutation+in+poliovirus+RNA-dependent+RNA+polymerase+confers+resistance+to+mutagenic+nucleotide+analogs+via+increased+fidelity.">A single mutation in poliovirus RNA-dependent RNA polymerase confers resistance to mutagenic nucleotide analogs via increased fidelity.</a> Proc Natl Acad Sci U S A. 100, 7289-7294 (2003).</li><li>Pfeiffer, J. K., Kirkegaard, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Increased+fidelity+reduces+poliovirus+fitness+and+virulence+under+selective+pressure+in+mice.">Increased fidelity reduces poliovirus fitness and virulence under selective pressure in mice.</a> PLoS Pathog. 1, e11-e11 (2005).</li><li>Vignuzzi, M., Stone, J. K., Arnold, J. J., Cameron, C. E., Andino, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Quasispecies+diversity+determines+pathogenesis+through+cooperative+interactions+in+a+viral+population.">Quasispecies diversity determines pathogenesis through cooperative interactions in a viral population.</a> Nature. 439, 344-348 (2006).</li><li>Vignuzzi, M., Wendt, E., Andino, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Engineering+attenuated+virus+vaccines+by+controlling+replication+fidelity.">Engineering attenuated virus vaccines by controlling replication fidelity.</a> Nat Med. 14, 154-161 (2008).</li><li>Crotty, S., Cameron, C., Andino, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ribavirin's+antiviral+mechanism+of+action:+lethal+mutagenesis.">Ribavirin's antiviral mechanism of action: lethal mutagenesis.</a> J Mol Med. 80, 86-95 (2002).</li><li>Coffey, L. L., Vignuzzi, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Host+alternation+of+chikungunya+virus+increases+fitness+while+restricting+population+diversity+and+adaptability+to+novel+selective+pressures.">Host alternation of chikungunya virus increases fitness while restricting population diversity and adaptability to novel selective pressures.</a> J Virol. 85, 1025-1035 (2011).</li><li>Ciota, A. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Role+of+the+mutant+spectrum+in+adaptation+and+replication+of+West+Nile+virus.">Role of the mutant spectrum in adaptation and replication of West Nile virus.</a> J Gen Virol. 88, 865-874 (2007).</li><li>Ibarra, K. D., Pfeiffer, J. K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Reduced+ribavirin+antiviral+efficacy+via+nucleoside+transporter-mediated+drug+resistance.">Reduced ribavirin antiviral efficacy via nucleoside transporter-mediated drug resistance.</a> J Virol. 83, 4538-4547 (2009).</li><li>Levi, L. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Fidelity+variants+of+RNA+dependent+RNA+polymerases+uncover+an+indirect,+mutagenic+activity+of+amiloride+compounds.">Fidelity variants of RNA dependent RNA polymerases uncover an indirect, mutagenic activity of amiloride compounds.</a> PLoS Pathog. 6, e1001163-e1001163 (2010).</li><li>Sierra, S., D&#225;vila, M., Lowenstein, P. R., Domingo, E. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Response+of+foot-and-mouth+disease+virus+to+increased+mutagenesis:+influence+of+viral+load+and+fitness+in+loss+of+infectivity.">Response of foot-and-mouth disease virus to increased mutagenesis: influence of viral load and fitness in loss of infectivity.</a> J Virol. 74, 8316-8323 (2000).</li><li>Ruiz-Jarabo, C. M., Ly, C., Domingo, E., de la Torre, J. C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Lethal+mutagenesis+of+the+prototypic+arenavirus+lymphocytic+choriomeningitis+virus+(LCMV).">Lethal mutagenesis of the prototypic arenavirus lymphocytic choriomeningitis virus (LCMV).</a> Virology. 308, 37-47 (2003).</li><li>Sierra, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Foot-and-mouth+disease+virus+mutant+with+decreased+sensitivity+to+ribavirin:+implications+for+error+catastrophe.">Foot-and-mouth disease virus mutant with decreased sensitivity to ribavirin: implications for error catastrophe.</a> J Virol. 81, 2012-2024 (2007).</li></ol>

