Name: separation of single-stranded dna, double-stranded dna and rna from an environmental viral community using hydroxyapatite chromatography
Uploaded: 2011-09-29T13:00:00
Description: Watch this Scientific Journal Video about Separation of Single-stranded DNA, Double-stranded DNA and RNA from an Environmental Viral Community Using Hydroxyapatite Chromatography at JoVE.com

وأيد هذا البحث من قبل مكتب العلوم (ديسمبر) ، وزارة الطاقة الأميركية ، أي الاتفاق التعاوني. دي FC02 - 02ER63453 ، المؤسسة الوطنية للعلوم في تسلسل الجينوم الميكروبي برنامج (أرقام 0626826 و 0731916 الجائزة). نشكر جون زجاج لخبرته الفنية والمشورة وK. Wommack اريك لمساعدته في جمع العينات البيئية.

1. إعداد حلول قبل تنفيذ هيدروكسيباتيت اللوني ، يجب أن تكون مستعدة مخازن الفوسفات وهيدروكسيباتيت يجب أن يكون رطب بشكل صحيح. <ol style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> 1M الحل الفوسفات ، ودرجة الحموضة 6.8 : في قارورة 1L حل 119.98g فو?...

<ol>
	<li>Whitman, W. B., Coleman, D. C., Wiebe, W. J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Prokaryotes:+The+Unseen+Majority.">Prokaryotes: The Unseen Majority.</a> Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95, 6578-65 (1998).</li><li>Hendrix, R. W. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteriophages:+evolution+of+the+majority.">Bacteriophages: evolution of the majority.</a> Theor Popul Biol. 61, 471-471 (2002).</li><li>Weinbauer, M. G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Bacteriophages:+Evolution+of+the+Majority.">Bacteriophages: Evolution of the Majority.</a> FEMS Microbiol Rev. 28, 127-127 (2004).</li><li>Dinsdale, E. A., Edwards, R. A., Hall, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Functional+Metabolic+Profiling+of+Nine+Biomes.">Functional Metabolic Profiling of Nine Biomes.</a> Nature. 455, 830-830 (2008).</li><li>McDaniel, L., Breitbart, M., Mobberley, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metagenomic+Analysis+of+Lysogeny+in+Tampa+Bay:+Implications+for+Prophage+Gene+Expression.">Metagenomic Analysis of Lysogeny in Tampa Bay: Implications for Prophage Gene Expression.</a> PLoS ONE. 3, e3263-e3263 (2008).</li><li>Williamson, S. J., Rusch, D. B., Yooseph, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=The+Sorcerer+II+Global+Ocean+Sampling+Expedition:+Metagenomic+Characterization+of+Viruses+within+Aquatic+Microbial+Samples.">The Sorcerer II Global Ocean Sampling Expedition: Metagenomic Characterization of Viruses within Aquatic Microbial Samples.</a> PLoS ONE. 3, e1456-e1456 (2008).</li><li>Lang, A. S., Rise, M. L., Culley, A. I. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=RNA+Viruses+in+the+Sea.">RNA Viruses in the Sea.</a> FEMS Microbiol Rev. 33, 295-295 (2009).</li><li>Ng, T. F., Manire, C., Borrowman, K. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Discovery+of+a+Novel+Single-Stranded+DNA+Virus+from+a+Sea+Turtle+Fibropapilloma+by+using+Viral+Metagenomics.">Discovery of a Novel Single-Stranded DNA Virus from a Sea Turtle Fibropapilloma by using Viral Metagenomics.</a> J. Virol. 83, 2500-2500 (2009).</li><li>Rosario, K., Duffy, S., Breitbart, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Diverse+Circovirus-like+Genome+Architectures+Revealed+by+Environmental+Metagenomics.">Diverse Circovirus-like Genome Architectures Revealed by Environmental Metagenomics.</a> J Gen Virol. 90, 2418-2418 (2009).</li><li>Culley, A. I., Lang, A. S., Suttle, C. A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Metagenomic+Analysis+of+Coastal+RNA+Virus+Communities.">Metagenomic Analysis of Coastal RNA Virus Communities.</a> Science. 312, 1795-1795 (2006).</li><li>Bernardi, G. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Chromotography+of+Nucleic+Acids+on+Hydroxyapatite.">Chromotography of Nucleic Acids on Hydroxyapatite.</a> Nature. 209, 779-779 (1965).</li><li>Andrews-Pfannkoch, C., Fadrosh, D. W., Thorpe, J. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Hydroxyapatite-Mediated+Separation+of+Double-Stranded+DNA,+Single-Stranded+DNA+and+RNA+Genomes+from+Natural+Viral+Assemblages.">Hydroxyapatite-Mediated Separation of Double-Stranded DNA, Single-Stranded DNA and RNA Genomes from Natural Viral Assemblages.</a> Applied and environmental microbiology. 76, 5039-5039 (2010).</li><li>Wommack, K. E., Colwell, R. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=PubMed&cmd=Search&doptcmdl=Citation&defaultField=Title+Word&term=Virioplankton:+Viruses+in+Aquatic+Ecosystems.">Virioplankton: Viruses in Aquatic Ecosystems.</a> Microbiol Mol Biol Rev. 64, 69-69 (2000).</li></ol>

