Name: detection of histone modifications in plant leaves
Uploaded: 2011-09-23T12:00:00
Duration: 7 min 8 s
Description: Watch this Scientific Journal Video about Detection of Histone Modifications in Plant Leaves at JoVE.com

<p class="jove_content"> Bu çalışma, Alman Bilim Vakfı (DFG) ve Alman federal ve eyalet hükümetleri Mükemmellik Girişimi tarafından finanse edildi. </p>

<p class="jove_title"> 1. Bitki materyali, Crosslinking </p><ol><li> Hasat 1-2g Arabidopsis 50 ml plastik tüp yaprak (6, 10 cm rozet çapa kadar) ve crosslinking tampon ile 40ml kadar doldurmak. </li><li> Yaprakları, tampon yüzeyi üzerinde özel bir filtre süngeri sağ doldurma, örneğin dalmış muaftır emin olun. Sonra bir desikatöre tüpler yerleştirin. </li><li> Vakum 10dk sızmak. Crosslinking durdurmak için her tüp 2M glisin 2.5ml eklemek ve glisin eşit dağılımını garanti tüpler ters. </li><li> Vakum başka bir 5min sızmak ve bir elek üzerinde yaprakları hasat sırasında sıvı atın. </li><li> Yıkama 1L, sonra bir bardak beher su, kağıt havlu ile iyice kuru yapraklar ile iki kez bırakır. </li><li> Taze bir plastik tüp yaprakları toplayın ve sıvı nitrojen içinde dondurarak. Mağaza -80 ° C kadar kromatin izolasyon bırakır. </li></ol><p class="jove_title"> 2. Kromatin izolasyonu </p><ol><li> Yapraklar kullanana kadar sıvı azot tutuldu harç ve dişilik organı ile zemin. </li><li> 50-ml plastik tüp toz transferi ve 30ml ekstraksiyon tamponu # 1 geçici olarak askıya. </li><li> Bir tepegöz çalkalayıcı 4 ° C&#39;de 15 dakika inkübe. </li><li> 50-ml taze bir plastik tüp içine dört kat miracloth boyunca Filtrat süspansiyon. </li><li> 2.800 xg 20min için Spin 4 ° C </li><li> Süpernatantı ve 1 ml tampon ekstraksiyon # 2 fırça ile pelet askıya. İlk tampon # 2 küçük bir hacim eklemek, sonra pelet bir boya fırçası ile askıya alma ve sonra tampon geri kalanını ekleyin. </li><li> 4 12,000 xg&#39;de 10 dakika süreyle bir 1.5mL mikrofuge&#39;ye tüp ve spin süspansiyon transfer ° C </li><li> Bu arada, 1.5mL ekstraksiyon tamponu # 3 içeren 2mL mikrofuge&#39;ye tüpleri hazırlayın. </li><li> Bükülmüş tüp (adım 2.7) süpernatantı ve ekstraksiyon tamponu # 3 300μL pelet askıya. İlk olarak, tampon # 3 küçük hacimli bir boya fırçası ile pelet askıya, ve sonra geri kalan tampon eklemek. </li><li> Dikkatle pipetlemeyin adım 2.8 &#39;de hazırlanan 1,5 mL tampon ekstraksiyon # 3 üst pelet (adım 2.9) askıya aldı. Iki faz karışımı olmayacak emin olun. 4 16.000 xg&#39;de 1s için Spin ° C. </li><li> Süpernatantı ve sonication tampon 300μL bir boya fırçası ile kromatin pelet askıya. </li><li> DNA boyutu yaklaşık 400bp Sonotrode ile ya da ultrasonik banyoda kromatin sonikasyon. Sonicating zaman, emin kromatin yaklaşık 30 üzerinde ısıtılır ° C ısıya duyarlı çapraz bağları korumak için olun. Sonication süresi farklı sonication cihazlar arasında önemli ölçüde farklılık gösterir, çünkü deneysel olarak belirlenir. Rehberlik için, iki farklı aygıtlar için ayarları verilmiştir: </li></ol><p class="jove_content"> 0.6mL mikrofuge&#39;ye tüp Bandelin marka Sonotrode maruz kromatin% 25 güç, çevrim = 50 ayarları ile beş kez 20 patlamaları ile sonication. Bunu yaparken, bir buz banyosunda her 20 <sup>inci</sup> patlamaları sonra serin bir örnek . </p><p class="jove_content"> Diagenode Bioruptor ultrasonik banyo ile sonication için, su banyosu ve buz ile doldurun ve &#39;yüksek&#39; ayarı ile 1.5mL mikrofuge&#39;ye tüpler 30 saniye on kat sonikasyon. Her 30 saniye sonra, başka bir 30 saniye boyunca serin örnekleri. </p><ol start="13"><li> Spin 4 16.000 g 5min için örnek sonicated ° C çözünmemiş malzeme hızlandırabilir. Süpernatant doğrudan