Hücre hattı seçimi. RNA mutajenler olarak baz analogları etkinliği farklı hücre tipleri tarafından 11 bağıl alımı ile ilişkilidir. Normal virüs geçişi için kullanılan hücre hattı alımı ya da çok hassas (yüksek hücre toksisite) mutajen dirençli bulunduğu kanıtlanırsa, bu gereksinimleri karşılar ve hala viral replikasyon için izin veren başka bir hücre hattı kullanmak için gerekli olabilir. Mutajen direnç varyantı izole sonra, karakterizasyonu kalan orijinal, tercih edilen bir hücre hattı yapılabilir. Deneyimlerimize göre, HeLa hücrelerinde kolaylıkla mutajen kadar sürebilir; BHK hücreleri mutajen alımı refrakter 10 kat daha yüksek konsantrasyonlarda ve Vero hücreleri gerektirir. Mutajen fazla bir tür kullanılır mutajen. Seçimi mutajen tedavi, başarı olasılığını sadakat varyantları izole etmeye çalışan artar. Yanlışlıkla çoğaltma sırasında genomların dahil farklı yapısı, Temel analog mutajenler mutasyonların sonraki çoğaltma döngüsü içinde belirli bir alt grubunda ağırlıklı olarak sonuçlara sebep: ribavirin tedavisi GtoA ve CtoU geçiş mutasyonlar 12 yanadır; 5-azacytidine benzer bir önyargı vardır, CtoG ve GtoC transversions 13 Ayrıca; 5-fluorourasil tercihen Atog ve UtoC geçişler (14) neden olur. Alternatif olarak, daha yüksek konsantrasyonlarda Mg 2 + veya Mn 2 + 12 yukarıda açıklanan önyargısız RNA virüsleri genel mutasyon sıklığını artırmak için orta takviye olabilir. Virüs kodon dizileri bağlı olarak, ve bir vefa varyant üretmek için gerekli kodon değişiklikleri, bu şartlar bazı diğerleri üzerinde bu varyantın ortaya çıkması tercih edecektir. Kodon yerinde gerekli Atog geçiş ağırlıklı olarak bu ribavirin tarafından oluşturulan mutasyonlar denk çünkü yüksek sadakat poliovirus G64S ve Coxsackie virüsü A372V için, ribavirin tedavisi en kolay varyantları için seçilir. İçişleri Bakanlığı vs nüfus büyüklüğü viroloji, doku kültürü enfeksiyon için protokoller, arızalı müdahale parçacıklar (düşük İçişleri Bakanlığı) (yüksek İçişleri Bakanlığı) birikmesi veya virüsler arasında rekombinasyon teşvik etmek, enfeksiyon (İçişleri Bakanlığı) çokluğu özellikle dikkat örnek. Pasajlanması seri üzerinde ortaya çıkması olayları seçmek için, virüs nüfus büyüklüğü dikkate almak da önemlidir. Dirençli mutant başlangıçta düşük frekans var, her geçişte ortaya çıkan bu değişik kaybetmemek için bir sonraki (10 5 -10 6 virüsler, gibi) bir geçit gibi büyük bir nüfus büyüklüğü mümkün olduğunca aktarmak en iyisidir. Ölçekleme kadar iyi veya balonun büyüklüğü (enfekte olan hücreleri sayısı), İçişleri Bakanlığı olarak bu endişe ise artışını en aza indirmek için yardımcı olabilir. Öte yandan, deneyler, mutajen bir virüs duyarlılığı test olduğu için, düşük İçişleri Bakanlığı enfeksiyonu ile daha yüksek bir fitness genomların Deneyde ortaya çıkan çoğaltma döngülerinin sayısını artırmak ve mutagenized genomların kurtarma önlemek için yapılır ko-enfekte olan hücreleri tamamlama. Çoğaltma ilk turda döl genomları üzerinde oluşturulan mutasyonlar hemen tespit edilemez çünkü bu önemlidir. Bu mutagenized RNA&#39;lar çoğu hala virion içine paketlenmiş olacak. Bu enfeksiyon sonraki turda iptal çoğaltma döngüsü bu genomlarındaki ölümcül mutasyonlar sonucu, ve virüs titresi azalma olacağını. Bu ölümcül mutagenez önemli bir etkisi gözlenen mutasyonların birikimi birkaç tur için önce izin için gerekli olabilir. Son olarak, mutajen varlığı geçiş serisi üzerinde virüs titreleri nesli kadar düşmesi devam ederse, daha sonra araştırmacı, mutajen (çok düşük konsantrasyonda başlayarak) giderek artan miktarlarda virüs Pasajlanması denemelisiniz. İzolasyon ve RNA mutajen dayanıklı nüfus RNA mutajen dirençli klon nesil. RNA mutajenler her genom birden fazla rastlantısal mutasyonlar tanıtmak, ancak direnç için seçim direnci mutasyon sadece zenginleştirmek (ve düzeltmek için konsensüs dizisi) . Bu mutasyon belirlemek için, sırası mutajen dayanıklı nüfus (nüfusun uzlaşma) ve bireysel virüsler değil. Bu nedenle, mutajen tarafından oluşturulan tek, rastlantısal mutasyonlar sırayla tespit değildir, sadece seçimi aşağıdaki fikir birliği değişiklikler sonucu bulundu mutasyonlar. Deneyimlerimiz bize, sadece bir ya da iki Böyle bir fikir birliğine dizisi değişiklikleri belirlemek. Mutajen dayanıklı nüfus elde edilir ve direnci mutasyon tespit edildikten sonra, bu varyant daha saf bir stok oluşturmak için gereklidir. Yukarıda, bir plaket arıtma prosedürü nitelendirdi. Alternatif olarak, faiz virüs kolayca tanımlanabilir plaklar vermezse, istediğiniz şekli purif olabilirseyreltme sınırlayarak IED. Bu yaklaşım, aslında bir virüs stokunun% 50 daha az kuyu enfekte olduğu gibi seyreltilmiş 96-kuyu biçiminde TCID 50 . Bu seyreltme yukarıdaki gibi aynı yaklaşımı kullanarak, 10 özel türevleri kadar tecrit ve dizileri teyit alınır. Belirtildiği gibi, en iyi durumlarda, bulaşıcı bir virüs suşu cDNA klonu