منهجية اللوني هيدروكسيباتيت المقدمة هنا هي أداة فعالة للغاية وقوية للتجزئة من الأحماض النووية من تجمعات مختلطة الفيروسية ، عندما يكون الهدف هو دراسة التركيب مجموع الحمض النووي للمجتمع. عموما ، سوف ssDNA ، RNA وdsDNA أزل من العمود تركيزات الفوسفات العازلة بو أكبر من م?...

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><th> اسم المادة </th><th> شركة </th><th> رقم كتالوج </th><th> رقم كتالوج </th></tr><tr><td> فندق Econo عمود </td><td> الحيوي راد </td><td> 737-0717 </td><td> 0.7cm الحزمة رقم / 2 </td></tr><tr><td> هيدروكسيباتيت </td><td> الحيوي راد </td><td> 130-0520 </td><td> الحمض النووي الصف بيو جل جل HTP ، 100g/td&gt; </tr><tr><td> فوسفات الصوديوم ، أحادي القاعدة </td><td> VWR </td><td> VW1497 - 01 </td><td> مونوهيدرات ، كريستال 500G </td></tr><tr><td> فوسفات الصوديوم ، ثنائي القاعدة </td><td> VWR </td><td> VW1496 - 01 </td><td> اللامائية ، مسحوق 500G </td></tr><tr><td> DEPC المياه المعالجة </td><td> Invitrogen </td><td> AM9922 </td><td> 1L </td></tr><tr><td> 10 ٪ SDS الحل </td><td> Invitrogen </td><td> 24730-020 </td><td> عالى النقاء ، 1L </td></tr><tr><td> 0.5M EDTA </td><td> Invitrogen </td><td> AM9262 </td><td> الرقم الهيدروجيني 8.0 ، 1L </td></tr><tr><td> Sigmacote </td><td> سيغما الدريخ </td><td> SL2 - 25ML </td><td></td></tr><tr><td> 2ml المصلية pippette </td><td> VWR </td><td> 89130-884 </td><td> البوليسترين ، العقيمة </td></tr><tr><td> أنابيب الطرد المركزي فالكون دينار بحريني </td><td> VWR </td><td> 21008-936 </td><td> 15ml ، العقيمة </td></tr><tr><td> الفينول : الكلوروفورم : كحول أيزو أميلي (25:24:1 V / V / V) </td><td> Invitrogen </td><td> 15593-031 </td><td> عالى النقاء ، 100ML </td></tr><tr><td> Amicon الترا - 4 جهاز الطرد المركزي </td><td> ميليبور </td><td> UFC803024 </td><td> Ultracel غشاء - 30 </td></tr><tr><td> 20X TE الاحتياطي ، ريبونوكلياز مجانا </td><td> Invitrogen </td><td> T11493 </td><td> 100ML </td></tr><tr><td> Glycoblue </td><td> Invitrogen </td><td> AM9516 </td><td> 15mg/ml </td></tr></tbody></table>

separation of single-stranded dna, double-stranded dna and rna from an environmental viral community using hydroxyapatite chromatography