immunoprecipitation için kullanılabilir. Alternatif olarak, numuneler, sıvı nitrojen içinde dondurulmuş ve -80 ° C ye kadar daha fazla kullanım saklanan şok olabilir. </li></ol><p class="jove_title"> 3. Immunoprecipitation </p><ol><li> 40μL protein-A antikor bağlayıcı tampon agaroz ve 1.8mL. Içeren 2 ml mikrofuge&#39;ye tüpleri hazırlayın Kromatin hazırlık 200μL (adım 2.13) ekleyin. </li><li> Havai bir çalkalamalı 1s tüpleri inkübe edin. </li><li> Protein-A agaroz boncuk atın ve immunoprecipitation için supernatant kullanabilirsiniz. </li><li> Kromatin konsantrasyonu (&#39;input&#39;) belirlemek için bir 40μL-kısım çıkarın. </li><li> 30μL protein-A agaroz ve 400μL sonicated kromatin süspansiyon özgü reaktifler ve teçhizat aşağıdaki tabloda belirtilen değişiklik-spesifik antikor miktarı. </li><li> Bir tepegöz çalkalayıcı 2.5h veya gece boyunca inkübe 4 ° C </li><li> 440 x g. 2min için boncuk aşağı Spin </li><li> Boncuk pelet 900μL (aşağıdaki listeye bakın) her yıkama tamponu ile yıkayın. Her tampon için, bir havai çalkalayıcı 4 ° C, 10 dakika süreyle tampon inkübe boncuk, sonra 440 xg&#39;de 2min dönmeye supernatant atın ve bir sonraki tampon eklemek. <ol><li> Düşük tuz yıkama tamponu </li><li> Yüksek tuz yıkama tamponu </li><li> LiCl yıkama tamponu </li><li> Te yıkama tamponu </li></ol></li><li> Son yıkamadan sonra, kalan herhangi bir tampon tamamen kaldırmak. </li></ol><p class="jove_title"> 4. Histon ve DNA De-crosslinking ve çöktürülmüş DNA saflaştırılması </p><ol><li> Agaroz pelet ve 3.4 adım 40μl &#39;giriş&#39; örnek bir vorteks karıştırıcı 5min için karışımı, spin örnekleri ve incu de crosslinking tampon 100μL ekle65 ° C gecede kesilmek. </li><li> Ticari bir DNA veya PCR saflaştırma kiti ile DNA arındırın. </li><li> Genellikle son sütun eluat 01:05 seyreltme 5μl gerçekleştirmek için yeterli geleneksel lokus spesifik gerçek zamanlı kantitatif RT-PCR (RT-qPCR). </li></ol><p class="jove_title"> 5. Tamponların Tablosu </p><table border="1"><tbody><tr><td colspan="2"> <strong>Crosslinking tampon</strong> </td></tr><tr><td> Sodyum bütirat </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> Sakaroz </td><td> 400mm </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> ß-mercaptoethanol </td><td> 5mM </td></tr><tr><td> Formaldehit </td><td> % 3 (v / v) </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td colspan="2"> <strong>Ekstraksiyon tamponu # 1</strong> </td></tr><tr><td> Sodyum bütirat </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> Sakaroz </td><td> 400mm </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> ß-mercaptoethanol </td><td> 5mM </td></tr><tr><td> Komple proteaz inhibitörü </td><td> 1x </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td colspan="2"> <strong>Ekstraksiyon tamponu # 2</strong> </td></tr><tr><td> Sodyum bütirat </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> Sakaroz </td><td> 250mm </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> ß-mercaptoethanol </td><td> 5mM </td></tr><tr><td> MgCl <sub>2</sub> </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> Triton X-100 </td><td> % 1 (w / v) </td></tr><tr><td> Komple proteaz inhibitörü </td><td> 1x </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td colspan="2"> <strong>Ekstraksiyon tamponu # 3</strong> </td></tr><tr><td> Sodyum bütirat </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> Sakaroz </td><td> 1,7 </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> ß-mercaptoethanol </td><td> 5mM </td></tr><tr><td> MgCl <sub>2</sub> </td><td> 2mm </td></tr><tr><td> Triton X-100 </td><td> % 0,15 (w / v) </td></tr><tr><td> Komple