kullanılabilir. Varyant izolasyonu böylece gerekli olmayacaktır. Deneyimlerimize göre, sadakat varyantları tek bir amino asit değiştirmelerin sonucudur ve böylece Quikchange (Agilent) gibi basit, ticarileştirilmiş mutagenez kitleri kullanılarak oluşturulabilir. İkinci seçenek yakından ilgili bir zorlanma cDNA klonu kullanmak. Ancak, ilgili suşu kullanıldığı takdirde, biz yakından ilişkili iki virüsler aynı netlikte değiştiren mutasyon mutlaka aynı etkiye sahip olmayacaktır, çünkü bu yaklaşım ve virüs izolasyonu (örneğin plak arıtma) hem kullanarak öneririz. Sadakat ve RNA mutajen dirençli varyantları çoğaltma Seçim vahşi tip meslektaşları 4,12,15 benzer büyüme özellikleri ile hem daha yüksek ve daha düşük bir sadakat varyantları izolasyonu sonuçlandı . Şu anda, polimeraz aktivitesi oranları ve sadakat arasındaki bağlantı tam olarak anlaşılmış değildir. Düşük sadakat türevleri, daha hızlı işleme 1-3,12 eğiliminde iken, in vitro saflaştırılmış RNA polimeraz kullanarak biyokimyasal çalışmalar, yüksek sadakat varyantları yavaş işleme oranlarına sahip olduğunu göstermiştir . Doku kültürü, bu farklılıklar, hız sınırlayıcı adım, bu kaynakların kullanılabilirliğini ziyade içsel polimeraz aktivitesi kinetiği düşündürmektedir, genellikle belli değildir. Sadakat varyant vahşi tip önemli ölçüde farklı değildir kinetiği çoğaltır, daha sonra kendi mutasyon frekanslarının bir karşılaştırma doğrudan yapılabilir. Çoğaltma kinetiği çok önemli bir değişiklik varsa, daha sonra veri çoğaltma döngüleri aynı sayıda geçirmiş virüsler karşılaştırarak örneğin kinetik farklılıklar hesaba normalize edilmelidir. Bizim tecrübelerimize göre bir adım büyüme kinetiği yabani türü ve yüksek sadakat varyantları arasında anlamlı bir fark gözlendi rağmen, (içinde yüksek sadakat türevleri sürekli vahşi tip göre (1 günlüğüne içinde) yüksek titrede gözlenen ama onlar biraz daha az RNA yapmak aynı büyüklük sırası), ayrıca ürettikleri genomların daha az mutasyonlar içeren ve daha bulaşıcı, böylece olduğunu düşündürmektedir. Örnek hazırlama ve sıralama bu protokoller tüm adımlar için, biyolojik ilgili mutasyonlar ayırt edilemez yılından bu yana yüksek sadakat, redaksiyon enzimleri ek mutasyonlar tanıtarak sınırlamak için PCR ve RT-PCR için kullanılan zorunludur. Karşılaştırılan virüs popülasyonları yeterli başlangıç ​​materyal olduğundan emin olmak için de önemlidir (geçit geçmişi, doku kültür ortamı, sıcaklık, RNA ekstraksiyon yöntemi, RT-PCR protokolleri, vb) aynı şartlarda hazırlanmış olması kritik RT-PCR ile güçlü bir grup oluşturulur böyle RNA ekstraksiyonu aldı. 1 / 100 dilüsyon RNA örnek bir örnek yeterli sayıda temsil yanlılığı önlemek için (aynı genomunun tekrar tekrar yükseltme) RNA molekülleri içerdiğini belirten saptanabilir RT-PCR bant vermelidir. Mutasyon sıklığı bir dağıtım olduğundan, bir benzer değerlere nüfus büyüklüğü ne olursa olsun söz konusu önyargı meydana değildir sağlanan elde edilebilir olacağı beklenebilir. Şekil 6&#39;da görüldüğü gibi, bir virüs stokunun 10 5 kat seyreltme ebeveyn stok önemli ölçüde farklı bir mutasyon sıklığı verir. TopoTA klonlama için en uygun koşulları bulununcaya kadar, sıralama önce koloni PCR ile mavi / beyaz tarama sonra ekler varlığını doğrulamak. Mutasyon gürültü (RT-PCR ve sıralama tarafından tanıtılan mutasyonların) için bir kontrol olarak (in vitro transkripsiyonu RNA virüs genomuna ait bir plazmid taşıyan aynı viral dizisi ve / veya klon ve sırası RT-PCR ürünleri PCR ürünü klonu in vitro transkripsiyon enzimler farklı farkında) farklı hata oranlarına sahip ve gerçek arka plan hata yordamı yararlı bilgi vermeyebilir. Bazı virüs dizileri, bakteri için zehirli olabilir, bu yüzden bu mutasyon sıklığı viral genom dizilimini bölgeye karar vermeden önce doğrulamak için önemlidir. TopoTA elde dizileri analiz, her klon sadece bir ekleme / sıralama içermesi gerektiğini unutmayın. Karışık bir nüfus düşündüren bir çift tepe görülürse, bu iki komşu bakteri kolonilerinin olduğunu mümkündür. Mutasyon son derece olası bakteri kültürü plazmid amplifikasyon sırasında olduğunu, bakteri çoğaltma düşük mutasyon frekansları verilen rağmen, aynı zamanda mümkündür. Plak ppopülasyonları urified, bir çift tepe yeni bir mutasyon satın almak ya da plak gelişimi sırasında bir mutasyon dönüyor üst üste plaklar ya da bir virüs temsil edebilir. Tutarlı olun ve saymak veya bu mutasyonlar saymak karar. Son olarak, burada kullanılan mutasyon frekanslar göreli değerleri olduğunu unutmayın. Onlar sadece, aynı koşul altında yetiştirilen virüs popülasyonları karşılaştırarak geçerli ve aynı bölge üzerinde sıralı! Bunlar mutasyon oranı, ya da bir bütün olarak genom mutasyon sıklığı mutlak değer olarak alınmamalıdır. Ancak, şartlar kontrol edilir, onlar mutasyon dağıtım ve frekans farklılıkları tekrarlanabilir, kantitatif karşılaştırmalar izin veren.