الفيروسات والبكتيريا وخاصة (phages) ، هي الأكثر عددا الكيانات البيولوجية على 1،2 الأرض. فيروسات تعدل الخلية المضيفة وفرة وتنوع ، والمساهمة في تدوير المغذيات ، وتغيير النمط الظاهري الخلية المضيفة ، والتأثير في تطور الخلية المضيفة والمجتمعات على حد سواء عن طريق نقل الفيروس من الجينات الوحشي 3. وقد أبرزت دراسات عديدة للتنوع مذهل الوراثية للفيروسات وإمكاناتها الفنية في مجموعة متنوعة من البيئات الطبيعية. وقد استخدمت تقنيات Metagenomic لدراسة التنوع التصنيفي والإمكانات الفنية للتجمعات الفيروسية المعقدة التي تحتوي على احد الاعضاء الذين تقطعت بهم السبل الحمض النووي (ssDNA) ، الحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل (dsDNA) والتراكيب الوراثية RNA 4-9. البروتوكولات الحالية بناء مكتبة تستخدم لدراسة الحمض النووي التي تحتوي على الحمض النووي الريبي البيئية أو التي تحتوي على الفيروسات تتطلب علاجا nuclease الأولية من أجل إزالة القوالب nontargeted 10. ومع ذلك ، فهم شامل لتكملة الجين الجماعية للمجتمع والتنوع الفيروس الفيروس يتطلب معرفة جميع الأعضاء بغض النظر عن تركيبة الجينوم. تجزيء من المنقى فرعية الحمض النووي يوفر آلية فعالة يمكن من خلالها دراسة تجمعات الفيروسية دون التضحية مجموعة فرعية من توقيع المجتمع الجينية. واستخدمت هيدروكسيباتيت ، شكل بلوري من فوسفات الكالسيوم ، في فصل الأحماض النووية ، فضلا عن البروتينات والميكروبات ، ومنذ 11 من 1960s. من خلال استغلال التفاعل بين المسؤول كا المشحون إيجابيا 2 + الأيونات من هيدروكسيباتيت والعمود الفقري الفوسفات سالبة الشحنة من الأنواع الفرعية الحمض النووي ، فمن المحتمل أن كل سلالة تفضيلي أزل الحمض النووي مستقلة عن الآخرين. نحن العاملين في الآونة الأخيرة لهذه الاستراتيجية في الجينوم يجزئ مستقل عن ssDNA ، dsDNA والفيروسات التي تحتوي على الحمض النووي الريبي في إعداد تسلسل الحمض النووي 12. هنا ، فإننا نقدم وسيلة للتجزيء والتعافي من الأحماض ssDNA ، والحمض النووي الريبي النووي dsDNA الفيروسية من تجمعات مختلطة الفيروسية باستخدام chromotography هيدروكسيباتيت.

Watch this Scientific Journal Video about Separation of Single-stranded DNA, Double-stranded DNA and RNA from an Environmental Viral Community Using Hydroxyapatite Chromatography at JoVE.com

Separation of Single-stranded DNA, Double-stranded DNA and RNA from an Environmental Viral Community Using Hydroxyapatite Chromatography

نحن تصف وسيلة فعالة لفصل واحد الذين تقطعت بهم السبل الحمض النووي ، والحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل وجزيئات الحمض النووي الريبي الفيروسي من المجتمعات البيئية. الأحماض النووية هي مجزأة باستخدام اللوني هيدروكسيباتيت مع زيادة تركيزات الفوسفات التي تحتوي على مخازن. هذا الأسلوب يسمح للعزل جميع أنواع الحمض النووي الفيروسي من العينات البيئية.