proteaz inhibitörü </td><td> 1x </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td colspan="2"> <strong>Sonikasyon tampon</strong> </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 25mm </td></tr><tr><td> EDTA-NaOH pH 8.0 </td><td> 5mM </td></tr><tr><td> SDS </td><td> % 0.5 (w / v) </td></tr><tr><td> Komple proteaz inhibitörü </td><td> 1x </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td colspan="2"> <strong>Antikor bağlanma tampon</strong> </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 50mm </td></tr><tr><td> EDTA-NaOH pH 8.0 </td><td> 1mm </td></tr><tr><td> NaCl </td><td> 150mm </td></tr><tr><td> Triton X-100 </td><td> % 0,1 (w / v) </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td colspan="2"> <strong>Düşük tuz yıkama tamponu</strong> </td></tr><tr><td> NaCl </td><td> 150mm </td></tr><tr><td> SDS </td><td> % 0,1 (w / v) </td></tr><tr><td> Triton X-100 </td><td> % 1 (w / v) </td></tr><tr><td> EDTA-NaOH pH 8.0 </td><td> 2mm </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 20mm </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td colspan="2"> <strong>Yüksek tuz yıkama tamponu</strong> </td></tr><tr><td> NaCl </td><td> 500mm </td></tr><tr><td> SDS </td><td> % 0,1 (w / v) </td></tr><tr><td> Triton X-100 </td><td> % 1 (w / v) </td></tr><tr><td> EDTA-NaOH pH 8.0 </td><td> 2mm </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 20mm </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td colspan="2"> <strong>LiCl yıkama tamponu</strong> </td></tr><tr><td> Lityum klorür </td><td> 250mm </td></tr><tr><td> Nonidet-P40 </td><td> % 1 (v / v) </td></tr><tr><td> Sodyum desoxycholate </td><td> % 1 (w / v) </td></tr><tr><td> EDTA-NaOH pH 8.0 </td><td> 1mm </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 20mm </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td> <strong>Te yıkama tamponu</strong> </td></tr><tr><td> EDTA-NaOH pH 8.0 </td><td> 10mM </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 8.0 </td><td> 1mm </td></tr></tbody></table><table border="1"><tbody><tr><td> <strong>Decrosslinking tampon</strong> </td></tr><tr><td> Tris-HCl, pH 6.8 </td><td> 62.5mm </td></tr><tr><td> NaCl </td><td> 200mm </td></tr><tr><td> SDS </td><td> % 2 (w / v) </td></tr><tr><td> DTT </td><td> 10mM </td></tr></tbody></table><p class="jove_title"> 6. Temsilcisi sonuçları: </p><p class="jove_content"> <em>Arabidopsis thaliana PR2</em> savunma gen ekspresyonu bir β kodlamaAntimikrobiyal aktivite <sup>12,</sup> 1,3-Glukanaz benzothiadiazole (BTH), bitki hormonu salisilik asit <sup>3</sup> sentetik bir analog tarafından sağlandı. <strong>Şekil 1</strong> <em>PR2</em> ifade aktivasyonunun gösterir histon lizin kalıntılarının asetilasyon bir artış ile ilişkili <em>PR2</em> organizatörü H3 ve H4. Nucleosome yoğunluğu <sup>13</sup> gen aktivasyonu sırasında azalır histon 3 değişmeyen bir bölge için bir antikor ile elde edilen sinyalin, histon asetilasyonu değerleri normalize edildi. </p><p class="jove_content"><img src="/files/ftp_upload/3096/3096fig1.jpg" alt="Şekil 1"/><br /> <strong>Şekil 1 BTH Arabidopsis <em>PR2</em> organizatörü histon asetilasyonu neden olur.</strong> Bitkiler 100μM BTH veya ıslatılabilir toz kontrolü ile tedavi edildi. 72h sonra, yapraklar toplanmış ve kromatin izole edilmiştir. Asetilasyon özel antikorlar (resimde gösterildiği gibi) ile yağış sonrası elde edilen sinyal histon H3 değişmeyen bir etki alanı için bir antikor ile yağış elde sinyaline normalize edildi. Çöktürülmüş kromatin RT-qPCR tarafından belirlendi. Veri BTH tedavi yokluğunda histon değişiklik seviyeleri için standardize edilmiştir. </p>