<table border="1"><tbody><tr><th> Reaktifin Adı </th><th> Şirket </th><th> Katalog numarası </th><th> Yorumlar </th></tr><tr><td> Ribavirin </td><td> Sigma </td><td> R9644-10mg </td><td></td></tr><tr><td> 5-fluorourasil </td><td> Sigma </td><td> F6627-1G </td><td></td></tr><tr><td> 5-azacytidine </td><td> Sigma </td><td> A2385-100mg </td><td></td></tr><tr><td> MgCl 2 </td><td> Sigma </td><td> M1028 = On Olunca-100ML </td><td></td></tr><tr><td> MnCl 2 </td><td> Sigma </td><td> M1787 </td><td></td></tr><tr><td> Tripan mavi </td><td> Sigma </td><td> T8154-20ml </td><td></td></tr><tr><td> TopoTA klonlama kiti </td><td> Invitrogen </td><td> 10351021 </td><td></td></tr><tr><td> Quikchange mutasyon kiti </td><td> Agilent </td><td> 200516 </td><td> CDNA bulaşıcı bir klon varsa </td></tr><tr><td> 96-iyi miniprep kiti </td><td> Macherey&#39;nin-NAGEL </td><td> 740625 </td><td></td></tr><tr><td> Lasergene, Sequencher </td><td> DNAstar, Gen Kodları Corporation&#39;ın </td><td> <a href="www.dnastar.com">www.dnastar.com</a> <a href="www.genecodes.com">www.genecodes.com</a> </td><td> Veya diğer hizalama yazılımı </td></tr></tbody></table>