فصل واحدة الذين تقطعت بهم السبل الحمض النووي ، والحمض النووي المزدوج تقطعت بهم السبل ، والحمض النووي الريبي من جالية الفيروسية البيئة باستخدام الكروماتوغرافيا هيدروكسيباتيت

Viruses, particularly bacteriophages (phages), are the most numerous biological entities on Earth1,2.  Viruses modulate host cell abundance and diversity, ...

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

Generation of Recombinant Influenza Virus from Plasmid DNA

توليد المؤتلف فيروسات الأنفلونزا من الحمض النووي البلازميد

Efforts by a number of influenza research groups have been pivotal in the development and improvement of influenza A virus reverse genetics. Originally ...

Isolation of Fidelity Variants of RNA Viruses and Characterization of Virus Mutation Frequency

بمعزل عن المتغيرات الاخلاص للفيروسات الحمض النووي الريبي وتوصيف التردد يتحور الفيروس

RNA viruses use RNA dependent RNA polymerases to replicate their genomes. The intrinsically high error rate of these enzymes is a large contributor to the ...

Development of Cell-type specific anti-HIV gp120 aptamers for siRNA delivery

تطوير خلية من نوع معين الأبتامرات gp120 المضادة لفيروس الإيدز لتسليم سيرنا

The global epidemic of infection by HIV has created an urgent need for new classes of antiretroviral agents. The potent ability of small interfering ...

Preparation of Viral DNA from Nucleocapsids

إعداد الحمض النووي الفيروسي من Nucleocapsids

Viruses are obligate cellular parasites, and thus the study of their DNA requires isolating viral material away from host cell contaminants and DNA. ...

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

A Simple Chelex Protocol for DNA Extraction from Anopheles spp.

A Chelex بروتوكول بسيط لاستخراج الحمض النووي من<em&gt; الأنوفيلة</em&gt; النيابة.

Endemic countries are increasingly adopting molecular tools for  efficient typing, identification and surveillance against malaria parasites and  vector ...

Establishment of an In vitro System to Study Intracellular Behavior of Candida glabrata in Human THP-1 Macrophages

Establishment of an In vitro System to Study Intracellular Behavior of Candida glabrata in Human THP-1 Macrophages

A cell culture model system, if a close mimic of host environmental conditions, can serve as an inexpensive, reproducible and easily manipulatable ...

Using Click Chemistry to Measure the Effect of Viral Infection on Host-Cell RNA Synthesis

باستخدام الكيمياء فوق لقياس تأثير عدوى فيروسية في خلية المضيف RNA التجميعي

Many RNA viruses have evolved the ability to inhibit host cell transcription as a means to circumvent cellular defenses. For the study of these viruses, ...

Averaging of Viral Envelope Glycoprotein Spikes from Electron Cryotomography Reconstructions using Jsubtomo

متوسط ​​الفيروسية مغلف جلايكوبروتين المسامير من الكترون Cryotomography إعادة بناء باستخدام Jsubtomo

Enveloped viruses utilize membrane glycoproteins on their surface to mediate entry into host cells. Three-dimensional structural analysis of these ...

Isolation of Infiltrating Leukocytes from Mouse Skin Using Enzymatic Digest and Gradient Separation

عزل التسلل الكريات البيض من ماوس الجلد عن طريق الأنزيمية دايجست والفصل التدرج

Dissociating murine skin into a single cell suspension is essential for downstream cellular analysis such as the characterization of infiltrating immune ...

Development of an Economical DNA Delivery System by "Acufection" and its Application to Skin Research

تطوير نظام تسليم الاقتصادية DNA من قبل &quot;Acufection&quot; وتطبيقه لبحوث الجلد

Dysregulation of immune response in skin is associated with numerous human skin disorders. Direct transfer of immune-related genes into skin tissue is a ...