<ol>
	<li>Eberharter, A., Becker, P. B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Histone+acetylation:+a+switch+between+repressive+and+permissive+chromatin.">Histone acetylation: a switch between repressive and permissive chromatin.</a> <em style='font-style: italic'>EMBO rep</em>. <b>3</b>, 224-229 (2002).</li><li>Ruthenburg, A. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Methylation+of+lysine+4+on+histone+H3:+intricacy+of+writing+and+reading+a+single+epigenetic.">Methylation of lysine 4 on histone H3: intricacy of writing and reading a single epigenetic.</a> <b>25</b>, 15-30 (2007).</li><li>Jaskiewicz, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+modification+acts+as+a+memory+for+systemic+acquired+resistance+in+the+plant+stress+response.">Chromatin modification acts as a memory for systemic acquired resistance in the plant stress response.</a> <em style='font-style: italic'>EMBO rep</em>. <b>12</b>, 50-55 (2011).</li><li>Ng, D. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Ordered+histone+modifications+are+associated+with+transcriptional+poising+and+activation+of+the+phaseolin+promoter.">Ordered histone modifications are associated with transcriptional poising and activation of the phaseolin promoter.</a> <em style='font-style: italic'>Plant Cell</em>. <b>18</b>, 119-132 (2006).</li><li>Offermann, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Illumination+is+necessary+and+sufficient+to+induce+histone+acetylation+independent+of+transcriptional+activity+at+the+C4-specific+phosphoenolpyruvate+carboxylase+promoter+in+maize.">Illumination is necessary and sufficient to induce histone acetylation independent of transcriptional activity at the C4-specific phosphoenolpyruvate carboxylase promoter in maize.</a> <em style='font-style: italic'>Plant Physiol</em>. <b>141</b>, 1078-1088 (2006).</li><li>Deng, W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Involvement+of+the+histone+acetyltransferase+AtHAC1+in+the+regulation+of+flowering+time+via+repression+of+FLOWERING+LOCUS+C+in+Arabidopsis.">Involvement of the histone acetyltransferase AtHAC1 in the regulation of flowering time via repression of FLOWERING LOCUS C in Arabidopsis.</a> <em style='font-style: italic'>Plant Physiol</em>. <b>143</b>, 1660-1668 (2007).</li><li>Benhamed, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Arabidopsis+GCN5,+HD1,+and+TAF1/HAF2+interact+to+regulate+histone+acetylation+required+for+light-responsive+gene+expression.">Arabidopsis GCN5, HD1, and TAF1/HAF2 interact to regulate histone acetylation required for light-responsive gene expression.</a> <em style='font-style: italic'>Plant Cell</em>. <b>18</b>, 2893-2903 (2006).</li><li>Bowler, C. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+techniques+for+plant+cells.">Chromatin techniques for plant cells.</a> <em style='font-style: italic'>Plant Journal</em>. <b>39</b>, 776-789 (2004).</li><li>Orlando, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Mapping+chromosomal+proteins+in+vivo+by+formaldehyde+decrosslinked-chromatin+immunoprecipitation.">Mapping chromosomal proteins in vivo by formaldehyde decrosslinked-chromatin immunoprecipitation.</a> <em style='font-style: italic'>Trends Biochem. Sci</em>. <b>25</b>, 99-104 (2000).</li><li>Haring, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromatin+immunoprecipitation:+optimization,+quantitative+analysis+and+data+normalization.">Chromatin immunoprecipitation: optimization, quantitative analysis and data normalization.</a> <em style='font-style: italic'>Plant Meth</em>. <b>3</b>, 11-11 (2007).</li><li>Danker, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Developmental+information+but+not+promoter+activity+controls+the+methylation+state+of+histone+H3+lysine+4+on+two+photosynthetic+genes+in+maize.">Developmental information but not promoter activity controls the methylation state of histone H3 lysine 4 on two photosynthetic genes in maize.</a> <em style='font-style: italic'>Plant J</em>. <b>53</b>, 465-474 (2008).</li><li>Uknes, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Acquired+resistance+in+Arabidopsis.">Acquired resistance in Arabidopsis.</a> <em style='font-style: italic'>Plant Cell</em>. <b>4</b>, 645-656 (1992).</li><li>Workman, J. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Nucleosome+displacement+in+transcription.">Nucleosome displacement in transcription.</a> <em style='font-style: italic'>Genes Develop</em>. <b>20</b>, 2009-2017 (2006).</li></ol>