isolation of fidelity variants of rna viruses and characterization of virus mutation frequency

RNA virüsleri RNA bağımlı RNA polimeraz genomların çoğaltmak için kullanın. Bu enzimlerin özünde yüksek hata oranı virüs adaptasyon ve evrim kolaylaştıran aşırı nüfus çeşitliliğinin nesil için büyük bir katkıda bulunuyor. Giderek artan kanıtlar, içsel bir hata oranları ve RNA virüsleri ortaya çıkan mutasyon frekansları, viral polimeraz ince amino asit değişiklikleri modüle olabileceğini göstermektedir. Biyokimyasal testleri dahil kantitatif ölçmek sadakat izin veren bazı viral RNA polimeraz için mevcut olmasına rağmen, biz burada sadakat değiştirerek mutasyonları tespit biyokimyasal yaklaşımlar kadar doğru olduğunu kanıtlamıştır RNA virüslerinin mutasyon frekansları ölçmek için basit bir yöntem tarif. Bu yaklaşım, en biyoloji laboratuarları yapılabilir geleneksel virolojik ve sıralama teknikleri kullanır. Bir dizi farklı virüsler ile tecrübemize dayanarak, sadakat varyantları tecrit ve istatistiksel olarak anlamlı veri üreten olasılığını artırmak için optimize edilmesi gereken önemli adımları belirledik. Sadakat değiştiren mutasyonlar izolasyonu ve karakterizasyonu polimeraz yapısı ve fonksiyonu 1-3 yeni anlayışlar sağlayabilir. Ayrıca, bu sadakat varyantları virüs adaptasyon ve evrim mekanizmaları 4-7 karakterize faydalı bir araç olabilir.

Watch this Scientific Journal Video about Isolation of Fidelity Variants of RNA Viruses and Characterization of Virus Mutation Frequency at JoVE.com

Isolation of Fidelity Variants of RNA Viruses and Characterization of Virus Mutation Frequency

Bu makale, RNA virüsleri ve doku kültürü aslına Değişiklikleri onaylamak için mutasyon sıklığı verileri kullanmak RNA polimeraz sadakat varyantları izole ve karakterize etmek için gerekli adımları açıklamaktadır.