<p class="jove_content"> Çıkar çatışması ilan etti. </p>

<p class="jove_content"> Protokolde en kritik adımlar, DNA ve histon, yaprak malzemenin türü ve miktarı, malzemenin taşlama, ve kromatin sonication crosslinking. Bu konularda daha ayrıntılı bir tartışma için, refs bakın. 9 ve 10. </p><p class="jove_step"> Sonikasyon ve crosslinking: </p><p class="jove_content"> 400bp hakkında parçaları sonication sırasında kromatin bozmak için önemlidir. Ise yetersiz sonication uzun kromatin parçaları bırakacaktır kapsayan sonication, DNA ve histon bozarak kromatin yok edecektir. Distal histon modifikasyonları test lokus yerel değişiklikler ayırt edilemez, çünkü bu yöntemin özgüllüğü etkileyebilir. Sonikasyon verimliliği en iyi örneklerinden DNA izole ve uzunluğu makaslanmış DNA agaroz jel elektroforezi ile belirlenmesi, Sonikasyon, de-crosslinking DNA ve histon önce ve sonra 20μL kromatin toplayarak test edilir. Kromatin hazırlık hala parçalanmış DNA görselleştirme etkileyebilir arıtma bu aşamada, büyük miktarda RNA içerdiğinden RNAse elektroforez önce numuneleri eklenmelidir. Makaslanmış Kromatin DNA DNA 400bp etrafında maksimum sinyal yoğunluğu olmayan makaslanmış Kromatin DNA 10kbp daha uzunsa bir karalama formları ise örnekleri, kromatin immunoprecipitation için yararlıdır. </p><p class="jove_content"> Biz rutin olduğu gibi bırakır kromatin crosslinking için% 3 (v / v) formaldehit kullanır, ancak% 1 (v / v) formaldehit, çoğu durumda yeterli olabilir. Bizim ellerde, düşük formaldehit konsantrasyonları sonucu PCR reaksiyonlarında kısa sonication kez ve arka plan sinyalleri için izin verir. Ancak, yeterli miktarda formaldehit genellikle bağımsız deneyler arasındaki PCR sinyali düşük tekrarlanabilirlik. Bu düşük konsantrasyonlarda formaldehid ile yaprak yetersiz nüfuz etmesine bağlı olabilir. Bileşik süre ile polimerize eğilimi sık sık formaldehit hisse senedi alışverişi yapmak emin olun. Formaldehit çözümleri yalnızca yaklaşık bir ay boyunca stabildir ve bu dönemde pek metanol istikrar uzamıştır. Bu deneysel koşullar kurarken farklı formaldehit konsantrasyonları test etmek için tavsiye edilir. </p><p class="jove_step"> Bitki materyali ve taşlama miktarı: </p><p class="jove_content"> Yaprakların birbirine yapışmasını önlemek için tampon büyük bir hacim düşük miktarda yaprak malzeme sızmak için çok önemlidir. Yaprak formaldehit yetersiz infiltrasyonu genellikle sonuçları yapışmasını. Ayrıca, çok fazla bitki materyali miracloth doku gözenekleri bloke eder. Öğütme verimliliği önemli ölçüde mükemmel bir uyum ile bir havanda kullanarak bağlıdır. Biz rutin olarak ek sıvı azot yokluğunda bir sıvı azot soğutmalı havaneli ve harç ile öğütmek için üç kez 50 saniye kadar malzeme ince bir toz için zemin. </p>

<table border="1"><tbody><tr><th> Reaktifin Adı </th><th> Şirket </th><th> Katalog numarası </th><th> Yorumlar </th></tr><tr><td> Protein-A-Agaroz </td><td> Roche </td><td> 11 134 515 001 </td><td> antikor sınıfı bağlıdır. </td></tr><tr><td> Protein-G-Agaroz </td><td> Roche </td><td> 11 243 233 001 </td><td> antikor sınıfı bağlıdır. </td></tr><tr><td> Anti-hyperacetyl-H4 </td><td> Millipore </td><td> 06-946 </td><td> biz 5μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-asetil-H4K5 </td><td> Millipore </td><td> 07-327 </td><td> biz 5μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-asetil-H4K8 </td><td> Millipore </td><td> 07-328 </td><td> biz 5μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-asetil-H4K12 </td><td> Millipore </td><td> 07-595 </td><td> biz 5μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-asetil-H4K16 </td><td> Millipore </td><td> 07-329 </td><td> biz 5μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-asetil-H4K18 </td><td> Millipore </td><td> 07-354 </td><td> biz 1μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-asetil-H3K9 </td><td> Millipore </td><td> 07-352 </td><td> biz 5μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-asetil-H3K14 </td><td> Millipore </td><td> 07-353 </td><td> biz 1μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-trimetil-H3K4 </td><td> Diagenode </td><td> PAB-003-50 </td><td> biz 5μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-dimetil-H3K4 </td><td> Millipore </td><td> 07-030 </td><td> biz 5μL kullanılan </td></tr><tr><td> Anti-monometil-H3K4 </td><td> Abcam </td><td> ab8895 </td><td> 2,5-10μL </td></tr><tr><td> Anti-H3 </td><td> Abcam </td><td> ab1791 </td><td> histon yoğunluğu kontrol etmek için 1μL kullanılan </td></tr><tr><td> Bioruptor </td><td> Diagenode </td><td> UCD-200 </td><td></td></tr><tr><td> Sonotrode MS72 </td><td> Bandelin </td><td></td><td></td></tr><tr><td> Miracloth </td><td> Calbiochem </td><td> 475855 </td><td></td></tr><tr><td> Komple proteaz inhibitörü </td><td> Roche </td><td> 11836145001 </td><td></td></tr></tbody></table>

detection of histone modifications in plant leaves

<p class="jove_content"> Kromatin yapısı ökaryotlarda gen ekspresyonunun düzenlenmesi için önemlidir. Bu süreçte, histon H3 ve H4 amino-terminal kuyrukları kromatin remodeling, DNA metilasyon ve kovalent değişiklikler temel rolleri <sup>1-2</sup> oynamaktadır. H3 ve H4 histon modifikasyonları, lisin ve arjinin metilasyon, lisin asetilasyonun, serin <sup>kalıntıları</sup> 1-2 fosforilasyon içerir . Bu modifikasyonlar gen aktivasyonu, baskı ya da uygun sinyalleri (mikrop-ilişkili moleküler desenleri, ışık, hormonlar, vs.) <sup>3-7</sup> algı sonra ifade daha hızlı ve sağlam bir aktivasyon destekler gen astarlanmalıdır bir devlet ya ilişkilidir . </p><p class="jove_content"> Burada, biz, özel seçilmiş bitki genleri kromatin modifikasyonları güvenilir ve hassas tespiti için bir yöntem mevcut. Teknik değişiklik-spesifik antikorların <sup>9,10</sup> ile <sup>8,9</sup> formaldehit, ekstraksiyon ve kromatin, kromatin immunoprecipitation (ChIP) sonication (modifiye) histon ve DNA çapraz bağlanma dayalı, histon-DNA kompleksleri de-crosslinking gen belirli gerçek zamanlı kantitatif PCR. Yaklaşım, <sub>C</sub> 4 <sup>mısır</sup> 5,11 fotosentez ve <sup>Arabidopsis</sup> 3 sistemik bağışıklık ile ilgili özel histon modifikasyonları tespit için yararlı olduğu kanıtlanmıştır . </p>

Watch this Scientific Journal Video about Detection of Histone Modifications in Plant Leaves at JoVE.com

Detection of Histone Modifications in Plant Leaves

<p class="jove_content">Özgü bitki genleri histon değişiklikleri algılamak için güvenilir ve faydalı bir yaklaşım açıklanmıştır. Bu yaklaşım, kromatin immunoprecipitation (ChIP) ve gerçek zamanlı kantitatif PCR birleştirir. Çeşitli fizyolojik süreçlerde bir rol ile spesifik genlerin histon modifikasyonları tespiti sağlar.</p>

Bitki Leaves Histon değişiklik tespiti

Chromatin structure is important for the regulation of gene expression in eukaryotes. In this process, chromatin remodeling, DNA methylation, and covalent ...