Virüs mutasyon Frekans RNA Virüsler ve Karakterizasyonu Fidelity Varyantlar izolasyonu

RNA viruses use RNA dependent RNA polymerases to replicate their genomes. The intrinsically high error rate of these enzymes is a large contributor to the ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

RNA Isolation of Pseudomonas aeruginosa Colonizing the Murine Gastrointestinal Tract

RNA Isolation of Pseudomonas aeruginosa Colonizing the Murine Gastrointestinal Tract

RNA İzolasyonu Pseudomonas aeruginosa Murin Gastrointestinal Yolu koloniler

Pseudomonas aeruginosa (PA) infections result in significant morbidity and mortality in hosts with compromised immune systems, such as patients with ...

High-throughput Screening for Broad-spectrum Chemical Inhibitors of RNA Viruses

RNA Virüslerinin geniş spektrumlu Kimyasal Önleyicileri için yüksek verimli tarama

RNA viruses are responsible for major human diseases such as flu, bronchitis, dengue, Hepatitis C or measles. They also represent an emerging threat ...

Isolation and Characterization of Neutrophils with Anti-Tumor Properties

Anti-tümör özelliklere sahip izole edilmesi ve nötrofil Karakterizasyonu

Neutrophils, the most abundant of all white blood cells in the human circulation, play an important role in the host defense against invading ...

Bacterial Artificial Chromosomes: A Functional Genomics Tool for the Study of Positive-strand RNA Viruses

Bakteriyel Yapay Kromozom: RNA Virüsler Pozitif iplikli Araştırmaları Fonksiyonel Genomik Aracı

Reverse genetics, an approach to rescue infectious virus entirely from a cloned cDNA, has revolutionized the field of positive-strand RNA viruses, whose ...

Neutrophil Isolation and Analysis to Determine their Role in Lymphoma Cell Sensitivity to Therapeutic Agents

Nötrofil İzolasyon ve Analiz Terapötik Ajanların için Lenfoma Hücre Duyarlılık kendi Rolü belirleme

Neutrophils are the most abundant (40% to 75%) type of white blood cells and among the first inflammatory cells to migrate towards the site of ...

Rescue and Characterization of Recombinant Virus from a New World Zika Virus Infectious Clone

Yeni Bir Dünyadan Rekombinant Virüsün Kurtarılması ve Karakterizasyonu Zika Virüsü Bulaşıcı Klon

Infectious cDNA clones allow for genetic manipulation of a virus, thus facilitating work on vaccines, pathogenesis, replication, transmission and viral ...

Generation of Escape Variants of Neutralizing Influenza Virus Monoclonal Antibodies

Grip virüsü monoklonal antikorları nötralize kaçış türevleri üretimi

Influenza viruses exhibit a remarkable ability to adapt and evade the host immune response. One way is through antigenic changes that occur on the surface ...

Identification of Coding and Non-coding RNA Classes Expressed in Swine Whole Blood

Kodlama ve RNA sınıfları kodlamayan teşhis kodu içinde domuz tam kan ifade.

The advent of innovative and increasingly powerful next generation sequencing techniques has opened new avenues into the ability to examine the underlying ...

Confocal Imaging of Double-Stranded RNA and Pattern Recognition Receptors in Negative-Sense RNA Virus Infection

Çift iplikçikli RNA ve desen tanıma reseptörleri negatif anlamda RNA virüsü enfeksiyonu confocal görüntüleme

Double-stranded (ds) RNA is produced as a replicative intermediate during RNA virus infection. Recognition of dsRNA by host pattern recognition receptors ...

Vector Competence Analyses on Aedes aegypti Mosquitoes using Zika Virus

Vector Competence Analyses on Aedes aegypti Mosquitoes using Zika Virus

Zika Virüsü Kullanan Aedes aegypti Sivrisineklerinde Vektör Yetkinlik Analizleri

The procedures presented describe a generalized methodology to infect Aedes aegypti mosquitoes with Zika virus under laboratory conditions to determine ...