Research

JoVE Journal

Biology

Detection of Post-translational Modifications on Native Intact Nucleosomes by ELISA

ELISA yöntemi ile yerli bozulmamış nükleozom Post-translasyonel modifikasyonlar Algılama

The genome of eukaryotes exists as chromatin which contains both DNA and proteins. The fundamental unit of chromatin is the nucleosome, which contains 146 ...

Detection of Protein Interactions in Plant using a Gateway Compatible Bimolecular Fluorescence Complementation (BiFC) System

Detection of Protein Interactions in Plant using a Gateway Compatible Bimolecular Fluorescence Complementation BiFC System

Ağ Geçidi Uyumlu Bimoleküler Floresan tamamlama (BiFC) kullanarak Bitki Protein Etkileşimleri Tespiti

We have developed a BiFC technique to test the interaction between two proteins in vivo. This is accomplished by splitting a yellow fluorescent protein ...

Glycan Profiling of Plant Cell Wall Polymers using Microarrays

Mikroarray&#39;ler kullanarak Bitki Hücre Duvarı Polimerlerin glukanıdır Profilleme

Plant cell walls are complex matrixes of heterogeneous glycans which play an important role in the physiology and development of plants and provide the ...

Identification of Post-translational Modifications of Plant Protein Complexes

Plant protein kompleksleri, çevirim sonrası değişikliklerin belirlenmesi

Plants adapt quickly to changing environments due to elaborate perception and signaling systems. During pathogen attack, plants rapidly respond to ...

The Infiltration-centrifugation Technique for Extraction of Apoplastic Fluid from Plant Leaves Using <em>Phaseolus vulgaris</em> as an Example

The Infiltration-centrifugation Technique for Extraction of Apoplastic Fluid from Plant Leaves Using Phaseolus vulgaris as an Example

Tesisinden Akışkan apoplastik çıkarımı için infiltrasyonu-santrifüj Tekniği Kullanarak bırakır<em&gt; Phaseolus vulgaris</em&gt; Bir örnek olarak

The apoplast is a distinct extracellular compartment in plant tissues that lies outside the plasma membrane and includes the cell wall. The apoplastic ...

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in <em>Arabidopsis</em> Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

High Resolution Quantification of Crystalline Cellulose Accumulation in Arabidopsis Roots to Monitor Tissue-specific Cell Wall Modifications

Kristalin Selüloz Birikimin Yüksek Çözünürlüklü Niceleme<em&gt; Arabidopsis</em&gt; Kökler Doku spesifik Hücre Duvarı Değişiklikler Monitör

Plant cells are surrounded by a cell wall, the composition of which determines their final size and shape. The cell wall is composed of a complex matrix ...

High-throughput CRISPR Vector Construction and Characterization of DNA Modifications by Generation of Tomato Hairy Roots

Domates Tüylü Roots Üretimi ile yüksek verim CRISPR Vektör İnşaat ve DNA Değişiklikler Karakterizasyonu

Targeted DNA mutations generated by vectors with clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR)/Cas9 technology have proven useful for ...

Complete Workflow for Analysis of Histone Post-translational Modifications Using Bottom-up Mass Spectrometry: From Histone Extraction to Data Analysis

Histon Ekstraksiyon Gönderen Data Analizi: Aşağıdan yukarıya Kütle Spektrometre kullanarak histon post-translasyonel modifikasyonlar Analizi için komple iş akışı

Nucleosomes are the smallest structural unit of chromatin, composed of 147 base pairs of DNA wrapped around an octamer of histone proteins. Histone ...

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in <em>Helianthus Annuus</em>

Identification of Novel Regulators of Plant Transpiration by Large-Scale Thermal Imaging Screening in Helianthus Annuus

<em>Helianthus Annuus'ta</em> Büyük Ölçekli Termal Görüntüleme Taraması ile Bitki Transpirasyonunun Yeni Regülatörlerinin Belirlenmesi

Plant adaptation to biotic and abiotic stresses is governed by a variety of factors, among which the regulation of stomatal aperture in response to water ...

Double-Staining Method to Detect Pectin in Plant-Fungus Interaction

Bitki-Mantar Etkileşiminde Pektini Tespit Etmek için Çift Boyama Yöntemi

Plant cells use different structural mechanisms, either constitutive or inducible, to defend themselves from fungal infection. Encapsulation is an ...